Metagenomika kliniczna zakażeń pourazowych (METADIAG)
Kliniczne sekwencjonowanie metagenomiczne nowej generacji w zakażeniach drobnoustrojami w urazach
Leczenie infekcji związanej ze złamaniami jest trudne i często prowadzi do niepowodzenia w takich sytuacjach, które niosą ze sobą wysokie koszty zdrowotne.
Infekcje te są często wielobakteryjne, co sprawia, że identyfikacja wszystkich zaangażowanych mikroorganizmów jest głównym problemem w celu zapewnienia dostosowanej terapii antybiotykowej. Potrzebne są metody niezależne od kultury, aby lepiej odzwierciedlać różnorodność mikrobiologiczną zainfekowanych ran. Sekwencjonowanie metagenomiczne może prowadzić do dokładnej charakterystyki mikrobiomu zakażonej rany urazowej.
Wstępne badania doniosły o wynikach sekwencjonowania metagenomicznego w zakażeniu stopy cukrzycowej, ale dane skupiające się na pacjentach bez cukrzycy są nieliczne.
Należy ocenić wpływ mikrobiomu zakażonej rany pourazowej pod kątem obfitości bakterii, różnorodności, w tym na poziomie szczepu i genów funkcjonalnych, wraz z ich ewolucją wzdłużną i powiązaniem z wynikami klinicznymi.
Przegląd badań
Status
Warunki
Interwencja / Leczenie
Szczegółowy opis
DNA będzie ekstrahowane z próbek pobranych podczas zabiegów chirurgicznych. Ocenione zostaną różne protokoły ekstrakcji w celu określenia najlepszego do zastosowania dla tego typu próbek tkanek.
Oczyszczone DNA będzie oznaczane ilościowo przy użyciu zestawu Qubit dsDNA High-Sensitivity Assay Kit (Invitrogen). Jakość długości fragmentu zostanie oszacowana za pomocą zestawu DNA o wysokiej czułości w 2100 Bioanalyzer (Agilent Technologies). Sekwencjonowanie DNA zostanie przeprowadzone za pomocą urządzeń Oxford Nanopore Technologie: MinIONTM i GridIONTM.
Kolejne sekwencjonowanie tych samych próbek zostanie przeprowadzone na MiSeq po przygotowaniu bibliotek przy użyciu zestawu NexteraXT DNA Library Preparation Kit (Illumina).
Zsekwencjonowane OTU z obu metod sekwencjonowania zostaną skonfrontowane na różnych poziomach taksonomicznych i porównane z wynikami konwencjonalnej metody rutynowej (hodowla bakteryjna). Przeprowadzona zostanie analiza funkcjonalna sekwencji w celu zidentyfikowania potencjalnych genów związanych z wynikami klinicznymi.
Typ studiów
Zapisy (Rzeczywisty)
Kontakty i lokalizacje
Lokalizacje studiów
-
-
Var
-
Toulon, Var, Francja, 83000
- Military Teaching Hospital Sainte Anne
-
-
Kryteria uczestnictwa
Kryteria kwalifikacji
Wiek uprawniający do nauki
Akceptuje zdrowych ochotników
Metoda próbkowania
Badana populacja
Opis
Kryteria przyjęcia:
- Wiek ≥ 18 lat
- Diagnostyka infekcji urazowej
Kryteria wyłączenia:
- Udział w badaniu interwencyjnym w trakcie badania
- Sprzeciw pacjenta
- Brak próbek kości lub tkanek miękkich przechowywanych w temperaturze -80°C
Plan studiów
Jak projektuje się badanie?
Szczegóły projektu
Kohorty i interwencje
Grupa / Kohorta |
Interwencja / Leczenie |
|---|---|
|
Infekcja związana z urazem
|
Próbki należy poddać wysokoprzepustowemu sekwencjonowaniu przy użyciu technologii Illumine MiSeq i Oxford Nanopore Technologies.
|
Co mierzy badanie?
Podstawowe miary wyniku
Miara wyniku |
Opis środka |
Ramy czasowe |
|---|---|---|
|
Mikrobiom infekcji związanych ze złamaniami i innymi urazami
Ramy czasowe: Około 2 miesięcy
|
Sekwencjonowanie metagenomiczne zostanie wykorzystane do określenia mikrobiomu infekcji związanych z urazami przy użyciu Illumina MiSeq i Oxford Nanopore Technologies. Dane zostaną porównane z danymi pochodzącymi z referencyjnych technik identyfikacji mikrobiologicznej (hodowli). |
Około 2 miesięcy
|
Miary wyników drugorzędnych
Miara wyniku |
Opis środka |
Ramy czasowe |
|---|---|---|
|
Porównanie wydajności technik sekwencjonowania o dużej przepustowości
Ramy czasowe: Około 3 miesięcy
|
Skład mikrobiomów związanych z FRI uzyskany za pomocą każdej metody sekwencjonowania zostanie porównany pod względem liczebności i różnorodności (współczynnik K i częstotliwość)
|
Około 3 miesięcy
|
|
Liczba i charakter czynników wirulencji lub odporności wśród zidentyfikowanych OTU (operacyjna jednostka taksonomiczna)
Ramy czasowe: Około 6 miesięcy
|
Adnotacja funkcjonalna zsekwencjonowanych genomów bakteryjnych w celu oceny obecności czynników związanych z wirulencją i/lub opornością, przy użyciu oprogramowania Prokka.
