Posttraumaattisten infektioiden kliininen metagenomiikka (METADIAG)
Kliininen metagenominen seuraavan sukupolven mikrobiinfektioiden sekvensointi traumassa
Murtumaan liittyvän infektion hoito on haastavaa ja johtaa usein epäonnistumiseen sellaisissa tilanteissa, joista aiheutuu suuria terveyskustannuksia.
Nämä infektiot ovat usein polymikrobisia, joten kaikkien asiaan liittyvien mikro-organismien tunnistaminen on tärkeä huolenaihe räätälöidyn antibioottihoidon tarjoamiseksi. Viljelystä riippumattomia menetelmiä tarvitaan kuvaamaan paremmin infektoituneiden haavojen mikrobien monimuotoisuutta. Metagenominen sekvensointi saattaa johtaa tarkan mikrobiomin karakterisointiin infektoituneessa traumaan liittyvässä haavassa.
Alustavat tutkimukset ovat raportoineet tuloksia metagenomisesta sekvensoinnista diabeettisessa jalkainfektiossa, mutta ei-diabeettisiin infektioihin keskittyviä tietoja on vähän.
Posttraumaattisen infektoituneen haavan mikrobiomin vaikutus on arvioitava bakteerien runsauden, monimuotoisuuden, mukaan lukien kantatason ja funktionaalisten geenien, sekä niiden pitkittäisen evoluution ja kliinisten tulosten välisen yhteyden osalta.
Tutkimuksen yleiskatsaus
Tila
Ehdot
Interventio / Hoito
Yksityiskohtainen kuvaus
DNA erotetaan kirurgisten toimenpiteiden aikana otetuista näytteistä. Erilaisia uuttoprotokollia arvioidaan, jotta voidaan määrittää paras käytettävä tämän tyyppisille kudosnäytteille.
Puhdistetun DNA:n määrä määritetään käyttämällä Qubit dsDNA High-Sensitivity Assay Kit -kittiä (Invitrogen). Fragmentin pituuden laatu arvioidaan 2100 Bioanalyzerin (Agilent Technologies) DNA-high-sensitivity-sarjan avulla. DNA-sekvensointi suoritetaan Oxford Nanopore Technologie -laitteilla: MinIONTM ja GridIONTM.
Toinen samojen näytteiden sekvensointi suoritetaan MiSeq:lle kirjastojen valmistuksen jälkeen käyttämällä NexteraXT DNA Library Preparation Kit -sarjaa (Illumina).
Molemmista sekvensointimenetelmistä sekvensoidut OTU:t kohdataan eri taksonomisilla luokilla ja niitä verrataan tavanomaisten rutiinimenetelmien tuloksiin (bakteeriviljely). Sekvenssien toiminnallinen analyysi tehdään kliiniseen lopputulokseen liittyvien mahdollisten geenien tunnistamiseksi.
Opintotyyppi
Ilmoittautuminen (Todellinen)
Yhteystiedot ja paikat
Opiskelupaikat
-
-
Var
-
Toulon, Var, Ranska, 83000
- Military Teaching Hospital Sainte Anne
-
-
Osallistumiskriteerit
Kelpoisuusvaatimukset
Opintokelpoiset iät
Hyväksyy terveitä vapaaehtoisia
Näytteenottomenetelmä
Tutkimusväestö
Kuvaus
Sisällyttämiskriteerit:
- Ikä ≥ 18 vuotta
- Traumaperäisen infektion diagnoosi
Poissulkemiskriteerit:
- Osallistuminen interventiotutkimukseen tutkimuksen aikana
- Potilaan vastustus
- -80 °C:ssa säilytettyjen luu- tai pehmytkudosnäytteiden puuttuminen
Opintosuunnitelma
Miten tutkimus on suunniteltu?
Suunnittelun yksityiskohdat
Kohortit ja interventiot
Ryhmä/Kohortti |
Interventio / Hoito |
|---|---|
|
Traumaan liittyvä infektio
|
Näytteille on suoritettava korkean suorituskyvyn sekvensointi käyttäen sekä illumine MiSeqiä että Oxford Nanopore Technologies -tekniikkaa.
|
Mitä tutkimuksessa mitataan?
Ensisijaiset tulostoimenpiteet
Tulosmittaus |
Toimenpiteen kuvaus |
Aikaikkuna |
|---|---|---|
|
Murtumaan ja muuhun traumaan liittyvän infektion mikrobiomi
Aikaikkuna: Noin 2 kuukautta
|
Metagenomista sekvensointia käytetään traumaperäisten infektioiden mikrobiomin määrittämiseen Illumina MiSeq- ja Oxford Nanopore Technologies -teknologian avulla. Tietoja verrataan mikrobiologisista vertailutekniikoista (viljelmä) saatuihin tietoihin. |
Noin 2 kuukautta
|
Toissijaiset tulostoimenpiteet
Tulosmittaus |
Toimenpiteen kuvaus |
Aikaikkuna |
|---|---|---|
|
Korkean suorituskyvyn sekvensointitekniikoiden vertailu tuottaa tulosta
Aikaikkuna: Noin 3 kuukautta
|
Kullakin sekvensointimenetelmällä saatua FRI:hen liittyvää mikrobiomikoostumusta verrataan runsauden ja vaihtelun (K-kerroin ja esiintymistiheys) suhteen.
