- ICH GCP
- Registr klinických studií v USA
- Klinická studie NCT02917460
Genomické biorepozitář Dětského ústavu Rady
Genomic Biorepository: Protokol pro sběr, skladování, analýzu a distribuci biologických vzorků, genomických a klinických dat
Rady dětského institutu pro genomickou medicínu (RCI) bude shromažďovat biologické vzorky (jako je krev), odvozené genomové sekvence (z DNA a RNA) a klinické rysy v biorepozitáři jako standardizovaný zdroj pro budoucí výzkumné studie. Účelem Biorepository Genomic Institute je poskytovat schválené vzorky a data pro základní a klinický výzkum související s genomickou příčinou a léčbou dětských nemocí a v budoucnu jako referenční data (kontrola kvality) pro zlepšení schopnosti provádět klinické diagnózy nebo klinických rozhodnutí.
Biorepozitář navíc poskytne mechanismus pro stanovení diagnózy genetického onemocnění. To znamená, že jakmile byly genomové sekvence odvozeny z biologických vzorků, budou okamžitě analyzovány. Pokud je identifikováno genetické onemocnění, které zřejmě vysvětluje klinické rysy postiženého dítěte, pak budou tyto výsledky potvrzeny lékařsky uznávaným standardem a umístěny do elektronického zdravotního záznamu.
Přehled studie
Postavení
Podmínky
Detailní popis
RCI bude shromažďovat biologické vzorky (jako je krev), odvozené genomové sekvence (z DNA a RNA) a klinické rysy v Biorepository jako standardizovaný zdroj pro budoucí výzkumné studie. Účelem Biorepository Genomics Institute je poskytovat schválené vzorky a data pro základní a klinický výzkum související s genomickou příčinou a léčbou dětských nemocí a v budoucnu jako referenční data (kontrola kvality) pro zlepšení schopnosti provádět klinické diagnózy nebo klinického rozhodnutí.
Rozmanitá bioúložiště biologických vzorků a klinických dat je nezbytná k tomu, aby tyto studie mohly provádět široká a podrobná srovnání. Zejména velké bioúložiště umožní výzkumníkům přidruženým k institutu identifikovat nové příčiny nemocí nebo léčebné reakce v mnoha málo prostudovaných etnických a rasových skupinách, kterým slouží dětská nemocnice Rady v San Diegu (RCHSD).
Konkrétně Biorepository, prostřednictvím následných individuálních výzkumných protokolů, umožní výzkum ke zlepšení míry klinických diagnóz u zapsaných subjektů a následně všech postižených pacientů, zlepší možnosti testování nabízené pacientům, zlepší porozumění mechanismům onemocnění a léčebných reakcí a zlepší klinické zvládnutí těchto onemocnění. Biorepository zaregistruje postižené a nepostižené jedince a členy rodiny nebo postižené a nepostižené tkáně pro účely analýzy a srovnání za účelem identifikace základní příčiny onemocnění nebo léčby v postižených vzorcích. Vzorky a data budou uchovávány na dobu neurčitou a sdíleny se schválenými výzkumníky, aby bylo možné lépe porozumět genomovým složkám dětských onemocnění.
Biorepozitář navíc poskytne mechanismus pro stanovení diagnózy genetického onemocnění. To znamená, že jakmile byly genomové sekvence odvozeny z biologických vzorků, budou okamžitě analyzovány. Pokud je identifikováno genetické onemocnění, které zřejmě vysvětluje klinické rysy postiženého dítěte, pak budou tyto výsledky potvrzeny způsobem, který je v souladu s doporučeními zákona o zlepšení klinických laboratoří (CLIA) a College of American Pathologist (CAP), a budou umístěny do elektronický zdravotní záznam (EHR). Vzorky potvrzené metodami CLIA a CAP budou jako takové identifikovány a uchovány pro budoucí potvrzující vyšetření.
Specifické cíle
- Sbírat biologické vzorky a související klinická data (fenom).
- Vytvářet, analyzovat a uchovávat genomická data z biologických vzorků. Genomická data budou zahrnovat genomové (DNA) sekvence, RNA sekvence a/nebo další související 'omická data (včetně farmakogenomiky, transkriptomiky, epigenetiky a mikrobiomu). Některá genomická data budou sekvencemi celého genomu. Pro ostatní vzorky budou genomickými daty panely specifických genů nebo všech exonů genů ("Exom").
- Zkoumat a zlepšovat genomické technologie a software za účelem zlepšení porozumění a testování schopností souvisejících s dětskými nemocemi a léčebnými reakcemi.
- Zpřístupnit vzorky a data kvalifikovaným výzkumníkům a spolupracovníkům za účelem dalšího porozumění dětským nemocem a léčebným reakcím.
- Shromažďovat a korelovat genomická data ze široké škály populací a klinických prezentací.
- Poskytnout sběr vzorků a dat s jednotným souhlasem, způsoby získávání, uchovávání pro výzkumné studie založené na genomu s následným schválením IRB.
- Analyzovat a hlásit klinicky potvrzené genomické diagnózy a vedení léčby pomocí nových výzkumných technologií.
- Identifikovat a studovat nové genové a chorobné procesy.
