Metagenómica clínica de las infecciones postraumáticas (METADIAG)
Secuenciación metagenómica clínica de próxima generación para infecciones microbianas en trauma
El tratamiento de la infección relacionada con la fractura es un desafío y, a menudo, conduce al fracaso en situaciones que conllevan una carga de alto costo para la salud.
Estas infecciones suelen ser polimicrobianas, por lo que la identificación de todos los microorganismos involucrados es una preocupación importante para proporcionar un tratamiento antibiótico personalizado. Se necesitan métodos independientes del cultivo para representar mejor la diversidad microbiana de las heridas infectadas. La secuenciación metagenómica podría conducir a una caracterización precisa del microbioma en heridas infectadas relacionadas con traumatismos.
Los estudios preliminares han informado resultados de la secuenciación metagenómica en la infección del pie diabético, pero los datos centrados en pacientes infectados no diabéticos son escasos.
Es necesario evaluar el impacto del microbioma de la herida infectada postraumática, con respecto a la abundancia bacteriana, la diversidad incluso a nivel de cepa y los genes funcionales, junto con su evolución longitudinal y asociación con los resultados clínicos.
Descripción general del estudio
Estado
Condiciones
Intervención / Tratamiento
Descripción detallada
El ADN se extraerá de muestras realizadas durante procedimientos quirúrgicos. Se evaluarán diferentes protocolos de extracción para determinar cuál es el mejor para este tipo de muestras de tejido.
El ADN purificado se cuantificará con el kit de ensayo de alta sensibilidad Qubit dsDNA (Invitrogen). La calidad de la longitud del fragmento se estimará con el kit de alta sensibilidad de ADN en el Bioanalizador 2100 (Agilent Technologies). La secuenciación del ADN se realizará con dispositivos Oxford Nanopore Technologie: MinIONTM y GridIONTM.
Se realizará otra secuenciación de las mismas muestras en MiSeq después de la preparación de bibliotecas con el kit de preparación de bibliotecas de ADN NexteraXT (Illumina).
La UTO secuenciada de ambos métodos de secuenciación se confrontará en diferentes rangos taxonómicos y se comparará con los resultados del método de rutina convencional (cultivo bacteriano). Se realizará un análisis funcional de las secuencias para identificar genes potenciales asociados con el resultado clínico.
Tipo de estudio
Inscripción (Actual)
Contactos y Ubicaciones
Ubicaciones de estudio
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Var
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Toulon, Var, Francia, 83000
- Military Teaching Hospital Sainte Anne
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Criterios de participación
Criterio de elegibilidad
Edades elegibles para estudiar
Acepta Voluntarios Saludables
Método de muestreo
Población de estudio
Descripción
Criterios de inclusión:
- Edad ≥ 18 años
- Diagnóstico de infección relacionada con trauma
Criterio de exclusión:
- Participación en una investigación intervencionista durante el estudio.
- Oposición paciente
- Ausencia de muestras de hueso o tejido blando almacenadas a -80°C
Plan de estudios
¿Cómo está diseñado el estudio?
Detalles de diseño
Cohortes e Intervenciones
Grupo / Cohorte |
Intervención / Tratamiento |
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Infección relacionada con el trauma
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Las muestras se someterán a una secuenciación de alto rendimiento con illumine MiSeq y Oxford Nanopore Technologies.
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¿Qué mide el estudio?
Medidas de resultado primarias
Medida de resultado |
Medida Descripción |
Periodo de tiempo |
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Microbioma de infecciones relacionadas con fracturas y otros traumatismos
Periodo de tiempo: Alrededor de 2 meses
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La secuenciación metagenómica se utilizará para determinar el microbioma de las infecciones relacionadas con traumatismos utilizando Illumina MiSeq y Oxford Nanopore Technologies. Los datos se compararán con los de las técnicas de identificación microbiológica de referencia (cultivo). |
Alrededor de 2 meses
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Medidas de resultado secundarias
Medida de resultado |
Medida Descripción |
Periodo de tiempo |
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Comparación de rendimiento de técnicas de secuenciación de alto rendimiento
Periodo de tiempo: Alrededor de 3 meses
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La composición de microbiomas asociados a FRI obtenida con cada método de secuenciación se comparará en términos de abundancia y variedad (coeficiente K y frecuencia)
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Alrededor de 3 meses
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Número y naturaleza de los factores de virulencia o resistencia entre las UTO (Unidad Taxonómica Operacional) identificadas
Periodo de tiempo: Alrededor de 6 meses
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Anotación funcional de genomas bacterianos secuenciados para evaluar la presencia de factores asociados a la virulencia y/o resistencia, utilizando el software Prokka.
