Exome a analýza genomu k objasnění genetických etiologií a populačních charakteristik v obyčejné komunitě
7. března 2026 aktualizováno: Lina Ghaloul Gonzalez, University of Pittsburgh
Použití sekvenování celého exomu/sekvenování celého genomu v obyčejných komunitách
Tato studie je navržena tak, aby využila techniky sekvenování celého exomu a celého genomu k identifikaci základních genetických příčin nediagnostikovaných poruch v komunitách Plain a provedla populační genetické studie zaměřené na genetický drift a základní mutace v této jedinečné populaci.
Přehled studie
Postavení
Nábor
Podmínky
Detailní popis
Dlouhodobým cílem tohoto návrhu je zřídit Program translační medicíny pro komunity Amishů a Mennonitů starého řádu, který bude přístupný jejich členům s klesajícími náklady a účinnými diagnostickými strategiemi, a využít získané genetické informace k lepšímu pochopení genetických sil a rizika ohrožující zdraví těchto populací.
Jako most k tomu bude použita technologie sekvenování nové generace k identifikaci genetických defektů v rodinách/jedincích Amishů starého řádu, kteří mají klinický obraz naznačující mendelovskou poruchu, ale s neznámou diagnózou.
Vyšetřovatelé plánují vyvinout cílené analytické panely NGS optimalizované pro všeobecné použití v klinickém prostředí při jednání s pacienty a rodinami z Plain Communities, které přinesou lepší a rychlejší klinickou intervenci a zlepšení výsledků.
Studie také zahrnuje použití sekvenování celého genomu pro platformu pro objevování mutantních alel k identifikaci nových genetických rizik v této populaci, která u pacientů dosud nebyla identifikována, a k použití této platformy k popisu genetických rozdílů v komunitách Old Order Amish v Pensylvánii a nakonec v celé zemi. .
S WGS bude použito k analýze populační genetiky porovnáním distribuce genetických variant mezi různými komunitami Amish a k jejich porovnání s jejich evropskými variantami předků dostupnými v projektu 1000 genomů, ke studiu vlivu výběru zakladatelů a genetického driftu v těchto populacích. .
Typ studie
Pozorovací
Zápis (Odhadovaný)
300
Kontakty a umístění
Tato část poskytuje kontaktní údaje pro ty, kteří studii provádějí, a informace o tom, kde se tato studie provádí.
Studijní kontakt
- Jméno: Jenifer Baker, MA
- Telefonní číslo: 412-6926378
- E-mail: jennifer.baker@chp.edu
Studijní záloha kontaktů
- Jméno: Cate Walsh Vockley, MS, LCGC
- Telefonní číslo: 412-692-7349
- E-mail: Catherine.WalshVockley@chp.edu
Studijní místa
-
-
Pennsylvania
-
Pittsburgh, Pennsylvania, Spojené státy, 15224
- Nábor
- Children's Hospital of Pittsburgh of UPMC
-
Dílčí vyšetřovatel:
- Gerard Vockley, MD, PhD
-
Vrchní vyšetřovatel:
- Lina Ghaloul Gonzalez, MD
-
Dílčí vyšetřovatel:
- Roxanne Acquaro, MS, LCGC
-
Dílčí vyšetřovatel:
- M. Michael Barmada
-
Dílčí vyšetřovatel:
- Steven Dobrowolski
-
Dílčí vyšetřovatel:
- Jessica Sebastian, MS, LCGC
-
Dílčí vyšetřovatel:
- Andrew McCarty, MS, LCGC
-
Dílčí vyšetřovatel:
- Christine Munro, BSc
-
Dílčí vyšetřovatel:
- Jodie Vento, MS, LCGC
-
Dílčí vyšetřovatel:
- Catherine Walsh Vockley, MS, LCGC
-
Kontakt:
- Jennifer Baker, MA
- Telefonní číslo: 412-692-6378
- E-mail: jennifer.baker@chp.edu
-
Kontakt:
- Cate Walsh Vockley, MS, LCGC
- Telefonní číslo: 412-692-7349
- E-mail: Catherine.WalshVockley@chp.edu
-
-
Kritéria účasti
Výzkumníci hledají lidi, kteří odpovídají určitému popisu, kterému se říká kritéria způsobilosti. Některé příklady těchto kritérií jsou celkový zdravotní stav osoby nebo předchozí léčba.
