Klinisk metagenomik af posttraumatiske infektioner (METADIAG)
Klinisk metagenomisk næste generations sekvensering for mikrobielle infektioner i traumer
Behandling af frakturrelateret infektion er udfordrende og fører ofte til svigt i sådanne situationer, der medfører høje sundhedsomkostninger.
Disse infektioner er ofte polymikrobielle, hvilket gør identifikation af alle involverede mikroorganismer til en stor bekymring for at give skræddersyet antibiotikabehandling. Kulturuafhængige metoder er nødvendige for bedre at repræsentere den mikrobielle mangfoldighed af inficerede sår. Metagenomisk sekventering kan føre til en nøjagtig mikrobiomkarakterisering i inficerede traumerelateret sår.
Foreløbige undersøgelser har rapporteret resultater af metagenomisk sekvensering ved diabetisk fodinfektion, men data, der fokuserer på ikke-diabetiske inficerede patienter, er sparsomme.
Virkningen af posttraumatisk inficeret sårmikrobiom skal vurderes med hensyn til bakteriel overflod, diversitet, herunder på stammeniveau og funktionelle gener, sammen med deres longitudinelle udvikling og sammenhæng med kliniske resultater.
Studieoversigt
Status
Betingelser
Intervention / Behandling
Detaljeret beskrivelse
DNA vil blive ekstraheret fra prøver udført under kirurgiske procedurer. Forskellige ekstraktionsprotokoller vil blive vurderet for at bestemme den bedste, der skal bruges til denne type vævsprøver.
Oprenset DNA vil blive kvantificeret ved hjælp af Qubit dsDNA High-Sensitivity Assay Kit (Invitrogen). Kvaliteten af fragmentlængden vil blive estimeret med DNA-højfølsomhedssættet i 2100 Bioanalyzer (Agilent Technologies). DNA-sekventering vil blive udført med Oxford Nanopore Technologie-enheder: MinIONTM og GridIONTM.
En anden sekventering af de samme prøver vil blive udført på MiSeq'en efter biblioteksforberedelse ved hjælp af NexteraXT DNA Library Preparation Kit (Illumina).
Sekventeret OTU fra begge sekventeringsmetoder vil blive konfronteret i forskellige taksonomiske rækker og sammenlignet med konventionelle rutinemetoderesultater (bakteriekultur). En funktionel analyse af sekvenser vil blive udført for at identificere potentielle gener forbundet med klinisk resultat.
Undersøgelsestype
Tilmelding (Faktiske)
Kontakter og lokationer
Studiesteder
-
-
Var
-
Toulon, Var, Frankrig, 83000
- Military Teaching Hospital Sainte Anne
-
-
Deltagelseskriterier
Berettigelseskriterier
Aldre berettiget til at studere
Tager imod sunde frivillige
Prøveudtagningsmetode
Studiebefolkning
Beskrivelse
Inklusionskriterier:
- Alder ≥ 18 år
- Diagnose af traumerelateret infektion
Ekskluderingskriterier:
- Deltagelse i en interventionel forskning under undersøgelsen
- Tålmodig modstand
- Fravær af knogle- eller bløddelsprøver opbevaret ved -80°C
Studieplan
Hvordan er undersøgelsen tilrettelagt?
Design detaljer
Kohorter og interventioner
Gruppe / kohorte |
Intervention / Behandling |
|---|---|
|
Traumerelateret infektion
|
Prøver skal underkastes høj gennemløbssekventering ved brug af både illumine MiSeq og Oxford Nanopore Technologies.
|
Hvad måler undersøgelsen?
Primære resultatmål
Resultatmål |
Foranstaltningsbeskrivelse |
Tidsramme |
|---|---|---|
|
Mikrobiom af frakturrelateret og anden traumerelateret infektion
Tidsramme: Omkring 2 måneder
|
Metagenomisk sekventering vil blive brugt til at bestemme mikrobiomet af traume-relaterede infektioner ved hjælp af Illumina MiSeq og Oxford Nanopore Technologies. Data vil blive sammenlignet med dem fra referencemikrobiologiske identifikationsteknikker (kultur). |
Omkring 2 måneder
|
Sekundære resultatmål
Resultatmål |
Foranstaltningsbeskrivelse |
Tidsramme |
|---|---|---|
|
Sammenligning af højgennemløbssekventeringsteknikker giver
Tidsramme: Omkring 3 måneder
|
Den FRI-associerede mikrobiomersammensætning opnået med hver sekventeringsmetoder vil blive sammenlignet med hensyn til overflod og variation (K-koefficient og frekvens)
|
Omkring 3 måneder
|
|
Antal og arten af virulens eller resistensfaktorer blandt identificerede OTU (operational Taxonomic Unit)
Tidsramme: Omkring 6 måneder
|
Funktionel annotering af sekventerede bakterielle genomer for at vurdere tilstedeværelsen af virulens og/eller resistensassocierede faktorer ved hjælp af Prokka-software.
