Klinisk metagenomikk av posttraumatiske infeksjoner (METADIAG)
Klinisk metagenomisk neste generasjons sekvensering for mikrobielle infeksjoner i traumer
Behandling av bruddrelatert infeksjon er utfordrende og fører ofte til svikt i slike situasjoner som medfører høye helsekostnader.
Disse infeksjonene er ofte polymikrobielle, noe som gjør identifiseringen av alle involverte mikroorganismer til en stor bekymring for å gi skreddersydd antibiotikabehandling. Kulturuavhengige metoder er nødvendige for å bedre representere det mikrobielle mangfoldet av infiserte sår. Metagenomisk sekvensering kan føre til en nøyaktig mikrobiomkarakterisering i infiserte traumerelaterte sår.
Foreløpige studier har rapportert resultater av metagenomisk sekvensering ved diabetisk fotinfeksjon, men data som fokuserer på ikke-diabetiske infiserte pasienter er knappe.
Virkningen av posttraumatisk infisert sårmikrobiom må vurderes, med hensyn til bakteriell overflod, mangfold inkludert på stammenivå og funksjonelle gener, sammen med deres langsgående utvikling og assosiasjon med kliniske utfall.
Studieoversikt
Status
Forhold
Intervensjon / Behandling
Detaljert beskrivelse
DNA vil bli ekstrahert fra prøver utført under kirurgiske prosedyrer. Ulike ekstraksjonsprotokoller vil bli vurdert for å bestemme det beste som skal brukes for denne typen vevsprøver.
Renset DNA vil kvantifiseres ved hjelp av Qubit dsDNA High-Sensitivity Assay Kit (Invitrogen). Kvaliteten på fragmentlengden vil bli estimert med DNA høysensitivitetssettet i 2100 Bioanalyzer (Agilent Technologies). DNA-sekvensering vil bli utført med Oxford Nanopore Technologie-enheter: MinIONTM og GridIONTM.
En annen sekvensering av de samme prøvene vil bli utført på MiSeq etter at bibliotekene er klargjort ved bruk av NexteraXT DNA Library Preparation Kit (Illumina).
Sekvensert OTU fra begge sekvenseringsmetodene vil bli konfrontert i forskjellige taksonomiske rangeringer og sammenlignet med konvensjonelle rutinemetoderesultater (bakteriekultur). En funksjonell analyse av sekvenser vil bli gjort for å identifisere potensielle gener assosiert med klinisk utfall.
Studietype
Registrering (Faktiske)
Kontakter og plasseringer
Studiesteder
-
-
Var
-
Toulon, Var, Frankrike, 83000
- Military Teaching Hospital Sainte Anne
-
-
Deltakelseskriterier
Kvalifikasjonskriterier
Alder som er kvalifisert for studier
Tar imot friske frivillige
Prøvetakingsmetode
Studiepopulasjon
Beskrivelse
Inklusjonskriterier:
- Alder ≥ 18 år
- Diagnose av traumerelatert infeksjon
Ekskluderingskriterier:
- Deltakelse i en intervensjonsforskning under studien
- Tålmodig motstand
- Fravær av ben- eller bløtvevsprøver lagret ved -80°C
Studieplan
Hvordan er studiet utformet?
Designdetaljer
Kohorter og intervensjoner
Gruppe / Kohort |
Intervensjon / Behandling |
|---|---|
|
Traumerelatert infeksjon
|
Prøver skal sendes til sekvensering med høy gjennomstrømning ved bruk av både illumine MiSeq og Oxford Nanopore Technologies.
|
Hva måler studien?
