Translocación cromosómica aparentemente equilibrada/ Secuenciación de próxima generación/ Discapacidad intelectual (ANI)

El reordenamiento cromosómico aparentemente equilibrado (ABCR) asociado con un fenotipo anormal es un evento raro pero problemático. Ocurre en el 6% de las translocaciones recíprocas de novo y en el 9% de las inversiones de novo. El fenotipo anormal, incluida la discapacidad intelectual y/o anomalías congénitas múltiples (ID/MCA), puede explicarse por desequilibrios genómicos crípticos asociados detectables por array-CGH o por alteración del gen en el punto de ruptura. Sin embargo, la clonación de punto de corte utilizando métodos convencionales (es decir, hibridación in situ fluorescente (FISH), transferencia de Southern) suele ser laboriosa y lleva mucho tiempo y no se puede realizar de forma rutinaria. Sin una investigación completa de estos reordenamientos, el asesoramiento genético es un verdadero desafío. Recientemente, los investigadores y otros demostraron que la secuenciación de próxima generación (NGS, por sus siglas en inglés) es una técnica poderosa y rápida para caracterizar los puntos de corte ABCR a nivel molecular.

El proyecto ANI (ABCR NGS ID) tiene como objetivo caracterizar a nivel molecular ABCR en 55 pacientes con discapacidad intelectual y/o anomalías congénitas múltiples (DI/MCA) utilizando NGS. Los investigadores formulan la hipótesis de que ABCR explica el fenotipo del paciente, ya sea por alteración del gen o efecto de posición, ya que el desequilibrio genómico se habría excluido previamente mediante hibridación genómica comparativa de matriz (CGH).

El proyecto ANI es un estudio de 3 años de duración que llevará a cabo un consorcio de 21 socios, incluidos 19 laboratorios de citogenética de hospitales franceses, un equipo de investigación (TIGER) y un centro de biotecnología celular. Los pacientes serán reclutados por cada laboratorio de Citogenética. Los puntos de corte ABCR se caracterizarán molecularmente mediante NGS y un primer análisis bioinformático. Los resultados se verificarán mediante la amplificación de los fragmentos de unión mediante la reacción en cadena de la polimerasa (PCR) seguida de la secuenciación de Sanger, lo que permitirá la localización de puntos de ruptura a nivel de pares de bases. En algunos casos complejos, el experimento FISH será necesario para aclarar los resultados. Luego, un segundo análisis bioinformático determinará las características de los puntos de ruptura (secuencia, elementos repetidos, genes y elementos reguladores). Finalmente, para cada punto de ruptura, se realizarán estudios de expresión génica incluyendo el gen interrumpido por el punto de ruptura y dos genes vecinos. Todos estos datos, junto con los ya disponibles en la literatura y bases de datos, se integrarán para determinar si el gen podría dar cuenta del fenotipo del paciente, permitiendo un adecuado asesoramiento genético.

Este proyecto identificará nuevos genes candidatos implicados en la DI y anomalías del desarrollo. También contribuirá al desarrollo y evaluación de NGS como herramienta de diagnóstico para ABCR e ID/MCA. También permitirá desentrañar los mecanismos y las consecuencias funcionales de ABCR, en particular en términos de efecto de posición.

En conclusión, el proyecto ANI contribuirá a la mejora de la gestión diagnóstica y el consejo genético de los pacientes con DI/MCA y ABCR. También contribuirá a la comprensión de la fisiopatología ABCR y al desentrañamiento de las vías involucradas en el desarrollo y la función cerebral, mejorando así el asesoramiento genético para los pacientes con DI/ACM en general.