Integrované molekulární a klinické profilování pro optimalizaci předpovědi výsledku u lymfomu okrajové zóny sleziny

Cílem studie je vyvinout a ověřit integrovaný klinicko-molekulární model pro přesnou prognózu přežití u nově diagnostikovaných SMZL.

Již existující a kódovaný biologický materiál nádoru a osobní údaje související se zdravím budou shromažďovány zpětně. Mutační analýza bude provedena cíleným hlubokým sekvenováním nové generace nádorové genomové DNA. Delece 7q bude hodnocena pomocí FISH na jádrech izolovaných z nádorových tkání. Přeskupení a mutační stav imunoglobulinového genu bude analyzován na genomové DNA nádoru pomocí PCR a Sangerova sekvenování. Stav metylace cílových genů bude hodnocen metylačně specifickou PCR na genomové DNA nádoru.

Upravená souvislost mezi proměnnými expozice a OS bude odhadnuta pomocí Coxovy regrese. Tento přístup poskytne kovariáty nezávisle spojené s OS, které budou využity při vývoji hierarchického molekulárního modelu k predikci OS. Hierarchické pořadí důležitosti při predikci OS mezi kovariáty bude stanoveno rekurzivní analýzou rozdělení. Ke sloučení koncových uzlů vykazujících homogenní OS bude použit amalgamační algoritmus. Diskriminační schopnost modelu bude posouzena výpočtem c-indexu. Analýza relativního přežití bude použita k poskytnutí míry nadměrné úmrtnosti, kterou zažívají podskupiny pacientů stratifikované podle vyvinutých hierarchických molekulárních modelů, bez ohledu na to, zda je nadměrná úmrtnost přímo nebo nepřímo způsobena onemocněním. Model vyvinutý v trénovací sadě bude testován ve validačních sadách a výkonnost modelu (c-index) v ověřovací sadě bude porovnána s výkonností v trénovací sadě.