Проект A4sc — Атлас воздушных путей на уровне одной ячейки (A4sc)

Рост заболеваемости хроническими респираторными заболеваниями является проблемой общественного здравоохранения, затрагивающей сотни тысяч людей во всем мире, включая детей. Подвергаясь непосредственному воздействию атмосферных аэроконтаминантов (загрязнений, аллергенов), дыхательные пути представляют собой сложную экосистему, включающую различные клетки, которые развивают сложные взаимодействия с окружающей соединительной тканью, а также с богатой иммунной средой и микробиотой. Хотя при некоторых заболеваниях, таких как аллергические заболевания, постулируется патофизиологический континуум между назальными и бронхиальными дыхательными путями, мы выявили широкие градиенты в экспрессии генов между назальными и бронхиальными образцами. Вот почему необходимо детально изучать клеточную изменчивость по всему дыхательному дереву.

Секвенирование РНК, специфически присутствующих в конкретной клетке, и ее сравнение с соседними клетками позволяет нам документировать точный клеточный вклад и межклеточные отношения. Наш проект разработает протоколы для стабилизации мазков из дыхательных путей путем чистки и/или биопсии в условиях, которые затем позволят анализировать профили экспрессии генов на уровне отдельных клеток (секвенирование одноклеточной РНК).

Разработка протокола стабилизации и анализа «одиночных клеток» сначала будет проводиться на первичных культурах респираторного эпителия, а затем распространяться на образцы дыхательных путей, взятые у здоровых добровольцев. Путем отбора проб на нескольких уровнях дыхательного дерева будут полностью документированы различия в экспрессии вдоль трахеобронхиальной оси. Наконец, взаимодействие между эпителиальным и иммунологическим отделом будет изучено путем анализа экспрессии генов на одной клетке в различных физиопатологических контекстах.