Eksom- og genomanalyse for at belyse genetiske ætiologier og populationskarakteristika i det almindelige samfund
7. marts 2026 opdateret af: Lina Ghaloul Gonzalez, University of Pittsburgh
Brug af hele exome-sekventering/hele genom-sekventering i almindelige samfund
Denne undersøgelse er designet til at bruge hele exom- og hele genom-sekventeringsteknikker til at identificere underliggende genetiske årsager til udiagnosticerede lidelser i de almindelige samfund, og til at udføre genetiske populationsundersøgelser, der ser på genetisk drift og grundlæggermutationer i denne unikke population.
Studieoversigt
Status
Rekruttering
Betingelser
Detaljeret beskrivelse
Det langsigtede mål med dette forslag er at etablere et translationelt medicinprogram for den gamle ordens amish- og mennonitiske samfund, som er tilgængeligt for deres medlemmer med faldende omkostninger og effektive diagnostiske strategier, og at udnytte den opnåede genetiske information til bedre at forstå de genetiske kræfter og risikerer at drive disse befolkningers sundhed.
Som en bro til at gøre dette, vil næste generations sekventeringsteknologi blive brugt til at identificere genetiske defekter i Old Order Amish familier/individer, som har et klinisk billede, der tyder på en Mendelsk lidelse, men med ukendt diagnose.
Efterforskere planlægger at udvikle målrettede analytiske NGS-paneler, der er optimeret til generel brug i kliniske omgivelser, når de har at gøre med Plain Communities-patienter og familier, hvilket giver bedre og mere hurtig klinisk intervention og forbedring af resultater.
Undersøgelsen involverer også brug af hele genom-sekventering til en mutant allel opdagelsesplatform for at identificere nye genetiske risici i denne population, der endnu ikke er identificeret hos patienter, og til at bruge denne platform til at beskrive genetiske forskelle i Old Order Amish-samfund over hele Pennsylvania og i sidste ende over hele landet .
Med WGS vil blive brugt til at analysere populationsgenetik ved at sammenligne fordelingen af genetiske varianter blandt de forskellige Amish-samfund og til at sammenligne disse med deres europæiske herkomstvarianter, der er tilgængelige i 1000 genom-projektet, for at studere indflydelsen af grundlæggerudvælgelse og genetisk drift i disse populationer .
Undersøgelsestype
Observationel
Tilmelding (Anslået)
300
Kontakter og lokationer
Dette afsnit indeholder kontaktoplysninger for dem, der udfører undersøgelsen, og oplysninger om, hvor denne undersøgelse udføres.
Studiekontakt
- Navn: Jenifer Baker, MA
- Telefonnummer: 412-6926378
- E-mail: jennifer.baker@chp.edu
Undersøgelse Kontakt Backup
- Navn: Cate Walsh Vockley, MS, LCGC
- Telefonnummer: 412-692-7349
- E-mail: Catherine.WalshVockley@chp.edu
Studiesteder
-
-
Pennsylvania
-
Pittsburgh, Pennsylvania, Forenede Stater, 15224
- Rekruttering
- Children's Hospital of Pittsburgh of UPMC
-
Underforsker:
- Gerard Vockley, MD, PhD
-
Ledende efterforsker:
- Lina Ghaloul Gonzalez, MD
-
Underforsker:
- Roxanne Acquaro, MS, LCGC
-
Underforsker:
- M. Michael Barmada
-
Underforsker:
- Steven Dobrowolski
-
Underforsker:
- Jessica Sebastian, MS, LCGC
-
Underforsker:
- Andrew McCarty, MS, LCGC
-
Underforsker:
- Christine Munro, BSc
-
Underforsker:
- Jodie Vento, MS, LCGC
-
Underforsker:
- Catherine Walsh Vockley, MS, LCGC
-
Kontakt:
- Jennifer Baker, MA
- Telefonnummer: 412-692-6378
- E-mail: jennifer.baker@chp.edu
-
Kontakt:
- Cate Walsh Vockley, MS, LCGC
- Telefonnummer: 412-692-7349
- E-mail: Catherine.WalshVockley@chp.edu
-
-
Deltagelseskriterier
Forskere leder efter personer, der passer til en bestemt beskrivelse, kaldet berettigelseskriterier. Nogle eksempler på disse kriterier er en persons generelle helbredstilstand eller tidligere behandlinger.
