- ICH GCP
- Registro de ensaios clínicos dos EUA
- Ensaio Clínico NCT02917460
Biorrepositório genômico do Rady Children's Institute
Biorrepositório Genômico: Protocolo para Coleta, Armazenamento, Análise e Distribuição de Amostras Biológicas, Dados Genômicos e Clínicos
O Rady Children's Institute for Genomic Medicine (RCI) coletará amostras biológicas (como sangue), sequências genômicas derivadas (de DNA e RNA) e características clínicas em um Biorepositório como um recurso padronizado para futuros estudos de pesquisa. O objetivo do Biorepositório do Instituto Genômico é fornecer amostras e dados consentidos para pesquisas básicas e clínicas relacionadas à causa genômica e tratamento de doenças infantis e, no futuro, como dados de referência (Controle de Qualidade) para melhorar a capacidade de fazer análises clínicas diagnósticos ou decisões clínicas.
Além disso, o Biorepositório fornecerá um mecanismo para fazer o diagnóstico de uma doença genética. Ou seja, uma vez que as sequências genômicas tenham sido derivadas de amostras biológicas, elas serão imediatamente analisadas. Se for identificada uma doença genética que pareça explicar as características clínicas de uma criança afetada, esses resultados serão confirmados pelo padrão medicamente aceito e colocados no registro eletrônico de saúde.
Visão geral do estudo
Status
Condições
Intervenção / Tratamento
Descrição detalhada
O RCI coletará amostras biológicas (como sangue), sequências genômicas derivadas (de DNA e RNA) e características clínicas em um Biorepositório como um recurso padronizado para futuros estudos de pesquisa. O objetivo do Biorepositório do Genomics Institute é fornecer amostras e dados consentidos para pesquisas básicas e clínicas relacionadas à causa genômica e tratamento de doenças infantis e, no futuro, como dados de referência (Controle de Qualidade) para melhorar a capacidade de fazer análises clínicas diagnóstico ou decisão clínica.
Um biorrepositório diversificado de amostras biológicas e dados clínicos é essencial para permitir que esses estudos realizem comparações amplas e detalhadas. Em particular, um grande biorrepositório permitirá que pesquisadores afiliados ao Instituto identifiquem novas causas de doenças ou respostas a tratamentos em muitos dos grupos étnicos e raciais pouco estudados que o Rady Children's Hospital, San Diego (RCHSD) atende.
Especificamente, o Biorepositório, por meio de protocolos de pesquisa individuais subsequentes, permitirá que a pesquisa melhore as taxas de diagnósticos clínicos para indivíduos inscritos e, posteriormente, todos os pacientes afetados, melhore os recursos de teste oferecidos aos pacientes, melhore a compreensão dos mecanismos da doença e das respostas ao tratamento e melhore as respostas clínicas manejo dessas doenças. O Biorepositório registrará indivíduos e familiares afetados e não afetados, ou tecidos afetados e não afetados, para fins de análise e comparação, a fim de identificar a causa subjacente da doença ou tratamento nas amostras afetadas. Amostras e dados serão armazenados indefinidamente e compartilhados com pesquisadores aprovados para maior compreensão dos componentes genômicos de doenças pediátricas.
Além disso, o Biorepositório fornecerá um mecanismo para fazer o diagnóstico de uma doença genética. Ou seja, uma vez que as sequências genômicas tenham sido derivadas de amostras biológicas, elas serão imediatamente analisadas. Se for identificada uma doença genética que pareça explicar as características clínicas de uma criança afetada, esses resultados serão confirmados de maneira compatível com as recomendações do Clinical Laboratory Improvements Act (CLIA) e do College of American Pathologist (CAP) e colocados em o prontuário eletrônico de saúde (EHR). As amostras confirmadas pelos métodos CLIA e CAP serão identificadas como tal e retidas para futuras investigações confirmatórias.
Objetivos Específicos
- Recolher amostras biológicas e dados clínicos associados (Fenoma).
- Para criar, analisar e armazenar dados genômicos das amostras biológicas. Os dados genômicos incluirão sequências de genoma (DNA), sequências de RNA e/ou outros dados ômicos relacionados (incluindo farmacogenômica, transcriptômica, epigenética e o microbioma). Alguns dados genômicos serão sequências completas do genoma. Para outras amostras, os dados genômicos serão painéis de genes específicos ou de todos os éxons de genes (o "Exoma").
- Investigar e melhorar tecnologias e softwares de genômica para melhorar a compreensão e testar habilidades relacionadas a doenças infantis e respostas a tratamentos.
- Disponibilizar espécimes e dados para pesquisadores e colaboradores qualificados para aprofundar a compreensão das doenças infantis e as respostas ao tratamento.
- Coletar e correlacionar dados genômicos de uma ampla variedade de populações e apresentações clínicas.
- Fornecer amostras e coletas de dados com consentimento uniforme, métodos de aquisição, armazenamento para estudos de pesquisa baseados em genoma com aprovações subsequentes do IRB.