Zkoušející plánuje zapsat 3000 subjektů ročně. Po informovaném souhlasu shromáždí studijní tým rodinnou anamnézu a vzorky krve. Zkoušející bude shromažďovat klinické informace z lékařského záznamu v době zařazování a dlouhodobě, aby vyhodnotil změny ve zdravotním stavu subjektu a také shromáždil nové symptomy. Studijní tým bude čistit tkáň a další biologické materiály získané z klinických postupů podle klinické prezentace a pro budoucí výzkumné testování.
Typ studie
Zápis (Očekávaný)
Fáze
- Nelze použít
Kontakty a umístění
Studijní kontakt
- Jméno: Dominic Baun, MBS
- Telefonní číslo: 228491 858-576-1700
- E-mail: jbaun@rchsd.org
Studijní záloha kontaktů
- Jméno: Lauren Olsen, MSN
- Telefonní číslo: 228456 858-576-1700
- E-mail: lolsen1@rchsd.org
Studijní místa
-
-
California
-
San Diego, California, Spojené státy, 92123
- Nábor
- Rady Pediatric Genomics & Systems Medicine Institute
-
Kontakt:
- Dominic Baun, MBS
- Telefonní číslo: 228491 858-576-1700
- E-mail: jbaun@rchsd.org
-
Kontakt:
- Lauren Olsen, MSN
- Telefonní číslo: 228456 858-576-1700
- E-mail: lolsen1@rchsd.org
-
-
Kritéria účasti
Kritéria způsobilosti
Věk způsobilý ke studiu
- Dítě
- Dospělý
- Starší dospělý
Přijímá zdravé dobrovolníky
Pohlaví způsobilá ke studiu
Popis
Kritéria pro zařazení:
- Všechny věkové kategorie, rasy, pohlaví, etnika a zdravotní stav se mohou zúčastnit. Zápis bude zahrnovat následující zranitelné skupiny obyvatel: těhotné ženy, novorozenci, plody, osoby s kognitivním postižením, dětští pacienti, menšiny a zaměstnanci.
Kritéria vyloučení:
- Žádný
Studijní plán
Jak je studie koncipována?
Detaily designu
- Primární účel: Výzkum zdravotnických služeb
- Přidělení: N/A
- Intervenční model: Přiřazení jedné skupiny
- Maskování: Žádné (otevřený štítek)
Zbraně a zásahy
Skupina účastníků / Arm |
Intervence / Léčba |
|---|---|
|
Experimentální: Zapsané osoby
Zápis zdravých a postižených subjektů ke sběru vzorků a dat pro pediatrický genomický biorepozitář.
Data zahrnují genomové sekvenování a výsledné výsledky molekulární diagnostiky, pokud existují.
|
Vzorky budou uloženy v dětském genomickém biorepozitáři.
Podskupina vzorků bude podrobena genetické/genomické analýze.
Ostatní jména:
|
Co je měření studie?
Primární výstupní opatření
Měření výsledku |
Popis opatření |
Časové okno |
|---|---|---|
|
Počet vzorků zapsaných za rok
Časové okno: Roční dokončení studia se odhaduje na 40 let
|
Zřízení biorepozitáře pro použití genomické/přesné medicíny u pediatrické populace.
To zpřístupní vzorky pro studium vzácných genetických poruch, screeningových metod, diagnostických metod, dalších „omik“ a laboratorního výzkumu možné léčby.
|
Roční dokončení studia se odhaduje na 40 let
|
Sekundární výstupní opatření
Měření výsledku |
Popis opatření |
Časové okno |
|---|---|---|
|
Podíl dětí s molekulárními diagnózami
Časové okno: Po dokončení studia se odhaduje na 40 let
|
Využijte nejmodernější technologie ke zlepšení diagnostických rychlostí a doby do diagnózy vzácných genetických onemocnění.
Symptomem řízený návrat klinických výsledků a analýza klinické užitečnosti.
|
Po dokončení studia se odhaduje na 40 let
|
|
Čas potřebný k přijetí molekulární diagnózy
Časové okno: Od data zařazení do studie do data doložené klinické laboratorní diagnózy nebo data úmrtí z jakékoli příčiny, podle toho, co nastane dříve, hodnoceno až 10 let.
|
Od data zařazení do studie do data doložené klinické laboratorní diagnózy nebo data úmrtí z jakékoli příčiny, podle toho, co nastane dříve, hodnoceno až 10 let.
|
|
|
Podíl dětí, u kterých termíny lidské fenotypové ontologie (HPO) přesně predikují molekulární diagnózu
Časové okno: Po dokončení studia se odhaduje na 40 let
|
Po dokončení studia se odhaduje na 40 let
|
Spolupracovníci a vyšetřovatelé
Vyšetřovatelé
- Vrchní vyšetřovatel: Stephen Kingsmore, MD, MSc, Rady Pediatric Genomics & Systems Medicine Institute
Publikace a užitečné odkazy
Obecné publikace
- Briggs B, James KN, Chowdhury S, Thornburg C, Farnaes L, Dimmock D, Kingsmore SF; RCIGM Investigators. Novel Factor XIII variant identified through whole-genome sequencing in a child with intracranial hemorrhage. Cold Spring Harb Mol Case Stud. 2018 Dec 17;4(6). pii: a003525. doi: 10.1101/mcs.a003525. Print 2018 Dec.