Kritéria způsobilosti
Věk způsobilý ke studiu
Ne starší než 100 let (Dítě, Dospělý, Starší dospělý)
Přijímá zdravé dobrovolníky
Ano
Metoda odběru vzorků
Vzorek nepravděpodobnosti
Studijní populace
Rodiny s amišským/mennonitským původem, které zahrnují alespoň jednoho jedince s klinickým fenotypem a rodokmenem naznačujícím genetické onemocnění, budou zvažovány pro část studie s nediagnostikovaným onemocněním.
Počáteční kontakt bude směřovat do Plain Communities v západní Pensylvánii, ale všichni členové Pain Community jsou způsobilí, pokud byli vyhodnoceni místním klinickým genetikem.
Každý jednotlivec (a jeho rodinní příslušníci) z komunity Plain má nárok na populační studie účinků zakladatele a genetického driftu.
Popis
Kritéria pro zařazení:
- Jakákoli osoba amišského nebo mennonitského původu
Kritéria vyloučení:
- Jedinci, kteří nejsou amišského nebo mennonitského původu
Studijní plán
Tato část poskytuje podrobnosti o studijním plánu, včetně toho, jak je studie navržena a co studie měří.
Jak je studie koncipována?
Detaily designu
Co je měření studie?
Primární výstupní opatření
Měření výsledku |
Popis opatření |
Časové okno |
|---|---|---|
|
Výsledky sekvenování exomu a genomu pro klinickou diagnózu u účastníků.
Časové okno: Během přibližně jednoho roku pro každého účastníka
|
Každý účastník bude sekvenován a data DNA budou analyzována na genové mutace v souladu s klinickou symptomatologií
|
Během přibližně jednoho roku pro každého účastníka
|
Sekundární výstupní opatření
Měření výsledku |
Popis opatření |
Časové okno |
|---|---|---|
|
Výsledky exomů a genomových sekvencí pro populační genetické studie
Časové okno: Po ukončení studia přibližně 5 let
|
Sekvenování exomů a genomů bude použito k hodnocení genetických změn ve specifických komunitách v rámci komunit Amish a Mennonite.
Tyto změny/rozdíly budou porovnány mezi skupinami, aby se ukázalo, jak migrace populace a nové genetické mutace ovlivňují zátěž genetických onemocnění v těchto populacích.
|
Po ukončení studia přibližně 5 let
|
Spolupracovníci a vyšetřovatelé
Zde najdete lidi a organizace zapojené do této studie.
Sponzor
Spolupracovníci
Vyšetřovatelé
- Vrchní vyšetřovatel: Lina Ghaloul Gonzalez, MD, University of Pittsburgh
Publikace a užitečné odkazy
Osoba odpovědná za zadávání informací o studiu tyto publikace poskytuje dobrovolně. Mohou se týkat čehokoli, co souvisí se studiem.
Obecné publikace
- de Ligt J, Willemsen MH, van Bon BW, Kleefstra T, Yntema HG, Kroes T, Vulto-van Silfhout AT, Koolen DA, de Vries P, Gilissen C, del Rosario M, Hoischen A, Scheffer H, de Vries BB, Brunner HG, Veltman JA, Vissers LE. Diagnostic exome sequencing in persons with severe intellectual disability. N Engl J Med. 2012 Nov 15;367(20):1921-9. doi: 10.1056/NEJMoa1206524. Epub 2012 Oct 3.
- Metzker ML. Sequencing technologies - the next generation. Nat Rev Genet. 2010 Jan;11(1):31-46. doi: 10.1038/nrg2626. Epub 2009 Dec 8.
