Analiza egzomu i genomu w celu wyjaśnienia etiologii genetycznych i charakterystyki populacji w społeczności równinnej
7 marca 2026 zaktualizowane przez: Lina Ghaloul Gonzalez, University of Pittsburgh
Wykorzystanie sekwencjonowania całego egzomu/sekwencjonowania całego genomu w zwykłych społecznościach
To badanie ma na celu wykorzystanie technik sekwencjonowania całego egzomu i całego genomu w celu zidentyfikowania przyczyn genetycznych leżących u podstaw niezdiagnozowanych zaburzeń w społecznościach równinnych oraz przeprowadzenia badań genetycznych populacji pod kątem dryfu genetycznego i mutacji założycielskich w tej wyjątkowej populacji.
Przegląd badań
Status
Rekrutacyjny
Warunki
Szczegółowy opis
Długoterminowym celem tej propozycji jest ustanowienie Programu Medycyny Translacyjnej dla społeczności Amiszów i Mennonitów Starego Zakonu, który byłby dostępny dla ich członków przy niższych kosztach i skutecznych strategiach diagnostycznych oraz wykorzystanie uzyskanych informacji genetycznych do lepszego zrozumienia sił genetycznych i zagraża zdrowiu tych populacji.
Jako pomost do tego, technologia sekwencjonowania nowej generacji zostanie wykorzystana do identyfikacji defektów genetycznych w rodzinach/osobach Amiszów Starego Zakonu, których obraz kliniczny sugeruje zaburzenie mendlowskie, ale z nieznaną diagnozą.
Badacze planują opracować ukierunkowane analityczne panele NGS zoptymalizowane do ogólnego użytku w warunkach klinicznych w kontaktach z pacjentami i rodzinami ze zwykłych społeczności, co umożliwi lepszą i szybszą interwencję kliniczną oraz poprawę wyników.
Badanie obejmuje również wykorzystanie sekwencjonowania całego genomu dla platformy odkrywania zmutowanych alleli w celu zidentyfikowania nowych zagrożeń genetycznych w tej populacji, które nie zostały jeszcze zidentyfikowane u pacjentów, oraz wykorzystania tej platformy do opisania różnic genetycznych w społecznościach Amiszów Starego Porządku w Pensylwanii i ostatecznie w całym kraju .
Z WGS zostanie wykorzystany do analizy genetyki populacji poprzez porównanie rozmieszczenia wariantów genetycznych wśród różnych społeczności Amiszów i porównanie ich z ich europejskimi wariantami przodków dostępnymi w projekcie 1000 genomów, w celu zbadania wpływu selekcji założycieli i dryfu genetycznego w tych populacjach .
Typ studiów
Obserwacyjny
Zapisy (Szacowany)
300
Kontakty i lokalizacje
Ta sekcja zawiera dane kontaktowe osób prowadzących badanie oraz informacje o tym, gdzie badanie jest przeprowadzane.
Kontakt w sprawie studiów
- Nazwa: Jenifer Baker, MA
- Numer telefonu: 412-6926378
- E-mail: jennifer.baker@chp.edu
Kopia zapasowa kontaktu do badania
- Nazwa: Cate Walsh Vockley, MS, LCGC
- Numer telefonu: 412-692-7349
- E-mail: Catherine.WalshVockley@chp.edu
Lokalizacje studiów
-
-
Pennsylvania
-
Pittsburgh, Pennsylvania, Stany Zjednoczone, 15224
- Rekrutacyjny
- Children's Hospital of Pittsburgh of UPMC
-
Pod-śledczy:
- Gerard Vockley, MD, PhD
-
Główny śledczy:
- Lina Ghaloul Gonzalez, MD
-
Pod-śledczy:
- Roxanne Acquaro, MS, LCGC
-
Pod-śledczy:
- M. Michael Barmada
-
Pod-śledczy:
- Steven Dobrowolski
-
Pod-śledczy:
- Jessica Sebastian, MS, LCGC
-
Pod-śledczy:
- Andrew McCarty, MS, LCGC
-
Pod-śledczy:
- Christine Munro, BSc
-
Pod-śledczy:
- Jodie Vento, MS, LCGC
-
Pod-śledczy:
- Catherine Walsh Vockley, MS, LCGC
-
Kontakt:
- Jennifer Baker, MA
- Numer telefonu: 412-692-6378
- E-mail: jennifer.baker@chp.edu
-
Kontakt:
- Cate Walsh Vockley, MS, LCGC
- Numer telefonu: 412-692-7349
- E-mail: Catherine.WalshVockley@chp.edu
-
-
Kryteria uczestnictwa
Badacze szukają osób, które pasują do określonego opisu, zwanego kryteriami kwalifikacyjnymi. Niektóre przykłady tych kryteriów to ogólny stan zdrowia danej osoby lub wcześniejsze leczenie.