Primære resultatmål
Resultatmål |
Tiltaksbeskrivelse |
Tidsramme |
|---|---|---|
|
Mikrobiom av bruddrelatert og annen traumerelatert infeksjon
Tidsramme: Ca 2 måneder
|
Metagenomisk sekvensering vil bli brukt til å bestemme mikrobiomet til traumerelaterte infeksjoner ved bruk av Illumina MiSeq og Oxford Nanopore Technologies. Data vil bli sammenlignet med de fra referansemikrobiologiske identifiseringsteknikker (kultur). |
Ca 2 måneder
|
Sekundære resultatmål
Resultatmål |
Tiltaksbeskrivelse |
Tidsramme |
|---|---|---|
|
Sammenligning av sekvenseringsteknikker med høy gjennomstrømning gir
Tidsramme: Ca 3 måneder
|
Den FRI-assosierte mikrobiomer-sammensetningen oppnådd med hver sekvenseringsmetode vil bli sammenlignet med hensyn til overflod og variasjon (K-koeffisient og frekvens)
|
Ca 3 måneder
|
|
Antall og art av virulens eller resistensfaktorer blant identifiserte OTU (operativ taksonomisk enhet)
Tidsramme: Ca 6 måneder
|
Funksjonell annotering av sekvenserte bakterielle genomer for å vurdere tilstedeværelsen av virulens og/eller resistensassosierte faktorer, ved bruk av Prokka-programvare.
|
Ca 6 måneder
|
|
Antall bakterier og deres relative overflod i henhold til pasientenes utfall ved bruk av EBJIS (European Bone and Joint Infection) definisjon
Tidsramme: Ca 6 måneder
|
For å bestemme assosiasjonen til den NGS-baserte mikrobiomets langsgående sammensetning når det gjelder variasjon (antall OTU) og overflod (antall lesninger) med infeksjonspersistens i henhold til EBJIS (European Bone and Joint Infection) definisjon.
|
Ca 6 måneder
|
Samarbeidspartnere og etterforskere
Etterforskere
- Studieleder: David LACÔTE-DELARBRE, MD, Military Teaching Hospital Sainte Anne
Publikasjoner og nyttige lenker
Generelle publikasjoner
- Ivy MI, Thoendel MJ, Jeraldo PR, Greenwood-Quaintance KE, Hanssen AD, Abdel MP, Chia N, Yao JZ, Tande AJ, Mandrekar JN, Patel R. Direct Detection and Identification of Prosthetic Joint Infection Pathogens in Synovial Fluid by Metagenomic Shotgun Sequencing. J Clin Microbiol. 2018 Aug 27;56(9):e00402-18. doi: 10.1128/JCM.00402-18. Print 2018 Sep.
- Jnana A, Muthuraman V, Varghese VK, Chakrabarty S, Murali TS, Ramachandra L, Shenoy KR, Rodrigues GS, Prasad SS, Dendukuri D, Morschhauser A, Nestler J, Peter H, Bier FF, Satyamoorthy K. Microbial Community Distribution and Core Microbiome in Successive Wound Grades of Individuals with Diabetic Foot Ulcers. Appl Environ Microbiol. 2020 Mar 2;86(6):e02608-19. doi: 10.1128/AEM.02608-19. Print 2020 Mar 2.
- Kalan LR, Meisel JS, Loesche MA, Horwinski J, Soaita I, Chen X, Uberoi A, Gardner SE, Grice EA. Strain- and Species-Level Variation in the Microbiome of Diabetic Wounds Is Associated with Clinical Outcomes and Therapeutic Efficacy. Cell Host Microbe. 2019 May 8;25(5):641-655.e5. doi: 10.1016/j.chom.2019.03.006. Epub 2019 Apr 18.
- Mudrik-Zohar H, Carasso S, Gefen T, Zalmanovich A, Katzir M, Cohen Y, Paitan Y, Geva-Zatorsky N, Chowers M. Microbiome Characterization of Infected Diabetic Foot Ulcers in Association With Clinical Outcomes: Traditional Cultures Versus Molecular Sequencing Methods. Front Cell Infect Microbiol. 2022 Mar 24;12:836699. doi: 10.3389/fcimb.2022.836699. eCollection 2022.
Studierekorddatoer
Studer hoveddatoer
Studiestart (Faktiske)
Primær fullføring (Faktiske)
Studiet fullført (Faktiske)
Datoer for studieregistrering
Først innsendt
Først innsendt som oppfylte QC-kriteriene
Først lagt ut (Faktiske)
Oppdateringer av studieposter
Sist oppdatering lagt ut (Faktiske)
Siste oppdatering sendt inn som oppfylte QC-kriteriene
Sist bekreftet
Mer informasjon
Begreper knyttet til denne studien
Ytterligere relevante MeSH-vilkår
Andre studie-ID-numre
- 2023-CHITS-003
Plan for individuelle deltakerdata (IPD)
Planlegger du å dele individuelle deltakerdata (IPD)?
