Whole Genome Sequencing (ChromoSeq) som et supplement til konventionel genomisk profilering i AML og MDS

• Sammenlignet med konventionel cytogenetik i et realtids klinisk miljø
• Det samlede antal af tilbagevendende strukturelle varianter vil blive målt i hver prøve ved hjælp af ChromoSeq og metafase cytogenetik, hvilket giver et par målinger. Hver måling vil også blive dikotomiseret i tilstedeværelsen eller fraværet af mindst én tilbagevendende strukturel variant. Hypotesen om ingen forskel i antallet af varianter detekteret af hver metode vil blive analyseret ved en parret prøve t-test. Men hvis det fastslås, at antagelserne for en t-test ikke er holdbare, vil der i stedet blive brugt en parret-sample tegntest. McNemars test vil blive brugt til at sammenligne, hvorvidt mindst én identificeret tilbagevendende strukturel variant er ved hver metode.

• Sammenlignet med konventionel cytogenetik i et realtids klinisk miljø
• Det samlede antal kopiantalændringer vil blive målt i hver prøve ved hjælp af ChromoSeq og metafase cytogenetik, hvilket giver et par målinger. Hver måling vil også blive dikotomiseret i tilstedeværelsen eller fraværet af mindst én kopinummerændring. Hypotesen om ingen forskel i antallet af kopiantalændringer detekteret ved hver metode vil blive analyseret ved en parret prøve t-test. Men hvis det fastslås, at antagelserne for en t-test ikke er holdbare, vil der i stedet blive brugt en parret-sample tegntest. McNemars test vil blive brugt til at sammenligne, om der er identificeret mindst én kopinummerændring ved hver metode.

• Sammenlignet med genpaneler med høj dækning i kliniske omgivelser i realtid
• Antallet af enkeltnukleotidvarianter vil blive talt for hver prøve. Derudover vil dataene blive dikotomiseret i tilstedeværelsen eller fraværet af mindst én enkelt nukleotidvariant. Data vil blive analyseret ved t-tests med parvise prøver og McNemars test.

• Sammenlignet med genpaneler med høj dækning i kliniske omgivelser i realtid
• Antallet af indsættelsesdeletioner tælles for hver prøve. Derudover vil dataene blive dikotomiseret i tilstedeværelsen eller fraværet af mindst én indsættelse-sletning. Data vil blive analyseret ved t-tests med parvise prøver og McNemars test.

• Sammenlignet med metafase cytogenetik
• Forholdet mellem risiko-stratificering defineret af enten ChromoSeq eller konventionel cytogenetik til klinisk udfald vil blive illustreret med Kaplan-Meier overlevelsesanalyser af samlet overlevelse for både ChromoSeq og metafase cytogenetik. Den prædiktive nøjagtighed af de to metoder vil blive testet ved at sammenligne arealet under ROC-kurverne ved hjælp af metoden ifølge DeLong et al.

• Sammenlignet med metafase cytogenetik
• Forholdet mellem risiko-stratificering defineret af enten ChromoSeq eller konventionel cytogenetik til klinisk resultat vil blive illustreret med Kaplan-Meier overlevelsesanalyser på hændelsesfri overlevelse for både ChromoSeq og metafase cytogenetik. Den prædiktive nøjagtighed af de to metoder vil blive testet ved at sammenligne arealet under ROC-kurverne ved hjælp af metoden ifølge DeLong et al.

• Sammenlignet med konventionel genomisk profilering (cytogenetik, FISH og næste generations sekventering), der bruges til klinisk styring (såsom risiko-stratificering eller indførelse af målrettet genterapi)
• Punkter i ChromoSeq Implementation Physician Survey vil blive brugt til at beskrive læges evaluering af ChromoSeq med konventionel genomisk profilering med hensyn til klinisk ledelse. Svar på disse punkter vil blive præsenteret i frekvenstabeller. Til statistisk analyse vil værdierne af hvert element blive omkodet fra 1-5 til -2 til +2, og en-sample t-test bruges til at teste nulhypotesen, at middelværdien er 0 (hverken enig eller uenig). Derudover vil case-rapporter blive gennemgået for kvalitative evalueringer af læges erfaring med de to metoder.

• Sammenlignet med mislykkede standard-of-care genomiske profileringsassays
• Hvert assay vil blive kategoriseret som vellykket eller mislykket, og der opbygges en tovejstabel, der viser ChromoSeq-analysestatus efter standardanalysestatus. En Pearson chi-square test vil blive beregnet for at teste nulhypotesen, at assays succes er uafhængig af type assay.

• Brug af undersøgelsessvar fra behandlende læger opnået fra standardiserede spørgeskemaer til hver enkelt sag designet ved hjælp af Consolidated Framework for Implementation Research-konstruktioner
• For hvert tilfælde vil den tilsvarende behandlende læge blive bedt om at besvare en case-baseret ChromoSeq Implementation Physician Survey. For prospektivt at undersøge, hvordan ChromoSeq-dataene blev brugt eller kunne bruges af den behandlende læge for hvert enkelt tilfælde, og for at evaluere opfattelser i realtid, vil lægen blive bedt om at gennemføre undersøgelsen inden for 1 måned efter ChromoSeq og afsluttet konventionel genomik profileringsresultater returneres til diagrammet, alt efter hvad der er senere.

• Vil afslutte undersøgelsen på det tidspunkt, hvor 100 genomer er blevet sekventeret
• 4 udsagn med svar fra 1=helt uenig til 5=helt enig.

• Vil afslutte undersøgelsen på det tidspunkt, hvor 100 genomer er blevet sekventeret.
• 4 udsagn med svar fra 1=helt uenig til 5=helt enig.

-Vil fuldføre undersøgelse på det tidspunkt, hvor 100 genomer er blevet sekventeret.

--4 udsagn med svar fra 1=helt uenig til 5=helt enig.

• Vil afslutte undersøgelsen på det tidspunkt, hvor 100 genomer er blevet sekventeret.
• 10 udsagn om anvendeligheden af ​​ChromoSeq med svar fra 1=meget uenig til 5=meget enig