Projekt A4sc – Atlas dróg oddechowych na poziomie pojedynczej komórki (A4sc)

Wzrastająca zapadalność na przewlekłe choroby układu oddechowego stanowi problem zdrowia publicznego, na który cierpią setki tysięcy ludzi na całym świecie, w tym także dzieci. Drogi oddechowe bezpośrednio narażone na zanieczyszczenia atmosferyczne (zanieczyszczenia, alergeny) stanowią złożony ekosystem obejmujący różne komórki, które rozwijają złożone interakcje z otaczającą tkanką łączną, ale także z bogatym środowiskiem odpornościowym i mikroflorą. Chociaż postuluje się kontinuum patofizjologiczne między drogami oddechowymi nosa i oskrzeli w niektórych chorobach, takich jak choroby alergiczne, zidentyfikowaliśmy szerokie gradienty w ekspresji genów między próbkami z nosa i oskrzeli. Dlatego należy szczegółowo zbadać zmienność komórkową w całym drzewie oddechowym.

Sekwencjonowanie RNA specyficznie obecnych w konkretnej komórce i porównanie go z komórkami sąsiednimi pozwala nam dokładnie udokumentować wkład komórkowy i relacje międzykomórkowe. W naszym projekcie zostaną opracowane protokoły stabilizacji wymazów z dróg oddechowych poprzez szczotkowanie i/lub biopsję w warunkach, które następnie umożliwią analizę profili ekspresji genów na poziomie pojedynczej komórki (sekwencjonowanie RNA pojedynczej komórki).

Opracowanie protokołu stabilizacji i analizy „pojedynczej komórki” zostanie najpierw przeprowadzone na hodowlach pierwotnego nabłonka dróg oddechowych, a następnie rozszerzone na próbki z dróg oddechowych pobrane od zdrowych ochotników. Próbkowanie na kilku poziomach drzewa oddechowego pozwoli w pełni udokumentować różnice w ekspresji wzdłuż osi tchawiczo-oskrzelowej. Na koniec zbadana zostanie interakcja między przedziałem nabłonkowym a przedziałem immunologicznym, analizując ekspresję genów na pojedynczej komórce w różnych kontekstach fizjopatologicznych.