반응 평가를 위한 바이오뱅킹 상부 위장관 종양(BACON이 포함된 버거)

연구는 3개의 코호트로 나누어질 것입니다: 1) 면역 체크포인트 억제제 또는 화학요법 단독으로 치료하기 전에 대상자를 등록할 코호트 A; 2) Pro00059349에 따라 흑색종 환자로부터 수집된 샘플을 분석할 코호트 B; 및 3) 데이터 및 보관된 조직의 수집을 허용하는 회고적 부분인 코호트 C;

코호트 A: ICI로 치료받은 GE 피험자

참여 대상자는 면역 체크포인트 억제제를 포함하는 요법으로 치료를 시작하기 전에 등록되거나 면역요법 부적격 코호트의 경우 화학요법만 단독으로 사용하게 됩니다. 가능한 경우 모든 피험자에 대해 보관된 포르말린 고정 파라핀 포매(FFPE) 종양 조직을 수집합니다. 추가 연구를 위해 동결될 안전한 생검이 가능한 병변이 있는 경우 환자는 선택적으로 새로운 연구 전용 생검을 받게 됩니다. 추가적으로, 환자가 연구를 진행하는 동안 발생하는 표준 치료 생검으로부터 과잉 조직을 수집하고 급속 냉동할 수 있습니다. 이러한 환자에 대한 객관적인 반응 평가는 표준 치료 CT 또는 MRI 단면 영상을 기반으로 하는 MD ​​평가를 통해 이루어집니다. 이에 따라 혈액 및/또는 조직 표본을 다음 시점에 채취합니다.

기준선(치료 전):

환자는 연구 혈액 채취를 받게 됩니다. 피험자가 동의한 후 항PD-1 치료를 시작하기 전에 표준 치료 생검을 받은 경우, 연구 목적으로 이 생검에서 조직을 수집하기 위한 모든 시도가 이루어질 것입니다. 환자가 이 기간 동안 표준 치료 생검을 받을 예정이 아닌 경우 혈액 채취만 실시합니다.

치료 중:

환자는 첫 번째 재병기 결정 스캔 시 항PD-1 치료를 받는 동안 선택적 연구 조직 생검 및 연구 혈액 채취를 받게 됩니다. 환자는 두 번째 재병기 결정 스캔 시 항PD-1 치료를 받는 동안 또 다른 연구 혈액 채취를 받게 됩니다. 이전에 생검을 실시한 병변은 치료 생검 시 우선순위가 됩니다. 방사선 치료를 받은 조직은 샘플링 대상으로 간주되지 않습니다. 안정적인 질병이나 반응의 증거가 있는 환자는 PI 재량에 따라 두 번째 병기 스캔 이후의 시점에서 반복 채혈을 받을 수 있습니다. 환자가 12개월 이상 항PD-1 치료를 계속하는 경우, PI는 치료 12개월 후에 추가 혈액 채취를 요청할 수 있습니다.

치료 후:

독성이나 질병 진행으로 인해 항PD-1 치료가 중단되는 경우 환자는 혈액 채취를 받게 됩니다. 환자가 진행 시 표준 치료 생검을 받은 경우, 이 생검에서 남은 조직을 연구용으로 확보하게 됩니다.

샘플 획득, 처리 및 보관:

보관된 포르말린 고정 파라핀 포매(FFPE) 종양 조직은 모든 ​​피험자에 대해 수집됩니다(가능한 경우). 사용 가능한 조직 블록이 평가되고 IHC, DNA 및 RNA 추출을 위해 최대 40개의 슬라이드가 수집됩니다. 치료 중 종양 생검은 안전한 생검이 가능한 종양 병변이 있는 환자에게만 수행되며 급속 냉동됩니다. 냉동 표본은 전체 종양 RNA 및 후속 전사 분석을 위해 처리됩니다. 외부 기관에 있는 것으로 확인된 보관된 조직 표본은 연구팀이 요청하여 행크스 연구실에 보관됩니다. 종양 조직 슬라이드에는 위원회가 인증한 병리학자의 병리학적 검토가 필요하며 슬라이드당 최소 10%의 종양 조직이 확인됩니다.

