Metagenômica Clínica de Infecções Pós-Traumáticas (METADIAG)
Sequenciamento de próxima geração metagenômica clínica para infecções microbianas em trauma
O tratamento da infecção relacionada à fratura é desafiador e muitas vezes leva ao fracasso em tais situações que carregam um alto custo de saúde.
Essas infecções geralmente são polimicrobianas, tornando a identificação de todos os microrganismos envolvidos uma grande preocupação para fornecer tratamento antibiótico personalizado. Métodos independentes de cultura são necessários para melhor representar a diversidade microbiana de feridas infectadas. O sequenciamento metagenômico pode levar a uma caracterização precisa do microbioma em feridas infectadas relacionadas a traumas.
Estudos preliminares relataram resultados de sequenciamento metagenômico na infecção do pé diabético, mas dados com foco em pacientes infectados não diabéticos são escassos.
O impacto do microbioma da ferida infectada pós-traumática precisa ser avaliado, no que diz respeito à abundância bacteriana, diversidade inclusive no nível da cepa e genes funcionais, juntamente com sua evolução longitudinal e associação com desfechos clínicos.
Visão geral do estudo
Status
Condições
Intervenção / Tratamento
Descrição detalhada
O DNA será extraído de amostras realizadas durante procedimentos cirúrgicos. Diferentes protocolos de extração serão avaliados para determinar o melhor a ser usado para este tipo de amostras de tecido.
O DNA purificado será quantificado usando o kit de ensaio de alta sensibilidade Qubit dsDNA (Invitrogen). A qualidade do comprimento do fragmento será estimada com o kit de alta sensibilidade de DNA no 2100 Bioanalyzer (Agilent Technologies). O sequenciamento de DNA será realizado com dispositivos Oxford Nanopore Technologie: MinIONTM e GridIONTM.
Outro sequenciamento das mesmas amostras será realizado no MiSeq após a preparação das bibliotecas usando o Kit de Preparação de Bibliotecas de DNA NexteraXT (Illumina).
OTUs sequenciados de ambos os métodos de sequenciamento serão confrontados em diferentes níveis taxonômicos e comparados com resultados de métodos convencionais de rotina (cultura bacteriana). Uma análise funcional das sequências será feita para identificar potenciais genes associados ao resultado clínico.
Tipo de estudo
Inscrição (Real)
Contactos e Locais
Locais de estudo
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Var
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Toulon, Var, França, 83000
- Military Teaching Hospital Sainte Anne
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Critérios de participação
Critérios de elegibilidade
Idades elegíveis para estudo
Aceita Voluntários Saudáveis
Método de amostragem
População do estudo
Descrição
Critério de inclusão:
- Idade ≥ 18 anos
- Diagnóstico de infecção relacionada ao trauma
Critério de exclusão:
- Participação em uma pesquisa interventiva durante o estudo
- Oposição do paciente
- Ausência de amostras de ossos ou tecidos moles armazenadas a -80°C
Plano de estudo
Como o estudo é projetado?
Detalhes do projeto
Coortes e Intervenções
Grupo / Coorte |
Intervenção / Tratamento |
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Infecção relacionada ao trauma
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As amostras serão submetidas a sequenciamento de alto rendimento usando as tecnologias illumine MiSeq e Oxford Nanopore.
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O que o estudo está medindo?
Medidas de resultados primários
Medida de resultado |
Descrição da medida |
Prazo |
|---|---|---|
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Microbioma de infecções relacionadas a fraturas e outras infecções relacionadas a traumas
Prazo: Cerca de 2 meses
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O sequenciamento metagenômico será usado para determinar o microbioma de infecções relacionadas a traumas usando Illumina MiSeq e Oxford Nanopore Technologies. Os dados serão comparados com os de técnicas de identificação microbiológica de referência (cultura). |
Cerca de 2 meses
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Medidas de resultados secundários
Medida de resultado |
Descrição da medida |
Prazo |
|---|---|---|
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Comparação de rendimento de técnicas de sequenciamento de alto rendimento
Prazo: Cerca de 3 meses
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A composição dos microbiomas associados ao FRI obtida com cada método de sequenciamento será comparada em termos de abundância e variedade (coeficiente K e frequência)
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Cerca de 3 meses
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Número e natureza dos fatores de virulência ou resistência entre as OTU (unidade taxonômica operacional) identificadas
Prazo: Cerca de 6 meses
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Anotação funcional de genomas bacterianos sequenciados para avaliar a presença de fatores associados à virulência e/ou resistência, usando o software Prokka.
