- ICH GCP
- Yhdysvaltain kliinisten tutkimusten rekisteri
- Kliininen tutkimus NCT02451761
Näennäisesti tasapainoinen kromosomitranslokaatio / seuraavan sukupolven sekvensointi / älyllinen vamma (ANI)
Näennäisesti tasapainotettujen kromosomien uudelleenjärjestelyjen molekyylikarakterisointi seuraavan sukupolven sekvensoinnilla 55 potilaalla, joilla on kehitysvamma ja/tai useita synnynnäisiä epämuodostumia
Ilmeisesti tasapainoinen kromosomin uudelleenjärjestely (ABCR), joka liittyy epänormaaliin fenotyyppiin, on harvinainen mutta ongelmallinen tapahtuma. Sitä esiintyy 6 %:ssa de novo-käänteistranslokaatioista ja 9 %:ssa de novo -inversioista. Epänormaali fenotyyppi, mukaan lukien älyllinen vamma ja/tai useat synnynnäiset poikkeavuudet (ID/MCA), voidaan selittää joko siihen liittyvillä kryptisillä genomiepätasapainoilla, jotka voidaan havaita array-CGH:lla, tai geenihäiriöllä katkaisupisteessä. Rajoituspisteen kloonaus tavanomaisilla menetelmillä (eli fluoresoiva in situ -hybridisaatio (FISH), Southern blot) on kuitenkin usein työlästä ja aikaa vievää, eikä sitä voida suorittaa rutiininomaisesti. Ilman näiden uudelleenjärjestelyjen täydellistä tutkimista geneettinen neuvonta on todellinen haaste. Äskettäin tutkijat ja muut osoittivat, että Next-Generation Sequencing (NGS) on tehokas ja nopea tekniikka ABCR-rajapisteiden karakterisoimiseksi molekyylitasolla.
ANI-projektin (ABCR NGS ID) tavoitteena on karakterisoida molekyylitason ABCR 55 potilaalla, joilla on kehitysvamma ja/tai useita synnynnäisiä epämuodostumia (ID/MCA) NGS:n avulla. Tutkijat tekevät hypoteesin, että ABCR selittää potilaan fenotyypin joko geenihäiriön tai sijaintivaikutuksen perusteella, koska genominen epätasapaino olisi aiemmin suljettu pois ryhmävertailulla genomihybridisaatiolla (CGH).
ANI-projekti on 3 vuotta kestävä tutkimus, jonka suorittaa 21 kumppanin konsortio, mukaan lukien 19 ranskalaista sairaalan sytogenetiikkalaboratoriota, tutkimusryhmä (TIGER) ja solubioteknologiakeskus. Jokainen sytogenetiikan laboratorio rekrytoi potilaat. ABCR-rajapisteet karakterisoidaan molekulaarisesti NGS:llä ja ensimmäisellä bioinformatiikka-analyysillä. Tulokset varmistetaan monistamalla liitosfragmentteja polymeraasiketjureaktiolla (PCR), jota seuraa Sanger-sekvensointi, mikä mahdollistaa katkaisupisteiden paikallistamisen emäsparitasolla. Joissakin monimutkaisissa tapauksissa FISH-koe on tarpeen tulosten selventämiseksi. Toinen bioinformatiikkaanalyysi määrittää sitten raja-arvojen ominaisuudet (sekvenssi, toistuvat elementit, geeni- ja säätelyelementit). Lopuksi jokaiselle katkaisupisteelle suoritetaan geenin ilmentymistutkimukset, mukaan lukien katkaisupisteen rikkoma geeni ja kaksi naapurigeeniä. Kaikki nämä tiedot sekä kirjallisuudesta ja tietokannoista jo saatavilla olevat tiedot integroidaan sen määrittämiseksi, voisiko geeni selittää potilaan fenotyypin, mikä mahdollistaa asianmukaisen geneettisen neuvonnan.