Kryteria kwalifikacji
Wiek uprawniający do nauki
Nie starszy niż 100 lat (Dziecko, Dorosły, Starszy dorosły)
Akceptuje zdrowych ochotników
Tak
Metoda próbkowania
Próbka bez prawdopodobieństwa
Badana populacja
Rodziny pochodzenia amiszów/mennonitów, które obejmują co najmniej jedną osobę z klinicznym fenotypem i rodowodem sugerującym chorobę genetyczną, zostaną uwzględnione w części badania dotyczącej niezdiagnozowanej choroby.
Początkowy zasięg będzie skierowany do społeczności Plain w zachodniej Pensylwanii, ale wszyscy członkowie społeczności Pain kwalifikują się, o ile zostali ocenieni przez lokalnego genetyka klinicznego.
Każda osoba (i członkowie jej rodziny) ze społeczności Plain kwalifikuje się do populacyjnych badań efektów założycielskich i dryfu genetycznego.
Opis
Kryteria przyjęcia:
- Każda osoba pochodzenia amiszowego lub menonickiego
Kryteria wyłączenia:
- Osoby, które nie są pochodzenia amiszów ani mennonitów
Plan studiów
Ta sekcja zawiera szczegółowe informacje na temat planu badania, w tym sposób zaprojektowania badania i jego pomiary.
Jak projektuje się badanie?
Szczegóły projektu
Co mierzy badanie?
Podstawowe miary wyniku
Miara wyniku |
Opis środka |
Ramy czasowe |
|---|---|---|
|
Wyniki sekwencjonowania egzomu i genomu do diagnostyki klinicznej u uczestników.
Ramy czasowe: W ciągu około jednego roku dla każdego uczestnika
|
Każdy uczestnik zostanie zsekwencjonowany, a dane DNA zostaną przeanalizowane pod kątem mutacji genów zgodnych z objawami klinicznymi
|
W ciągu około jednego roku dla każdego uczestnika
|
Miary wyników drugorzędnych
Miara wyniku |
Opis środka |
Ramy czasowe |
|---|---|---|
|
Wyniki sekwencji egzomu i genomu do badań genetycznych populacji
Ramy czasowe: Przez ukończenie studiów, około 5 lat
|
Sekwencjonowanie egzomu i genomu zostanie wykorzystane do oceny zmian genetycznych w określonych społecznościach w społecznościach Amiszów i Mennonitów.
Te zmiany/różnice zostaną porównane między grupami, aby pokazać, w jaki sposób migracja populacji i nowe mutacje genetyczne wpływają na obciążenie chorobami genetycznymi w tych populacjach.
|
Przez ukończenie studiów, około 5 lat
|
Współpracownicy i badacze
Tutaj znajdziesz osoby i organizacje zaangażowane w to badanie.
Sponsor
Współpracownicy
Śledczy
- Główny śledczy: Lina Ghaloul Gonzalez, MD, University of Pittsburgh
Publikacje i pomocne linki
Osoba odpowiedzialna za wprowadzenie informacji o badaniu dobrowolnie udostępnia te publikacje. Mogą one dotyczyć wszystkiego, co jest związane z badaniem.
Publikacje ogólne
- de Ligt J, Willemsen MH, van Bon BW, Kleefstra T, Yntema HG, Kroes T, Vulto-van Silfhout AT, Koolen DA, de Vries P, Gilissen C, del Rosario M, Hoischen A, Scheffer H, de Vries BB, Brunner HG, Veltman JA, Vissers LE. Diagnostic exome sequencing in persons with severe intellectual disability. N Engl J Med. 2012 Nov 15;367(20):1921-9. doi: 10.1056/NEJMoa1206524. Epub 2012 Oct 3.