- Clark MM, Hildreth A, Batalov S, Ding Y, Chowdhury S, Watkins K, Ellsworth K, Camp B, Kint CI, Yacoubian C, Farnaes L, Bainbridge MN, Beebe C, Braun JJA, Bray M, Carroll J, Cakici JA, Caylor SA, Clarke C, Creed MP, Friedman J, Frith A, Gain R, Gaughran M, George S, Gilmer S, Gleeson J, Gore J, Grunenwald H, Hovey RL, Janes ML, Lin K, McDonagh PD, McBride K, Mulrooney P, Nahas S, Oh D, Oriol A, Puckett L, Rady Z, Reese MG, Ryu J, Salz L, Sanford E, Stewart L, Sweeney N, Tokita M, Van Der Kraan L, White S, Wigby K, Williams B, Wong T, Wright MS, Yamada C, Schols P, Reynders J, Hall K, Dimmock D, Veeraraghavan N, Defay T, Kingsmore SF. Diagnosis of genetic diseases in seriously ill children by rapid whole-genome sequencing and automated phenotyping and interpretation. Sci Transl Med. 2019 Apr 24;11(489):eaat6177. doi: 10.1126/scitranslmed.aat6177.
- Friedman J, Smith DE, Issa MY, Stanley V, Wang R, Mendes MI, Wright MS, Wigby K, Hildreth A, Crawford JR, Koehler AE, Chowdhury S, Nahas S, Zhai L, Xu Z, Lo WS, James KN, Musaev D, Accogli A, Guerrero K, Tran LT, Omar TEI, Ben-Omran T, Dimmock D, Kingsmore SF, Salomons GS, Zaki MS, Bernard G, Gleeson JG. Biallelic mutations in valyl-tRNA synthetase gene VARS are associated with a progressive neurodevelopmental epileptic encephalopathy. Nat Commun. 2019 Feb 12;10(1):707. doi: 10.1038/s41467-018-07067-3.
- Kadakia S, Farnaes L, Dimmock D, Chowdhury S, Ding Y, Anderson EJ, Kingsmore S, Newfield RS. Diagnosis and treatment of a boy with IPEX syndrome presenting with diabetes in early infancy. Clin Case Rep. 2019 Sep 27;7(11):2123-2127. doi: 10.1002/ccr3.2438. eCollection 2019 Nov.
- Laurenzano SE, McFall C, Nguyen L, Savla D, Coufal NG, Wright MS, Tokita M, Dimmock D, Kingsmore SF, Newfield RS. Neonatal diabetes mellitus due to a novel variant in the INS gene. Cold Spring Harb Mol Case Stud. 2019 Aug 1;5(4):a004085. doi: 10.1101/mcs.a004085. Print 2019 Aug.
- Sanford EF, Clark MM, Farnaes L, Williams MR, Perry JC, Ingulli EG, Sweeney NM, Doshi A, Gold JJ, Briggs B, Bainbridge MN, Feddock M, Watkins K, Chowdhury S, Nahas SA, Dimmock DP, Kingsmore SF, Coufal NG; RCIGM Investigators. Rapid Whole Genome Sequencing Has Clinical Utility in Children in the PICU. Pediatr Crit Care Med. 2019 Nov;20(11):1007-1020. doi: 10.1097/PCC.0000000000002056.
- Tokita MJ, Nahas S, Briggs B, Malicki DM, Mesirov JP, Reyes IAC, Farnaes L, Levy ML, Kingsmore SF, Dimmock D, Crawford JR, Wechsler-Reya RJ. Biallelic loss of GNAS in a patient with pediatric medulloblastoma. Cold Spring Harb Mol Case Stud. 2019 Oct 23;5(5):a004572. doi: 10.1101/mcs.a004572. Print 2019 Oct.
Termíny studijních záznamů
Hlavní termíny studia
Začátek studia (Aktuální)
Primární dokončení (Očekávaný)
Dokončení studie (Očekávaný)
Termíny zápisu do studia
První předloženo
První předloženo, které splnilo kritéria kontroly kvality
První zveřejněno (Odhad)
Aktualizace studijních záznamů
Poslední zveřejněná aktualizace (Odhad)
Odeslaná poslední aktualizace, která splnila kritéria kontroly kvality
Naposledy ověřeno
Více informací
Termíny související s touto studií
Klíčová slova
Další relevantní podmínky MeSH
Další identifikační čísla studie
- 160468
Plán pro data jednotlivých účastníků (IPD)
Plánujete sdílet data jednotlivých účastníků (IPD)?
Popis plánu IPD
Tyto informace byly beze změn načteny přímo z webu clinicaltrials.gov. Máte-li jakékoli požadavky na změnu, odstranění nebo aktualizaci podrobností studie, kontaktujte prosím register@clinicaltrials.gov. Jakmile bude změna implementována na clinicaltrials.gov, bude automaticky aktualizována i na našem webu .