Tämä projekti tunnistaa uusia ehdokasgeenejä, jotka liittyvät ID- ja kehityshäiriöihin. Se edistää myös NGS:n kehittämistä ja arviointia ABCR:n ja ID/MCA:n diagnostiikkatyökaluna. Se mahdollistaa myös ABCR:n mekanismien ja toiminnallisten seurausten purkamisen, erityisesti asemavaikutuksen kannalta.
Yhteenvetona voidaan todeta, että ANI-projekti edistää diagnostisen hallinnan ja geneettisen neuvonnan parantamista potilailla, joilla on ID/MCA ja ABCR. Se auttaa myös ymmärtämään ABCR-fysiopatologiaa ja selvittämään kehitykseen ja aivojen toimintaan liittyviä polkuja, mikä parantaa ID/MCA-potilaiden geneettistä neuvontaa yleensä.
Tutkimuksen yleiskatsaus
Tila
Interventio / Hoito
Opintotyyppi
Ilmoittautuminen (Todellinen)
Yhteystiedot ja paikat
Opiskelupaikat
-
-
-
Bron, Ranska, 69677
- laboratoire de Cytogénétique Constitutionnelle - Centre de Biologie et Pathologie Est
-
-
Osallistumiskriteerit
Kelpoisuusvaatimukset
Opintokelpoiset iät
Hyväksyy terveitä vapaaehtoisia
Sukupuolet, jotka voivat opiskella
Näytteenottomenetelmä
Tutkimusväestö
Kuvaus
Sisällyttämiskriteerit:
- Epänormaali fenotyyppi: kehitysvamma ja/tai useat synnynnäiset poikkeavuudet.
- Synnytyksen jälkeiset tapaukset
- ABCR diagnosoitu standardinmukaisen karyotyypin mukaan, mukaan lukien käänteinen translokaatio, inversio, insertio ja monimutkainen kromosomin uudelleenjärjestely (CCR).
- uusi ABCR. Perinnöllinen ABCR voidaan ottaa mukaan, jos välittäjällä on myös epänormaali fenotyyppi tai jos uudelleenjärjestelyyn liittyy painettu kromosomi.
- Array-CGH-tulokset ovat normaaleja, mikä tarkoittaa patogeenisen epätasapainon puuttumista. Tuntemattoman merkityksen muunnelman (VOUS) tunnistaminen ei estä sisällyttämistä.
- Potilaan tai hänen laillisen edustajansa tiedot ja kirjallinen suostumus (tieto- ja suostumuslomake saatavilla pyynnöstä).
- Terveysjärjestelmän piirissä
Poissulkemiskriteerit:
- Patogeeninen genominen epätasapaino, jonka osoittaa array-CGH.
- Itsenäisen etiologian tunnistaminen (esim. monogeeninen sairaus, ympäristö,…).
- Kieltäytyminen osallistumasta tutkimukseen
- Paino alle 6 kg
Opintosuunnitelma
Miten tutkimus on suunniteltu?
Suunnittelun yksityiskohdat
- Havaintomallit: Muut
- Aikanäkymät: Tulevaisuuden
Kohortit ja interventiot
Ryhmä/Kohortti |
Interventio / Hoito |
---|---|
Jaksotus
Kaikilta potilailta otetaan verinäytteitä. näille näytteille suoritetaan molekyylianalyysi ja sekvensointi
|
Mitä tutkimuksessa mitataan?
Ensisijaiset tulostoimenpiteet
Tulosmittaus |
Toimenpiteen kuvaus |
Aikaikkuna |
---|---|---|
Ehdokasgeenien ja fenotyypistä vastuussa olevien geenien tunnistaminen häiriintyi katkaisupisteissä
Aikaikkuna: Tutkimuksen lopussa (36 kuukautta)
|
Verinäytteet otetaan sisällyttämisen yhteydessä; analyysi tehdään tutkimuksen lopussa (30-36 kuukauden välillä)
|
Tutkimuksen lopussa (36 kuukautta)
|
Toissijaiset tulostoimenpiteet
Tulosmittaus |
Toimenpiteen kuvaus |
Aikaikkuna |
---|---|---|
Rutiininomaisen bioinformaattisen protokollan kehittäminen NGS:n suorittamaa ABCR-analyysiä varten
Aikaikkuna: Tutkimuksen lopussa (36 kuukautta)
|
Sekä karyotyypin että NGS:n havaitsemien katkaisupisteiden lukumäärän ja pelkän karyotyypin havaitsemien katkaisupisteiden lukumäärän välinen suhde.