- Metzker ML. Sequencing technologies - the next generation. Nat Rev Genet. 2010 Jan;11(1):31-46. doi: 10.1038/nrg2626. Epub 2009 Dec 8.
- Lander ES, Linton LM, Birren B, Nusbaum C, Zody MC, Baldwin J, Devon K, Dewar K, Doyle M, FitzHugh W, Funke R, Gage D, Harris K, Heaford A, Howland J, Kann L, Lehoczky J, LeVine R, McEwan P, McKernan K, Meldrim J, Mesirov JP, Miranda C, Morris W, Naylor J, Raymond C, Rosetti M, Santos R, Sheridan A, Sougnez C, Stange-Thomann Y, Stojanovic N, Subramanian A, Wyman D, Rogers J, Sulston J, Ainscough R, Beck S, Bentley D, Burton J, Clee C, Carter N, Coulson A, Deadman R, Deloukas P, Dunham A, Dunham I, Durbin R, French L, Grafham D, Gregory S, Hubbard T, Humphray S, Hunt A, Jones M, Lloyd C, McMurray A, Matthews L, Mercer S, Milne S, Mullikin JC, Mungall A, Plumb R, Ross M, Shownkeen R, Sims S, Waterston RH, Wilson RK, Hillier LW, McPherson JD, Marra MA, Mardis ER, Fulton LA, Chinwalla AT, Pepin KH, Gish WR, Chissoe SL, Wendl MC, Delehaunty KD, Miner TL, Delehaunty A, Kramer JB, Cook LL, Fulton RS, Johnson DL, Minx PJ, Clifton SW, Hawkins T, Branscomb E, Predki P, Richardson P, Wenning S, Slezak T, Doggett N, Cheng JF, Olsen A, Lucas S, Elkin C, Uberbacher E, Frazier M, Gibbs RA, Muzny DM, Scherer SE, Bouck JB, Sodergren EJ, Worley KC, Rives CM, Gorrell JH, Metzker ML, Naylor SL, Kucherlapati RS, Nelson DL, Weinstock GM, Sakaki Y, Fujiyama A, Hattori M, Yada T, Toyoda A, Itoh T, Kawagoe C, Watanabe H, Totoki Y, Taylor T, Weissenbach J, Heilig R, Saurin W, Artiguenave F, Brottier P, Bruls T, Pelletier E, Robert C, Wincker P, Smith DR, Doucette-Stamm L, Rubenfield M, Weinstock K, Lee HM, Dubois J, Rosenthal A, Platzer M, Nyakatura G, Taudien S, Rump A, Yang H, Yu J, Wang J, Huang G, Gu J, Hood L, Rowen L, Madan A, Qin S, Davis RW, Federspiel NA, Abola AP, Proctor MJ, Myers RM, Schmutz J, Dickson M, Grimwood J, Cox DR, Olson MV, Kaul R, Raymond C, Shimizu N, Kawasaki K, Minoshima S, Evans GA, Athanasiou M, Schultz R, Roe BA, Chen F, Pan H, Ramser J, Lehrach H, Reinhardt R, McCombie WR, de la Bastide M, Dedhia N, Blocker H, Hornischer K, Nordsiek G, Agarwala R, Aravind L, Bailey JA, Bateman A, Batzoglou S, Birney E, Bork P, Brown DG, Burge CB, Cerutti L, Chen HC, Church D, Clamp M, Copley RR, Doerks T, Eddy SR, Eichler EE, Furey TS, Galagan J, Gilbert JG, Harmon C, Hayashizaki Y, Haussler D, Hermjakob H, Hokamp K, Jang W, Johnson LS, Jones TA, Kasif S, Kaspryzk A, Kennedy S, Kent WJ, Kitts P, Koonin EV, Korf I, Kulp D, Lancet D, Lowe TM, McLysaght A, Mikkelsen T, Moran JV, Mulder N, Pollara VJ, Ponting CP, Schuler G, Schultz J, Slater G, Smit AF, Stupka E, Szustakowki J, Thierry-Mieg D, Thierry-Mieg J, Wagner L, Wallis J, Wheeler R, Williams A, Wolf YI, Wolfe KH, Yang SP, Yeh RF, Collins F, Guyer MS, Peterson J, Felsenfeld A, Wetterstrand KA, Patrinos A, Morgan MJ, de Jong P, Catanese JJ, Osoegawa K, Shizuya H, Choi S, Chen YJ, Szustakowki J; International Human Genome Sequencing Consortium. Initial sequencing and analysis of the human genome. Nature. 2001 Feb 15;409(6822):860-921. doi: 10.1038/35057062. Erratum In: Nature 2001 Aug 2;412(6846):565. Nature 2001 Jun 7;411(6838):720. Szustakowki, J [corrected to Szustakowski, J].