|
Około 6 miesięcy
|
|
Liczba bakterii i ich względna obfitość w zależności od wyników leczenia pacjentów przy użyciu definicji EBJIS (European Bone and Joint Infection)
Ramy czasowe: Około 6 miesięcy
|
Określenie związku składu podłużnego mikrobiomu opartego na NGS pod względem różnorodności (liczba OTU) i liczebności (liczba odczytów) z trwałością infekcji zgodnie z definicją EBJIS (European Bone and Joint Infection).
|
Około 6 miesięcy
|
Współpracownicy i badacze
Śledczy
- Dyrektor Studium: David LACÔTE-DELARBRE, MD, Military Teaching Hospital Sainte Anne
Publikacje i pomocne linki
Publikacje ogólne
- Ivy MI, Thoendel MJ, Jeraldo PR, Greenwood-Quaintance KE, Hanssen AD, Abdel MP, Chia N, Yao JZ, Tande AJ, Mandrekar JN, Patel R. Direct Detection and Identification of Prosthetic Joint Infection Pathogens in Synovial Fluid by Metagenomic Shotgun Sequencing. J Clin Microbiol. 2018 Aug 27;56(9):e00402-18. doi: 10.1128/JCM.00402-18. Print 2018 Sep.
- Jnana A, Muthuraman V, Varghese VK, Chakrabarty S, Murali TS, Ramachandra L, Shenoy KR, Rodrigues GS, Prasad SS, Dendukuri D, Morschhauser A, Nestler J, Peter H, Bier FF, Satyamoorthy K. Microbial Community Distribution and Core Microbiome in Successive Wound Grades of Individuals with Diabetic Foot Ulcers. Appl Environ Microbiol. 2020 Mar 2;86(6):e02608-19. doi: 10.1128/AEM.02608-19. Print 2020 Mar 2.
- Kalan LR, Meisel JS, Loesche MA, Horwinski J, Soaita I, Chen X, Uberoi A, Gardner SE, Grice EA. Strain- and Species-Level Variation in the Microbiome of Diabetic Wounds Is Associated with Clinical Outcomes and Therapeutic Efficacy. Cell Host Microbe. 2019 May 8;25(5):641-655.e5. doi: 10.1016/j.chom.2019.03.006. Epub 2019 Apr 18.
- Mudrik-Zohar H, Carasso S, Gefen T, Zalmanovich A, Katzir M, Cohen Y, Paitan Y, Geva-Zatorsky N, Chowers M. Microbiome Characterization of Infected Diabetic Foot Ulcers in Association With Clinical Outcomes: Traditional Cultures Versus Molecular Sequencing Methods. Front Cell Infect Microbiol. 2022 Mar 24;12:836699. doi: 10.3389/fcimb.2022.836699. eCollection 2022.
- Delarbre D, Lavrard P, Elias A, Bossi V, Kacel I, Janvier F, Fournier PE. Bacterial DNA enrichment for low-inoculum fracture-related infection diagnostic using high-throughput sequencing. Diagn Microbiol Infect Dis. 2024 Jun 22;110(1):116411. doi: 10.1016/j.diagmicrobio.2024.116411. Online ahead of print.
Daty zapisu na studia
Główne daty studiów
Rozpoczęcie studiów (Rzeczywisty)
Zakończenie podstawowe (Rzeczywisty)
Ukończenie studiów (Rzeczywisty)
Daty rejestracji na studia
Pierwszy przesłany
Pierwszy przesłany, który spełnia kryteria kontroli jakości
Pierwszy wysłany (Rzeczywisty)
Aktualizacje rekordów badań
Ostatnia wysłana aktualizacja (Rzeczywisty)
Ostatnia przesłana aktualizacja, która spełniała kryteria kontroli jakości
Ostatnia weryfikacja
Więcej informacji
Terminy związane z tym badaniem
Dodatkowe istotne warunki MeSH
Inne numery identyfikacyjne badania
- 2023-CHITS-003
Plan dla danych uczestnika indywidualnego (IPD)
Planujesz udostępniać dane poszczególnych uczestników (IPD)?
Informacje o lekach i urządzeniach, dokumenty badawcze
Bada produkt leczniczy regulowany przez amerykańską FDA
Bada produkt urządzenia regulowany przez amerykańską FDA
Te informacje zostały pobrane bezpośrednio ze strony internetowej clinicaltrials.gov bez żadnych zmian. Jeśli chcesz zmienić, usunąć lub zaktualizować dane swojego badania, skontaktuj się z register@clinicaltrials.gov. Gdy tylko zmiana zostanie wprowadzona na stronie clinicaltrials.gov, zostanie ona automatycznie zaktualizowana również na naszej stronie internetowej .