Najwyraźniej zrównoważona translokacja chromosomalna / sekwencjonowanie nowej generacji / niepełnosprawność intelektualna (ANI)

Pozornie zrównoważona rearanżacja chromosomów (ABCR) związana z nieprawidłowym fenotypem jest rzadkim, ale problematycznym zdarzeniem. Występuje w 6% wzajemnych translokacji de novo i 9% inwersji de novo. Nieprawidłowy fenotyp, w tym niepełnosprawność intelektualna i/lub wiele wrodzonych anomalii (ID/MCA) można wytłumaczyć albo przez powiązane tajemnicze zaburzenia równowagi genomowej wykrywalne przez macierz-CGH, ​​albo przez rozerwanie genu w punkcie przerwania. Jednak klonowanie punktu przerwania przy użyciu konwencjonalnych metod (tj. fluorescencyjnej hybrydyzacji in situ (FISH), Southern blot) jest często pracochłonne i czasochłonne i nie może być przeprowadzane rutynowo. Bez pełnego zbadania tych rearanżacji poradnictwo genetyczne jest prawdziwym wyzwaniem. Niedawno badacze i inni wykazali, że sekwencjonowanie nowej generacji (NGS) jest potężną i szybką techniką charakteryzowania punktów przerwania ABCR na poziomie molekularnym.

Projekt ANI (ABCR NGS ID) ma na celu scharakteryzowanie na poziomie molekularnym ABCR u 55 pacjentów z niepełnosprawnością intelektualną i/lub mnogimi wadami wrodzonymi (ID/MCA) za pomocą NGS. Badacze postawili hipotezę, że ABCR odpowiada za fenotyp pacjenta, albo przez przerwanie genu, albo efekt pozycji, ponieważ nierównowaga genomowa zostałaby wcześniej wykluczona przez porównawczą hybrydyzację genomową (CGH).

Projekt ANI to 3-letnie badanie, które będzie prowadzone przez konsorcjum 21 partnerów, w tym 19 francuskich szpitalnych laboratoriów cytogenetycznych, zespół badawczy (TIGER) oraz centrum biotechnologii komórkowej. Pacjenci będą rekrutowani przez każde laboratorium Cytogenetics. Punkty przerwania ABCR zostaną scharakteryzowane molekularnie za pomocą NGS i pierwszej analizy bioinformatycznej. Wyniki zostaną zweryfikowane przez amplifikację fragmentów połączeń metodą reakcji łańcuchowej polimerazy (PCR), a następnie sekwencjonowanie Sangera, co pozwoli na lokalizację punktów przerwania na poziomie par zasad. W niektórych skomplikowanych przypadkach eksperyment FISH będzie niezbędny do wyjaśnienia wyników. Następnie druga analiza bioinformatyczna określi charakterystykę punktów przerwania (sekwencja, powtarzające się elementy, gen i elementy regulatorowe). Na koniec dla każdego punktu przerwania zostaną przeprowadzone badania ekspresji genów, w tym genu przerwanego przez punkt przerwania i dwóch sąsiednich genów. Wszystkie te dane wraz z danymi już dostępnymi w literaturze i bazach danych zostaną zintegrowane w celu ustalenia, czy gen może odpowiadać za fenotyp pacjenta, umożliwiając odpowiednie poradnictwo genetyczne.

Ten projekt zidentyfikuje nowe geny kandydujące zaangażowane w ID i anomalie rozwojowe. Przyczyni się również do rozwoju i oceny NGS jako narzędzia diagnostycznego dla ABCR i ID/MCA. Pozwoli to również na poznanie mechanizmów i funkcjonalnych konsekwencji ABCR, w szczególności w zakresie efektu pozycji.

Podsumowując, projekt ANI przyczyni się do poprawy postępowania diagnostycznego i poradnictwa genetycznego pacjentów z ID/MCA i ABCR. Przyczyni się również do zrozumienia fizjopatologii ABCR i odkrycia szlaku zaangażowanego w rozwój i funkcjonowanie mózgu, poprawiając w ten sposób ogólne poradnictwo genetyczne dla pacjentów z ID/MCA.