- Lander ES, Linton LM, Birren B, Nusbaum C, Zody MC, Baldwin J, Devon K, Dewar K, Doyle M, FitzHugh W, Funke R, Gage D, Harris K, Heaford A, Howland J, Kann L, Lehoczky J, LeVine R, McEwan P, McKernan K, Meldrim J, Mesirov JP, Miranda C, Morris W, Naylor J, Raymond C, Rosetti M, Santos R, Sheridan A, Sougnez C, Stange-Thomann Y, Stojanovic N, Subramanian A, Wyman D, Rogers J, Sulston J, Ainscough R, Beck S, Bentley D, Burton J, Clee C, Carter N, Coulson A, Deadman R, Deloukas P, Dunham A, Dunham I, Durbin R, French L, Grafham D, Gregory S, Hubbard T, Humphray S, Hunt A, Jones M, Lloyd C, McMurray A, Matthews L, Mercer S, Milne S, Mullikin JC, Mungall A, Plumb R, Ross M, Shownkeen R, Sims S, Waterston RH, Wilson RK, Hillier LW, McPherson JD, Marra MA, Mardis ER, Fulton LA, Chinwalla AT, Pepin KH, Gish WR, Chissoe SL, Wendl MC, Delehaunty KD, Miner TL, Delehaunty A, Kramer JB, Cook LL, Fulton RS, Johnson DL, Minx PJ, Clifton SW, Hawkins T, Branscomb E, Predki P, Richardson P, Wenning S, Slezak T, Doggett N, Cheng JF, Olsen A, Lucas S, Elkin C, Uberbacher E, Frazier M, Gibbs RA, Muzny DM, Scherer SE, Bouck JB, Sodergren EJ, Worley KC, Rives CM, Gorrell JH, Metzker ML, Naylor SL, Kucherlapati RS, Nelson DL, Weinstock GM, Sakaki Y, Fujiyama A, Hattori M, Yada T, Toyoda A, Itoh T, Kawagoe C, Watanabe H, Totoki Y, Taylor T, Weissenbach J, Heilig R, Saurin W, Artiguenave F, Brottier P, Bruls T, Pelletier E, Robert C, Wincker P, Smith DR, Doucette-Stamm L, Rubenfield M, Weinstock K, Lee HM, Dubois J, Rosenthal A, Platzer M, Nyakatura G, Taudien S, Rump A, Yang H, Yu J, Wang J, Huang G, Gu J, Hood L, Rowen L, Madan A, Qin S, Davis RW, Federspiel NA, Abola AP, Proctor MJ, Myers RM, Schmutz J, Dickson M, Grimwood J, Cox DR, Olson MV, Kaul R, Raymond C, Shimizu N, Kawasaki K, Minoshima S, Evans GA, Athanasiou M, Schultz R, Roe BA, Chen F, Pan H, Ramser J, Lehrach H, Reinhardt R, McCombie WR, de la Bastide M, Dedhia N, Blocker H, Hornischer K, Nordsiek G, Agarwala R, Aravind L, Bailey JA, Bateman A, Batzoglou S, Birney E, Bork P, Brown DG, Burge CB, Cerutti L, Chen HC, Church D, Clamp M, Copley RR, Doerks T, Eddy SR, Eichler EE, Furey TS, Galagan J, Gilbert JG, Harmon C, Hayashizaki Y, Haussler D, Hermjakob H, Hokamp K, Jang W, Johnson LS, Jones TA, Kasif S, Kaspryzk A, Kennedy S, Kent WJ, Kitts P, Koonin EV, Korf I, Kulp D, Lancet D, Lowe TM, McLysaght A, Mikkelsen T, Moran JV, Mulder N, Pollara VJ, Ponting CP, Schuler G, Schultz J, Slater G, Smit AF, Stupka E, Szustakowki J, Thierry-Mieg D, Thierry-Mieg J, Wagner L, Wallis J, Wheeler R, Williams A, Wolf YI, Wolfe KH, Yang SP, Yeh RF, Collins F, Guyer MS, Peterson J, Felsenfeld A, Wetterstrand KA, Patrinos A, Morgan MJ, de Jong P, Catanese JJ, Osoegawa K, Shizuya H, Choi S, Chen YJ, Szustakowki J; International Human Genome Sequencing Consortium. Initial sequencing and analysis of the human genome. Nature. 2001 Feb 15;409(6822):860-921. doi: 10.1038/35057062. Erratum In: Nature 2001 Aug 2;412(6846):565. Nature 2001 Jun 7;411(6838):720. Szustakowki, J [corrected to Szustakowski, J].
