- ICH GCP
- Registro de ensayos clínicos de EE. UU.
- Ensayo clínico NCT02917460
Biorrepositorio genómico del Rady Children's Institute
Biorepositorio Genómico: Protocolo para la Recolección, Almacenamiento, Análisis y Distribución de Muestras Biológicas, Datos Genómicos y Clínicos
El Rady Children's Institute for Genomic Medicine (RCI) recolectará muestras biológicas (como sangre), secuencias genómicas derivadas (de ADN y ARN) y características clínicas en un Biorepositorio como un recurso estandarizado para futuros estudios de investigación. El propósito del Biorepositorio del Instituto Genómico es proporcionar muestras y datos autorizados para la investigación básica y clínica relacionada con la causa genómica y el tratamiento de enfermedades infantiles y, en el futuro, como datos de referencia (control de calidad) para mejorar la capacidad de hacer pruebas clínicas. diagnósticos o decisiones clínicas.
Además, el Biorepositorio proporcionará un mecanismo para realizar un diagnóstico de una enfermedad genética. Es decir, una vez que las secuencias genómicas se hayan derivado de muestras biológicas, se analizarán inmediatamente. Si se identifica una enfermedad genética que parece explicar las características clínicas de un niño afectado, esos resultados serán confirmados por el estándar médicamente aceptado y se colocarán en el registro de salud electrónico.
Descripción general del estudio
Estado
Condiciones
Intervención / Tratamiento
Descripción detallada
RCI recolectará muestras biológicas (como sangre), secuencias genómicas derivadas (de ADN y ARN) y características clínicas en un Biorepositorio como un recurso estandarizado para futuros estudios de investigación. El propósito del Biorepositorio del Instituto de Genómica es proporcionar muestras y datos autorizados para la investigación básica y clínica relacionada con la causa genómica y el tratamiento de enfermedades infantiles y, en el futuro, como datos de referencia (Control de calidad) para mejorar la capacidad de hacer pruebas clínicas. diagnósticos o decisión clínica.
Un Biorepositorio diverso de muestras biológicas y datos clínicos es esencial para permitir que estos estudios realicen comparaciones amplias y detalladas. En particular, un gran Biorepositorio permitirá a los investigadores afiliados al Instituto identificar nuevas causas de enfermedades o respuestas al tratamiento en muchos de los grupos étnicos y raciales poco estudiados a los que atiende el Rady Children's Hospital, San Diego (RCHSD).
Específicamente, el Biorepositorio, a través de protocolos de investigación individuales subsiguientes, permitirá que la investigación mejore las tasas de diagnósticos clínicos para los sujetos inscritos y, posteriormente, para todos los pacientes afectados, mejorará las capacidades de prueba que se ofrecen a los pacientes, mejorará la comprensión de los mecanismos de la enfermedad y las respuestas al tratamiento, y mejorará los resultados clínicos. manejo de estas enfermedades. El Biorepositorio inscribirá a personas y familiares afectados y no afectados, o tejidos afectados y no afectados, con fines de análisis y comparación para identificar la causa subyacente de la enfermedad o el tratamiento en las muestras afectadas. Las muestras y los datos se almacenarán indefinidamente y se compartirán con investigadores aprobados para comprender mejor los componentes genómicos de las enfermedades pediátricas.
Además, el Biorepositorio proporcionará un mecanismo para realizar un diagnóstico de una enfermedad genética. Es decir, una vez que las secuencias genómicas se hayan derivado de muestras biológicas, se analizarán inmediatamente. Si se identifica una enfermedad genética que parece explicar las características clínicas de un niño afectado, esos resultados se confirmarán de una manera que cumpla con las recomendaciones de la Ley de Mejoras de Laboratorio Clínico (CLIA) y el Colegio de Patólogos Estadounidenses (CAP), y se colocarán en la historia clínica electrónica (HCE). Las muestras confirmadas por los métodos CLIA y CAP se identificarán como tales y se conservarán para futuras investigaciones de confirmación.
Objetivos Específicos
- Recoger muestras biológicas y datos clínicos asociados (Phenoma).
- Para crear, analizar y almacenar datos genómicos de las muestras biológicas. Los datos genómicos incluirán secuencias de genoma (ADN), secuencias de ARN y/u otros datos ómicos relacionados (que incluyen farmacogenómica, transcriptómica, epigenética y el microbioma). Algunos datos genómicos serán secuencias del genoma completo. Para otras muestras, los datos genómicos serán paneles de genes específicos o de todos los exones de genes (el "Exoma").
- Investigar y mejorar las tecnologías y el software de genómica para mejorar la comprensión y las capacidades de prueba relacionadas con las enfermedades infantiles y las respuestas al tratamiento.
- Poner muestras y datos a disposición de investigadores y colaboradores calificados para mejorar la comprensión de las enfermedades infantiles y las respuestas al tratamiento.
- Para recopilar y correlacionar datos genómicos de una amplia variedad de poblaciones y presentaciones clínicas.
