Translocação Cromossômica Aparentemente Balanceada/ Sequenciamento de Próxima Geração/ Deficiência Intelectual (ANI)

O rearranjo cromossômico aparentemente equilibrado (ABCR) associado a um fenótipo anormal é um evento raro, mas problemático. Ocorre em 6% das translocações recíprocas de novo e em 9% das inversões de novo. O fenótipo anormal, incluindo deficiência intelectual e/ou anomalias congênitas múltiplas (ID/MCA) pode ser explicado por desequilíbrios genômicos crípticos associados detectáveis ​​por array-CGH ou por interrupção do gene no ponto de interrupção. No entanto, a clonagem de ponto de interrupção usando métodos convencionais (ou seja, hibridização fluorescente in situ (FISH), Southern blot) é muitas vezes trabalhosa e demorada e não pode ser realizada rotineiramente. Sem uma investigação completa desses rearranjos, o aconselhamento genético é um verdadeiro desafio. Recentemente, os pesquisadores e outros mostraram que o Sequenciamento de Próxima Geração (NGS) é uma técnica poderosa e rápida para caracterizar pontos de quebra ABCR no nível molecular.

O projeto ANI (ABCR NGS ID) visa caracterizar a nível molecular ABCR em 55 pacientes com deficiência intelectual e/ou múltiplas anomalias congênitas (ID/MCA) usando NGS. Os investigadores formulam a hipótese de que o ABCR é responsável pelo fenótipo do paciente, seja por interrupção do gene ou efeito de posição, uma vez que o desequilíbrio genômico teria sido previamente excluído pela hibridização genômica comparativa (CGH).

O projeto ANI é um estudo de 3 anos que será conduzido por um consórcio de 21 parceiros, incluindo 19 laboratórios de citogenética de hospitais franceses, uma equipe de pesquisa (TIGER) e um centro de biotecnologia celular. Os pacientes serão recrutados por cada laboratório de Citogenética. Pontos de quebra ABCR serão caracterizados molecularmente por NGS e uma primeira análise bio-informática. Os resultados serão verificados pela amplificação dos fragmentos de junção por Reação em Cadeia da Polimerase (PCR) seguida de sequenciamento de Sanger, permitindo a localização de pontos de quebra no nível do par de bases. Em alguns casos complexos, o experimento FISH será necessário para esclarecer os resultados. Uma segunda análise bioinformática determinará as características dos pontos de interrupção (sequência, elementos repetidos, gene e elementos regulatórios). Por fim, para cada breakpoint serão realizados estudos de expressão gênica incluindo o gene interrompido pelo breakpoint e dois genes vizinhos. Todos esses dados, juntamente com os já disponíveis na literatura e bancos de dados, serão integrados para determinar se o gene poderia explicar o fenótipo do paciente, permitindo um aconselhamento genético adequado.

Este projeto identificará novos genes candidatos envolvidos em DI e anomalias de desenvolvimento. Também contribuirá para o desenvolvimento e avaliação do NGS como ferramenta de diagnóstico para ABCR e ID/MCA. Permitirá também desvendar mecanismos e consequências funcionais do ABCR, em particular ao nível do efeito de posição.

Em conclusão, o projeto ANI contribuirá para a melhoria da gestão diagnóstica e aconselhamento genético de pacientes com DI/MCA e ABCR. Contribuirá também para o entendimento da fisiopatologia do ABCR e para o desvendamento de vias envolvidas no desenvolvimento e função cerebral, melhorando assim o aconselhamento genético para pacientes com DI/MCA em geral.