- Saunders CJ, Miller NA, Soden SE, Dinwiddie DL, Noll A, Alnadi NA, Andraws N, Patterson ML, Krivohlavek LA, Fellis J, Humphray S, Saffrey P, Kingsbury Z, Weir JC, Betley J, Grocock RJ, Margulies EH, Farrow EG, Artman M, Safina NP, Petrikin JE, Hall KP, Kingsmore SF. Rapid whole-genome sequencing for genetic disease diagnosis in neonatal intensive care units. Sci Transl Med. 2012 Oct 3;4(154):154ra135. doi: 10.1126/scitranslmed.3004041.
- International Human Genome Sequencing Consortium. Finishing the euchromatic sequence of the human genome. Nature. 2004 Oct 21;431(7011):931-45. doi: 10.1038/nature03001.
- Ng PC, Levy S, Huang J, Stockwell TB, Walenz BP, Li K, Axelrod N, Busam DA, Strausberg RL, Venter JC. Genetic variation in an individual human exome. PLoS Genet. 2008 Aug 15;4(8):e1000160. doi: 10.1371/journal.pgen.1000160.
- Ku CS, Naidoo N, Pawitan Y. Revisiting Mendelian disorders through exome sequencing. Hum Genet. 2011 Apr;129(4):351-70. doi: 10.1007/s00439-011-0964-2. Epub 2011 Feb 18.
- Ng SB, Buckingham KJ, Lee C, Bigham AW, Tabor HK, Dent KM, Huff CD, Shannon PT, Jabs EW, Nickerson DA, Shendure J, Bamshad MJ. Exome sequencing identifies the cause of a mendelian disorder. Nat Genet. 2010 Jan;42(1):30-5. doi: 10.1038/ng.499. Epub 2009 Nov 13.
- Rios J, Stein E, Shendure J, Hobbs HH, Cohen JC. Identification by whole-genome resequencing of gene defect responsible for severe hypercholesterolemia. Hum Mol Genet. 2010 Nov 15;19(22):4313-8. doi: 10.1093/hmg/ddq352. Epub 2010 Aug 18.
- Strauss KA, Puffenberger EG. Genetics, medicine, and the Plain people. Annu Rev Genomics Hum Genet. 2009;10:513-36. doi: 10.1146/annurev-genom-082908-150040.
- Puffenberger EG. Genetic heritage of the Old Order Mennonites of southeastern Pennsylvania. Am J Med Genet C Semin Med Genet. 2003 Aug 15;121C(1):18-31. doi: 10.1002/ajmg.c.20003.
- Payne M, Rupar CA, Siu GM, Siu VM. Amish, mennonite, and hutterite genetic disorder database. Paediatr Child Health. 2011 Mar;16(3):e23-4. doi: 10.1093/pch/16.3.e23. No abstract available.
- VA, M., Medical genetic studies of the Amish, Selected papers. Baltimore: Johns Hopkins University Press. 1978.
- Morton DH, Morton CS, Strauss KA, Robinson DL, Puffenberger EG, Hendrickson C, Kelley RI. Pediatric medicine and the genetic disorders of the Amish and Mennonite people of Pennsylvania. Am J Med Genet C Semin Med Genet. 2003 Aug 15;121C(1):5-17. doi: 10.1002/ajmg.c.20002.