|
Omkring 6 måneder
|
|
Antallet af bakterier og deres relative overflod i henhold til patienternes udfald ved hjælp af EBJIS-definitionen (European Bone and Joint Infection)
Tidsramme: Omkring 6 måneder
|
At bestemme sammenhængen mellem det NGS-baserede mikrobiom i længderetningen med hensyn til variation (antal OTU) og abundance (antal aflæsninger) med infektionspersistens i henhold til EBJIS-definitionen (European Bone and Joint Infection).
|
Omkring 6 måneder
|
Samarbejdspartnere og efterforskere
Efterforskere
- Studieleder: David LACÔTE-DELARBRE, MD, Military Teaching Hospital Sainte Anne
Publikationer og nyttige links
Generelle publikationer
- Ivy MI, Thoendel MJ, Jeraldo PR, Greenwood-Quaintance KE, Hanssen AD, Abdel MP, Chia N, Yao JZ, Tande AJ, Mandrekar JN, Patel R. Direct Detection and Identification of Prosthetic Joint Infection Pathogens in Synovial Fluid by Metagenomic Shotgun Sequencing. J Clin Microbiol. 2018 Aug 27;56(9):e00402-18. doi: 10.1128/JCM.00402-18. Print 2018 Sep.
- Jnana A, Muthuraman V, Varghese VK, Chakrabarty S, Murali TS, Ramachandra L, Shenoy KR, Rodrigues GS, Prasad SS, Dendukuri D, Morschhauser A, Nestler J, Peter H, Bier FF, Satyamoorthy K. Microbial Community Distribution and Core Microbiome in Successive Wound Grades of Individuals with Diabetic Foot Ulcers. Appl Environ Microbiol. 2020 Mar 2;86(6):e02608-19. doi: 10.1128/AEM.02608-19. Print 2020 Mar 2.
- Kalan LR, Meisel JS, Loesche MA, Horwinski J, Soaita I, Chen X, Uberoi A, Gardner SE, Grice EA. Strain- and Species-Level Variation in the Microbiome of Diabetic Wounds Is Associated with Clinical Outcomes and Therapeutic Efficacy. Cell Host Microbe. 2019 May 8;25(5):641-655.e5. doi: 10.1016/j.chom.2019.03.006. Epub 2019 Apr 18.
- Mudrik-Zohar H, Carasso S, Gefen T, Zalmanovich A, Katzir M, Cohen Y, Paitan Y, Geva-Zatorsky N, Chowers M. Microbiome Characterization of Infected Diabetic Foot Ulcers in Association With Clinical Outcomes: Traditional Cultures Versus Molecular Sequencing Methods. Front Cell Infect Microbiol. 2022 Mar 24;12:836699. doi: 10.3389/fcimb.2022.836699. eCollection 2022.
- Delarbre D, Lavrard P, Elias A, Bossi V, Kacel I, Janvier F, Fournier PE. Bacterial DNA enrichment for low-inoculum fracture-related infection diagnostic using high-throughput sequencing. Diagn Microbiol Infect Dis. 2024 Jun 22;110(1):116411. doi: 10.1016/j.diagmicrobio.2024.116411. Online ahead of print.
Datoer for undersøgelser
Studer store datoer
Studiestart (Faktiske)
Primær færdiggørelse (Faktiske)
Studieafslutning (Faktiske)
Datoer for studieregistrering
Først indsendt
Først indsendt, der opfyldte QC-kriterier
Først opslået (Faktiske)
Opdateringer af undersøgelsesjournaler
Sidste opdatering sendt (Faktiske)
Sidste opdatering indsendt, der opfyldte kvalitetskontrolkriterier
Sidst verificeret
Mere information
Begreber relateret til denne undersøgelse
Yderligere relevante MeSH-vilkår
Andre undersøgelses-id-numre
- 2023-CHITS-003
Plan for individuelle deltagerdata (IPD)
Planlægger du at dele individuelle deltagerdata (IPD)?
Lægemiddel- og udstyrsoplysninger, undersøgelsesdokumenter
Studerer et amerikansk FDA-reguleret lægemiddelprodukt
Studerer et amerikansk FDA-reguleret enhedsprodukt
Disse oplysninger blev hentet direkte fra webstedet clinicaltrials.gov uden ændringer. Hvis du har nogen anmodninger om at ændre, fjerne eller opdatere dine undersøgelsesoplysninger, bedes du kontakte register@clinicaltrials.gov. Så snart en ændring er implementeret på clinicaltrials.gov, vil denne også blive opdateret automatisk på vores hjemmeside .