Berettigelseskriterier
Aldre berettiget til at studere
Ikke ældre end 100 år (Barn, Voksen, Ældre voksen)
Tager imod sunde frivillige
Ja
Prøveudtagningsmetode
Ikke-sandsynlighedsprøve
Studiebefolkning
Familier med Amish/Mennonit-baggrund, som omfatter mindst ét individ med en klinisk fænotype og en stamtavle, der tyder på genetisk sygdom, vil blive taget i betragtning for den udiagnosticerede sygdomsdel af undersøgelsen.
Den første udstrækning vil være til Plain Communities i det vestlige Pennsylvania, men alle Pain Community-medlemmer er berettigede, så længe de er blevet evalueret af en lokal klinisk genetiker.
Ethvert individ (og deres familiemedlemmer) fra Plain Community er berettiget til befolkningsbaserede undersøgelser af grundlæggereffekter og genetisk drift.
Beskrivelse
Inklusionskriterier:
- Enhver person af Amish eller mennonitisk afstamning
Ekskluderingskriterier:
- Personer, der ikke er af amish eller mennonitisk afstamning
Studieplan
Dette afsnit indeholder detaljer om studieplanen, herunder hvordan undersøgelsen er designet, og hvad undersøgelsen måler.
Hvordan er undersøgelsen tilrettelagt?
Design detaljer
Hvad måler undersøgelsen?
Primære resultatmål
Resultatmål |
Foranstaltningsbeskrivelse |
Tidsramme |
|---|---|---|
|
Eksom- og genomsekventeringsresultater til klinisk diagnose hos deltagere.
Tidsramme: Inden for cirka et år for hver deltager
|
Hver deltager vil blive sekventeret, og DNA-data vil blive analyseret for genmutationer i overensstemmelse med den kliniske symptomatologi
|
Inden for cirka et år for hver deltager
|
Sekundære resultatmål
Resultatmål |
Foranstaltningsbeskrivelse |
Tidsramme |
|---|---|---|
|
Eksom- og genomsekvensresultater for populationsgenetiske undersøgelser
Tidsramme: Gennem afsluttet studie, cirka 5 år
|
Exome og genom sekventering vil blive brugt til at evaluere genetiske ændringer i specifikke samfund inden for Amish og Mennonite samfund.
Disse ændringer/forskelle vil blive sammenlignet mellem grupperne for at vise, hvordan befolkningsvandring og nye genetiske mutationer påvirker byrden af genetisk sygdom i disse populationer.
|
Gennem afsluttet studie, cirka 5 år
|
Samarbejdspartnere og efterforskere
Det er her, du vil finde personer og organisationer, der er involveret i denne undersøgelse.
Sponsor
Samarbejdspartnere
Efterforskere
- Ledende efterforsker: Lina Ghaloul Gonzalez, MD, University of Pittsburgh
Publikationer og nyttige links
Den person, der er ansvarlig for at indtaste oplysninger om undersøgelsen, leverer frivilligt disse publikationer. Disse kan handle om alt relateret til undersøgelsen.
Generelle publikationer
- de Ligt J, Willemsen MH, van Bon BW, Kleefstra T, Yntema HG, Kroes T, Vulto-van Silfhout AT, Koolen DA, de Vries P, Gilissen C, del Rosario M, Hoischen A, Scheffer H, de Vries BB, Brunner HG, Veltman JA, Vissers LE. Diagnostic exome sequencing in persons with severe intellectual disability. N Engl J Med. 2012 Nov 15;367(20):1921-9. doi: 10.1056/NEJMoa1206524. Epub 2012 Oct 3.
- Metzker ML. Sequencing technologies - the next generation. Nat Rev Genet. 2010 Jan;11(1):31-46. doi: 10.1038/nrg2626. Epub 2009 Dec 8.