- Analisar e relatar diagnósticos genômicos clinicamente confirmados e orientações de tratamento por meio do uso de novas tecnologias de pesquisa.
- Identificar e estudar novos genes e processos de doenças.
O investigador planejará inscrever 3.000 indivíduos por ano. Após o consentimento informado, a equipe do estudo coletará um histórico familiar e amostras de sangue. O investigador coletará informações clínicas do prontuário médico no momento da inscrição e longitudinalmente para avaliar as mudanças na condição médica do sujeito, bem como coletar novos sintomas. A equipe do estudo coletará tecidos e outros materiais biológicos obtidos de procedimentos clínicos conforme indicado pela apresentação clínica e para futuros testes de pesquisa.
Tipo de estudo
Inscrição (Antecipado)
Estágio
- Não aplicável
Contactos e Locais
Contato de estudo
- Nome: Dominic Baun, MBS
- Número de telefone: 228491 858-576-1700
- E-mail: jbaun@rchsd.org
Estude backup de contato
- Nome: Lauren Olsen, MSN
- Número de telefone: 228456 858-576-1700
- E-mail: lolsen1@rchsd.org
Locais de estudo
-
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California
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San Diego, California, Estados Unidos, 92123
- Recrutamento
- Rady Pediatric Genomics & Systems Medicine Institute
-
Contato:
- Dominic Baun, MBS
- Número de telefone: 228491 858-576-1700
- E-mail: jbaun@rchsd.org
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Contato:
- Lauren Olsen, MSN
- Número de telefone: 228456 858-576-1700
- E-mail: lolsen1@rchsd.org
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Critérios de participação
Critérios de elegibilidade
Idades elegíveis para estudo
- Filho
- Adulto
- Adulto mais velho
Aceita Voluntários Saudáveis
Gêneros Elegíveis para o Estudo
Descrição
Critério de inclusão:
- Todas as idades, raças, gêneros, etnias e estado de saúde serão elegíveis para participação. A inscrição incluirá as seguintes populações vulneráveis: mulheres grávidas, recém-nascidos, fetos, pessoas com deficiências cognitivas, pacientes pediátricos, minorias e funcionários.
Critério de exclusão:
- Nenhum
Plano de estudo
Como o estudo é projetado?
Detalhes do projeto
- Finalidade Principal: Pesquisa de serviços de saúde
- Alocação: N / D
- Modelo Intervencional: Atribuição de grupo único
- Mascaramento: Nenhum (rótulo aberto)
Armas e Intervenções
Grupo de Participantes / Braço |
Intervenção / Tratamento |
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Experimental: Inscritos
Inscrição de indivíduos saudáveis e afetados para coletar amostras e dados para um Biorepositório genômico pediátrico.
Os dados incluem sequenciamento genômico e resultados de diagnóstico molecular resultantes, se houver.
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As amostras serão armazenadas no Biorepositório genômico pediátrico.
Um subconjunto de amostras passará por análise genética/genômica.
Outros nomes:
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O que o estudo está medindo?
Medidas de resultados primários
Medida de resultado |
Descrição da medida |
Prazo |
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Número de amostras inscritas por ano
Prazo: Anualmente até a conclusão do estudo estimado em 40 anos
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Estabelecimento de um Biorrepositório para uso em genômica/medicina de precisão na população pediátrica.
Isso disponibilizará amostras para estudar distúrbios genéticos raros, métodos de triagem, métodos de diagnóstico, outros "omics" e pesquisa de bancada para possíveis tratamentos.
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Anualmente até a conclusão do estudo estimado em 40 anos
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Medidas de resultados secundários
Medida de resultado |
Descrição da medida |
Prazo |
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Proporção de crianças que recebem diagnósticos moleculares
Prazo: Através da conclusão do estudo estimado em 40 anos
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Utilize tecnologias de ponta para melhorar as taxas de diagnóstico e o tempo para o diagnóstico de doenças genéticas raras.
Retorno baseado em sintomas de resultados clínicos e análise de utilidade clínica.
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Através da conclusão do estudo estimado em 40 anos
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Tempo necessário para receber o diagnóstico molecular
Prazo: Desde a data de inscrição até a data do diagnóstico laboratorial clínico documentado ou data da morte por qualquer causa, o que ocorrer primeiro, avaliado até 10 anos.
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Desde a data de inscrição até a data do diagnóstico laboratorial clínico documentado ou data da morte por qualquer causa, o que ocorrer primeiro, avaliado até 10 anos.
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Proporção de crianças em que os termos da ontologia do fenótipo humano (HPO) preveem com precisão o diagnóstico molecular
Prazo: Através da conclusão do estudo estimado em 40 anos
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Através da conclusão do estudo estimado em 40 anos
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Colaboradores e Investigadores
Patrocinador
Investigadores
- Investigador principal: Stephen Kingsmore, MD, MSc, Rady Pediatric Genomics & Systems Medicine Institute
Publicações e links úteis
Publicações Gerais
- Briggs B, James KN, Chowdhury S, Thornburg C, Farnaes L, Dimmock D, Kingsmore SF; RCIGM Investigators. Novel Factor XIII variant identified through whole-genome sequencing in a child with intracranial hemorrhage. Cold Spring Harb Mol Case Stud. 2018 Dec 17;4(6). pii: a003525. doi: 10.1101/mcs.a003525. Print 2018 Dec.
