Détection de Mycobacterium Tuberculosis dans le sang des patients tuberculeux et de leurs contacts en Ouganda (MICRO-LTBI_UG)

Pendant de nombreuses années, le développement d’un tel test n’a pas été considéré comme réaliste en raison de la nature paucibacillaire de la LTBI et de l’incertitude concernant la localisation cellulaire des bacilles Mtb dans la LTBI. Cependant, nous et d’autres avons récemment signalé que l’ADN de Mtb pouvait être détecté dans le sang périphérique de contacts infectés de manière latente par la tuberculose, dans des contextes à forte ou faible charge. Dans nos études, qui ont utilisé la réaction en chaîne par polymérase numérique (dPCR) pour détecter l'ADN de Mtb dans des sous-ensembles de cellules mononucléées du sang périphérique (PBMC) de contacts tuberculeux en Éthiopie, le signal a été détecté plus fréquemment dans des extraits de PBMC CD34+ (cellules souches hématopoïétiques [CSH] et leurs progéniteurs) contre CD34-PBMC, mais cela ne se limitait pas à eux. L'administration d'un traitement préventif à l'isoniazide (IPT) a réduit la proportion de participants chez lesquels l'ADN de Mtb pouvait être détecté dans les PBMC, montrant que ce signal est dynamique et suggérant que la présence d'ADN de Mtb pourrait refléter la présence de bacilles viables. Nous avons également séquencé l'ADN de Mtb dans des extraits de PBMC à l'aide du séquençage ciblé de nouvelle génération (tNGS) pour révéler des mutations conférant une résistance aux médicaments antimicrobiens.

Ces résultats passionnants démontrent le potentiel de développement d’un TAAN pour la détection et les tests génomiques de résistance aux médicaments de la LTBI dans le sang périphérique. Cependant, des questions demeurent quant à savoir si la détection de l'ADN de Mtb dans le sang d'individus symptomatiques est associée à la capacité de visualiser ou de cultiver des bacilles dans le sang, ce qui a été réalisé chez des patients atteints de tuberculose active. De plus, notre méthode existante de détection de l’ADN de Mtb dans les PBMC CD34 + à l’aide de dPCR n’est actuellement pas adaptée à une utilisation sur le terrain, car les échantillons nécessitent un long traitement en laboratoire. La plateforme GeneXpert, qui peut donner des résultats en moins de 2 heures, a déjà été utilisée pour détecter l'ADN de Mtb dans le sang total de patients infectés par le VIH et atteints de tuberculose active. Sensibilité du test Xpert® MTB/RIF Ultra (Xpert Ultra, qui a une limite de détection [LOD] de 15,6 unités formant colonies [UFC]/ml contre 112,6 UFC/ml pour le test Xpert® MTB/RIF original) est suffisant pour détecter l'ADN de Mtb dans la gamme démontrée dans le sang de contacts infectés de manière latente par la tuberculose en Éthiopie et en Ouganda (20 à 1 000 copies de rpoB dans la majorité des pays). Individus Mtb ADN-positifs). Cependant, la détection de Mtb dans le sang d’individus infectés de manière latente n’a jamais été tentée à l’aide de cette plateforme. Enfin, nous souhaitons élargir les connaissances en comparant la détection de l'ADN de Mtb chez les contacts tuberculeux récents et historiques, et en incluant les patients atteints de tuberculose active comme groupe témoin positif.

Nous proposons donc de mener une étude pour comparer la sensibilité des différentes méthodologies de détection du Mtb et de la résistance génomique aux médicaments dans le sang périphérique des patients tuberculeux et récemment par rapport aux contacts tuberculeux asymptomatiques exposés à distance à Kampala, en Ouganda.

Objectifs de l'étude Objectif principal

L'objectif principal de cette étude est de déterminer si Mycobacterium tuberculosis (Mtb) peut être détecté dans le sang de contacts récents atteints de tuberculose, recrutés à Kampala, en Ouganda, en utilisant l'une des méthodes suivantes :

• PCR numérique
• GeneXpert® MTB/RIF Ultra (Céphéide)
• Microscopie à fluorescence
• Hémoculture
• Séquençage ciblé de nouvelle génération

Objectifs secondaires

Les objectifs secondaires de cette étude sont :

1. Déterminer si Mtb persiste dans le sang de contacts tuberculeux (historiques) exposés à distance, recrutés dans le même contexte et en utilisant les mêmes méthodes.
2. Déterminer si Mtb peut être détecté dans le sang de patients atteints de tuberculose active nouvellement diagnostiquée, recrutés dans le même contexte et en utilisant les mêmes méthodes.

3. Déterminer si la détection de Mtb dans le sang à l'aide des méthodes ci-dessus est associée à l'un des biomarqueurs suivants de la réponse immunitaire de l'hôte :

   • QFT-Plus
   • Signatures d'ARN sanguin pour la tuberculose naissante
   • Profils d'anticorps
4. Déterminer si les souches de Mtb isolées à partir des crachats/du sang des cas index atteints de tuberculose pulmonaire sont génétiquement identiques à celles détectées dans le sang de leurs contacts récents.

Critère d'évaluation principal Proportion de patients tuberculeux et de leurs contacts chez lesquels l'ADN de Mtb peut être détecté dans le sang périphérique par PCR numérique.

Critères secondaires

1. Proportion de patients tuberculeux et de leurs contacts chez lesquels l'ADN de Mtb peut être détecté dans le sang périphérique en utilisant les méthodes suivantes :

   • GeneXpert® MTB/RIF Ultra (Céphéide)
   • Microscopie à fluorescence
   • Hémoculture
   • Séquençage ciblé de nouvelle génération

2. Proportion de patients tuberculeux et de leurs contacts ayant obtenu des résultats positifs pour l'un ou l'autre des tests suivants :

   • QFT-Plus
   • Signatures d'ARN sanguin pour la tuberculose naissante
   • Profils d'anticorps
3. Séquences génétiques de souches de Mtb isolées à partir des crachats/sang de cas index atteints de tuberculose pulmonaire et du sang de ces participants et de leurs contacts familiaux asymptomatiques.