환자가 더 이상 생존하지 못하는 것으로 확인되지 않는 한, 이용 가능한 조직이 고갈될 수 있는 조직 블록의 사용은 피해야 합니다.

전혈이 포함된 환자 검체는 듀크 암센터 연구실(CCRL) 내에서 수집 및 처리됩니다. 4개의 10mL EDTA 튜브는 이중 회전, 혈소판 결핍 혈장 및 말초 혈액 단핵 세포(PBMC)에 사용됩니다. 4개의 10mL EDTA 튜브는 모두 연막 분리에 사용됩니다. 게놈 DNA 분리를 위해 이 준비 과정에서 수집된 버피 코트는 향후 게놈 DNA 서열 분석 연구를 위해 Hanks Laboratory(LSRC, C164-167)에 -80°C로 운반 및 보관됩니다. 혈장은 후속 다중 분석물 ELISA 연구, ctDNA 분석, ctRNA 분석 및/또는 엑소좀 분리 및 분석을 위해 분리되어 Hanks 실험실에서 -80°C에 보관됩니다. 3개의 8.5mL ACD 튜브가 PBMC에 사용됩니다. 이는 기판 서비스 핵심 및 연구 지원(SSCRS)에 의해 처리되고 저장됩니다. PBMC는 Kent Weinhold 박사의 지시에 따라 Duke Immune Profiling Core 시설에서 분석됩니다.

제안된 연구:

1. 최대 70명의 환자가 코호트 A에 등록됩니다.

2. 다음과 같은 경우 혈액 검체를 조사할 수 있습니다.

   1. 순환 종양 DNA의 게놈 프로파일링을 위해 혈장-EDTA 샘플을 외부 협력자에게 보낼 수 있습니다. 대체 CLIA 인증 순환 종양 DNA 분석을 고려할 수 있습니다.
   2. 면역 기능, 염증, 혈관 신생 및 혈관 활성화에 대한 순환 단백질 바이오마커는 다중 ELISA 분석을 통해 분석됩니다.
   3. PBMC 샘플은 DIPC(Duke Immune Profiling Core) 실험실에서 고차원 유세포 분석기를 사용하여 면역 세포 아형 분석을 위해 분석됩니다. 28개 매개변수 유세포 분석 패널을 사용하여 T 세포 활성화, 성숙 및 고갈은 물론 조절 T 세포(Treg) 및 다형핵을 포함하여 치료에 의해 변경될 것으로 예상되는 면역 세포 하위 유형의 변화를 분석합니다. 골수 유래 억제 세포(PMN-MDSC) 빈도.
3. 반응자와 비반응자 간의 혈액 기반 분석물을 비교합니다. 표본 크기가 작기 때문에 결과는 설명적입니다.

4. 임상 및 인구통계 데이터(코호트 A 및 C)는 다음을 포함하되 이에 국한되지 않는 각 대상의 의료 기록에서 추출됩니다.

   1. 나이
   2. 성별
   3. 경주
   4. 우편 번호
   5. 이전 치료법 수
   6. 표준 및 시험 치료법의 임상 결과(최적 반응, 반응 기간 및 중단 이유)
   7. 면역관문억제제 치료의 임상 결과(최적 반응, 반응 기간, 중단 이유)
   8. 혈액 기반 및 조직 기반 프로파일링 연구 결과
   9. 종양 돌연변이 부담, PD-L1, MSI 상태, POLE STATUS를 포함하되 이에 국한되지 않는 항PD-1 치료에 대한 민감성 또는 저항성을 예측할 수 있는 분자 표지
5. 이 프로토콜에 따라 등록된 환자가 Duke로 치료를 전환하기 전에 Duke Health 병원 시스템 외부 병원에서 생검을 수행하고 보관한 경우 조직 표본(코호트 A 및 C)을 외부 병원에서 얻을 수 있습니다.
6. 신선한 냉동 조직 표본(코호트 A만 해당)을 RNA용으로 추출하고 하류 전사 분석을 수행합니다. 사용 가능한 조직 블록을 평가하고, 신선한 조직을 사용할 수 없는 경우 대량 종양 전사체를 결정하기 위해 RNA 추출 및 추가 다운스트림 처리를 위해 최대 40개의 슬라이드를 수집합니다.