- Saunders CJ, Miller NA, Soden SE, Dinwiddie DL, Noll A, Alnadi NA, Andraws N, Patterson ML, Krivohlavek LA, Fellis J, Humphray S, Saffrey P, Kingsbury Z, Weir JC, Betley J, Grocock RJ, Margulies EH, Farrow EG, Artman M, Safina NP, Petrikin JE, Hall KP, Kingsmore SF. Rapid whole-genome sequencing for genetic disease diagnosis in neonatal intensive care units. Sci Transl Med. 2012 Oct 3;4(154):154ra135. doi: 10.1126/scitranslmed.3004041.
- International Human Genome Sequencing Consortium. Finishing the euchromatic sequence of the human genome. Nature. 2004 Oct 21;431(7011):931-45. doi: 10.1038/nature03001.
- Ng PC, Levy S, Huang J, Stockwell TB, Walenz BP, Li K, Axelrod N, Busam DA, Strausberg RL, Venter JC. Genetic variation in an individual human exome. PLoS Genet. 2008 Aug 15;4(8):e1000160. doi: 10.1371/journal.pgen.1000160.
- Ku CS, Naidoo N, Pawitan Y. Revisiting Mendelian disorders through exome sequencing. Hum Genet. 2011 Apr;129(4):351-70. doi: 10.1007/s00439-011-0964-2. Epub 2011 Feb 18.
- Ng SB, Buckingham KJ, Lee C, Bigham AW, Tabor HK, Dent KM, Huff CD, Shannon PT, Jabs EW, Nickerson DA, Shendure J, Bamshad MJ. Exome sequencing identifies the cause of a mendelian disorder. Nat Genet. 2010 Jan;42(1):30-5. doi: 10.1038/ng.499. Epub 2009 Nov 13.
- Rios J, Stein E, Shendure J, Hobbs HH, Cohen JC. Identification by whole-genome resequencing of gene defect responsible for severe hypercholesterolemia. Hum Mol Genet. 2010 Nov 15;19(22):4313-8. doi: 10.1093/hmg/ddq352. Epub 2010 Aug 18.
- Strauss KA, Puffenberger EG. Genetics, medicine, and the Plain people. Annu Rev Genomics Hum Genet. 2009;10:513-36. doi: 10.1146/annurev-genom-082908-150040.
- Puffenberger EG. Genetic heritage of the Old Order Mennonites of southeastern Pennsylvania. Am J Med Genet C Semin Med Genet. 2003 Aug 15;121C(1):18-31. doi: 10.1002/ajmg.c.20003.
- Payne M, Rupar CA, Siu GM, Siu VM. Amish, mennonite, and hutterite genetic disorder database. Paediatr Child Health. 2011 Mar;16(3):e23-4. doi: 10.1093/pch/16.3.e23. No abstract available.
- VA, M., Medical genetic studies of the Amish, Selected papers. Baltimore: Johns Hopkins University Press. 1978.
- Morton DH, Morton CS, Strauss KA, Robinson DL, Puffenberger EG, Hendrickson C, Kelley RI. Pediatric medicine and the genetic disorders of the Amish and Mennonite people of Pennsylvania. Am J Med Genet C Semin Med Genet. 2003 Aug 15;121C(1):5-17. doi: 10.1002/ajmg.c.20002.
- Francomano CA, McKusick VA, Biesecker LG. Medical genetic studies in the Amish: historical perspective. Am J Med Genet C Semin Med Genet. 2003 Aug 15;121C(1):1-4. doi: 10.1002/ajmg.c.20001. No abstract available.