- Francomano CA, McKusick VA, Biesecker LG. Medical genetic studies in the Amish: historical perspective. Am J Med Genet C Semin Med Genet. 2003 Aug 15;121C(1):1-4. doi: 10.1002/ajmg.c.20001. No abstract available.
- Rabbani B, Tekin M, Mahdieh N. The promise of whole-exome sequencing in medical genetics. J Hum Genet. 2014 Jan;59(1):5-15. doi: 10.1038/jhg.2013.114. Epub 2013 Nov 7.
- Johansen Taber KA, Dickinson BD, Wilson M. The promise and challenges of next-generation genome sequencing for clinical care. JAMA Intern Med. 2014 Feb 1;174(2):275-80. doi: 10.1001/jamainternmed.2013.12048.
- Venter JC, Adams MD, Myers EW, Li PW, Mural RJ, Sutton GG, Smith HO, Yandell M, Evans CA, Holt RA, Gocayne JD, Amanatides P, Ballew RM, Huson DH, Wortman JR, Zhang Q, Kodira CD, Zheng XH, Chen L, Skupski M, Subramanian G, Thomas PD, Zhang J, Gabor Miklos GL, Nelson C, Broder S, Clark AG, Nadeau J, McKusick VA, Zinder N, Levine AJ, Roberts RJ, Simon M, Slayman C, Hunkapiller M, Bolanos R, Delcher A, Dew I, Fasulo D, Flanigan M, Florea L, Halpern A, Hannenhalli S, Kravitz S, Levy S, Mobarry C, Reinert K, Remington K, Abu-Threideh J, Beasley E, Biddick K, Bonazzi V, Brandon R, Cargill M, Chandramouliswaran I, Charlab R, Chaturvedi K, Deng Z, Di Francesco V, Dunn P, Eilbeck K, Evangelista C, Gabrielian AE, Gan W, Ge W, Gong F, Gu Z, Guan P, Heiman TJ, Higgins ME, Ji RR, Ke Z, Ketchum KA, Lai Z, Lei Y, Li Z, Li J, Liang Y, Lin X, Lu F, Merkulov GV, Milshina N, Moore HM, Naik AK, Narayan VA, Neelam B, Nusskern D, Rusch DB, Salzberg S, Shao W, Shue B, Sun J, Wang Z, Wang A, Wang X, Wang J, Wei M, Wides R, Xiao C, Yan C, Yao A, Ye J, Zhan M, Zhang W, Zhang H, Zhao Q, Zheng L, Zhong F, Zhong W, Zhu S, Zhao S, Gilbert D, Baumhueter S, Spier G, Carter C, Cravchik A, Woodage T, Ali F, An H, Awe A, Baldwin D, Baden H, Barnstead M, Barrow I, Beeson K, Busam D, Carver A, Center A, Cheng ML, Curry L, Danaher S, Davenport L, Desilets R, Dietz S, Dodson K, Doup L, Ferriera S, Garg N, Gluecksmann A, Hart B, Haynes J, Haynes C, Heiner C, Hladun S, Hostin D, Houck J, Howland T, Ibegwam C, Johnson J, Kalush F, Kline L, Koduru S, Love A, Mann F, May D, McCawley S, McIntosh T, McMullen I, Moy M, Moy L, Murphy B, Nelson K, Pfannkoch C, Pratts E, Puri V, Qureshi H, Reardon M, Rodriguez R, Rogers YH, Romblad D, Ruhfel B, Scott R, Sitter C, Smallwood M, Stewart E, Strong R, Suh E, Thomas R, Tint NN, Tse S, Vech C, Wang G, Wetter J, Williams S, Williams M, Windsor S, Winn-Deen E, Wolfe K, Zaveri J, Zaveri K, Abril JF, Guigo R, Campbell MJ, Sjolander KV, Karlak B, Kejariwal A, Mi H, Lazareva B, Hatton T, Narechania A, Diemer K, Muruganujan A, Guo N, Sato S, Bafna V, Istrail S, Lippert R, Schwartz R, Walenz B, Yooseph S, Allen D, Basu A, Baxendale J, Blick L, Caminha M, Carnes-Stine J, Caulk P, Chiang YH, Coyne M, Dahlke C, Deslattes Mays A, Dombroski M, Donnelly M, Ely D, Esparham S, Fosler C, Gire H, Glanowski S, Glasser K, Glodek A, Gorokhov M, Graham K, Gropman B, Harris M, Heil J, Henderson S, Hoover J, Jennings D, Jordan C, Jordan J, Kasha J, Kagan L, Kraft C, Levitsky A, Lewis M, Liu X, Lopez J, Ma D, Majoros W, McDaniel J, Murphy S, Newman M, Nguyen T, Nguyen N, Nodell M, Pan S, Peck J, Peterson M, Rowe W, Sanders R, Scott J, Simpson M, Smith T, Sprague A, Stockwell T, Turner R, Venter E, Wang M, Wen M, Wu D, Wu M, Xia A, Zandieh A, Zhu X. The sequence of the human genome. Science. 2001 Feb 16;291(5507):1304-51. doi: 10.1126/science.1058040.