|
Tutkimuksen lopussa (36 kuukautta)
|
Niiden potilaiden lukumäärä, joilla on vähintään yksi häiriintynyt geeni
Aikaikkuna: Tutkimuksen lopussa (36 kuukautta)
|
Tämä tulos auttaa meitä vahvistamaan NGS-suorituskyvyn ABCR:n katkaisupisteiden havaitsemisessa.
|
Tutkimuksen lopussa (36 kuukautta)
|
Niiden potilaiden lukumäärä, joille voidaan tehdä diagnoosi
Aikaikkuna: Tutkimuksen lopussa (36 kuukautta)
|
Niiden potilaiden lukumäärä, joille diagnoosi voitaisiin tehdä (vastuullinen geeni) verrattuna potilaiden kokonaismäärään.
Tätä annosta verrataan 10 prosentin viitearvoon yksipuolisella testillä.
Tämä antaa meille mahdollisuuden arvioida seuraavan sukupolven sekvensointistrategiaa kliinisessä kontekstissa (diagnostinen saanto)
|
Tutkimuksen lopussa (36 kuukautta)
|
Yhteistyökumppanit ja tutkijat
Sponsori
Julkaisuja ja hyödyllisiä linkkejä
Hyödyllisiä linkkejä
Opintojen ennätyspäivät
Opi tärkeimmät päivämäärät
Opiskelun aloitus
Ensisijainen valmistuminen (Todellinen)
Opintojen valmistuminen (Todellinen)
Opintoihin ilmoittautumispäivät
Ensimmäinen lähetetty
Ensimmäinen toimitettu, joka täytti QC-kriteerit
Ensimmäinen Lähetetty (Arvio)
Tutkimustietojen päivitykset
Viimeisin päivitys julkaistu (Todellinen)
Viimeisin lähetetty päivitys, joka täytti QC-kriteerit
Viimeksi vahvistettu
Lisää tietoa
Tähän tutkimukseen liittyvät termit
Avainsanat
Muita asiaankuuluvia MeSH-ehtoja
Muut tutkimustunnusnumerot
- 2014.858
Nämä tiedot haettiin suoraan verkkosivustolta clinicaltrials.gov ilman muutoksia. Jos sinulla on pyyntöjä muuttaa, poistaa tai päivittää tutkimustietojasi, ota yhteyttä register@clinicaltrials.gov. Heti kun muutos on otettu käyttöön osoitteessa clinicaltrials.gov, se päivitetään automaattisesti myös verkkosivustollemme .