- Lander ES, Linton LM, Birren B, Nusbaum C, Zody MC, Baldwin J, Devon K, Dewar K, Doyle M, FitzHugh W, Funke R, Gage D, Harris K, Heaford A, Howland J, Kann L, Lehoczky J, LeVine R, McEwan P, McKernan K, Meldrim J, Mesirov JP, Miranda C, Morris W, Naylor J, Raymond C, Rosetti M, Santos R, Sheridan A, Sougnez C, Stange-Thomann Y, Stojanovic N, Subramanian A, Wyman D, Rogers J, Sulston J, Ainscough R, Beck S, Bentley D, Burton J, Clee C, Carter N, Coulson A, Deadman R, Deloukas P, Dunham A, Dunham I, Durbin R, French L, Grafham D, Gregory S, Hubbard T, Humphray S, Hunt A, Jones M, Lloyd C, McMurray A, Matthews L, Mercer S, Milne S, Mullikin JC, Mungall A, Plumb R, Ross M, Shownkeen R, Sims S, Waterston RH, Wilson RK, Hillier LW, McPherson JD, Marra MA, Mardis ER, Fulton LA, Chinwalla AT, Pepin KH, Gish WR, Chissoe SL, Wendl MC, Delehaunty KD, Miner TL, Delehaunty A, Kramer JB, Cook LL, Fulton RS, Johnson DL, Minx PJ, Clifton SW, Hawkins T, Branscomb E, Predki P, Richardson P, Wenning S, Slezak T, Doggett N, Cheng JF, Olsen A, Lucas S, Elkin C, Uberbacher E, Frazier M, Gibbs RA, Muzny DM, Scherer SE, Bouck JB, Sodergren EJ, Worley KC, Rives CM, Gorrell JH, Metzker ML, Naylor SL, Kucherlapati RS, Nelson DL, Weinstock GM, Sakaki Y, Fujiyama A, Hattori M, Yada T, Toyoda A, Itoh T, Kawagoe C, Watanabe H, Totoki Y, Taylor T, Weissenbach J, Heilig R, Saurin W, Artiguenave F, Brottier P, Bruls T, Pelletier E, Robert C, Wincker P, Smith DR, Doucette-Stamm L, Rubenfield M, Weinstock K, Lee HM, Dubois J, Rosenthal A, Platzer M, Nyakatura G, Taudien S, Rump A, Yang H, Yu J, Wang J, Huang G, Gu J, Hood L, Rowen L, Madan A, Qin S, Davis RW, Federspiel NA, Abola AP, Proctor MJ, Myers RM, Schmutz J, Dickson M, Grimwood J, Cox DR, Olson MV, Kaul R, Raymond C, Shimizu N, Kawasaki K, Minoshima S, Evans GA, Athanasiou M, Schultz R, Roe BA, Chen F, Pan H, Ramser J, Lehrach H, Reinhardt R, McCombie WR, de la Bastide M, Dedhia N, Blocker H, Hornischer K, Nordsiek G, Agarwala R, Aravind L, Bailey JA, Bateman A, Batzoglou S, Birney E, Bork P, Brown DG, Burge CB, Cerutti L, Chen HC, Church D, Clamp M, Copley RR, Doerks T, Eddy SR, Eichler EE, Furey TS, Galagan J, Gilbert JG, Harmon C, Hayashizaki Y, Haussler D, Hermjakob H, Hokamp K, Jang W, Johnson LS, Jones TA, Kasif S, Kaspryzk A, Kennedy S, Kent WJ, Kitts P, Koonin EV, Korf I, Kulp D, Lancet D, Lowe TM, McLysaght A, Mikkelsen T, Moran JV, Mulder N, Pollara VJ, Ponting CP, Schuler G, Schultz J, Slater G, Smit AF, Stupka E, Szustakowki J, Thierry-Mieg D, Thierry-Mieg J, Wagner L, Wallis J, Wheeler R, Williams A, Wolf YI, Wolfe KH, Yang SP, Yeh RF, Collins F, Guyer MS, Peterson J, Felsenfeld A, Wetterstrand KA, Patrinos A, Morgan MJ, de Jong P, Catanese JJ, Osoegawa K, Shizuya H, Choi S, Chen YJ, Szustakowki J; International Human Genome Sequencing Consortium. Initial sequencing and analysis of the human genome. Nature. 2001 Feb 15;409(6822):860-921. doi: 10.1038/35057062. Erratum In: Nature 2001 Aug 2;412(6846):565. Nature 2001 Jun 7;411(6838):720. Szustakowki, J [corrected to Szustakowski, J].
