Sekwencjonowanie metagenomiczne w celu identyfikacji patogenów u pacjentów z gorączką i neutropenią (ADNEMIA)

1. Kontekst kliniczny

   Rozwój terapii celowanych i intensywnych protokołów w onkohematologii poprawił przeżywalność pacjentów z nowotworami układu krwiotwórczego. Wzrostowi liczby leczonych pacjentów i średniej długości ich życia towarzyszy zwiększona częstość występowania powikłań infekcyjnych wtórnych do immunosupresji wywołanej tymi terapiami.

   Gorączka neutropeniczna (NF) wywołana chemioterapią jest częstym i poważnym powikłaniem występującym u około 10% do 15% pacjentów leczonych z powodu guzów litych i do 100% pacjentów leczonych z powodu nowotworów układu krwiotwórczego, szczególnie po przeszczepieniu szpiku kostnego. Gorączkę neutropeniczną definiuje się jako połączenie:

   • Neutropenia: liczba neutrofilów <500 g/l lub <1000 g/l (jeśli spodziewana jest <500 g/l w ciągu 48 godzin)
   • Gorączka: >38,5°C jednorazowo lub >38°C przez ponad godzinę. NF wiąże się z dużą zachorowalnością i śmiertelnością (25-30% poważnych powikłań i 10% śmiertelności). Jej występowanie wiąże się z koniecznością hospitalizacji z antybiotykoterapią o szerokim spektrum działania, opóźnioną chemioterapią i utratą szansy dla pacjenta. W USA epizod NF wymagający hospitalizacji wiąże się z szacunkowym wpływem ekonomicznym na zdrowie wynoszącym 19 110 dolarów. W niedawnym badaniu przeprowadzonym we Francji oszacowano, że kliniczny i ekonomiczny wpływ hospitalizacji z powodu NF, pod względem liczby hospitalizowanych pacjentów, liczby pobytów, śmiertelności wewnątrzszpitalnej i średniego kosztu pobytu, w przypadku hemopatii wynosi 5333 EUR.

   Znaczna część przypadków NF jest spowodowana infekcjami bakteryjnymi, które mogą prowadzić do posocznicy, jeśli w ciągu godziny nie zostanie zastosowana probabilistyczna antybiotykoterapia o szerokim spektrum działania. Ponadto dokumentacja mikrobiologiczna pozostaje niezbędna do optymalizacji terapii antybiotykowej, przy czym posiew krwi jest badaniem referencyjnym. Jednakże test ten ma ograniczenia z wielu powodów: trudności lub powolność hodowli, leczenie antybiotykami przed pobraniem próbki lub niewystarczająca ilość próbki. Pomimo zalecanego minimum 3 lub 4 par posiewów krwi, 70% przypadków neutropenii z gorączką nie jest udokumentowana mikrobiologicznie, co uniemożliwia dostosowanie probabilistycznej antybiotykoterapii o szerokim spektrum działania. Kolejnym ograniczeniem jest czas uzyskania wyników: uzyskanie dodatniego posiewu krwi zajmuje od 6 do 24 godzin, plus kolejne 18 do 24 godzin na rozwój bakterii na podłożu stałym i kolejne 18 do 24 godzin na wykonanie badania wrażliwości (oznaczenie wrażliwości na antybiotyki). ).

   Brak zidentyfikowanego patogenu w leczeniu najcięższych pacjentów wiąże się ze złym rokowaniem, a śmiertelność wynosi 10%. W rezultacie skuteczność i terminowość strategii diagnostycznych są ważnymi czynnikami poprawiającymi rokowanie u tych pacjentów. W tym kontekście rozwój technologii wysokoprzepustowego sekwencjonowania doprowadził do opracowania nowych podejść diagnostycznych opartych na detekcji krążącego DNA (lcDNA, m.in. stosowane w prenatalnych badaniach przesiewowych w kierunku trisomii 21). Chociaż koncepcja cDNA drobnoustrojów została niedawno zdemokratyzowana, jest dobrze ugruntowana w dziedzinie chorób zakaźnych. Technologia ta, oparta na próbce krwi uzyskanej poprzez zwykłe nakłucie żyły, mogłaby zapewnić pacjentom z neutropenią z gorączką lepszą diagnostykę, szczególnie w przypadku ujemnych posiewów krwi, oraz dostosowanie leczenia.

2. Identyfikacja i opis IVDD

Urządzenie DISQVERⓇ posiada oznaczenie CE-IVD zgodnie z klasyfikacją dyrektywy w sprawie diagnostyki in vitro (IVDD), zatwierdzoną do maja 2026 r. Trwa przygotowywanie pliku oceny do jego oznakowania zgodnie z rozporządzeniem w sprawie diagnostyki in vitro (IVDR).

DISQVER® to cyfrowe rozwiązanie analityczne opracowane przez Noscendo w celu szybkiej identyfikacji mikroorganizmów w próbce krwi pacjenta na podstawie swobodnie krążącego DNA, bez żadnych hipotez apriorycznych.

Test opiera się na metagenomicznym sekwencjonowaniu nowej generacji „mNGS” w celu identyfikacji, bez założeń apriorycznych, sekwencji genomowych mikroorganizmów (bakterii, wirusów DNA, grzybów i pasożytów) potencjalnie obecnych w próbce osocza pacjenta. Zidentyfikowane sekwencje genomowe są następnie porównywane z zastrzeżoną bazą danych Noscendo zawierającą ponad 16 000 sekwencji genomu drobnoustrojów, w tym 1500 patogenów.

Raport zawierający szczegółowe informacje na temat wszystkich istotnych patogenów wykrytych w próbce jest dostarczany w ciągu kilku godzin (dostęp do pseudonimizowanego raportu w formacie PDF zgodnie z wytycznymi laboratorium, zawierającego mikroorganizmy znalezione w najwyższym stężeniu i najbardziej prawdopodobny patogen).