외상 후 감염의 임상 메타게노믹스 (METADIAG)
외상의 미생물 감염에 대한 임상 메타게노믹 차세대 시퀀싱
골절 관련 감염의 치료는 어렵고 높은 의료 비용 부담을 수반하는 상황에서 종종 실패로 이어집니다.
이러한 감염은 종종 복합 미생물이기 때문에 관련된 모든 미생물을 식별하는 것이 맞춤형 항생제 치료를 제공하는 데 주요 관심사가 됩니다. 감염된 상처의 미생물 다양성을 더 잘 나타내기 위해서는 문화 독립적인 방법이 필요합니다. Metagenomic 시퀀싱은 감염된 외상 관련 상처에서 정확한 미생물 특성화로 이어질 수 있습니다.
예비 연구에서는 당뇨병성 발 감염에서 metagenomic sequencing 결과를 보고했지만 비당뇨병 감염 환자에 초점을 맞춘 데이터는 거의 없습니다.
외상 후 감염된 상처 미생물 군집의 영향은 종적 진화 및 임상 결과와의 연관성과 함께 세균의 풍부함, 변형 수준 및 기능적 유전자를 포함한 다양성과 관련하여 평가되어야 합니다.
연구 개요
상세 설명
DNA는 수술 절차 중에 수행된 샘플에서 추출됩니다. 이러한 유형의 조직 샘플에 가장 적합한 것을 결정하기 위해 다양한 추출 프로토콜을 평가합니다.
정제된 DNA는 Qubit dsDNA 고감도 분석 키트(Invitrogen)를 사용하여 정량화됩니다. 단편 길이의 품질은 2100 Bioanalyzer(Agilent Technologies)의 DNA 고감도 키트로 추정됩니다. DNA 시퀀싱은 Oxford Nanopore Technologie 장치인 MinIONTM 및 GridIONTM으로 수행됩니다.
NexteraXT DNA 라이브러리 준비 키트(Illumina)를 사용하여 라이브러리를 준비한 후 MiSeq에서 동일한 샘플의 또 다른 시퀀싱을 수행합니다.
두 시퀀싱 방법의 시퀀싱된 OTU는 서로 다른 분류학적 순위에서 직면하고 기존의 일상적인 방법 결과(박테리아 배양)와 비교됩니다. 임상 결과와 관련된 잠재적인 유전자를 식별하기 위해 서열의 기능적 분석을 수행할 것입니다.
연구 유형
등록 (실제)
연락처 및 위치
연구 장소
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Var
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Toulon, Var, 프랑스, 83000
- Military Teaching Hospital Sainte Anne
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참여기준
자격 기준
공부할 수 있는 나이
건강한 자원 봉사자를 받아들입니다
샘플링 방법
연구 인구
설명
포함 기준:
- 연령 ≥ 18세
- 외상 관련 감염의 진단
제외 기준:
- 연구 중 중재 연구에 참여
- 환자 반대
- -80°C에서 보관된 뼈 또는 연조직 샘플의 부재
공부 계획
연구는 어떻게 설계됩니까?
디자인 세부사항
코호트 및 개입
그룹/코호트 |
개입 / 치료 |
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외상 관련 감염
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샘플은 illumine MiSeq 및 Oxford Nanopore Technologies를 모두 사용하여 높은 처리량 시퀀싱에 제출되어야 합니다.
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연구는 무엇을 측정합니까?
주요 결과 측정
결과 측정 |
측정값 설명 |
기간 |
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골절 관련 및 기타 외상 관련 감염의 마이크로바이옴
기간: 약 2개월
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Metagenomic 시퀀싱은 Illumina MiSeq 및 Oxford Nanopore Technologies를 사용하여 외상 관련 감염의 미생물을 결정하는 데 사용됩니다. 데이터는 참조 미생물 식별 기술(배양)의 데이터와 비교됩니다. |
약 2개월
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2차 결과 측정
결과 측정 |
측정값 설명 |
기간 |
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높은 처리량 시퀀싱 기술 수율의 비교
기간: 약 3개월
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각 시퀀싱 방법으로 얻은 FRI 관련 미생물 군집 구성은 풍부함과 다양성(K 계수 및 빈도) 측면에서 비교됩니다.
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약 3개월
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식별된 OTU(운영 분류 단위) 중 독성 또는 저항 요인의 수 및 특성
기간: 약 6개월
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Prokka 소프트웨어를 사용하여 독성 및/또는 저항성 관련 요인의 존재를 평가하기 위한 시퀀싱된 박테리아 게놈의 기능적 주석.
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약 6개월
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EBJIS(European Bone and Joint Infection) 정의를 사용하여 환자의 결과에 따른 박테리아 수 및 상대적 존재비
기간: 약 6개월
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EBJIS(European Bone and Joint Infection) 정의에 따라 감염 지속성과 함께 다양성(OTU 수) 및 풍부도(판독 수) 측면에서 NGS 기반 미생물 종단 구성의 연관성을 결정합니다.
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약 6개월
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공동 작업자 및 조사자
수사관
- 연구 책임자: David LACÔTE-DELARBRE, MD, Military Teaching Hospital Sainte Anne
간행물 및 유용한 링크
일반 간행물
- Ivy MI, Thoendel MJ, Jeraldo PR, Greenwood-Quaintance KE, Hanssen AD, Abdel MP, Chia N, Yao JZ, Tande AJ, Mandrekar JN, Patel R. Direct Detection and Identification of Prosthetic Joint Infection Pathogens in Synovial Fluid by Metagenomic Shotgun Sequencing. J Clin Microbiol. 2018 Aug 27;56(9):e00402-18. doi: 10.1128/JCM.00402-18. Print 2018 Sep.
- Jnana A, Muthuraman V, Varghese VK, Chakrabarty S, Murali TS, Ramachandra L, Shenoy KR, Rodrigues GS, Prasad SS, Dendukuri D, Morschhauser A, Nestler J, Peter H, Bier FF, Satyamoorthy K. Microbial Community Distribution and Core Microbiome in Successive Wound Grades of Individuals with Diabetic Foot Ulcers. Appl Environ Microbiol. 2020 Mar 2;86(6):e02608-19. doi: 10.1128/AEM.02608-19. Print 2020 Mar 2.
- Kalan LR, Meisel JS, Loesche MA, Horwinski J, Soaita I, Chen X, Uberoi A, Gardner SE, Grice EA. Strain- and Species-Level Variation in the Microbiome of Diabetic Wounds Is Associated with Clinical Outcomes and Therapeutic Efficacy. Cell Host Microbe. 2019 May 8;25(5):641-655.e5. doi: 10.1016/j.chom.2019.03.006. Epub 2019 Apr 18.
- Mudrik-Zohar H, Carasso S, Gefen T, Zalmanovich A, Katzir M, Cohen Y, Paitan Y, Geva-Zatorsky N, Chowers M. Microbiome Characterization of Infected Diabetic Foot Ulcers in Association With Clinical Outcomes: Traditional Cultures Versus Molecular Sequencing Methods. Front Cell Infect Microbiol. 2022 Mar 24;12:836699. doi: 10.3389/fcimb.2022.836699. eCollection 2022.
- Delarbre D, Lavrard P, Elias A, Bossi V, Kacel I, Janvier F, Fournier PE. Bacterial DNA enrichment for low-inoculum fracture-related infection diagnostic using high-throughput sequencing. Diagn Microbiol Infect Dis. 2024 Jun 22;110(1):116411. doi: 10.1016/j.diagmicrobio.2024.116411. Online ahead of print.
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