- Rabbani B, Tekin M, Mahdieh N. The promise of whole-exome sequencing in medical genetics. J Hum Genet. 2014 Jan;59(1):5-15. doi: 10.1038/jhg.2013.114. Epub 2013 Nov 7.
- Johansen Taber KA, Dickinson BD, Wilson M. The promise and challenges of next-generation genome sequencing for clinical care. JAMA Intern Med. 2014 Feb 1;174(2):275-80. doi: 10.1001/jamainternmed.2013.12048.
- Venter JC, Adams MD, Myers EW, Li PW, Mural RJ, Sutton GG, Smith HO, Yandell M, Evans CA, Holt RA, Gocayne JD, Amanatides P, Ballew RM, Huson DH, Wortman JR, Zhang Q, Kodira CD, Zheng XH, Chen L, Skupski M, Subramanian G, Thomas PD, Zhang J, Gabor Miklos GL, Nelson C, Broder S, Clark AG, Nadeau J, McKusick VA, Zinder N, Levine AJ, Roberts RJ, Simon M, Slayman C, Hunkapiller M, Bolanos R, Delcher A, Dew I, Fasulo D, Flanigan M, Florea L, Halpern A, Hannenhalli S, Kravitz S, Levy S, Mobarry C, Reinert K, Remington K, Abu-Threideh J, Beasley E, Biddick K, Bonazzi V, Brandon R, Cargill M, Chandramouliswaran I, Charlab R, Chaturvedi K, Deng Z, Di Francesco V, Dunn P, Eilbeck K, Evangelista C, Gabrielian AE, Gan W, Ge W, Gong F, Gu Z, Guan P, Heiman TJ, Higgins ME, Ji RR, Ke Z, Ketchum KA, Lai Z, Lei Y, Li Z, Li J, Liang Y, Lin X, Lu F, Merkulov GV, Milshina N, Moore HM, Naik AK, Narayan VA, Neelam B, Nusskern D, Rusch DB, Salzberg S, Shao W, Shue B, Sun J, Wang Z, Wang A, Wang X, Wang J, Wei M, Wides R, Xiao C, Yan C, Yao A, Ye J, Zhan M, Zhang W, Zhang H, Zhao Q, Zheng L, Zhong F, Zhong W, Zhu S, Zhao S, Gilbert D, Baumhueter S, Spier G, Carter C, Cravchik A, Woodage T, Ali F, An H, Awe A, Baldwin D, Baden H, Barnstead M, Barrow I, Beeson K, Busam D, Carver A, Center A, Cheng ML, Curry L, Danaher S, Davenport L, Desilets R, Dietz S, Dodson K, Doup L, Ferriera S, Garg N, Gluecksmann A, Hart B, Haynes J, Haynes C, Heiner C, Hladun S, Hostin D, Houck J, Howland T, Ibegwam C, Johnson J, Kalush F, Kline L, Koduru S, Love A, Mann F, May D, McCawley S, McIntosh T, McMullen I, Moy M, Moy L, Murphy B, Nelson K, Pfannkoch C, Pratts E, Puri V, Qureshi H, Reardon M, Rodriguez R, Rogers YH, Romblad D, Ruhfel B, Scott R, Sitter C, Smallwood M, Stewart E, Strong R, Suh E, Thomas R, Tint NN, Tse S, Vech C, Wang G, Wetter J, Williams S, Williams M, Windsor S, Winn-Deen E, Wolfe K, Zaveri J, Zaveri K, Abril JF, Guigo R, Campbell MJ, Sjolander KV, Karlak B, Kejariwal A, Mi H, Lazareva B, Hatton T, Narechania A, Diemer K, Muruganujan A, Guo N, Sato S, Bafna V, Istrail S, Lippert R, Schwartz R, Walenz B, Yooseph S, Allen D, Basu A, Baxendale J, Blick L, Caminha M, Carnes-Stine J, Caulk P, Chiang YH, Coyne M, Dahlke C, Deslattes Mays A, Dombroski M, Donnelly M, Ely D, Esparham S, Fosler C, Gire H, Glanowski S, Glasser K, Glodek A, Gorokhov M, Graham K, Gropman B, Harris M, Heil J, Henderson S, Hoover J, Jennings D, Jordan C, Jordan J, Kasha J, Kagan L, Kraft C, Levitsky A, Lewis M, Liu X, Lopez J, Ma D, Majoros W, McDaniel J, Murphy S, Newman M, Nguyen T, Nguyen N, Nodell M, Pan S, Peck J, Peterson M, Rowe W, Sanders R, Scott J, Simpson M, Smith T, Sprague A, Stockwell T, Turner R, Venter E, Wang M, Wen M, Wu D, Wu M, Xia A, Zandieh A, Zhu X. The sequence of the human genome. Science. 2001 Feb 16;291(5507):1304-51. doi: 10.1126/science.1058040.