- Clark MM, Hildreth A, Batalov S, Ding Y, Chowdhury S, Watkins K, Ellsworth K, Camp B, Kint CI, Yacoubian C, Farnaes L, Bainbridge MN, Beebe C, Braun JJA, Bray M, Carroll J, Cakici JA, Caylor SA, Clarke C, Creed MP, Friedman J, Frith A, Gain R, Gaughran M, George S, Gilmer S, Gleeson J, Gore J, Grunenwald H, Hovey RL, Janes ML, Lin K, McDonagh PD, McBride K, Mulrooney P, Nahas S, Oh D, Oriol A, Puckett L, Rady Z, Reese MG, Ryu J, Salz L, Sanford E, Stewart L, Sweeney N, Tokita M, Van Der Kraan L, White S, Wigby K, Williams B, Wong T, Wright MS, Yamada C, Schols P, Reynders J, Hall K, Dimmock D, Veeraraghavan N, Defay T, Kingsmore SF. Diagnosis of genetic diseases in seriously ill children by rapid whole-genome sequencing and automated phenotyping and interpretation. Sci Transl Med. 2019 Apr 24;11(489):eaat6177. doi: 10.1126/scitranslmed.aat6177.
- Friedman J, Smith DE, Issa MY, Stanley V, Wang R, Mendes MI, Wright MS, Wigby K, Hildreth A, Crawford JR, Koehler AE, Chowdhury S, Nahas S, Zhai L, Xu Z, Lo WS, James KN, Musaev D, Accogli A, Guerrero K, Tran LT, Omar TEI, Ben-Omran T, Dimmock D, Kingsmore SF, Salomons GS, Zaki MS, Bernard G, Gleeson JG. Biallelic mutations in valyl-tRNA synthetase gene VARS are associated with a progressive neurodevelopmental epileptic encephalopathy. Nat Commun. 2019 Feb 12;10(1):707. doi: 10.1038/s41467-018-07067-3.
- Kadakia S, Farnaes L, Dimmock D, Chowdhury S, Ding Y, Anderson EJ, Kingsmore S, Newfield RS. Diagnosis and treatment of a boy with IPEX syndrome presenting with diabetes in early infancy. Clin Case Rep. 2019 Sep 27;7(11):2123-2127. doi: 10.1002/ccr3.2438. eCollection 2019 Nov.
- Laurenzano SE, McFall C, Nguyen L, Savla D, Coufal NG, Wright MS, Tokita M, Dimmock D, Kingsmore SF, Newfield RS. Neonatal diabetes mellitus due to a novel variant in the INS gene. Cold Spring Harb Mol Case Stud. 2019 Aug 1;5(4):a004085. doi: 10.1101/mcs.a004085. Print 2019 Aug.
- Sanford EF, Clark MM, Farnaes L, Williams MR, Perry JC, Ingulli EG, Sweeney NM, Doshi A, Gold JJ, Briggs B, Bainbridge MN, Feddock M, Watkins K, Chowdhury S, Nahas SA, Dimmock DP, Kingsmore SF, Coufal NG; RCIGM Investigators. Rapid Whole Genome Sequencing Has Clinical Utility in Children in the PICU. Pediatr Crit Care Med. 2019 Nov;20(11):1007-1020. doi: 10.1097/PCC.0000000000002056.
- Tokita MJ, Nahas S, Briggs B, Malicki DM, Mesirov JP, Reyes IAC, Farnaes L, Levy ML, Kingsmore SF, Dimmock D, Crawford JR, Wechsler-Reya RJ. Biallelic loss of GNAS in a patient with pediatric medulloblastoma. Cold Spring Harb Mol Case Stud. 2019 Oct 23;5(5):a004572. doi: 10.1101/mcs.a004572. Print 2019 Oct.
Datas de registro do estudo
Datas Principais do Estudo
Início do estudo (Real)
Conclusão Primária (Antecipado)
Conclusão do estudo (Antecipado)
Datas de inscrição no estudo
Enviado pela primeira vez
Enviado pela primeira vez que atendeu aos critérios de CQ
Primeira postagem (Estimativa)
Atualizações de registro de estudo
Última Atualização Postada (Estimativa)
Última atualização enviada que atendeu aos critérios de controle de qualidade
Última verificação
Mais Informações
Termos relacionados a este estudo
Palavras-chave
Termos MeSH relevantes adicionais
Outros números de identificação do estudo
- 160468
Plano para dados de participantes individuais (IPD)
Planeja compartilhar dados de participantes individuais (IPD)?
Descrição do plano IPD
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