Rady Children's Institute ゲノムバイオレポジトリ
Genomic Biorepository: 生物学的サンプル、ゲノムおよび臨床データの収集、保管、分析、および配布のためのプロトコル
Rady Children's Institute for Genomic Medicine (RCI) は、生物学的サンプル (血液など)、派生ゲノム配列 (DNA および RNA から)、および臨床的特徴を、将来の研究のための標準化されたリソースとしてバイオレポジトリに収集します。 Genomic Institute Biorepository の目的は、ゲノムの原因と小児疾患の治療に関連する基礎研究と臨床研究のために、同意を得たサンプルとデータを提供することです。診断または臨床上の決定。
さらに、バイオレポジトリは、遺伝病の診断を行うためのメカニズムを提供します。 つまり、ゲノム配列が生物学的サンプルから得られると、それらはすぐに分析されます。 罹患した子供の臨床的特徴を説明するように見える遺伝病が特定された場合、それらの結果は医学的に認められた基準によって確認され、電子健康記録に記録されます。
調査の概要
詳細な説明
RCIは、生物学的サンプル(血液など)、派生ゲノム配列(DNAおよびRNAから)、および臨床的特徴を、将来の研究研究のための標準化されたリソースとしてバイオレポジトリに収集します。 Genomics Institute Biorepository の目的は、ゲノムの原因と小児疾患の治療に関連する基礎研究と臨床研究のために、同意を得たサンプルとデータを提供することです。診断または臨床的決定。
生物学的サンプルと臨床データの多様なバイオレポジトリは、これらの研究が広範かつ詳細な比較を行うために不可欠です。 特に、大規模なバイオレポジトリにより、研究所に所属する研究者は、サンディエゴのラディ小児病院 (RCHSD) がサービスを提供している、十分に研究されていない多くの民族および人種グループにおいて、疾患または治療反応の新しい原因を特定できるようになります。
具体的には、バイオレポジトリは、その後の個々の研究プロトコルを介して、登録された被験者およびその後のすべての罹患患者の臨床診断率を改善し、患者に提供される検査機能を改善し、疾患および治療反応のメカニズムの理解を高め、臨床を改善するための研究を可能にします。これらの病気の管理。 バイオレポジトリは、影響を受けたサンプルの病気または治療の根本的な原因を特定するための分析と比較の目的で、影響を受けている個人と影響を受けていない個人と家族、または影響を受けている組織と影響を受けていない組織を登録します。 サンプルとデータは無期限に保存され、承認された研究者と共有され、小児疾患のゲノム要素の理解が深まります。
さらに、バイオレポジトリは、遺伝病の診断を行うためのメカニズムを提供します。 つまり、ゲノム配列が生物学的サンプルから得られると、それらはすぐに分析されます。 罹患した子供の臨床的特徴を説明するように見える遺伝性疾患が特定された場合、それらの結果は、臨床検査改善法 (CLIA) および米国病理学会 (CAP) の推奨事項に準拠した方法で確認され、電子カルテ (EHR)。 CLIA および CAP メソッドによって確認されたサンプルは、そのように識別され、将来の確認調査のために保持されます。
具体的な目的
- 生物学的サンプルと関連する臨床データ (Phenome) を収集します。
- 生物学的サンプルからゲノムデータを作成、分析、保存する。 ゲノム データには、ゲノム (DNA) 配列、RNA 配列、および/またはその他の関連するオミクス データ (ファーマコゲノミクス、トランスクリプトミクス、エピジェネティクス、およびマイクロバイオームを含む) が含まれます。 一部のゲノム データは、全ゲノム シーケンスになります。 他のサンプルのゲノム データは、特定の遺伝子または遺伝子のすべてのエクソン (「エクソーム」) のパネルになります。
- ゲノミクス技術とソフトウェアを調査および改善して、小児疾患と治療反応に関連する理解と検査能力を高める。
- 資格のある研究者や共同研究者が標本やデータを利用できるようにして、小児疾患と治療反応の理解を深めること。
- 多種多様な集団および臨床症状からゲノムデータを収集し、関連付けるため。
- 均一な同意を得たサンプルとデータの収集、取得方法、ゲノムベースの調査研究のための保管、およびその後の IRB の承認を提供すること。
- 新しい研究技術を使用して、臨床的に確認されたゲノム診断と治療ガイダンスを分析および報告する。
- 新しい遺伝子と病気のプロセスを特定し、研究すること。
