Traslocazione cromosomica apparentemente bilanciata/Sequenziamento di nuova generazione/Disabilità intellettiva (ANI)

Il riarrangiamento cromosomico apparentemente bilanciato (ABCR) associato a un fenotipo anormale è un evento raro ma problematico. Si verifica nel 6% delle traslocazioni reciproche de novo e nel 9% delle inversioni de novo. Il fenotipo anormale, inclusa la disabilità intellettiva e/o anomalie congenite multiple (ID/MCA) può essere spiegato sia da squilibri genomici criptici associati rilevabili dall'array-CGH o dall'interruzione del gene al punto di interruzione. Tuttavia, la clonazione del punto di interruzione utilizzando metodi convenzionali (ad es. Ibridazione in situ fluorescente (FISH), Southern blot) è spesso laboriosa e richiede tempo e non può essere eseguita di routine. Senza un'indagine completa su questi riarrangiamenti, la consulenza genetica è una vera sfida. Recentemente, i ricercatori e altri hanno dimostrato che il sequenziamento di nuova generazione (NGS) è una tecnica potente e rapida per caratterizzare i breakpoint ABCR a livello molecolare.

Il progetto ANI (ABCR NGS ID) mira a caratterizzare a livello molecolare l'ABCR in 55 pazienti che presentano disabilità intellettiva e/o anomalie congenite multiple (ID/MCA) mediante NGS. I ricercatori ipotizzano che l'ABCR rappresenti il ​​fenotipo del paziente, sia per interruzione genica che per effetto di posizione, poiché lo squilibrio genomico sarebbe stato precedentemente escluso dall'ibridazione genomica comparativa (CGH) dell'array.

Il progetto ANI è uno studio della durata di 3 anni che sarà condotto da un consorzio di 21 partner, tra cui 19 laboratori di citogenetica ospedalieri francesi, un gruppo di ricerca (TIGER) e un centro di biotecnologia cellulare. I pazienti saranno reclutati da ciascun laboratorio di citogenetica. I breakpoint ABCR saranno caratterizzati molecolarmente mediante NGS e una prima analisi bioinformatica. I risultati saranno verificati mediante amplificazione dei frammenti di giunzione mediante reazione a catena della polimerasi (PCR) seguita da sequenziamento di Sanger, consentendo la localizzazione dei breakpoint a livello di coppia di basi. In alcuni casi complessi, l'esperimento FISH sarà necessario per chiarire i risultati. Una seconda analisi bioinformatica determinerà poi le caratteristiche dei breakpoint (sequenza, elementi ripetuti, geni ed elementi regolatori). Infine, per ogni punto di rottura, verranno eseguiti studi di espressione genica includendo il gene distrutto dal punto di rottura e due geni vicini. Tutti questi dati, insieme a quelli già disponibili in letteratura e nei database, saranno integrati per determinare se il gene possa spiegare il fenotipo del paziente, consentendo un'adeguata consulenza genetica.

Questo progetto identificherà nuovi geni candidati coinvolti nell'ID e nelle anomalie dello sviluppo. Contribuirà inoltre allo sviluppo e alla valutazione di NGS come strumento diagnostico per ABCR e ID/MCA. Consentirà inoltre di svelare i meccanismi e le conseguenze funzionali dell'ABCR, in particolare in termini di effetto posizione.

In conclusione, il progetto ANI contribuirà al miglioramento della gestione diagnostica e della consulenza genetica dei pazienti con ID/MCA e ABCR. Contribuirà anche alla comprensione della fisiopatologia dell'ABCR e allo sbrogliamento del percorso coinvolto nello sviluppo e nella funzione cerebrale, migliorando così la consulenza genetica per i pazienti ID/MCA in generale.