Trikafta/Kaftrio a Pseudomonas Aeruginosa (Kaf-Pseudo)

Přijmeme 20 jedinců postižených cystickou fibrózou (ve věku ≥12 let), chronicky infikovaných P. aeruginosa (definováno jako majících alespoň 50 % nebo více kultur sputa pozitivních na P. aeruginosa v předchozím roce), homozygotních pro F508del mutace (F508del/F508del) nebo heterozygotní pro mutaci F508del a s minimální funkční mutací v druhé alele (F508del/minimální funkce), kandidáti na léčbu Trikafta/Kaftriem podle klinické praxe. Kmeny P. aeruginosa budou odebrány ze sputa před zahájením terapie (T0) a po 12 (T12m) a 18 (T18m) měsících léčby přípravkem Trikafta/Kaftrio. V současné době již někteří pacienti zahájili léčbu přípravkem Trikafta/Kafrio. Kmeny v T0 au některých z nich také v T12m a T18m již byly od těchto pacientů získány pro jiné studie. U těchto kmenů není dosud známo, zda jsou v různých časech klonální (T0, T12m a T18m). Z těchto pacientů zahrneme do očekávaných 20 (20 celkem mezi prospektivními a retrospektivními) pouze pacienty, u kterých budou identifikovány kmeny klonální mezi T0, T12m a T18m, a požádáme je o povolení používat kmeny a jejich údaje prostřednictvím informovaného souhlasu. Pokud je počet retrospektivních pacientů dostatečný k dosažení očekávaného počtu (celkem 20 pacientů), nebudou prospektivně přijímáni žádní další pacienti.

Pacienti, kterým bude předepsána terapie Trikafta/Kaftrio v souladu s klinickou praxí, budou přijímáni na rutinní návštěvy. Rozhodnutí předepsat léčbu přípravkem Trikafta/Kaftrio je podle současné klinické praxe zcela nezávislé na rozhodnutí zařadit pacienta do této studie. Diagnostické a hodnotící postupy a následné návštěvy plánované ve studii se budou shodovat s postupy naprogramovanými pro každého pacienta podle standardních operačních postupů platných v zúčastněných centrech.

U retrospektivních pacientů bude během rutinní kontroly shromážděn informovaný souhlas, a jakmile budou ověřena kritéria způsobilosti, údaje týkající se návštěvy provedené před zahájením léčby (T0), a pokud jsou již k dispozici, údaje týkající se návštěva provedená ve 12 a 18 měsících od začátku terapie (T12m a T18m), bude sbírána. P. aeruginosa získaná z respiračních vzorků během tří návštěv bude analyzována. V případě, že data nejsou k dispozici, budou data a vzorky shromážděny při příslušných pravidelných kontrolách (po 12 a/nebo 18 měsících).

U potenciálních pacientů bude vstupní návštěva provedena během rutinní návštěvy provedené před zahájením terapie (T0), po níž budou následovat návštěvy plánované pro klinickou praxi ve 12 a 18 měsících od zahájení terapie (T12m a T18m).

V T0, T12m a T18m budou vzorky sputa odebrané z dýchacích cest pacienta ošetřeny podle standardních postupů pro hodnocení přítomných bakteriálních druhů. Kmeny P. aeruginosa budou podrobeny testům minimální inhibiční koncentrace, aby se otestovala jejich citlivost na panel standardních antibiotik, a analyzovány pomocí Multi-locus Sequence Typing pro detekci jejich klonality.

Kmeny každého pacienta, které budou klonované mezi T0, T12m a T18m, okamžitě skladovány při -80 °C, budou poté odeslány do Ospedale San Raffaele, kde budou analyzovány pro účely projektu pomocí metod ověřených v literatuře. . Budeme analyzovat i) fenotypy (zejména motilitu pilem, motilitu bičíkem, sekreci proteáz a pyocyaninu a mukoiditu) kmenů P. aeruginosa pomocí mikrobiologických metod ověřených v literatuře, ii) profily exprese kmenů pomocí RNA sekvenování, iii) přítomnost genových variant sekvenováním celého genomu kmenů, iv) a jejich virulence měřením jejich dopadu na expresi proteinu regulátoru transmembránové vodivosti cystické fibrózy v buněčných liniích bronchiálního epitelu cystické fibrózy.

Konečným cílem bude i) vyhodnotit rozdíly ve fenotypech kmenů P. aeruginosa izolovaných v T0 a kmenů izolovaných v T12m a T18m po ošetření Kaftrio; ii) vyhodnotit rozdíly v citlivosti na antibiotika kmenů P. aeruginosa izolovaných v T0 a kmenů izolovaných v T12m a T18m; iii) vyhodnotit rozdíly v profilech exprese kmenů P. aeruginosa izolovaných v TO a kmenů izolovaných v T12m a T18m a korelovat je s rozdílem v respirační funkci měřené jako FEV1 (%); iv) vyhodnotit přítomnost genových variant mezi kmeny izolovanými v T0 a kmeny izolovanými v T12m a T18m a korelovat je s rozdílem v respirační funkci měřené jako FEV1 (%); v) určit, zda změny v bakteriálních fenotypech vyvolané léčbou Kaftrio mohou být spojeny s nižší anti-CFTR aktivitou P. aeruginosa.