Klinische Metagenomic van posttraumatische infecties (METADIAG)
Klinische metagenomische sequencing van de volgende generatie voor microbiële infecties bij trauma
Behandeling van fractuurgerelateerde infectie is een uitdaging en leidt vaak tot falen in een situatie die hoge gezondheidskosten met zich meebrengt.
Deze infecties zijn vaak polymicrobieel, waardoor de identificatie van alle betrokken micro-organismen een grote zorg is om een op maat gemaakte antibioticabehandeling te kunnen bieden. Cultuuronafhankelijke methoden zijn nodig om de microbiële diversiteit van geïnfecteerde wonden beter weer te geven. Metagenomische sequencing kan leiden tot een nauwkeurige karakterisering van het microbioom in geïnfecteerde traumagerelateerde wonden.
Voorlopige studies hebben resultaten gerapporteerd van metagenomische sequencing bij diabetische voetinfectie, maar gegevens over niet-diabetische geïnfecteerde patiënten zijn schaars.
De impact van posttraumatisch geïnfecteerd wondmicrobioom moet worden beoordeeld, met betrekking tot bacteriële overvloed, diversiteit inclusief op stamniveau en functionele genen, samen met hun longitudinale evolutie en associatie met klinische uitkomsten.
Studie Overzicht
Toestand
Conditie
Interventie / Behandeling
Gedetailleerde beschrijving
DNA zal worden geëxtraheerd uit monsters die tijdens chirurgische procedures zijn uitgevoerd. Verschillende extractieprotocollen zullen worden beoordeeld om te bepalen welke het beste kan worden gebruikt voor dit type weefselmonsters.
Gezuiverd DNA zal worden gekwantificeerd met behulp van de Qubit dsDNA High-Sensitivity Assay Kit (Invitrogen). De kwaliteit van de fragmentlengte zal worden geschat met de DNA-kit met hoge gevoeligheid in de 2100 Bioanalyzer (Agilent Technologies). DNA-sequencing zal worden uitgevoerd met apparaten van Oxford Nanopore Technologie: MinIONTM en GridIONTM.
Een andere sequentiebepaling van dezelfde monsters zal worden uitgevoerd op de MiSeq na de voorbereiding van de bibliotheken met behulp van de NexteraXT DNA Library Preparation Kit (Illumina).
Gesequentiseerde OTU van beide sequencingmethoden zullen worden geconfronteerd op verschillende taxonomische niveaus en worden vergeleken met de resultaten van conventionele routinemethoden (bacteriële kweek). Er zal een functionele analyse van sequenties worden uitgevoerd om potentiële genen te identificeren die verband houden met de klinische uitkomst.
Studietype
Inschrijving (Werkelijk)
Contacten en locaties
Studie Locaties
-
-
Var
-
Toulon, Var, Frankrijk, 83000
- Military Teaching Hospital Sainte Anne
-
-
Deelname Criteria
Geschiktheidscriteria
Leeftijden die in aanmerking komen voor studie
Accepteert gezonde vrijwilligers
Bemonsteringsmethode
Studie Bevolking
Beschrijving
Inclusiecriteria:
- Leeftijd ≥ 18 jaar
- Diagnose van traumagerelateerde infectie
Uitsluitingscriteria:
- Deelname aan een interventioneel onderzoek tijdens het onderzoek
- Geduldige oppositie
- Afwezigheid van bot- of weke delenmonsters bewaard bij -80°C
Studie plan
Hoe is de studie opgezet?
Ontwerpdetails
Cohorten en interventies
Groep / Cohort |
Interventie / Behandeling |
|---|---|
|
Traumagerelateerde infectie
|
Monsters worden onderworpen aan high-throughput sequencing met behulp van zowel illumine MiSeq als Oxford Nanopore Technologies.
|
Wat meet het onderzoek?
Primaire uitkomstmaten
Uitkomstmaat |
Maatregel Beschrijving |
Tijdsspanne |
|---|---|---|
|
Microbioom van fractuurgerelateerde en andere traumagerelateerde infectie
Tijdsspanne: Ongeveer 2 maanden
|
Metagenomische sequencing zal worden gebruikt om het microbioom van traumagerelateerde infecties te bepalen met behulp van Illumina MiSeq en Oxford Nanopore Technologies. Gegevens zullen worden vergeleken met die van referentie-microbiologische identificatietechnieken (kweek). |
Ongeveer 2 maanden
|
Secundaire uitkomstmaten
Uitkomstmaat |
Maatregel Beschrijving |
Tijdsspanne |
|---|---|---|
|
Vergelijking van de opbrengst van sequencingtechnieken met hoge doorvoer
Tijdsspanne: Ongeveer 3 maanden
|
De samenstelling van de FRI-geassocieerde microbiomen verkregen met elke sequentiemethode zal worden vergeleken in termen van overvloed en variëteit (K-coëfficiënt en frequentie)
|
Ongeveer 3 maanden
|
|
Aantal en aard van virulentie- of resistentiefactoren onder geïdentificeerde OTU (operationele Taxonomic Unit)
Tijdsspanne: Ongeveer 6 maanden
|
Functionele annotatie van gesequenced bacteriële genomen om de aanwezigheid van virulentie en/of resistentie-geassocieerde factoren te beoordelen, met behulp van Prokka-software.