코호트 B: ICI로 치료된 흑색종 대상체

Pro00059349에 따라 수집된 샘플은 다음 그룹의 피험자로부터 나왔습니다.

1. 1군 - 면역요법을 시작하기 전에 등록한 IV기/절제 불가능한 III기 흑색종 환자.

2. 2군 - III/IV기 보조 흑색종 환자

   양팔에 있는 피험자는 의료 기록에서 데이터를 수집했으며 앞으로도 계속 보유할 수 있습니다. 정보는 Pro00059349에 따라 수집되었으며 이 프로토콜에 따라 계속 모니터링될 수 있습니다.

   코호트 C: 보관된 조직의 후향적 식별 및 수집 DEDUCE(Duke Enterprise Data Unified Content Explorer) 소프트웨어 도구를 사용하여 Duke University Medical Center에서 항PD-1 항체 면역요법을 시작한 위식도 선암종, 편평 세포 또는 흑색종 환자를 식별할 예정입니다. 2011년 1월 1일부터 2023년 8월 31일 사이에 듀크 암 연구소(Duke Cancer Institute) 및 같은 기간 동안 화학요법을 받은 면역요법을 받을 자격이 없는 환자. 항PD-1 항체 치료법에는 펨브롤리주맙(pembrolizumab), 니볼루맙(nivolumab) 또는 다른 체크포인트 억제제가 포함됩니다. 환자는 치료 시작 당시 18세 이상이어야 합니다. 이들 환자에 대한 객관적인 반응 평가는 표준 치료 12주차 CT 또는 PET CT 단면 영상을 기반으로 이루어집니다. 이러한 환자에 대해 추가로 해당 의료 기록이 수집되고 데이터베이스화됩니다. 여기에는 인구통계, 질병의 원발성 및 전이성 부위, 이전 질병 및 암 치료가 포함되지만 이에 국한되지는 않습니다. 조직 블록 및 병력은 수집이 최소한의 위험 활동을 나타내고 소급적으로 식별된 환자에 동의하는 것이 불가능하기 때문에 이 소급 구성 요소에 대한 동의 포기에 따라 수집됩니다. 보관된 조직 수집은 코호트 A의 경우와 동일합니다.

   스크리닝 기간 스크리닝 기간 동안 피험자는 연구에 대한 동의를 받고 스크리닝됩니다. 본 연구의 적격성을 결정하기 위한 목적으로만 수행되는 선별 절차를 시작하기 전에 사전 동의를 얻어야 합니다. 사전 동의 전 일상적인 진료의 일부로 수행된 평가는 정의된 심사 기간 내에 수행되고 현지 IRB(임상시험심사위원회)/IEC(독립 윤리 위원회) 정책에서 허용하는 경우 심사 평가로 간주될 수 있습니다. 연구 적격성은 혈액 채취 및/또는 생검을 수행하기 전에 모든 포함 기준을 충족하고 제외 기준(섹션 4.0 참조)을 모두 충족하는 것을 기반으로 합니다.

   다음 연구 절차는 혈액 채취 및/또는 생검 전 28일 이내에 완료되어야 합니다.

   • 동의
   • 인구통계
   • 의료 및 암 병력
   • 병용 약물
   • 표준 치료 생검에서 과도한 조직 수집; 해당되는 경우, 안전하고 실행 가능한 경우, 스크리닝 기간은 혈액 채취 또는 생검 시점 또는 피험자가 연구에 부적격하다는 최종 결정 시점에 종료됩니다.