- Proporcionar colecciones de muestras y datos con consentimiento uniforme, métodos de adquisición, almacenamiento para estudios de investigación basados en el genoma con las aprobaciones posteriores del IRB.
- Analizar e informar diagnósticos genómicos clínicamente confirmados y orientación de tratamiento mediante el uso de nuevas tecnologías de investigación.
- Identificar y estudiar nuevos genes y procesos de enfermedades.
El investigador planea inscribir 3000 sujetos por año. Tras el consentimiento informado, el equipo de estudio recopilará antecedentes familiares y muestras de sangre. El investigador recopilará información clínica de la historia clínica en el momento de la inscripción y de forma longitudinal para evaluar los cambios en la condición médica del sujeto, así como para recopilar nuevos síntomas. El equipo de estudio recolectará tejido y otros materiales biológicos obtenidos de procedimientos clínicos según lo indicado por la presentación clínica y para futuras pruebas de investigación.
Tipo de estudio
Inscripción (Anticipado)
Fase
- No aplica
Contactos y Ubicaciones
Estudio Contacto
- Nombre: Dominic Baun, MBS
- Número de teléfono: 228491 858-576-1700
- Correo electrónico: jbaun@rchsd.org
Copia de seguridad de contactos de estudio
- Nombre: Lauren Olsen, MSN
- Número de teléfono: 228456 858-576-1700
- Correo electrónico: lolsen1@rchsd.org
Ubicaciones de estudio
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California
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San Diego, California, Estados Unidos, 92123
- Reclutamiento
- Rady Pediatric Genomics & Systems Medicine Institute
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Contacto:
- Dominic Baun, MBS
- Número de teléfono: 228491 858-576-1700
- Correo electrónico: jbaun@rchsd.org
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Contacto:
- Lauren Olsen, MSN
- Número de teléfono: 228456 858-576-1700
- Correo electrónico: lolsen1@rchsd.org
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Criterios de participación
Criterio de elegibilidad
Edades elegibles para estudiar
- Niño
- Adulto
- Adulto Mayor
Acepta Voluntarios Saludables
Géneros elegibles para el estudio
Descripción
Criterios de inclusión:
- Todas las edades, razas, géneros, etnias y estado de salud serán elegibles para participar. La inscripción incluirá las siguientes poblaciones vulnerables: mujeres embarazadas, recién nacidos, fetos, personas con discapacidades cognitivas, pacientes pediátricos, minorías y empleados.
Criterio de exclusión:
- Ninguno
Plan de estudios
¿Cómo está diseñado el estudio?
Detalles de diseño
- Propósito principal: Investigación de servicios de salud
- Asignación: N / A
- Modelo Intervencionista: Asignación de un solo grupo
- Enmascaramiento: Ninguno (etiqueta abierta)
Armas e Intervenciones
Grupo de participantes/brazo |
Intervención / Tratamiento |
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Experimental: Inscritos
Inscripción de sujetos sanos y afectados para recolectar muestras y datos para un Biorepositorio genómico pediátrico.
Los datos incluyen la secuenciación genómica y los resultados de diagnóstico molecular resultantes, si los hubiere.
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Las muestras se almacenarán en el Biorepositorio genómico pediátrico.
Un subconjunto de muestras se someterá a un análisis genético/genómico.
Otros nombres:
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¿Qué mide el estudio?
Medidas de resultado primarias
Medida de resultado |
Medida Descripción |
Periodo de tiempo |
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Número de muestras inscritas por año
Periodo de tiempo: Anualmente hasta la finalización del estudio estimado en 40 años
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Establecimiento de un Biorepositorio para uso genómico/medicina de precisión en población pediátrica.
Esto hará que las muestras estén disponibles para estudiar trastornos genéticos raros, métodos de detección, métodos de diagnóstico, otros "ómicos" e investigación de banco para posibles tratamientos.
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Anualmente hasta la finalización del estudio estimado en 40 años
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Medidas de resultado secundarias
Medida de resultado |
Medida Descripción |
Periodo de tiempo |
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Proporción de niños que reciben diagnósticos moleculares
Periodo de tiempo: A través de la finalización del estudio estimado en 40 años.
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Utilice tecnologías de vanguardia para mejorar tanto las tasas de diagnóstico como el tiempo de diagnóstico de enfermedades genéticas raras.
Retorno basado en síntomas de resultados clínicos y análisis de utilidad clínica.
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A través de la finalización del estudio estimado en 40 años.
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Tiempo necesario para recibir el diagnóstico molecular
Periodo de tiempo: Desde la fecha de inscripción hasta la fecha del diagnóstico de laboratorio clínico documentado o la fecha de muerte por cualquier causa, lo que ocurra primero, evaluado hasta 10 años.
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Desde la fecha de inscripción hasta la fecha del diagnóstico de laboratorio clínico documentado o la fecha de muerte por cualquier causa, lo que ocurra primero, evaluado hasta 10 años.
