Integroitu molekyyli- ja kliininen profilointi pernan marginaalialueen lymfooman tulosennusteen optimoimiseksi

Tutkimuksen tavoitteena on kehittää ja validoida integroitu kliinis-molekyylimalli tarkan selviytymisennusteen saamiseksi äskettäin diagnosoidussa SMZL:ssä.

Jo olemassa olevaa ja koodattua kasvaimen biologista materiaalia ja terveyteen liittyviä henkilötietoja kerätään takautuvasti. Mutaatioanalyysi suoritetaan tuumorin genomisen DNA:n kohdistetulla syvällä seuraavan sukupolven sekvensoinnilla. 7q:n deleetio arvioidaan FISH:lla kasvainkudoksista eristetyistä ytimistä. Immunoglobuliinigeenien uudelleenjärjestely ja mutaatioiden tila analysoidaan kasvaimen genomisesta DNA:sta PCR- ja Sanger-sekvensoinnilla. Kohdegeenien metylaatiostatus arvioidaan tuumorin genomisen DNA:n metylaatiospesifisellä PCR:llä.

Oikaistu yhteys altistumismuuttujien ja käyttöjärjestelmän välillä arvioidaan Cox-regression avulla. Tämä lähestymistapa tarjoaa käyttöjärjestelmään riippumattomasti liittyvät kovariaatit, joita käytetään hierarkkisen molekyylimallin kehittämisessä käyttöjärjestelmän ennustamiseen. Hierarkkinen merkityksellisyysjärjestys käyttöjärjestelmän ennustamisessa kovariaattien kesken määritetään rekursiivisen osiointianalyysin avulla. Yhdistämisalgoritmia käytetään yhdistämään päätesolmut, joissa on homogeeninen käyttöjärjestelmä. Mallin erottelukykyä arvioidaan laskemalla c-indeksi. Suhteellisen eloonjäämisanalyysin avulla mitataan kehitettyjen hierarkkisten molekyylimallien mukaan ositettujen potilaiden alaryhmien kokemaa ylimääräistä kuolleisuutta riippumatta siitä, johtuuko ylimääräinen kuolleisuus suoraan vai epäsuorasti sairaudesta. Harjoittelusarjassa kehitettyä mallia testataan validointisarjoissa ja mallin suorituskykyä (c-indeksi) validointisarjassa verrataan koulutussarjassa olevaan malliin.