Diagnostická užitečnost bezbuněčné DNA Mycobacterium Tuberculosis (MTB cfDNA) při tuberkulózním a netuberkulózním pleurálním výpotku (MYDNITE-2)

Tuberkulóza (TBC) zůstává celosvětově klíčovou infekční nemocí. Podle Globální zprávy Světové zdravotnické organizace (WHO) z roku 2023 je TBC druhou hlavní infekční příčinou úmrtí po COVID-19 v roce 2022. Mimoplicní tuberkulóza, mezi kterou je tuberkulózní pleuritida (TBP) jedním z nejběžnějších podtypů, představuje další překážky pro globální kontrolu tuberkulózy kvůli její obtížnosti diagnostiky. Ve výskytu TBP existuje velká geografická variabilita, přičemž podíl TBP mezi všemi pacienty s TBC se pohybuje od 2,2 % do 31,4 %. Rostoucí výskyt TBP byl zaznamenán ve dvou velkých retrospektivních čínských kohortových studiích.

Paucibacilární povaha TBP vede k jeho diagnostickým problémům. Přestože jde o diagnostický test zlatého standardu, diagnostická citlivost kultivace pleurální tekutiny Mycobacterium tuberculosis (MTB) není optimální. Pohybuje se mezi 7,0 % a 75,0 % v závislosti na kultivačním médiu a stavu HIV. Jeho dlouhá doba obratu kolem 4 až 8 týdnů také zhoršuje jeho klinickou praktičnost. Komerční PCR techniky, jako je Xpert MTB/RIF nebo Xpert Ultra, jsou rychlé a specifické testy s pozitivními výsledky. Jejich využití je však omezeno suboptimální citlivostí. Pleurální biopsie pro histologii a kombinovanou histologii/kultivaci může zvýšit citlivost na 66 % a 79 %, ale tento postup je invazivnější než torakocentéza. Pleurální tekutina adenosindeamináza (ADA) je nejčastěji studovaným biomarkerem s diagnostickou senzitivitou a specificitou 0,93 a 0,90 při cutoff 40 U/l. Jeho mezní rozsah se může lišit v závislosti na charakteristikách pacienta (věk, komorbidní onemocnění). Obtížnost diagnostiky TBP proto vede k opožděnému zahájení anti-TB léčby. Empirická léčba proti TBC může být zahájena na základě kompatibilních klinických projevů bez potvrzujících diagnostických mikrobiologických výsledků, které nesou riziko toxicity léčby (např. hepatotoxicita). To naznačuje nesplněnou klinickou potřebu lepšího diagnostického nástroje pro TBP.

Detekce MTB buněčné DNA (cfDNA) v pleurální tekutině může vyřešit výše uvedené problémy. Jde o potenciální diagnostický nástroj s minimální invazivitou a hlavně přímým potvrzením MTB v pleurálním prostoru. Předchozí metody založené na PCR však uváděly suboptimální senzitivitu pro diagnostiku TBP, asi 40–80 %. Citlivost může být omezena nízkou úrovní MTB cfDNA a jednogenovým cílem (IS6110 nebo devR) při detekci. S pokrokem v technologii sekvenování nové generace (NGS) byla detekce mikrobiální cfDNA pomocí metagenomického NGS (mNGS) aplikována v diagnostice infekčních onemocnění. Chang a kol. již dříve hodnotili použití mNGS ve vzorcích krve a moči pro diagnostiku tuberkulózy. Zjistili, že tato metodologie je omezena nízkou koncentrací MTB a pozadím kontaminující netuberkulózní mykobakteriální (NTM) DNA, která sdílí podobné sekvence jako patogenní MTB.

Naše skupina nedávno vyvinula nový laboratorní test měřící hladiny MTB cfDNA. Předpokládáme, že nový test MTB cfDNA má lepší diagnostický výkon než konvenční mikrobiologické metody při rozlišování pleurálních výpotků způsobených TBP od non-TBP. Protože vývojová kohorta obsahuje pouze omezený počet vzorků pleurální tekutiny, je před zavedením do klinické praxe vyžadována rozsáhlá konfirmační studie obsahující pleurální výpotky se širokým spektrem příčin, aby se potvrdila její klinická užitečnost. Tato studie má tři hlavní cíle. Nejprve bude stanovena diagnostická přesnost nového testu MTB cfDNA v diagnostice TBP pomocí velké kohorty obsahující vzorky pleurální tekutiny různých příčin ze zemí s různou zátěží TBC. Za druhé budou identifikovány klinické a laboratorní faktory určující hladinu cfDNA MTB v pleurální tekutině. Za třetí, schopnost testu zachytit různé geny lékové rezistence proti TBC bude zkoumána na pleurální tekutině z endemických oblastí DR-TB.