Клиническая метагеномика посттравматических инфекций (METADIAG)
Клиническое метагеномное секвенирование нового поколения для микробных инфекций при травмах
Лечение инфекции, связанной с переломом, является сложной задачей и часто приводит к неудаче в такой ситуации, что влечет за собой высокие затраты на здравоохранение.
Эти инфекции часто являются полимикробными, что делает идентификацию всех вовлеченных микроорганизмов серьезной проблемой для обеспечения индивидуального лечения антибиотиками. Для лучшего представления микробного разнообразия инфицированных ран необходимы независимые от культуры методы. Метагеномное секвенирование может привести к точной характеристике микробиома в инфицированной ране, связанной с травмой.
В предварительных исследованиях сообщалось о результатах метагеномного секвенирования инфекции диабетической стопы, но данных, посвященных пациентам, не страдающим диабетом, недостаточно.
Необходимо оценить влияние микробиома посттравматической инфицированной раны с точки зрения обилия бактерий, разнообразия, в том числе на уровне штаммов и функциональных генов, а также их лонгитюдной эволюции и связи с клиническими исходами.
Обзор исследования
Статус
Условия
Вмешательство/лечение
Подробное описание
ДНК будет извлечена из образцов, взятых во время хирургических процедур. Будут оценены различные протоколы экстракции, чтобы определить, какие из них лучше всего подходят для этого типа образцов тканей.
Очищенная ДНК будет количественно определена с использованием набора Qubit dsDNA High-Sensitivity Assay Kit (Invitrogen). Качество длины фрагмента будет оцениваться с помощью набора ДНК высокой чувствительности в биоанализаторе 2100 (Agilent Technologies). Секвенирование ДНК будет проводиться с помощью устройств Oxford Nanopore Technologie: MinIONTM и GridIONTM.
Другое секвенирование тех же образцов будет выполнено на MiSeq после подготовки библиотек с использованием набора для подготовки ДНК-библиотек NexteraXT (Illumina).
Секвенированные OTU, полученные с помощью обоих методов секвенирования, будут сравниваться в различных таксономических рангах и сравниваться с результатами обычного рутинного метода (бактериальная культура). Будет проведен функциональный анализ последовательностей для выявления потенциальных генов, связанных с клиническим исходом.
Тип исследования
Регистрация (Действительный)
Контакты и местонахождение
Места учебы
-
-
Var
-
Toulon, Var, Франция, 83000
- Military Teaching Hospital Sainte Anne
-
-
Критерии участия
Критерии приемлемости
Возраст, подходящий для обучения
Принимает здоровых добровольцев
Метод выборки
Исследуемая популяция
Описание
Критерии включения:
- Возраст ≥ 18 лет
- Диагностика инфекции, связанной с травмой
Критерий исключения:
- Участие в интервенционном исследовании во время исследования
- Оппозиция пациента
- Отсутствие образцов костей или мягких тканей, хранящихся при температуре -80°C
Учебный план
Как устроено исследование?
Детали дизайна
Когорты и вмешательства
Группа / когорта |
Вмешательство/лечение |
|---|---|
|
Инфекция, связанная с травмой
|
Образцы должны быть отправлены на высокопроизводительное секвенирование с использованием как Illumine MiSeq, так и Oxford Nanopore Technologies.
|
Что измеряет исследование?
Первичные показатели результатов
Мера результата |
Мера Описание |
Временное ограничение |
|---|---|---|
|
Микробиом инфекции, связанной с переломом и другой травмой
Временное ограничение: Около 2 месяцев
|
Метагеномное секвенирование будет использоваться для определения микробиома инфекций, связанных с травмами, с использованием Illumina MiSeq и Oxford Nanopore Technologies. Данные будут сравниваться с данными эталонных методов микробиологической идентификации (культуры). |
Около 2 месяцев
|
Вторичные показатели результатов
Мера результата |
Мера Описание |
Временное ограничение |
|---|---|---|
|
Сравнение результатов методов высокопроизводительного секвенирования
Временное ограничение: Около 3 месяцев
|
Состав микробиомов, связанных с FRI, полученный с помощью каждого метода секвенирования, будет сравниваться с точки зрения численности и разнообразия (коэффициент K и частота).
|
Около 3 месяцев
|
|
Количество и характер факторов вирулентности или резистентности среди выявленных OTU (рабочая таксономическая единица)
Временное ограничение: Около 6 месяцев
|
Функциональная аннотация секвенированных бактериальных геномов для оценки наличия факторов, связанных с вирулентностью и/или резистентностью, с использованием программного обеспечения Prokka.