|
Ongeveer 6 maanden
|
|
Aantal bacteriën en hun relatieve voorkomen volgens de uitkomst van de patiënt met behulp van de EBJIS-definitie (European Bone and Joint Infection)
Tijdsspanne: Ongeveer 6 maanden
|
Om de associatie te bepalen van de NGS-gebaseerde longitudinale samenstelling van het microbioom in termen van variëteit (aantal OTU) en overvloed (aantal aflezingen) met infectiepersistentie volgens de EBJIS-definitie (European Bone and Joint Infection).
|
Ongeveer 6 maanden
|
Medewerkers en onderzoekers
Onderzoekers
- Studie directeur: David LACÔTE-DELARBRE, MD, Military Teaching Hospital Sainte Anne
Publicaties en nuttige links
Algemene publicaties
- Ivy MI, Thoendel MJ, Jeraldo PR, Greenwood-Quaintance KE, Hanssen AD, Abdel MP, Chia N, Yao JZ, Tande AJ, Mandrekar JN, Patel R. Direct Detection and Identification of Prosthetic Joint Infection Pathogens in Synovial Fluid by Metagenomic Shotgun Sequencing. J Clin Microbiol. 2018 Aug 27;56(9):e00402-18. doi: 10.1128/JCM.00402-18. Print 2018 Sep.
- Jnana A, Muthuraman V, Varghese VK, Chakrabarty S, Murali TS, Ramachandra L, Shenoy KR, Rodrigues GS, Prasad SS, Dendukuri D, Morschhauser A, Nestler J, Peter H, Bier FF, Satyamoorthy K. Microbial Community Distribution and Core Microbiome in Successive Wound Grades of Individuals with Diabetic Foot Ulcers. Appl Environ Microbiol. 2020 Mar 2;86(6):e02608-19. doi: 10.1128/AEM.02608-19. Print 2020 Mar 2.
- Kalan LR, Meisel JS, Loesche MA, Horwinski J, Soaita I, Chen X, Uberoi A, Gardner SE, Grice EA. Strain- and Species-Level Variation in the Microbiome of Diabetic Wounds Is Associated with Clinical Outcomes and Therapeutic Efficacy. Cell Host Microbe. 2019 May 8;25(5):641-655.e5. doi: 10.1016/j.chom.2019.03.006. Epub 2019 Apr 18.
- Mudrik-Zohar H, Carasso S, Gefen T, Zalmanovich A, Katzir M, Cohen Y, Paitan Y, Geva-Zatorsky N, Chowers M. Microbiome Characterization of Infected Diabetic Foot Ulcers in Association With Clinical Outcomes: Traditional Cultures Versus Molecular Sequencing Methods. Front Cell Infect Microbiol. 2022 Mar 24;12:836699. doi: 10.3389/fcimb.2022.836699. eCollection 2022.
- Delarbre D, Lavrard P, Elias A, Bossi V, Kacel I, Janvier F, Fournier PE. Bacterial DNA enrichment for low-inoculum fracture-related infection diagnostic using high-throughput sequencing. Diagn Microbiol Infect Dis. 2024 Jun 22;110(1):116411. doi: 10.1016/j.diagmicrobio.2024.116411. Online ahead of print.
Studie record data
Bestudeer belangrijke data
Studie start (Werkelijk)
Primaire voltooiing (Werkelijk)
Studie voltooiing (Werkelijk)
Studieregistratiedata
Eerst ingediend
Eerst ingediend dat voldeed aan de QC-criteria
Eerst geplaatst (Werkelijk)
Updates van studierecords
Laatste update geplaatst (Werkelijk)
Laatste update ingediend die voldeed aan QC-criteria
Laatst geverifieerd
Meer informatie
Termen gerelateerd aan deze studie
Trefwoorden
Aanvullende relevante MeSH-voorwaarden
Andere studie-ID-nummers
- 2023-CHITS-003
Plan Individuele Deelnemersgegevens (IPD)
Bent u van plan om gegevens van individuele deelnemers (IPD) te delen?
Informatie over medicijnen en apparaten, studiedocumenten
Bestudeert een door de Amerikaanse FDA gereguleerd geneesmiddel
Bestudeert een door de Amerikaanse FDA gereguleerd apparaatproduct
Deze informatie is zonder wijzigingen rechtstreeks van de website clinicaltrials.gov gehaald. Als u verzoeken heeft om uw onderzoeksgegevens te wijzigen, te verwijderen of bij te werken, neem dan contact op met register@clinicaltrials.gov. Zodra er een wijziging wordt doorgevoerd op clinicaltrials.gov, wordt deze ook automatisch bijgewerkt op onze website .