Tilsyneladende afbalanceret kromosomtranslokation/ Næste generations sekvensering/ Intellektuel handicap (ANI)

Tilsyneladende balanceret kromosomomlejring (ABCR) forbundet med en unormal fænotype er en sjælden, men problematisk begivenhed. Det forekommer i 6% af de novo reciproke translokationer og 9% af de novo inversioner. Unormal fænotype, herunder intellektuel funktionsnedsættelse og/eller multiple medfødte anomalier (ID/MCA) kan forklares enten ved associerede kryptiske genomiske ubalancer, der kan påvises af array-CGH eller ved genforstyrrelser ved brudpunktet. Imidlertid er brudpunktkloning ved anvendelse af konventionelle metoder (dvs. fluorescerende in situ hybridisering (FISH), Southern blot) ofte besværligt og tidskrævende og kan ikke udføres rutinemæssigt. Uden fuldstændig undersøgelse af disse omlejringer er genetisk rådgivning en reel udfordring. For nylig viste efterforskerne og andre, at Next-Generation Sequencing (NGS) er en kraftfuld og hurtig teknik til at karakterisere ABCR-brudpunkter på molekylært niveau.

ANI-projektet (ABCR NGS ID) har til formål at karakterisere på molekylært niveau ABCR hos 55 patienter med intellektuelle handicap og/eller multiple medfødte anomalier (ID/MCA) ved brug af NGS. Forskerne fremsætter den hypotese, at ABCR står for patientens fænotype, enten ved genforstyrrelse eller positionseffekt, da genomisk ubalance tidligere ville være blevet udelukket af array-Comparative Genomic Hybridization (CGH).

ANI-projektet er en 3-årig undersøgelse, der vil blive udført af et konsortium af 21 partnere, herunder 19 franske hospitals cytogenetiklaboratorier, et forskerhold (TIGER) og et cellulært bioteknologisk center. Patienter vil blive rekrutteret af hvert Cytogenetics-laboratorium. ABCR-brudpunkter vil blive molekylært karakteriseret ved NGS og en første bio-informatikanalyse. Resultaterne vil blive verificeret ved amplifikation af forbindelsesfragmenter ved polymerasekædereaktion (PCR) efterfulgt af Sanger-sekventering, hvilket muliggør lokalisering af brudpunkter på baseparniveau. I nogle komplekse tilfælde vil FISH eksperiment være nødvendigt for at klarlægge resultaterne. En anden bioinformatikanalyse vil derefter bestemme brudpunkternes karakteristika (sekvens, gentagne elementer, gen og regulatoriske elementer). Endelig vil der for hvert brudpunkt blive udført genekspressionsundersøgelser, herunder genet forstyrret af brudpunktet og to nabogener. Alle disse data, sammen med dem, der allerede er tilgængelige i litteraturen og databaserne, vil blive integreret for at afgøre, om genet kan forklare patientens fænotype, hvilket muliggør en passende genetisk rådgivning.

Dette projekt vil identificere nye kandidatgener involveret i ID og udviklingsmæssige anomalier. Det vil også bidrage til udvikling og evaluering af NGS som et diagnostisk værktøj til ABCR og ID/MCA. Det vil også give mulighed for at optrevle mekanismer og funktionelle konsekvenser af ABCR, især med hensyn til positionseffekt.

Afslutningsvis vil ANI-projektet bidrage til forbedring af diagnostisk ledelse og genetisk rådgivning af patienter med ID/MCA og ABCR. Det vil også bidrage til forståelsen af ​​ABCR-fysiopatologi og til at optrevle vejen involveret i udvikling og hjernefunktion, og dermed forbedre genetisk rådgivning for ID/MCA-patienter generelt.