Sequenziamento dell'intero genoma (ChromoSeq) in aggiunta al profilo genomico convenzionale in AML e MDS

• Rispetto alla citogenetica convenzionale in un contesto clinico in tempo reale
• Il numero totale di varianti strutturali ricorrenti sarà misurato in ciascun campione mediante ChromoSeq e citogenetica in metafase ottenendo un paio di misurazioni. Ogni misurazione sarà anche dicotomizzata in presenza o assenza di almeno una variante strutturale ricorrente. L'ipotesi di nessuna differenza nel numero di varianti rilevate da ciascun metodo sarà analizzata mediante un test t per campioni appaiati. Tuttavia, se si determina che le ipotesi di un test t non sono sostenibili, verrà invece utilizzato un test del segno a campione accoppiato. Il test di McNemar verrà utilizzato per confrontare se almeno una variante strutturale ricorrente identificata è o meno da ciascun metodo.

• Rispetto alla citogenetica convenzionale in un contesto clinico in tempo reale
• Il numero totale di alterazioni del numero di copie sarà misurato in ciascun campione mediante ChromoSeq e citogenetica in metafase ottenendo un paio di misurazioni. Ogni misurazione sarà anche dicotomizzata in presenza o assenza di almeno un'alterazione del numero di copie. L'ipotesi di nessuna differenza nel numero di alterazioni del numero di copie rilevate da ciascun metodo sarà analizzata mediante un t-test per campioni appaiati. Tuttavia, se si determina che le ipotesi di un test t non sono sostenibili, verrà invece utilizzato un test del segno a campione accoppiato. Il test di McNemar verrà utilizzato per confrontare se almeno un'alterazione del numero di copie viene identificata o meno da ciascun metodo.

• Rispetto ai pannelli genetici ad alta copertura in un contesto clinico in tempo reale
• Il numero di varianti a singolo nucleotide sarà contato per ciascun campione. Inoltre, i dati saranno dicotomizzati in presenza o assenza di almeno una singola variante nucleotidica. I dati saranno analizzati mediante test t per campioni appaiati e test di McNemar.

• Rispetto ai pannelli genetici ad alta copertura in un contesto clinico in tempo reale
• Verrà conteggiato il numero di inserzioni-delezioni per ciascun campione. Inoltre, i dati saranno dicotomizzati in presenza o assenza di almeno un inserimento-cancellazione. I dati saranno analizzati mediante test t per campioni appaiati e test di McNemar.

• Rispetto alla citogenetica in metafase
• La relazione della stratificazione del rischio definita da ChromoSeq o dalla citogenetica convenzionale con l'esito clinico sarà illustrata con le analisi di sopravvivenza di Kaplan-Meier sulla sopravvivenza globale sia per ChromoSeq che per la citogenetica in metafase. L'accuratezza predittiva dei due metodi sarà testata confrontando l'area sotto le curve ROC utilizzando il metodo di DeLong et al.

• Rispetto alla citogenetica in metafase
• La relazione della stratificazione del rischio definita da ChromoSeq o dalla citogenetica convenzionale con l'esito clinico sarà illustrata con le analisi di sopravvivenza Kaplan-Meier sulla sopravvivenza libera da eventi sia per ChromoSeq che per la citogenetica in metafase. L'accuratezza predittiva dei due metodi sarà testata confrontando l'area sotto le curve ROC utilizzando il metodo di DeLong et al.

• Rispetto alla profilazione genomica convenzionale (citogenetica, FISH e sequenziamento di nuova generazione) utilizzata per la gestione clinica (come la stratificazione del rischio o l'istituzione di una terapia genica mirata)
• Gli elementi del ChromoSeq Implementation Physician Survey verranno utilizzati per descrivere la valutazione medica di ChromoSeq con la profilazione genomica convenzionale per quanto riguarda la gestione clinica. Le risposte a questi item saranno presentate in tabelle di frequenza. Per l'analisi statistica, i valori di ciascun elemento verranno ricodificati da 1-5 a -2 a +2 e test t a un campione utilizzati per verificare l'ipotesi nulla che il valore medio sia 0 (né d'accordo né in disaccordo). Inoltre, i case-report saranno esaminati per valutazioni qualitative dell'esperienza del medico con i due metodi.

• Rispetto ai test di profilazione genomica standard di cura falliti
• Ciascun test verrà classificato come riuscito o non riuscito e verrà creata una tabella bidirezionale che mostra lo stato del test ChromoSeq in base allo stato del test standard. Verrà calcolato un test chi-quadrato di Pearson per testare l'ipotesi nulla che il successo del saggio sia indipendente dal tipo di saggio.

• Utilizzando le risposte al sondaggio dei medici curanti ottenute da questionari standardizzati per caso progettati utilizzando i costrutti del Quadro consolidato per la ricerca sull'implementazione
• Per ciascun caso, al medico curante corrispondente verrà chiesto di rispondere a un sondaggio medico relativo all'implementazione di ChromoSeq basato sul caso. Al fine di indagare in modo prospettico in che modo i dati ChromoSeq sono stati utilizzati o potrebbero essere utilizzati dal medico curante per ciascun caso e per valutare le percezioni in tempo reale, al medico verrà chiesto di completare il sondaggio entro 1 mese dal test ChromoSeq e dal completamento del test genomico convenzionale. i risultati della profilazione verranno restituiti al grafico, a seconda di quale evento si verifica successivamente.

• Completerà l'indagine nel momento in cui saranno stati sequenziati 100 genomi
• 4 affermazioni con risposte che vanno da 1=completamente in disaccordo a 5=completamente d'accordo.

• Completerà l'indagine nel momento in cui saranno stati sequenziati 100 genomi.
• 4 affermazioni con risposte che vanno da 1=completamente in disaccordo a 5=completamente d'accordo.

-Completerà l'indagine nel momento in cui saranno stati sequenziati 100 genomi.

--4 affermazioni con risposte che vanno da 1=completamente in disaccordo a 5=completamente d'accordo.

• Completerà l'indagine nel momento in cui saranno stati sequenziati 100 genomi.
• 10 affermazioni sull'usabilità di ChromoSeq con risposte che vanno da 1=fortemente in disaccordo a 5=fortemente d'accordo