Trikafta/Kaftrio och Pseudomonas Aeruginosa (Kaf-Pseudo)

Vi kommer att rekrytera 20 individer som drabbats av cystisk fibros (≥12 år), kroniskt infekterade med P. aeruginosa (definierad som att de har minst 50 % eller fler sputumkulturer positiva för P. aeruginosa under föregående år), homozygota för F508del mutation (F508del/F508del) eller heterozygot för F508del-mutationen och med en minimal funktionsmutation i den andra allelen (F508del/minimal funktion), kandidater för behandling med Trikafta/Kaftrio enligt klinisk praxis. P. aeruginosa-stammar kommer att samlas in från sputumet före behandlingsstart (T0) och efter 12 (T12m) och 18 (T18m) månaders behandling med Trikafta/Kaftrio. För närvarande har några patienter redan påbörjat behandling med Trikafta/Kaftrio. Stammarna vid T0 och för några av dem även vid T12m och T18m har redan återvunnits från dessa patienter för andra studier. Av dessa stammar är det ännu inte känt om de är klonala vid olika tidpunkter (TO, T12m och T18m). Av dessa patienter kommer vi att inkludera i de förväntade 20 (totalt 20 mellan prospektiva och retrospektiva) endast patienter för vilka stammar som är klonade mellan T0, T12m och T18m kommer att identifieras, och ber om deras tillstånd att använda stammarna och deras data genom informerat samtycke. Om antalet retrospektiva patienter är tillräckligt för att nå det förväntade antalet (totalt 20 patienter) kommer inga andra patienter att rekryteras prospektivt.

Patienter som kommer att ordineras Trikafta/Kaftrio-terapi enligt klinisk praxis kommer att rekryteras vid rutinbesök. Beslutet att förskriva behandling med Trikafta/Kaftrio är enligt nuvarande klinisk praxis helt oberoende av beslutet att inkludera patienten i denna studie. De diagnostiska och utvärderingsprocedurer och uppföljningsbesök som förutses i studien kommer att sammanfalla med de som är programmerade för varje patient enligt de standardförfaranden som gäller vid de deltagande centren.

För retrospektiva patienter kommer informerat samtycke att samlas in under rutinkontrollen och, när behörighetskriterierna har verifierats, data som hänför sig till besöket som utförts före terapistart (T0) och, om det redan finns tillgängligt, data relaterade till besöket som utförs 12 och 18 månader från början av behandlingen (T12m och T18m), kommer att samlas in. P. aeruginosa som återvunnits från andningsproverna under de tre besöken kommer att analyseras. I händelse av att data inte finns tillgängliga kommer data och prover att samlas in vid respektive rutinuppföljning (vid 12 och/eller 18 månader).

För blivande patienter kommer inskrivningsbesöket att utföras under det rutinbesök som utförs före terapistart (T0), vilket kommer att följas av besök som planeras för klinisk praktik 12 och 18 månader från terapistart (T12m och T18m).

Vid T0, T12m och T18m kommer sputumproverna, insamlade från patientens luftvägar, att behandlas enligt standardprocedurer för utvärdering av de bakteriearter som finns. P. aeruginosa-stammar kommer att utsättas för tester med minimal hämmande koncentration för att analysera deras känslighet för en panel av standardantibiotika, och analyseras med Multi-locus Sequence Typing för att detektera deras klonalitet.

Stammarna av varje patient som kommer att vara klonala mellan T0, T12m och T18m, omedelbart lagrade vid -80°C, kommer sedan att skickas till Ospedale San Raffaele, där de kommer att analyseras för projektets syften med metoder som validerats i litteraturen . Vi kommer att analysera i) fenotyperna (särskilt motilitet av pilus, motilitet av flagellum, utsöndring av proteaser och pyocyanin och mucoiditet) av P. aeruginosa-stammar med hjälp av mikrobiologiska metoder validerade i litteraturen, ii) stammarnas uttrycksprofiler med RNA sekvensering, iii) närvaron av genvarianter genom helgenomsekvensering av stammarna, iv) och deras virulens genom att mäta deras inverkan på uttrycket av transmembrankonduktansregulatorproteinet för cystisk fibros i bronkiala epitelcellinjer av cystisk fibros.

Det slutliga målet kommer att vara att i) utvärdera skillnaderna i fenotyperna hos P. aeruginosa-stammarna isolerade vid T0 och de som isolerats vid T12m och T18m efter behandling med Kaftrio; ii) att utvärdera skillnader i känsligheten för antibiotika hos P. aeruginosa-stammarna isolerade vid TO och de som isolerats vid T12m och T18m; iii) utvärdera skillnader i uttrycksprofilerna för P. aeruginosa-stammarna isolerade vid T0 och de som isolerats vid T12m och T18m och korrelera dem med skillnaden i andningsfunktion mätt som FEV1 (%); iv) utvärdera närvaron av genvarianter mellan stammarna som isolerats vid T0 och de som isolerats vid T12m och T18m och korrelera dem med skillnaden i andningsfunktion mätt som FEV1 (%); v) för att bestämma om förändringar i bakteriefenotyper inducerade av Kaftrio-behandling kan vara associerade med lägre anti-CFTR-aktivitet hos P. aeruginosa.