Legemiddel- og utstyrsinformasjon, studiedokumenter
Studerer et amerikansk FDA-regulert medikamentprodukt
Studerer et amerikansk FDA-regulert enhetsprodukt
Denne informasjonen ble hentet direkte fra nettstedet clinicaltrials.gov uten noen endringer. Hvis du har noen forespørsler om å endre, fjerne eller oppdatere studiedetaljene dine, vennligst kontakt register@clinicaltrials.gov. Så snart en endring er implementert på clinicaltrials.gov, vil denne også bli oppdatert automatisk på nettstedet vårt. .
Kliniske studier på Infeksjoner
-
Universidad del DesarrolloFullførtHealthcare Associated InfectionChile
-
Imelda Hospital, BonheidenFullførtHealthcare Associated InfectionBelgia
-
Centre Hospitalier Universitaire de NīmesRekrutteringEldre | Healthcare Associated InfectionFrankrike
-
Centre Hospitalier Universitaire, AmiensFullførtHealthcare Associated Infection | IglerFrankrike
-
Johns Hopkins UniversityFullførtHealthcare Associated Infection | Multiresistente organismer
-
University of PennsylvaniaFullførtAntimikrobiell resistensForente stater, Botswana
-
University of Maryland, BaltimoreVA Office of Research and DevelopmentFullførtMenneskelig mikrobiomForente stater
-
Universidad Autonoma de Nuevo LeonUkjentHelsetilknyttede infeksjoner
-
Children's Hospital Medical Center, CincinnatiAvsluttetAllogen hematopoetisk celletransplantasjonForente stater
-
University of Colorado, DenverUniversity of IowaFullførtHealth Care Associated Infection | HåndhygieneForente stater
Kliniske studier på Metagenomisk sekvensering
-
University of California, San FranciscoUniversity of California, Los Angeles; University of California, Davis; University... og andre samarbeidspartnereRekrutteringUveitt | InfeksjonssykdomForente stater
-
Duke UniversityNational Institute of Allergy and Infectious Diseases (NIAID)RekrutteringLungebetennelse, bakteriell | Ventilator Associated PneumoniaForente stater
-
University of California, San FranciscoFullførtSkjelettavvik | Flere anomalier | Strukturelle anomalier | Hjerteanomalier | Anomalier i sentralnervesystemet | Thorax anomalier | Genito-urinary anomalier | Gastrointestinale anomalierForente stater
-
Addario Lung Cancer Medical InstituteDana-Farber Cancer InstituteAktiv, ikke rekrutterendeIkke-småcellet lungekreftForente stater
-
University of Illinois College of Medicine at PeoriaRady Children's Institute of Genomic MedicineAktiv, ikke rekrutterendeGenetisk sykdom | Genetisk syndromForente stater
-
Samsung Medical CenterRekrutteringTrippel negativ brystkreft | Pembrolizumab | Neoadjuvant kjemoterapi | Tumor mikromiljøKorea, Republikken
-
Scripps Translational Science InstituteRekrutteringMedfødt hjertesykdomForente stater
-
Imperial College London Diabetes CentreUkjentMendelske lidelser | Genetisk lidelse | Ny mutasjon | Arvelig lidelse | De Novo-mutasjon | Arvelig sykdom | Enkelt-gen-defekterDe forente arabiske emirater
-
Munich Leukemia LaboratoryIllumina, Inc.RekrutteringLeukemi | Sjeldne sykdommer | Refraktær lymfom | Hematologisk malignitet | Ildfast leukemi | Ukjente primærsvulsterTyskland
-
Institut National de la Santé Et de la Recherche...Institut Bergonié; Plateforme labellisée Inca - Institut Bergonié, Bordeaux og andre samarbeidspartnereFullførtMykvevssarkom | Kolorektal karsinomFrankrike