Sekvenování celého genomu (ChromoSeq) jako doplněk ke konvenčnímu profilování genomu v AML a MDS

• Ve srovnání s konvenční cytogenetikou v klinickém prostředí v reálném čase
• Celkový počet rekurentních strukturních variant bude měřen v každém vzorku pomocí ChromoSeq a metafázové cytogenetiky, což poskytne pár měření. Každé měření bude také dichotomizováno na přítomnost nebo nepřítomnost alespoň jedné opakující se strukturální varianty. Hypotéza žádného rozdílu v počtu variant detekovaných každou metodou bude analyzována pomocí t-testu s párovým výběrem. Pokud se však zjistí, že předpoklady t-testu nejsou udržitelné, použije se místo toho znaménkový test s párovým vzorkem. McNemarův test bude použit k porovnání toho, zda je nebo není alespoň jedna rekurentní strukturální varianta identifikována každou metodou.

• Ve srovnání s konvenční cytogenetikou v klinickém prostředí v reálném čase
• Celkový počet změn počtu kopií bude měřen v každém vzorku pomocí ChromoSeq a metafázové cytogenetiky, což poskytne pár měření. Každé měření bude také dichotomizováno na přítomnost nebo nepřítomnost alespoň jedné změny počtu kopií. Hypotéza žádného rozdílu v počtu změn počtu kopií detekovaných každou metodou bude analyzována pomocí t-testu párového vzorku. Pokud se však zjistí, že předpoklady t-testu nejsou udržitelné, použije se místo toho znaménkový test s párovým vzorkem. McNemarův test bude použit k porovnání toho, zda je u každé metody identifikována alespoň jedna změna počtu kopií.

• Ve srovnání s genovými panely s vysokým pokrytím v klinickém prostředí v reálném čase
• Pro každý vzorek bude spočítán počet jednotlivých nukleotidových variant. Kromě toho budou data dichotomizována na přítomnost nebo nepřítomnost alespoň jedné jediné nukleotidové varianty. Data budou analyzována pomocí párových t-testů a McNemarova testu.

• Ve srovnání s genovými panely s vysokým pokrytím v klinickém prostředí v reálném čase
• Počet inzercí-delecí bude počítán pro každý vzorek. Kromě toho budou data dichotomizována na přítomnost nebo nepřítomnost alespoň jedné inzerce-delece. Data budou analyzována pomocí párových t-testů a McNemarova testu.

• Ve srovnání s metafázovou cytogenetikou
• Vztah rizikové stratifikace definované buď ChromoSeq nebo konvenční cytogenetikou ke klinickému výsledku bude ilustrován Kaplan-Meierovou analýzou přežití na celkovém přežití pro ChromoSeq i metafázovou cytogenetiku. Prediktivní přesnost obou metod bude testována porovnáním plochy pod ROC křivkami pomocí metody DeLong et al.

• Ve srovnání s metafázovou cytogenetikou
• Vztah mezi rizikovou stratifikací definovanou buď ChromoSeq nebo konvenční cytogenetikou a klinickým výsledkem bude ilustrován Kaplan-Meierovou analýzou přežití na přežití bez příhody pro ChromoSeq i metafázovou cytogenetiku. Prediktivní přesnost obou metod bude testována porovnáním plochy pod ROC křivkami pomocí metody DeLong et al.

• Ve srovnání s konvenčním genomickým profilováním (cytogenetika, FISH a sekvenování nové generace), které se používá pro klinický management (jako je stratifikace rizika nebo zavedení cílené genové terapie)
• Položky v průzkumu implementace ChromoSeq Physician Survey budou použity k popisu hodnocení ChromoSeq lékařem s konvenčním genomickým profilováním s ohledem na klinický management. Odpovědi na tyto položky budou uvedeny v tabulkách četností. Pro statistickou analýzu budou hodnoty každé položky překódovány z 1-5 na -2 až +2 a k testování nulové hypotézy, že střední hodnota je 0 (ani souhlasím, ani nesouhlasím), se použijí jednovýběrové t-testy. Kromě toho budou kazuistiky přezkoumány pro kvalitativní hodnocení zkušeností lékařů s těmito dvěma metodami.

• Ve srovnání s neúspěšnými testy genomického profilování standardní péče
• Každý test bude kategorizován jako úspěšný nebo neúspěšný a vytvoří se dvoucestná tabulka zobrazující stav testu ChromoSeq podle stavu standardního testu. Pearsonův chí-kvadrát test bude vypočítán pro testování nulové hypotézy, že úspěšnost testu je nezávislá na typu testu.

• Použití odpovědí z průzkumu od ošetřujících lékařů získaných ze standardizovaných dotazníků pro jednotlivé případy navržených s použitím konstruktů Konsolidovaného rámce pro výzkum implementace
• Pro každý případ bude příslušný ošetřující lékař požádán, aby odpověděl na případový průzkum implementace ChromoSeq Physician Survey. Aby bylo možné prospektivně prozkoumat, jak byla data ChromoSeq použita nebo by mohla být použita ošetřujícím lékařem pro každý případ, a aby bylo možné vyhodnotit vnímání v reálném čase, bude lékař požádán, aby dokončil průzkum do 1 měsíce od ChromoSeq a dokončil konvenční genomické výsledky profilování se vrátí do grafu, podle toho, co nastane později.

• Dokončí průzkum v době, kdy bylo sekvenováno 100 genomů
• 4 tvrzení s odpověďmi od 1=naprosto nesouhlasím do 5=naprosto souhlasím.

• Dokončí průzkum v době, kdy bylo sekvenováno 100 genomů.
• 4 tvrzení s odpověďmi od 1=naprosto nesouhlasím do 5=naprosto souhlasím.

-Dokončí průzkum v době, kdy bylo sekvenováno 100 genomů.

--4 tvrzení s odpověďmi od 1=naprosto nesouhlasím do 5=naprosto souhlasím.

• Dokončí průzkum v době, kdy bylo sekvenováno 100 genomů.
• 10 prohlášení o použitelnosti ChromoSeq s odpověďmi od 1=rozhodně nesouhlasím do 5=rozhodně souhlasím