- Pruitt KD, Harrow J, Harte RA, Wallin C, Diekhans M, Maglott DR, Searle S, Farrell CM, Loveland JE, Ruef BJ, Hart E, Suner MM, Landrum MJ, Aken B, Ayling S, Baertsch R, Fernandez-Banet J, Cherry JL, Curwen V, Dicuccio M, Kellis M, Lee J, Lin MF, Schuster M, Shkeda A, Amid C, Brown G, Dukhanina O, Frankish A, Hart J, Maidak BL, Mudge J, Murphy MR, Murphy T, Rajan J, Rajput B, Riddick LD, Snow C, Steward C, Webb D, Weber JA, Wilming L, Wu W, Birney E, Haussler D, Hubbard T, Ostell J, Durbin R, Lipman D. The consensus coding sequence (CCDS) project: Identifying a common protein-coding gene set for the human and mouse genomes. Genome Res. 2009 Jul;19(7):1316-23. doi: 10.1101/gr.080531.108. Epub 2009 Jun 4.
Termíny studijních záznamů
Tato data sledují průběh záznamů studie a předkládání souhrnných výsledků na ClinicalTrials.gov. Záznamy ze studií a hlášené výsledky jsou před zveřejněním na veřejné webové stránce přezkoumány Národní lékařskou knihovnou (NLM), aby se ujistily, že splňují specifické standardy kontroly kvality.
Hlavní termíny studia
Začátek studia
1. srpna 2016
Primární dokončení (Odhadovaný)
1. srpna 2036
Dokončení studie (Odhadovaný)
1. srpna 2040
Termíny zápisu do studia
První předloženo
22. září 2016
První předloženo, které splnilo kritéria kontroly kvality
5. října 2016
První zveřejněno (Odhadovaný)
6. října 2016
Aktualizace studijních záznamů
Poslední zveřejněná aktualizace (Aktuální)
10. března 2026
Odeslaná poslední aktualizace, která splnila kritéria kontroly kvality
7. března 2026
Naposledy ověřeno
1. března 2026
Více informací
Termíny související s touto studií
Další relevantní podmínky MeSH
Další identifikační čísla studie
- STUDY19040413
Plán pro data jednotlivých účastníků (IPD)
Plánujete sdílet data jednotlivých účastníků (IPD)?
ANO
Popis plánu IPD
Výsledky relevantní pro klinický stav účastníka budou ověřeny v laboratoři s certifikací CLIA a oznámeny účastníkovi.
Informace o lécích a zařízeních, studijní dokumenty
Studuje lékový produkt regulovaný americkým FDA
Ne
Studuje produkt zařízení regulovaný americkým úřadem FDA
Ne
produkt vyrobený a vyvážený z USA
Ne
Tyto informace byly beze změn načteny přímo z webu clinicaltrials.gov. Máte-li jakékoli požadavky na změnu, odstranění nebo aktualizaci podrobností studie, kontaktujte prosím register@clinicaltrials.gov. Jakmile bude změna implementována na clinicaltrials.gov, bude automaticky aktualizována i na našem webu .