Trikafta/Kaftrio 和铜绿假单胞菌 (Kaf-Pseudo)

我们将招募 20 名受囊性纤维化影响的个体（≥12 岁），长期感染铜绿假单胞菌（定义为前一年至少有 50% 或更多的痰培养为铜绿假单胞菌阳性），F508del 纯合子突变 (F508del/F508del) 或 F508del 突变为杂合子且在另一个等位基因中具有最小功能突变（F508del/最小功能），根据临床实践使用 Trikafta/Kaftrio 进行治疗。 铜绿假单胞菌菌株将从治疗开始前 (T0) 和 Trikafta/Kaftrio 治疗 12 个月 (T12m) 和 18 个月 (T18m) 后的痰液中收集。 目前，一些患者已经开始使用 Trikafta/Kaftrio 进行治疗。 已经从这些患者身上回收了 T0 菌株以及其中一些菌株在 T12m 和 T18m 的菌株用于其他研究。 在这些菌株中，尚不清楚它们是否在不同时间（T0、T12m 和 T18m）是克隆的。 在这些患者中，我们将在预期的 20 名（前瞻性和回顾性之间总共 20 名）患者中仅包括 T0、T12m 和 T18m 之间克隆株的患者，并通过知情同意要求他们授权使用这些株及其数据。 如果回顾性患者的数量足以达到预期数量（总共 20 名患者），则不会前瞻性地招募其他患者。

根据临床实践接受 Trikafta/Kaftrio 治疗的患者将在例行就诊时被招募。 根据目前的临床实践，使用 Trikafta/Kaftrio 进行治疗的决定完全独立于将患者纳入本研究的决定。 该研究预见的诊断和评估程序以及后续访问将与根据参与中心现行标准操作程序为每位患者制定的程序一致。

对于回顾性患者，将在常规检查期间收集知情同意书，一旦资格标准得到验证，将收集与治疗开始前 (T0) 就诊有关的数据，如果已经可用，则收集与将收集在治疗开始后第 12 个月和第 18 个月（T12m 和 T18m）进行的访视。 将分析在三次访问期间从呼吸道样本中回收的铜绿假单胞菌。 如果数据不可用，将在相应的常规随访（12 个月和/或 18 个月）时收集数据和样本。

对于预期患者，登记访视将在治疗开始前 (T0) 进行的例行访视期间进行，随后将安排在治疗开始后 12 个月和 18 个月进行临床实践的访视（T12m 和 T18m）。

在 T0、T12m 和 T18m，将从患者气道收集的痰液样本将根据评估存在的细菌种类的标准程序进行处理。 将对铜绿假单胞菌菌株进行最小抑制浓度测试，以测定它们对一组标准抗生素的敏感性，并通过多位点序列分型进行分析以检测它们的克隆性。

每个患者的菌株将在 T0、T12m 和 T18m 之间被克隆，立即储存在 -80°C，然后将被运送到 Ospedale San Raffaele，在那里将使用文献中验证的方法为项目目的对其进行分析. 我们将使用文献中验证的微生物学方法分析 i) 铜绿假单胞菌菌株的表型（特别是菌毛运动、鞭毛运动、蛋白酶和绿脓素分泌以及粘液性），ii) RNA 菌株的表达谱测序，iii) 通过菌株的全基因组测序确定基因变异的存在，iv) 通过测量它们对囊性纤维化支气管上皮细胞系中囊性纤维化跨膜电导调节蛋白表达的影响来确定它们的毒力。

最终目标是 i) 评估在 T0 分离的铜绿假单胞菌菌株与 Kaftrio 处理后在 T12m 和 T18m 分离的菌株的表型差异； ii) 评估在 T0 分离的铜绿假单胞菌菌株与在 T12m 和 T18m 分离的菌株对抗生素的敏感性差异； iii) 评估在 T0 分离的铜绿假单胞菌菌株与在 T12m 和 T18m 分离的铜绿假单胞菌菌株表达谱的差异，并将它们与以 FEV1 (%) 测量的呼吸功能差异相关联； iv) 评估在 T0 时分离的菌株与在 T12m 和 T18m 时分离的菌株之间基因变异的存在，并将它们与以 FEV1 (%) 测量的呼吸功能差异相关联； v) 确定 Kaftrio 处理诱导的细菌表型变化是否与铜绿假单胞菌的抗 CFTR 活性较低有关。