- Saunders CJ, Miller NA, Soden SE, Dinwiddie DL, Noll A, Alnadi NA, Andraws N, Patterson ML, Krivohlavek LA, Fellis J, Humphray S, Saffrey P, Kingsbury Z, Weir JC, Betley J, Grocock RJ, Margulies EH, Farrow EG, Artman M, Safina NP, Petrikin JE, Hall KP, Kingsmore SF. Rapid whole-genome sequencing for genetic disease diagnosis in neonatal intensive care units. Sci Transl Med. 2012 Oct 3;4(154):154ra135. doi: 10.1126/scitranslmed.3004041.
- International Human Genome Sequencing Consortium. Finishing the euchromatic sequence of the human genome. Nature. 2004 Oct 21;431(7011):931-45. doi: 10.1038/nature03001.
- Ng PC, Levy S, Huang J, Stockwell TB, Walenz BP, Li K, Axelrod N, Busam DA, Strausberg RL, Venter JC. Genetic variation in an individual human exome. PLoS Genet. 2008 Aug 15;4(8):e1000160. doi: 10.1371/journal.pgen.1000160.
- Ku CS, Naidoo N, Pawitan Y. Revisiting Mendelian disorders through exome sequencing. Hum Genet. 2011 Apr;129(4):351-70. doi: 10.1007/s00439-011-0964-2. Epub 2011 Feb 18.
- Ng SB, Buckingham KJ, Lee C, Bigham AW, Tabor HK, Dent KM, Huff CD, Shannon PT, Jabs EW, Nickerson DA, Shendure J, Bamshad MJ. Exome sequencing identifies the cause of a mendelian disorder. Nat Genet. 2010 Jan;42(1):30-5. doi: 10.1038/ng.499. Epub 2009 Nov 13.
- Rios J, Stein E, Shendure J, Hobbs HH, Cohen JC. Identification by whole-genome resequencing of gene defect responsible for severe hypercholesterolemia. Hum Mol Genet. 2010 Nov 15;19(22):4313-8. doi: 10.1093/hmg/ddq352. Epub 2010 Aug 18.
- Strauss KA, Puffenberger EG. Genetics, medicine, and the Plain people. Annu Rev Genomics Hum Genet. 2009;10:513-36. doi: 10.1146/annurev-genom-082908-150040.
- Puffenberger EG. Genetic heritage of the Old Order Mennonites of southeastern Pennsylvania. Am J Med Genet C Semin Med Genet. 2003 Aug 15;121C(1):18-31. doi: 10.1002/ajmg.c.20003.
- Payne M, Rupar CA, Siu GM, Siu VM. Amish, mennonite, and hutterite genetic disorder database. Paediatr Child Health. 2011 Mar;16(3):e23-4. doi: 10.1093/pch/16.3.e23. No abstract available.
- VA, M., Medical genetic studies of the Amish, Selected papers. Baltimore: Johns Hopkins University Press. 1978.
- Morton DH, Morton CS, Strauss KA, Robinson DL, Puffenberger EG, Hendrickson C, Kelley RI. Pediatric medicine and the genetic disorders of the Amish and Mennonite people of Pennsylvania. Am J Med Genet C Semin Med Genet. 2003 Aug 15;121C(1):5-17. doi: 10.1002/ajmg.c.20002.
- Francomano CA, McKusick VA, Biesecker LG. Medical genetic studies in the Amish: historical perspective. Am J Med Genet C Semin Med Genet. 2003 Aug 15;121C(1):1-4. doi: 10.1002/ajmg.c.20001. No abstract available.