Kliiniset tutkimukset Synnynnäiset poikkeavuudet
-
QLT Inc.ValmisLCA (Leber Congenital Amaurosis) | RP (Retinitis Pigmentosa)Yhdysvallat, Kanada, Saksa, Alankomaat, Yhdistynyt kuningaskunta
-
Editas Medicine, Inc.ValmisSilmäsairaudet | Verkkokalvon rappeuma | Silmäsairaudet, perinnölliset | Näköhäiriöt | Sokeus | Leber Congenital Amaurosis 10 | Verkkokalvon sairaus | Synnynnäiset silmäsairaudetYhdysvallat, Alankomaat, Ranska, Saksa
-
QLT Inc.ValmisLCA (Leber Congenital Amaurosis) | RP (Retinitis Pigmentosa)Kanada, Yhdysvallat, Saksa, Alankomaat, Yhdistynyt kuningaskunta
-
ProQR TherapeuticsRekrytointiSilmäsairaudet | Neurologiset ilmenemismuodot | Verkkokalvon rappeuma | Verkkokalvon dystrofiat | Sensaatiohäiriöt | Näköhäiriöt | Sokeus | Leberin synnynnäinen amauroosi | Leber Congenital Amaurosis 10 | Verkkokalvon sairaus | Synnynnäiset silmäsairaudetBelgia, Brasilia, Kanada, Saksa, Italia, Alankomaat, Yhdistynyt kuningaskunta
-
ProQR TherapeuticsAktiivinen, ei rekrytointiSilmäsairaudet | Neurologiset ilmenemismuodot | Silmäsairaudet, perinnölliset | Sensaatiohäiriöt | Näköhäiriöt | Sokeus | Leberin synnynnäinen amauroosi | Leber Congenital Amaurosis 10 | Verkkokalvon sairaus | Synnynnäiset silmäsairaudetYhdysvallat, Belgia, Brasilia, Kanada, Ranska, Saksa, Italia, Alankomaat, Yhdistynyt kuningaskunta
-
University of Campania "Luigi Vanvitelli"Retina Italia OnlusValmisLeber Congenital Amaurosis 2 | Pigmentosa retiniitti 20Italia
-
QLT Inc.ValmisLeber Congenital Amaurosis (LCA) | Retinitis Pigmentosa (RP)Yhdysvallat, Kanada, Tanska, Saksa, Alankomaat, Sveitsi, Yhdistynyt kuningaskunta
-
MeiraGTx UK II LtdSyne Qua Non LimitedValmisSilmäsairaudet | Verkkokalvon sairaudet | Silmäsairaudet, perinnölliset | Leber Congenital Amaurosis (LCA)Yhdysvallat, Yhdistynyt kuningaskunta
-
ProQR TherapeuticsLopetettuSilmäsairaudet | Neurologiset ilmenemismuodot | Silmäsairaudet, perinnölliset | Sensaatiohäiriöt | Näköhäiriöt | Sokeus | Leberin synnynnäinen amauroosi | Leber Congenital Amaurosis 10 | Verkkokalvon sairaus | Synnynnäiset silmäsairaudetYhdysvallat, Belgia
-
Editas Medicine, Inc.Aktiivinen, ei rekrytointiVerkkokalvon rappeuma | Silmäsairaudet, perinnölliset | Näköhäiriöt | Leber Congenital Amaurosis 10 | Perinnölliset verkkokalvon dystrofiat | Verkkokalvon sairaus | Synnynnäiset silmäsairaudetYhdysvallat
Kliiniset tutkimukset Verinäytteenotto
-
Milton S. Hershey Medical CenterRekrytointiKohdunkaulan syövän seulontaYhdysvallat
-
Milton S. Hershey Medical CenterValmis
-
The University of Texas Health Science Center,...National Center for Advancing Translational Sciences (NCATS)Ei vielä rekrytointia
-
Baylor College of MedicineNational Institute on Minority Health and Health Disparities (NIMHD)Ilmoittautuminen kutsustaKohdunkaulansyöpä | Ihmisen papilloomavirusinfektioYhdysvallat
-
Hygeia Touch Inc.ValmisIhmisen papilloomavirusinfektio | Emätinvuoto | Itsenäinen näytteenottoTaiwan
-
Wake Forest University Health SciencesBrookdale University Hospital Medical Center; Atrium Health Levine Cancer...Ei vielä rekrytointia
-
University of MiamiRekrytointi
-
Clinical Genomics PathologyValmisPeräsuolen syöpäYhdysvallat
-
Children's Hospital Los AngelesRekrytointiLasten kiinteä kasvain, määrittelemätön, protokollakohtainenYhdysvallat
-
Anthony MaglioccoMontefiore Medical Center; University of Saskatchewan; DHR Health Institute... ja muut yhteistyökumppanitRekrytointi