|
Около 6 месяцев
|
|
Количество бактерий и их относительная численность в зависимости от результатов лечения пациентов с использованием определения EBJIS (Европейская инфекция костей и суставов)
Временное ограничение: Около 6 месяцев
|
Определить связь продольного состава микробиома на основе NGS с точки зрения разнообразия (количество OTU) и численности (количество прочтений) с персистенцией инфекции в соответствии с определением EBJIS (European Bone and Joint Infection).
|
Около 6 месяцев
|
Соавторы и исследователи
Следователи
- Директор по исследованиям: David LACÔTE-DELARBRE, MD, Military Teaching Hospital Sainte Anne
Публикации и полезные ссылки
Общие публикации
- Ivy MI, Thoendel MJ, Jeraldo PR, Greenwood-Quaintance KE, Hanssen AD, Abdel MP, Chia N, Yao JZ, Tande AJ, Mandrekar JN, Patel R. Direct Detection and Identification of Prosthetic Joint Infection Pathogens in Synovial Fluid by Metagenomic Shotgun Sequencing. J Clin Microbiol. 2018 Aug 27;56(9):e00402-18. doi: 10.1128/JCM.00402-18. Print 2018 Sep.
- Jnana A, Muthuraman V, Varghese VK, Chakrabarty S, Murali TS, Ramachandra L, Shenoy KR, Rodrigues GS, Prasad SS, Dendukuri D, Morschhauser A, Nestler J, Peter H, Bier FF, Satyamoorthy K. Microbial Community Distribution and Core Microbiome in Successive Wound Grades of Individuals with Diabetic Foot Ulcers. Appl Environ Microbiol. 2020 Mar 2;86(6):e02608-19. doi: 10.1128/AEM.02608-19. Print 2020 Mar 2.
- Kalan LR, Meisel JS, Loesche MA, Horwinski J, Soaita I, Chen X, Uberoi A, Gardner SE, Grice EA. Strain- and Species-Level Variation in the Microbiome of Diabetic Wounds Is Associated with Clinical Outcomes and Therapeutic Efficacy. Cell Host Microbe. 2019 May 8;25(5):641-655.e5. doi: 10.1016/j.chom.2019.03.006. Epub 2019 Apr 18.
- Mudrik-Zohar H, Carasso S, Gefen T, Zalmanovich A, Katzir M, Cohen Y, Paitan Y, Geva-Zatorsky N, Chowers M. Microbiome Characterization of Infected Diabetic Foot Ulcers in Association With Clinical Outcomes: Traditional Cultures Versus Molecular Sequencing Methods. Front Cell Infect Microbiol. 2022 Mar 24;12:836699. doi: 10.3389/fcimb.2022.836699. eCollection 2022.
- Delarbre D, Lavrard P, Elias A, Bossi V, Kacel I, Janvier F, Fournier PE. Bacterial DNA enrichment for low-inoculum fracture-related infection diagnostic using high-throughput sequencing. Diagn Microbiol Infect Dis. 2024 Jun 22;110(1):116411. doi: 10.1016/j.diagmicrobio.2024.116411. Online ahead of print.
Даты записи исследования
Изучение основных дат
Начало исследования (Действительный)
Первичное завершение (Действительный)
Завершение исследования (Действительный)
Даты регистрации исследования
Первый отправленный
Впервые представлено, что соответствует критериям контроля качества
Первый опубликованный (Действительный)
Обновления учебных записей
Последнее опубликованное обновление (Действительный)
Последнее отправленное обновление, отвечающее критериям контроля качества
Последняя проверка
Дополнительная информация
Термины, связанные с этим исследованием
Ключевые слова
Дополнительные соответствующие термины MeSH
Другие идентификационные номера исследования
- 2023-CHITS-003
Планирование данных отдельных участников (IPD)
Планируете делиться данными об отдельных участниках (IPD)?
Информация о лекарствах и устройствах, исследовательские документы
Изучает лекарственный продукт, регулируемый FDA США.
Изучает продукт устройства, регулируемый Управлением по санитарному надзору за качеством пищевых продуктов и медикаментов США.
Эта информация была получена непосредственно с веб-сайта clinicaltrials.gov без каких-либо изменений. Если у вас есть запросы на изменение, удаление или обновление сведений об исследовании, обращайтесь по адресу register@clinicaltrials.gov. Как только изменение будет реализовано на clinicaltrials.gov, оно будет автоматически обновлено и на нашем веб-сайте. .