|
Noin 3 kuukautta
|
|
Virulenssi- tai resistenssitekijöiden lukumäärä ja luonne tunnistetuissa OTU:ssa (operational Taxonomic Unit)
Aikaikkuna: Noin 6 kuukautta
|
Sekvensoitujen bakteerigenomien toiminnallinen annotaatio virulenssin ja/tai resistenssiin liittyvien tekijöiden arvioimiseksi Prokka-ohjelmistolla.
|
Noin 6 kuukautta
|
|
Bakteerien lukumäärä ja niiden suhteellinen runsaus potilaiden tulosten mukaan käyttäen EBJIS-määritelmää (European Bone and Joint Infection)
Aikaikkuna: Noin 6 kuukautta
|
Selvittää NGS-pohjaisen mikrobiomin pitkittäiskoostumuksen assosiaatio lajikkeen (OTU:iden lukumäärä) ja runsauden (lukemien määrä) suhteen infektion pysyvyyteen EBJIS:n (European Bone and Joint Infection) määritelmän mukaisesti.
|
Noin 6 kuukautta
|
Yhteistyökumppanit ja tutkijat
Tutkijat
- Opintojohtaja: David LACÔTE-DELARBRE, MD, Military Teaching Hospital Sainte Anne
Julkaisuja ja hyödyllisiä linkkejä
Yleiset julkaisut
- Ivy MI, Thoendel MJ, Jeraldo PR, Greenwood-Quaintance KE, Hanssen AD, Abdel MP, Chia N, Yao JZ, Tande AJ, Mandrekar JN, Patel R. Direct Detection and Identification of Prosthetic Joint Infection Pathogens in Synovial Fluid by Metagenomic Shotgun Sequencing. J Clin Microbiol. 2018 Aug 27;56(9):e00402-18. doi: 10.1128/JCM.00402-18. Print 2018 Sep.
- Jnana A, Muthuraman V, Varghese VK, Chakrabarty S, Murali TS, Ramachandra L, Shenoy KR, Rodrigues GS, Prasad SS, Dendukuri D, Morschhauser A, Nestler J, Peter H, Bier FF, Satyamoorthy K. Microbial Community Distribution and Core Microbiome in Successive Wound Grades of Individuals with Diabetic Foot Ulcers. Appl Environ Microbiol. 2020 Mar 2;86(6):e02608-19. doi: 10.1128/AEM.02608-19. Print 2020 Mar 2.
- Kalan LR, Meisel JS, Loesche MA, Horwinski J, Soaita I, Chen X, Uberoi A, Gardner SE, Grice EA. Strain- and Species-Level Variation in the Microbiome of Diabetic Wounds Is Associated with Clinical Outcomes and Therapeutic Efficacy. Cell Host Microbe. 2019 May 8;25(5):641-655.e5. doi: 10.1016/j.chom.2019.03.006. Epub 2019 Apr 18.
- Mudrik-Zohar H, Carasso S, Gefen T, Zalmanovich A, Katzir M, Cohen Y, Paitan Y, Geva-Zatorsky N, Chowers M. Microbiome Characterization of Infected Diabetic Foot Ulcers in Association With Clinical Outcomes: Traditional Cultures Versus Molecular Sequencing Methods. Front Cell Infect Microbiol. 2022 Mar 24;12:836699. doi: 10.3389/fcimb.2022.836699. eCollection 2022.
- Delarbre D, Lavrard P, Elias A, Bossi V, Kacel I, Janvier F, Fournier PE. Bacterial DNA enrichment for low-inoculum fracture-related infection diagnostic using high-throughput sequencing. Diagn Microbiol Infect Dis. 2024 Jun 22;110(1):116411. doi: 10.1016/j.diagmicrobio.2024.116411. Online ahead of print.
Opintojen ennätyspäivät
Opi tärkeimmät päivämäärät
Opiskelun aloitus (Todellinen)
Ensisijainen valmistuminen (Todellinen)
Opintojen valmistuminen (Todellinen)
Opintoihin ilmoittautumispäivät
Ensimmäinen lähetetty
Ensimmäinen toimitettu, joka täytti QC-kriteerit
Ensimmäinen Lähetetty (Todellinen)
Tutkimustietojen päivitykset
Viimeisin päivitys julkaistu (Todellinen)
Viimeisin lähetetty päivitys, joka täytti QC-kriteerit
Viimeksi vahvistettu
Lisää tietoa
Tähän tutkimukseen liittyvät termit
Muita asiaankuuluvia MeSH-ehtoja
Muut tutkimustunnusnumerot
- 2023-CHITS-003
Yksittäisten osallistujien tietojen suunnitelma (IPD)
Aiotko jakaa yksittäisten osallistujien tietoja (IPD)?
Lääke- ja laitetiedot, tutkimusasiakirjat
Tutkii yhdysvaltalaista FDA sääntelemää lääkevalmistetta
Tutkii yhdysvaltalaista FDA sääntelemää laitetuotetta
Nämä tiedot haettiin suoraan verkkosivustolta clinicaltrials.gov ilman muutoksia. Jos sinulla on pyyntöjä muuttaa, poistaa tai päivittää tutkimustietojasi, ota yhteyttä register@clinicaltrials.gov. Heti kun muutos on otettu käyttöön osoitteessa clinicaltrials.gov, se päivitetään automaattisesti myös verkkosivustollemme .