   5.1.1 연구기간에 대하여

   • 체크포인트 억제제 또는 화학 요법을 시작하기 전

     • 혈액 채취

       • 4 x 10 mL EDTA 튜브에 총 약 40cc
       • 3 x 8.5 mL ACD 튜브에 총 약 25.5 cc

   • 1차 및 2차 재병기 시작 후 +/- 7일 이내

     o 혈액 채취

     • 4 x 10 mL EDTA 튜브에 총 약 40cc
     • 3 x 8.5 mL ACD 튜브에 총 약 25.5 cc
     • 선택적 종양 생검(1차 재병기결정만 해당)
     • 생검 전 PT/INR(1차 재병기결정만 해당)
     • 생검 전 CBC(1차 재병기결정만 해당)

   • PI 요청 시 추가 재병기 방문 후 +/- 7일 이내

     o 혈액 채취

     • 4 x 10 mL EDTA 튜브에 총 약 40cc
     • 3 x 8.5 mL ACD 튜브에 총 약 25.5 cc

   • 치료를 받는 동안 언제든지

     o 환자가 치료 중 언제든지 표준 치료 생검을 받는 경우, 안전하고 실행 가능한 경우 이 생검에서 얻은 여분의 조직을 연구용으로 확보합니다.

     o 임상 데이터는 연구 중에 체크포인트 억제제 요법 또는 화학요법을 완료한 후 최대 3개월까지 각 피험자에 대한 의료 기록(섹션 3.0에 따라)에서 추출됩니다.

   • 독성 또는 진행으로 인해 항PD-1 치료를 중단한 후 +/- 7일 이내 o 혈액 채취 - 4 x 10mL EDTA 튜브에 총 약 40cc

     • 3 x 8.5 mL ACD 튜브에 총 약 25.5 cc o 환자가 진행 시 표준 치료 생검을 받은 경우, 이 생검에서 남은 조직을 연구용으로 확보합니다.

       • 환자가 완전 반응(CR)을 위해 면역요법을 중단하는 경우, 중단 시점과 2회의 후속 SOC 단계 재조정 방문 동안 또는 질병 진행 중 먼저 도래하는 시점에 채혈이 실시됩니다.

   • 연구 종료

     • 가능한 경우, 연구 종료 시 모든 피험자로부터 보관된 FFPE 조직을 얻습니다.

   코호트 B 코호트 B에 대한 샘플 수집은 Pro00059349에 따라 완료되었습니다. 분석이 진행 중이며 이 프로토콜에 따라 계속됩니다. 코호트 B에 등록된 새로운 피험자는 없을 것이며, 이들 피험자로부터 수집된 새로운 샘플도 없을 것입니다. 그러나 데이터는 전자 의료 기록에서 계속 수집됩니다.

   코호트 C 회고적 코호트에 대한 피험자는 위에서 설명한 대로 식별됩니다. 조사관은 동의 포기하에 이러한 피험자를 등록하고 섹션 3.0에 나열된 데이터를 수집하고 보관된 조직을 얻습니다. 해당 과목에 대해서는 별도의 심사나 F/UP 기간이 없습니다.

   주제 중단

   피험자는 면역 체크포인트 억제제 치료를 완료하고 최종 혈액 및 조직 샘플을 수집할 때까지 계속 추적 관찰됩니다. 그러나 피험자는 언제든지 편견 없이 연구 치료를 중단하거나 연구 참여에 대한 동의를 철회할 수 있습니다. Pro0059349에 대한 동의를 철회하는 피험자는 본 연구에서 샘플과 데이터도 철회됩니다. 임상시험 중단 또는 철회에 대한 모든 이유가 기록됩니다. 연구자가 피험자를 중단한 이유에는 다음이 포함되지만 이에 국한되지는 않습니다.

   • 죽음

   • 피험자 또는 조사자의 심각한 비준수

   • 계속해서 참여하는 것이 더 이상 안전하지 않거나 피험자에게 더 이상 최선의 이익이 되지 않는다는 조사자 또는 수석 PI 결정

   • 동의 철회
   • 후속 조치에서 손실됨
   • 임신 중이거나 수유중인 여성
   • 프로토콜에 따른 개별 피험자 또는 모든 피험자의 치료 종료를 규제 기관이 요청합니다.