- Rabbani B, Tekin M, Mahdieh N. The promise of whole-exome sequencing in medical genetics. J Hum Genet. 2014 Jan;59(1):5-15. doi: 10.1038/jhg.2013.114. Epub 2013 Nov 7.
- Johansen Taber KA, Dickinson BD, Wilson M. The promise and challenges of next-generation genome sequencing for clinical care. JAMA Intern Med. 2014 Feb 1;174(2):275-80. doi: 10.1001/jamainternmed.2013.12048.
- Venter JC, Adams MD, Myers EW, Li PW, Mural RJ, Sutton GG, Smith HO, Yandell M, Evans CA, Holt RA, Gocayne JD, Amanatides P, Ballew RM, Huson DH, Wortman JR, Zhang Q, Kodira CD, Zheng XH, Chen L, Skupski M, Subramanian G, Thomas PD, Zhang J, Gabor Miklos GL, Nelson C, Broder S, Clark AG, Nadeau J, McKusick VA, Zinder N, Levine AJ, Roberts RJ, Simon M, Slayman C, Hunkapiller M, Bolanos R, Delcher A, Dew I, Fasulo D, Flanigan M, Florea L, Halpern A, Hannenhalli S, Kravitz S, Levy S, Mobarry C, Reinert K, Remington K, Abu-Threideh J, Beasley E, Biddick K, Bonazzi V, Brandon R, Cargill M, Chandramouliswaran I, Charlab R, Chaturvedi K, Deng Z, Di Francesco V, Dunn P, Eilbeck K, Evangelista C, Gabrielian AE, Gan W, Ge W, Gong F, Gu Z, Guan P, Heiman TJ, Higgins ME, Ji RR, Ke Z, Ketchum KA, Lai Z, Lei Y, Li Z, Li J, Liang Y, Lin X, Lu F, Merkulov GV, Milshina N, Moore HM, Naik AK, Narayan VA, Neelam B, Nusskern D, Rusch DB, Salzberg S, Shao W, Shue B, Sun J, Wang Z, Wang A, Wang X, Wang J, Wei M, Wides R, Xiao C, Yan C, Yao A, Ye J, Zhan M, Zhang W, Zhang H, Zhao Q, Zheng L, Zhong F, Zhong W, Zhu S, Zhao S, Gilbert D, Baumhueter S, Spier G, Carter C, Cravchik A, Woodage T, Ali F, An H, Awe A, Baldwin D, Baden H, Barnstead M, Barrow I, Beeson K, Busam D, Carver A, Center A, Cheng ML, Curry L, Danaher S, Davenport L, Desilets R, Dietz S, Dodson K, Doup L, Ferriera S, Garg N, Gluecksmann A, Hart B, Haynes J, Haynes C, Heiner C, Hladun S, Hostin D, Houck J, Howland T, Ibegwam C, Johnson J, Kalush F, Kline L, Koduru S, Love A, Mann F, May D, McCawley S, McIntosh T, McMullen I, Moy M, Moy L, Murphy B, Nelson K, Pfannkoch C, Pratts E, Puri V, Qureshi H, Reardon M, Rodriguez R, Rogers YH, Romblad D, Ruhfel B, Scott R, Sitter C, Smallwood M, Stewart E, Strong R, Suh E, Thomas R, Tint NN, Tse S, Vech C, Wang G, Wetter J, Williams S, Williams M, Windsor S, Winn-Deen E, Wolfe K, Zaveri J, Zaveri K, Abril JF, Guigo R, Campbell MJ, Sjolander KV, Karlak B, Kejariwal A, Mi H, Lazareva B, Hatton T, Narechania A, Diemer K, Muruganujan A, Guo N, Sato S, Bafna V, Istrail S, Lippert R, Schwartz R, Walenz B, Yooseph S, Allen D, Basu A, Baxendale J, Blick L, Caminha M, Carnes-Stine J, Caulk P, Chiang YH, Coyne M, Dahlke C, Deslattes Mays A, Dombroski M, Donnelly M, Ely D, Esparham S, Fosler C, Gire H, Glanowski S, Glasser K, Glodek A, Gorokhov M, Graham K, Gropman B, Harris M, Heil J, Henderson S, Hoover J, Jennings D, Jordan C, Jordan J, Kasha J, Kagan L, Kraft C, Levitsky A, Lewis M, Liu X, Lopez J, Ma D, Majoros W, McDaniel J, Murphy S, Newman M, Nguyen T, Nguyen N, Nodell M, Pan S, Peck J, Peterson M, Rowe W, Sanders R, Scott J, Simpson M, Smith T, Sprague A, Stockwell T, Turner R, Venter E, Wang M, Wen M, Wu D, Wu M, Xia A, Zandieh A, Zhu X. The sequence of the human genome. Science. 2001 Feb 16;291(5507):1304-51. doi: 10.1126/science.1058040.