治験責任医師は、年間 3000 人の被験者を登録する予定です。 インフォームドコンセントの後、研究チームは家族歴と血液サンプルを収集します。 治験責任医師は、登録時および長期的に医療記録から臨床情報を収集して、被験者の病状の変化を評価し、新しい症状を収集します。 研究チームは、臨床症状および将来の研究試験のために、臨床手順から得られた組織およびその他の生物学的材料を清掃します。
研究の種類
入学 (予想される)
段階
- 適用できない
連絡先と場所
研究連絡先
- 名前:Dominic Baun, MBS
- 電話番号:228491 858-576-1700
- メール:jbaun@rchsd.org
研究連絡先のバックアップ
- 名前:Lauren Olsen, MSN
- 電話番号:228456 858-576-1700
- メール:lolsen1@rchsd.org
研究場所
-
-
California
-
San Diego、California、アメリカ、92123
- 募集
- Rady Pediatric Genomics & Systems Medicine Institute
-
コンタクト:
- Dominic Baun, MBS
- 電話番号:228491 858-576-1700
- メール:jbaun@rchsd.org
-
コンタクト:
- Lauren Olsen, MSN
- 電話番号:228456 858-576-1700
- メール:lolsen1@rchsd.org
-
-
参加基準
適格基準
就学可能な年齢
- 子
- 大人
- 高齢者
健康ボランティアの受け入れ
受講資格のある性別
説明
包含基準:
- 年齢、人種、性別、民族、健康状態は問いません。 登録には、妊娠中の女性、新生児、胎児、認知障害のある人、小児患者、マイノリティ、および従業員など、脆弱な集団が含まれます。
除外基準:
- なし
研究計画
研究はどのように設計されていますか?
デザインの詳細
- 主な目的:ヘルスサービス研究
- 割り当て:なし
- 介入モデル:単一グループの割り当て
- マスキング:なし(オープンラベル)
武器と介入
参加者グループ / アーム |
介入・治療 |
|---|---|
|
実験的:入学者
小児ゲノムバイオレポジトリのサンプルとデータを収集するための健康な被験者と罹患した被験者の登録。
データには、ゲノム配列決定とその結果の分子診断結果が含まれます (存在する場合)。
|
サンプルは、小児ゲノムバイオレポジトリに保存されます。
サンプルのサブセットは、遺伝子/ゲノム分析を受けます。
他の名前:
|
この研究は何を測定していますか?
主要な結果の測定
結果測定 |
メジャーの説明 |
時間枠 |
|---|---|---|
|
年間登録サンプル数
時間枠:40年と推定される研究完了まで毎年
|
小児集団におけるゲノム/精密医療用のバイオレポジトリの確立。
これにより、まれな遺伝性疾患、スクリーニング方法、診断方法、その他の「オミクス」、および可能な治療法のベンチ研究を研究するためのサンプルが利用可能になります。
|
40年と推定される研究完了まで毎年
|
二次結果の測定
結果測定 |
メジャーの説明 |
時間枠 |
|---|---|---|
|
分子診断を受けた子供の割合
時間枠:40年と推定される研究完了まで
|
最先端のテクノロジーを活用して、希少な遺伝性疾患の診断率と診断までの時間を改善します。
症状に応じた臨床結果の返却と臨床的有用性の分析。
|
40年と推定される研究完了まで
|
|
分子診断を受けるまでの時間
時間枠:登録日から、文書化された臨床検査診断の日または何らかの原因による死亡日までのいずれか早い方で、最長 10 年間評価されます。
|
登録日から、文書化された臨床検査診断の日または何らかの原因による死亡日までのいずれか早い方で、最長 10 年間評価されます。
|
|
|
ヒト表現型オントロジー(HPO)用語が分子診断を正確に予測する子供の割合
時間枠:40年と推定される研究完了まで
|
40年と推定される研究完了まで
|
協力者と研究者
捜査官
- 主任研究者:Stephen Kingsmore, MD, MSc、Rady Pediatric Genomics & Systems Medicine Institute
出版物と役立つリンク
一般刊行物
- Briggs B, James KN, Chowdhury S, Thornburg C, Farnaes L, Dimmock D, Kingsmore SF; RCIGM Investigators. Novel Factor XIII variant identified through whole-genome sequencing in a child with intracranial hemorrhage. Cold Spring Harb Mol Case Stud. 2018 Dec 17;4(6). pii: a003525. doi: 10.1101/mcs.a003525. Print 2018 Dec.