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Proporción de niños en los que los términos de la ontología del fenotipo humano (HPO) predicen con precisión el diagnóstico molecular
Periodo de tiempo: A través de la finalización del estudio estimado en 40 años.
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A través de la finalización del estudio estimado en 40 años.
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Colaboradores e Investigadores
Patrocinador
Investigadores
- Investigador principal: Stephen Kingsmore, MD, MSc, Rady Pediatric Genomics & Systems Medicine Institute
Publicaciones y enlaces útiles
Publicaciones Generales
- Briggs B, James KN, Chowdhury S, Thornburg C, Farnaes L, Dimmock D, Kingsmore SF; RCIGM Investigators. Novel Factor XIII variant identified through whole-genome sequencing in a child with intracranial hemorrhage. Cold Spring Harb Mol Case Stud. 2018 Dec 17;4(6). pii: a003525. doi: 10.1101/mcs.a003525. Print 2018 Dec.
- Clark MM, Hildreth A, Batalov S, Ding Y, Chowdhury S, Watkins K, Ellsworth K, Camp B, Kint CI, Yacoubian C, Farnaes L, Bainbridge MN, Beebe C, Braun JJA, Bray M, Carroll J, Cakici JA, Caylor SA, Clarke C, Creed MP, Friedman J, Frith A, Gain R, Gaughran M, George S, Gilmer S, Gleeson J, Gore J, Grunenwald H, Hovey RL, Janes ML, Lin K, McDonagh PD, McBride K, Mulrooney P, Nahas S, Oh D, Oriol A, Puckett L, Rady Z, Reese MG, Ryu J, Salz L, Sanford E, Stewart L, Sweeney N, Tokita M, Van Der Kraan L, White S, Wigby K, Williams B, Wong T, Wright MS, Yamada C, Schols P, Reynders J, Hall K, Dimmock D, Veeraraghavan N, Defay T, Kingsmore SF. Diagnosis of genetic diseases in seriously ill children by rapid whole-genome sequencing and automated phenotyping and interpretation. Sci Transl Med. 2019 Apr 24;11(489):eaat6177. doi: 10.1126/scitranslmed.aat6177.
- Friedman J, Smith DE, Issa MY, Stanley V, Wang R, Mendes MI, Wright MS, Wigby K, Hildreth A, Crawford JR, Koehler AE, Chowdhury S, Nahas S, Zhai L, Xu Z, Lo WS, James KN, Musaev D, Accogli A, Guerrero K, Tran LT, Omar TEI, Ben-Omran T, Dimmock D, Kingsmore SF, Salomons GS, Zaki MS, Bernard G, Gleeson JG. Biallelic mutations in valyl-tRNA synthetase gene VARS are associated with a progressive neurodevelopmental epileptic encephalopathy. Nat Commun. 2019 Feb 12;10(1):707. doi: 10.1038/s41467-018-07067-3.
- Kadakia S, Farnaes L, Dimmock D, Chowdhury S, Ding Y, Anderson EJ, Kingsmore S, Newfield RS. Diagnosis and treatment of a boy with IPEX syndrome presenting with diabetes in early infancy. Clin Case Rep. 2019 Sep 27;7(11):2123-2127. doi: 10.1002/ccr3.2438. eCollection 2019 Nov.
- Laurenzano SE, McFall C, Nguyen L, Savla D, Coufal NG, Wright MS, Tokita M, Dimmock D, Kingsmore SF, Newfield RS. Neonatal diabetes mellitus due to a novel variant in the INS gene. Cold Spring Harb Mol Case Stud. 2019 Aug 1;5(4):a004085. doi: 10.1101/mcs.a004085. Print 2019 Aug.
- Sanford EF, Clark MM, Farnaes L, Williams MR, Perry JC, Ingulli EG, Sweeney NM, Doshi A, Gold JJ, Briggs B, Bainbridge MN, Feddock M, Watkins K, Chowdhury S, Nahas SA, Dimmock DP, Kingsmore SF, Coufal NG; RCIGM Investigators. Rapid Whole Genome Sequencing Has Clinical Utility in Children in the PICU. Pediatr Crit Care Med. 2019 Nov;20(11):1007-1020. doi: 10.1097/PCC.0000000000002056.
- Tokita MJ, Nahas S, Briggs B, Malicki DM, Mesirov JP, Reyes IAC, Farnaes L, Levy ML, Kingsmore SF, Dimmock D, Crawford JR, Wechsler-Reya RJ. Biallelic loss of GNAS in a patient with pediatric medulloblastoma. Cold Spring Harb Mol Case Stud. 2019 Oct 23;5(5):a004572. doi: 10.1101/mcs.a004572. Print 2019 Oct.
Fechas de registro del estudio
Fechas importantes del estudio
Inicio del estudio (Actual)
Finalización primaria (Anticipado)
Finalización del estudio (Anticipado)
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Términos MeSH relevantes adicionales
Otros números de identificación del estudio
- 160468
Plan de datos de participantes individuales (IPD)
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Descripción del plan IPD
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