- Pruitt KD, Harrow J, Harte RA, Wallin C, Diekhans M, Maglott DR, Searle S, Farrell CM, Loveland JE, Ruef BJ, Hart E, Suner MM, Landrum MJ, Aken B, Ayling S, Baertsch R, Fernandez-Banet J, Cherry JL, Curwen V, Dicuccio M, Kellis M, Lee J, Lin MF, Schuster M, Shkeda A, Amid C, Brown G, Dukhanina O, Frankish A, Hart J, Maidak BL, Mudge J, Murphy MR, Murphy T, Rajan J, Rajput B, Riddick LD, Snow C, Steward C, Webb D, Weber JA, Wilming L, Wu W, Birney E, Haussler D, Hubbard T, Ostell J, Durbin R, Lipman D. The consensus coding sequence (CCDS) project: Identifying a common protein-coding gene set for the human and mouse genomes. Genome Res. 2009 Jul;19(7):1316-23. doi: 10.1101/gr.080531.108. Epub 2009 Jun 4.
Daty zapisu na studia
Daty te śledzą postęp w przesyłaniu rekordów badań i podsumowań wyników do ClinicalTrials.gov. Zapisy badań i zgłoszone wyniki są przeglądane przez National Library of Medicine (NLM), aby upewnić się, że spełniają określone standardy kontroli jakości, zanim zostaną opublikowane na publicznej stronie internetowej.
Główne daty studiów
Rozpoczęcie studiów
1 sierpnia 2016
Zakończenie podstawowe (Szacowany)
1 sierpnia 2036
Ukończenie studiów (Szacowany)
1 sierpnia 2040
Daty rejestracji na studia
Pierwszy przesłany
22 września 2016
Pierwszy przesłany, który spełnia kryteria kontroli jakości
5 października 2016
Pierwszy wysłany (Szacowany)
6 października 2016
Aktualizacje rekordów badań
Ostatnia wysłana aktualizacja (Rzeczywisty)
10 marca 2026
Ostatnia przesłana aktualizacja, która spełniała kryteria kontroli jakości
7 marca 2026
Ostatnia weryfikacja
1 marca 2026
Więcej informacji
Terminy związane z tym badaniem
Dodatkowe istotne warunki MeSH
Inne numery identyfikacyjne badania
- STUDY19040413
Plan dla danych uczestnika indywidualnego (IPD)
Planujesz udostępniać dane poszczególnych uczestników (IPD)?
TAK
Opis planu IPD
Wyniki adekwatne do stanu klinicznego uczestnika zostaną zweryfikowane w laboratorium certyfikowanym przez CLIA i przekazane uczestnikowi.
Informacje o lekach i urządzeniach, dokumenty badawcze
Bada produkt leczniczy regulowany przez amerykańską FDA
Nie
Bada produkt urządzenia regulowany przez amerykańską FDA
Nie
produkt wyprodukowany i wyeksportowany z USA
Nie
Te informacje zostały pobrane bezpośrednio ze strony internetowej clinicaltrials.gov bez żadnych zmian. Jeśli chcesz zmienić, usunąć lub zaktualizować dane swojego badania, skontaktuj się z register@clinicaltrials.gov. Gdy tylko zmiana zostanie wprowadzona na stronie clinicaltrials.gov, zostanie ona automatycznie zaktualizowana również na naszej stronie internetowej .