- Clark MM, Hildreth A, Batalov S, Ding Y, Chowdhury S, Watkins K, Ellsworth K, Camp B, Kint CI, Yacoubian C, Farnaes L, Bainbridge MN, Beebe C, Braun JJA, Bray M, Carroll J, Cakici JA, Caylor SA, Clarke C, Creed MP, Friedman J, Frith A, Gain R, Gaughran M, George S, Gilmer S, Gleeson J, Gore J, Grunenwald H, Hovey RL, Janes ML, Lin K, McDonagh PD, McBride K, Mulrooney P, Nahas S, Oh D, Oriol A, Puckett L, Rady Z, Reese MG, Ryu J, Salz L, Sanford E, Stewart L, Sweeney N, Tokita M, Van Der Kraan L, White S, Wigby K, Williams B, Wong T, Wright MS, Yamada C, Schols P, Reynders J, Hall K, Dimmock D, Veeraraghavan N, Defay T, Kingsmore SF. Diagnosis of genetic diseases in seriously ill children by rapid whole-genome sequencing and automated phenotyping and interpretation. Sci Transl Med. 2019 Apr 24;11(489):eaat6177. doi: 10.1126/scitranslmed.aat6177.
- Friedman J, Smith DE, Issa MY, Stanley V, Wang R, Mendes MI, Wright MS, Wigby K, Hildreth A, Crawford JR, Koehler AE, Chowdhury S, Nahas S, Zhai L, Xu Z, Lo WS, James KN, Musaev D, Accogli A, Guerrero K, Tran LT, Omar TEI, Ben-Omran T, Dimmock D, Kingsmore SF, Salomons GS, Zaki MS, Bernard G, Gleeson JG. Biallelic mutations in valyl-tRNA synthetase gene VARS are associated with a progressive neurodevelopmental epileptic encephalopathy. Nat Commun. 2019 Feb 12;10(1):707. doi: 10.1038/s41467-018-07067-3.
- Kadakia S, Farnaes L, Dimmock D, Chowdhury S, Ding Y, Anderson EJ, Kingsmore S, Newfield RS. Diagnosis and treatment of a boy with IPEX syndrome presenting with diabetes in early infancy. Clin Case Rep. 2019 Sep 27;7(11):2123-2127. doi: 10.1002/ccr3.2438. eCollection 2019 Nov.
- Laurenzano SE, McFall C, Nguyen L, Savla D, Coufal NG, Wright MS, Tokita M, Dimmock D, Kingsmore SF, Newfield RS. Neonatal diabetes mellitus due to a novel variant in the INS gene. Cold Spring Harb Mol Case Stud. 2019 Aug 1;5(4):a004085. doi: 10.1101/mcs.a004085. Print 2019 Aug.
- Sanford EF, Clark MM, Farnaes L, Williams MR, Perry JC, Ingulli EG, Sweeney NM, Doshi A, Gold JJ, Briggs B, Bainbridge MN, Feddock M, Watkins K, Chowdhury S, Nahas SA, Dimmock DP, Kingsmore SF, Coufal NG; RCIGM Investigators. Rapid Whole Genome Sequencing Has Clinical Utility in Children in the PICU. Pediatr Crit Care Med. 2019 Nov;20(11):1007-1020. doi: 10.1097/PCC.0000000000002056.
- Tokita MJ, Nahas S, Briggs B, Malicki DM, Mesirov JP, Reyes IAC, Farnaes L, Levy ML, Kingsmore SF, Dimmock D, Crawford JR, Wechsler-Reya RJ. Biallelic loss of GNAS in a patient with pediatric medulloblastoma. Cold Spring Harb Mol Case Stud. 2019 Oct 23;5(5):a004572. doi: 10.1101/mcs.a004572. Print 2019 Oct.
研究記録日
主要日程の研究
研究開始 (実際)
一次修了 (予想される)
研究の完了 (予想される)
試験登録日
最初に提出
QC基準を満たした最初の提出物
最初の投稿 (見積もり)
学習記録の更新
投稿された最後の更新 (見積もり)
QC基準を満たした最後の更新が送信されました
最終確認日
詳しくは
この情報は、Web サイト clinicaltrials.gov から変更なしで直接取得したものです。研究の詳細を変更、削除、または更新するリクエストがある場合は、register@clinicaltrials.gov。 までご連絡ください。 clinicaltrials.gov に変更が加えられるとすぐに、ウェブサイトでも自動的に更新されます。