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Alrededor de 6 meses
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Número de bacterias y su abundancia relativa según el resultado de los pacientes utilizando la definición EBJIS (European Bone and Joint Infection)
Periodo de tiempo: Alrededor de 6 meses
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Determinar la asociación de la composición longitudinal del microbioma basado en NGS en términos de variedad (número de OTU) y abundancia (número de lecturas) con la persistencia de la infección según la definición EBJIS (European Bone and Joint Infection).
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Alrededor de 6 meses
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Colaboradores e Investigadores
Investigadores
- Director de estudio: David LACÔTE-DELARBRE, MD, Military Teaching Hospital Sainte Anne
Publicaciones y enlaces útiles
Publicaciones Generales
- Ivy MI, Thoendel MJ, Jeraldo PR, Greenwood-Quaintance KE, Hanssen AD, Abdel MP, Chia N, Yao JZ, Tande AJ, Mandrekar JN, Patel R. Direct Detection and Identification of Prosthetic Joint Infection Pathogens in Synovial Fluid by Metagenomic Shotgun Sequencing. J Clin Microbiol. 2018 Aug 27;56(9):e00402-18. doi: 10.1128/JCM.00402-18. Print 2018 Sep.
- Jnana A, Muthuraman V, Varghese VK, Chakrabarty S, Murali TS, Ramachandra L, Shenoy KR, Rodrigues GS, Prasad SS, Dendukuri D, Morschhauser A, Nestler J, Peter H, Bier FF, Satyamoorthy K. Microbial Community Distribution and Core Microbiome in Successive Wound Grades of Individuals with Diabetic Foot Ulcers. Appl Environ Microbiol. 2020 Mar 2;86(6):e02608-19. doi: 10.1128/AEM.02608-19. Print 2020 Mar 2.
- Kalan LR, Meisel JS, Loesche MA, Horwinski J, Soaita I, Chen X, Uberoi A, Gardner SE, Grice EA. Strain- and Species-Level Variation in the Microbiome of Diabetic Wounds Is Associated with Clinical Outcomes and Therapeutic Efficacy. Cell Host Microbe. 2019 May 8;25(5):641-655.e5. doi: 10.1016/j.chom.2019.03.006. Epub 2019 Apr 18.
- Mudrik-Zohar H, Carasso S, Gefen T, Zalmanovich A, Katzir M, Cohen Y, Paitan Y, Geva-Zatorsky N, Chowers M. Microbiome Characterization of Infected Diabetic Foot Ulcers in Association With Clinical Outcomes: Traditional Cultures Versus Molecular Sequencing Methods. Front Cell Infect Microbiol. 2022 Mar 24;12:836699. doi: 10.3389/fcimb.2022.836699. eCollection 2022.
- Delarbre D, Lavrard P, Elias A, Bossi V, Kacel I, Janvier F, Fournier PE. Bacterial DNA enrichment for low-inoculum fracture-related infection diagnostic using high-throughput sequencing. Diagn Microbiol Infect Dis. 2024 Jun 22;110(1):116411. doi: 10.1016/j.diagmicrobio.2024.116411. Online ahead of print.
Fechas de registro del estudio
Fechas importantes del estudio
Inicio del estudio (Actual)
Finalización primaria (Actual)
Finalización del estudio (Actual)
Fechas de registro del estudio
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Más información
Términos relacionados con este estudio
Palabras clave
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Otros números de identificación del estudio
- 2023-CHITS-003
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Estudia un producto farmacéutico regulado por la FDA de EE. UU.
Estudia un producto de dispositivo regulado por la FDA de EE. UU.
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