外傷後感染症の臨床メタゲノム (METADIAG)
外傷における微生物感染症の臨床メタゲノム次世代シーケンシング
骨折に関連する感染症の治療は困難であり、医療費の負担が大きいこのような状況では失敗に終わることがよくあります。
これらの感染症は多くの場合多菌性であり、関連するすべての微生物の特定が、個別の抗生物質治療を提供するための主要な関心事になります。 感染した傷の微生物の多様性をよりよく表すには、文化に依存しない方法が必要です。 メタゲノム配列決定は、感染した外傷関連の創傷における正確なマイクロバイオームの特徴付けにつながる可能性があります。
予備研究では、糖尿病性足感染症におけるメタゲノム配列決定の結果が報告されていますが、非糖尿病性感染患者に焦点を当てたデータはほとんどありません。
心的外傷後感染した創傷マイクロバイオームの影響は、細菌の豊富さ、株レベルを含む多様性、機能遺伝子、およびそれらの縦方向の進化と臨床転帰との関連に関して評価する必要があります。
調査の概要
詳細な説明
DNAは、外科的処置中に行われたサンプルから抽出されます。 このタイプの組織サンプルに最適な抽出プロトコルを決定するために、さまざまな抽出プロトコルが評価されます。
精製された DNA は、Qubit dsDNA High-Sensitivity Assay Kit (Invitrogen) を使用して定量化されます。 フラグメント長の品質は、2100 Bioanalyzer (Agilent Technologies) の DNA 高感度キットで推定されます。 DNA シーケンシングは、Oxford Nanopore Technologie デバイスの MinIONTM および GridIONTM を使用して実行されます。
NexteraXT DNA Library Preparation Kit (Illumina) を使用してライブラリを調製した後、MiSeq で同じサンプルの別のシーケンスを実行します。
両方のシーケンス方法からシーケンスされた OTU は、異なる分類ランクで直面し、従来のルーチン メソッドの結果 (細菌培養) と比較されます。 臨床転帰に関連する可能性のある遺伝子を特定するために、配列の機能分析が行われます。
研究の種類
入学 (実際)
連絡先と場所
研究場所
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Var
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Toulon、Var、フランス、83000
- Military Teaching Hospital Sainte Anne
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参加基準
適格基準
就学可能な年齢
健康ボランティアの受け入れ
サンプリング方法
調査対象母集団
説明
包含基準:
- 18歳以上
- 外傷関連感染症の診断
除外基準:
- -研究中の介入研究への参加
- 患者の反対
- -80°Cで保存された骨または軟組織サンプルの不在
研究計画
研究はどのように設計されていますか？
デザインの詳細
コホートと介入
グループ/コホート |
介入・治療 |
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外傷関連感染症
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サンプルは、illumine MiSeq と Oxford Nanopore Technologies の両方を使用したハイスループット シーケンスに提出されます。
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この研究は何を測定していますか？
主要な結果の測定
結果測定 |
メジャーの説明 |
時間枠 |
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骨折関連およびその他の外傷関連感染のマイクロバイオーム
時間枠：約2ヶ月
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イルミナ MiSeq およびオックスフォード ナノポア テクノロジーを使用して、外傷関連感染のマイクロバイオームを決定するために、メタゲノム シーケンスが使用されます。 データは、参照微生物学的同定技術 (培養) からのデータと比較されます。 |
約2ヶ月
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二次結果の測定
結果測定 |
メジャーの説明 |
時間枠 |
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ハイスループットシーケンシング技術の収量の比較
時間枠：約3ヶ月
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各シーケンシング法で得られたFRI関連マイクロバイオーム組成は、存在量と多様性（K係数と頻度）の観点から比較されます。
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約3ヶ月
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特定されたOTU（操作上の分類学的単位）における病原性または耐性因子の数と性質
時間枠：約6ヶ月
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Prokka ソフトウェアを使用して、病原性および/または耐性関連因子の存在を評価するための、配列決定された細菌ゲノムの機能的注釈。
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約6ヶ月
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EBJIS (European Bone and Joint Infection) 定義を使用した、患者の転帰に応じた細菌数とその相対存在量
時間枠：約6ヶ月
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EBJIS (European Bone and Joint Infection) の定義に従って、多様性 (OTU の数) および存在量 (読み取りの数) の観点から、NGS ベースのマイクロバイオームの長期組成と感染の持続性との関連性を判断します。
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約6ヶ月
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協力者と研究者
捜査官
- スタディディレクター：David LACÔTE-DELARBRE, MD、Military Teaching Hospital Sainte Anne
出版物と役立つリンク
一般刊行物
- Ivy MI, Thoendel MJ, Jeraldo PR, Greenwood-Quaintance KE, Hanssen AD, Abdel MP, Chia N, Yao JZ, Tande AJ, Mandrekar JN, Patel R. Direct Detection and Identification of Prosthetic Joint Infection Pathogens in Synovial Fluid by Metagenomic Shotgun Sequencing. J Clin Microbiol. 2018 Aug 27;56(9):e00402-18. doi: 10.1128/JCM.00402-18. Print 2018 Sep.
- Jnana A, Muthuraman V, Varghese VK, Chakrabarty S, Murali TS, Ramachandra L, Shenoy KR, Rodrigues GS, Prasad SS, Dendukuri D, Morschhauser A, Nestler J, Peter H, Bier FF, Satyamoorthy K. Microbial Community Distribution and Core Microbiome in Successive Wound Grades of Individuals with Diabetic Foot Ulcers. Appl Environ Microbiol. 2020 Mar 2;86(6):e02608-19. doi: 10.1128/AEM.02608-19. Print 2020 Mar 2.
- Kalan LR, Meisel JS, Loesche MA, Horwinski J, Soaita I, Chen X, Uberoi A, Gardner SE, Grice EA. Strain- and Species-Level Variation in the Microbiome of Diabetic Wounds Is Associated with Clinical Outcomes and Therapeutic Efficacy. Cell Host Microbe. 2019 May 8;25(5):641-655.e5. doi: 10.1016/j.chom.2019.03.006. Epub 2019 Apr 18.
- Mudrik-Zohar H, Carasso S, Gefen T, Zalmanovich A, Katzir M, Cohen Y, Paitan Y, Geva-Zatorsky N, Chowers M. Microbiome Characterization of Infected Diabetic Foot Ulcers in Association With Clinical Outcomes: Traditional Cultures Versus Molecular Sequencing Methods. Front Cell Infect Microbiol. 2022 Mar 24;12:836699. doi: 10.3389/fcimb.2022.836699. eCollection 2022.
- Delarbre D, Lavrard P, Elias A, Bossi V, Kacel I, Janvier F, Fournier PE. Bacterial DNA enrichment for low-inoculum fracture-related infection diagnostic using high-throughput sequencing. Diagn Microbiol Infect Dis. 2024 Jun 22;110(1):116411. doi: 10.1016/j.diagmicrobio.2024.116411. Online ahead of print.
研究記録日
主要日程の研究
研究開始 (実際)
一次修了 (実際)
研究の完了 (実際)
試験登録日
最初に提出
QC基準を満たした最初の提出物
最初の投稿 (実際)
学習記録の更新
投稿された最後の更新 (実際)
QC基準を満たした最後の更新が送信されました
最終確認日
詳しくは
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