明らかにバランスの取れた染色体転座/次世代シーケンシング/知的障害 (ANI)

異常な表現型に関連付けられている明らかにバランスの取れた染色体再構成 (ABCR) は、まれですが、問題のあるイベントです。 これは、de novo 相互転座の 6% と de novo 逆位転座の 9% で発生します。 知的障害および/または複数の先天性異常 (ID/MCA) を含む異常な表現型は、アレイ CGH によって検出可能な関連する不可解なゲノムの不均衡またはブレークポイントでの遺伝子破壊によって説明される可能性があります。 ただし、従来の方法 (すなわち、蛍光 in situ ハイブリダイゼーション (FISH)、サザンブロット) を使用したブレークポイント クローニングは、多くの場合面倒で時間がかかり、日常的に実行することはできません。 これらの再編成の完全な調査がなければ、遺伝カウンセリングは本当の挑戦です. 最近、研究者らは、次世代シーケンシング (NGS) が分子レベルで ABCR ブレークポイントを特徴付けるための強力で迅速な手法であることを示しました。

ANI プロジェクト (ABCR NGS ID) は、NGS を使用して、知的障害および/または複数の先天異常 (ID/MCA) を呈する 55 人の患者の ABCR を分子レベルで特徴付けることを目的としています。 研究者は、以前はアレイ比較ゲノムハイブリダイゼーション (CGH) によってゲノムの不均衡が除外されていたため、遺伝子破壊または位置効果のいずれかによって、ABCR が患者の表現型を説明するという仮説を立てています。

ANI プロジェクトは 3 年間にわたる研究で、19 のフランスの病院細胞遺伝学研究所、研究チーム (TIGER)、および細胞バイオテクノロジー センターを含む 21 のパートナーのコンソーシアムによって実施されます。 患者は、各細胞遺伝学研究所によって募集されます。 ABCR ブレークポイントは、NGS と最初のバイオインフォマティクス分析によって分子的に特徴付けられます。 結果は、ポリメラーゼ連鎖反応 (PCR) によるジャンクション フラグメントの増幅とそれに続くサンガー シーケンスによって検証され、塩基対レベルでのブレークポイントの局在化が可能になります。 いくつかの複雑なケースでは、結果を明らかにするために FISH 実験が必要になります。 次に、2 回目のバイオインフォマティクス分析により、ブレークポイントの特性 (配列、反復エレメント、遺伝子および調節エレメント) が決定されます。 最後に、ブレークポイントごとに、ブレークポイントによって破壊された遺伝子と2つの隣接遺伝子を含む遺伝子発現研究が行われます。 これらすべてのデータは、文献やデータベースで既に利用可能なデータとともに統合され、遺伝子が患者の表現型を説明できるかどうかを判断し、適切な遺伝カウンセリングを可能にします.

このプロジェクトでは、ID および発達異常に関与する新しい候補遺伝子を特定します。 また、ABCR や ID/MCA の診断ツールとしての NGS の開発と評価にも貢献します。 また、特に位置効果に関して、ABCRのメカニズムと機能的結果を解明することもできます。

結論として、ANI プロジェクトは、ID/MCA および ABCR 患者の診断管理と遺伝カウンセリングの改善に貢献するでしょう。 また、ABCRの生理病理学の理解と、発達と脳機能に関与する経路の解明にも貢献し、ID/MCA患者全般の遺伝カウンセリングを改善します。