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Cerca de 6 meses
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Número de bactérias e sua abundância relativa de acordo com o resultado dos pacientes usando a definição EBJIS (European Bone and Joint Infection)
Prazo: Cerca de 6 meses
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Determinar a associação da composição longitudinal do microbioma baseado em NGS em termos de variedade (número de OTU) e abundância (número de reads) com a persistência da infecção de acordo com a definição EBJIS (European Bone and Joint Infection).
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Cerca de 6 meses
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Colaboradores e Investigadores
Investigadores
- Diretor de estudo: David LACÔTE-DELARBRE, MD, Military Teaching Hospital Sainte Anne
Publicações e links úteis
Publicações Gerais
- Ivy MI, Thoendel MJ, Jeraldo PR, Greenwood-Quaintance KE, Hanssen AD, Abdel MP, Chia N, Yao JZ, Tande AJ, Mandrekar JN, Patel R. Direct Detection and Identification of Prosthetic Joint Infection Pathogens in Synovial Fluid by Metagenomic Shotgun Sequencing. J Clin Microbiol. 2018 Aug 27;56(9):e00402-18. doi: 10.1128/JCM.00402-18. Print 2018 Sep.
- Jnana A, Muthuraman V, Varghese VK, Chakrabarty S, Murali TS, Ramachandra L, Shenoy KR, Rodrigues GS, Prasad SS, Dendukuri D, Morschhauser A, Nestler J, Peter H, Bier FF, Satyamoorthy K. Microbial Community Distribution and Core Microbiome in Successive Wound Grades of Individuals with Diabetic Foot Ulcers. Appl Environ Microbiol. 2020 Mar 2;86(6):e02608-19. doi: 10.1128/AEM.02608-19. Print 2020 Mar 2.
- Kalan LR, Meisel JS, Loesche MA, Horwinski J, Soaita I, Chen X, Uberoi A, Gardner SE, Grice EA. Strain- and Species-Level Variation in the Microbiome of Diabetic Wounds Is Associated with Clinical Outcomes and Therapeutic Efficacy. Cell Host Microbe. 2019 May 8;25(5):641-655.e5. doi: 10.1016/j.chom.2019.03.006. Epub 2019 Apr 18.
- Mudrik-Zohar H, Carasso S, Gefen T, Zalmanovich A, Katzir M, Cohen Y, Paitan Y, Geva-Zatorsky N, Chowers M. Microbiome Characterization of Infected Diabetic Foot Ulcers in Association With Clinical Outcomes: Traditional Cultures Versus Molecular Sequencing Methods. Front Cell Infect Microbiol. 2022 Mar 24;12:836699. doi: 10.3389/fcimb.2022.836699. eCollection 2022.
- Delarbre D, Lavrard P, Elias A, Bossi V, Kacel I, Janvier F, Fournier PE. Bacterial DNA enrichment for low-inoculum fracture-related infection diagnostic using high-throughput sequencing. Diagn Microbiol Infect Dis. 2024 Jun 22;110(1):116411. doi: 10.1016/j.diagmicrobio.2024.116411. Online ahead of print.
Datas de registro do estudo
Datas Principais do Estudo
Início do estudo (Real)
Conclusão Primária (Real)
Conclusão do estudo (Real)
Datas de inscrição no estudo
Enviado pela primeira vez
Enviado pela primeira vez que atendeu aos critérios de CQ
Primeira postagem (Real)
Atualizações de registro de estudo
Última Atualização Postada (Real)
Última atualização enviada que atendeu aos critérios de controle de qualidade
Última verificação
Mais Informações
Termos relacionados a este estudo
Palavras-chave
Termos MeSH relevantes adicionais
Outros números de identificação do estudo
- 2023-CHITS-003
Plano para dados de participantes individuais (IPD)
Planeja compartilhar dados de participantes individuais (IPD)?
Informações sobre medicamentos e dispositivos, documentos de estudo
Estuda um medicamento regulamentado pela FDA dos EUA
Estuda um produto de dispositivo regulamentado pela FDA dos EUA
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