- Pruitt KD, Harrow J, Harte RA, Wallin C, Diekhans M, Maglott DR, Searle S, Farrell CM, Loveland JE, Ruef BJ, Hart E, Suner MM, Landrum MJ, Aken B, Ayling S, Baertsch R, Fernandez-Banet J, Cherry JL, Curwen V, Dicuccio M, Kellis M, Lee J, Lin MF, Schuster M, Shkeda A, Amid C, Brown G, Dukhanina O, Frankish A, Hart J, Maidak BL, Mudge J, Murphy MR, Murphy T, Rajan J, Rajput B, Riddick LD, Snow C, Steward C, Webb D, Weber JA, Wilming L, Wu W, Birney E, Haussler D, Hubbard T, Ostell J, Durbin R, Lipman D. The consensus coding sequence (CCDS) project: Identifying a common protein-coding gene set for the human and mouse genomes. Genome Res. 2009 Jul;19(7):1316-23. doi: 10.1101/gr.080531.108. Epub 2009 Jun 4.
Datoer for undersøgelser
Disse datoer sporer fremskridtene for indsendelser af undersøgelsesrekord og resumeresultater til ClinicalTrials.gov. Studieregistreringer og rapporterede resultater gennemgås af National Library of Medicine (NLM) for at sikre, at de opfylder specifikke kvalitetskontrolstandarder, før de offentliggøres på den offentlige hjemmeside.
Studer store datoer
Studiestart
1. august 2016
Primær færdiggørelse (Anslået)
1. august 2036
Studieafslutning (Anslået)
1. august 2040
Datoer for studieregistrering
Først indsendt
22. september 2016
Først indsendt, der opfyldte QC-kriterier
5. oktober 2016
Først opslået (Anslået)
6. oktober 2016
Opdateringer af undersøgelsesjournaler
Sidste opdatering sendt (Faktiske)
10. marts 2026
Sidste opdatering indsendt, der opfyldte kvalitetskontrolkriterier
7. marts 2026
Sidst verificeret
1. marts 2026
Mere information
Begreber relateret til denne undersøgelse
Yderligere relevante MeSH-vilkår
Andre undersøgelses-id-numre
- STUDY19040413
Plan for individuelle deltagerdata (IPD)
Planlægger du at dele individuelle deltagerdata (IPD)?
JA
IPD-planbeskrivelse
Resultater, der er relevante for deltagerens kliniske tilstand, vil blive verificeret i et CLIA-certificeret laboratorium og rapporteret til deltageren.
Lægemiddel- og udstyrsoplysninger, undersøgelsesdokumenter
Studerer et amerikansk FDA-reguleret lægemiddelprodukt
Ingen
Studerer et amerikansk FDA-reguleret enhedsprodukt
Ingen
produkt fremstillet i og eksporteret fra U.S.A.
Ingen
Disse oplysninger blev hentet direkte fra webstedet clinicaltrials.gov uden ændringer. Hvis du har nogen anmodninger om at ændre, fjerne eller opdatere dine undersøgelsesoplysninger, bedes du kontakte register@clinicaltrials.gov. Så snart en ændring er implementeret på clinicaltrials.gov, vil denne også blive opdateret automatisk på vores hjemmeside .