Zintegrowane profilowanie molekularne i kliniczne w celu optymalizacji przewidywania wyników leczenia chłoniaka strefy brzeżnej śledziony

Badanie ma na celu opracowanie i walidację zintegrowanego modelu kliniczno-molekularnego do dokładnego prognozowania przeżycia w nowo zdiagnozowanym SMZL.

Istniejący już i zakodowany materiał biologiczny nowotworu oraz dane osobowe dotyczące zdrowia będą gromadzone retrospektywnie. Analiza mutacji zostanie przeprowadzona poprzez ukierunkowane głębokie sekwencjonowanie genomowego DNA nowotworu nowej generacji. Delecja 7q zostanie oceniona metodą FISH na jądrach wyizolowanych z tkanek nowotworowych. Przegrupowanie genu immunoglobuliny i status mutacji zostaną przeanalizowane na genomowym DNA guza za pomocą PCR i sekwencjonowania Sangera. Stan metylacji genów docelowych zostanie oceniony przez PCR specyficzny dla metylacji na genomowym DNA guza.

Skorygowany związek między zmiennymi ekspozycji a OS zostanie oszacowany za pomocą regresji Coxa. Podejście to zapewni współzmienne niezależnie powiązane z OS, które zostaną wykorzystane w opracowaniu hierarchicznego modelu molekularnego do przewidywania OS. Hierarchiczna kolejność istotności w przewidywaniu OS wśród zmiennych towarzyszących zostanie ustalona za pomocą rekurencyjnej analizy partycjonowania. Algorytm amalgamacji zostanie użyty do połączenia węzłów końcowych wykazujących jednorodny system operacyjny. Zdolność dyskryminacyjna modelu zostanie oceniona przez obliczenie wskaźnika c. Względna analiza przeżycia zostanie wykorzystana do określenia nadmiernej śmiertelności doświadczanej przez podgrupy pacjentów stratyfikowane zgodnie z opracowanymi hierarchicznymi modelami molekularnymi, niezależnie od tego, czy nadmierna śmiertelność jest bezpośrednio czy pośrednio związana z chorobą. Model opracowany w zbiorze uczącym zostanie przetestowany w zbiorach walidacyjnych, a wydajność modelu (indeks c) w zbiorze walidacyjnym zostanie porównana z wydajnością w zbiorze uczącym.