Sekwencjonowanie całego genomu (ChromoSeq) jako uzupełnienie konwencjonalnego profilowania genomu w AML i MDS

• W porównaniu z konwencjonalną cytogenetyką w warunkach klinicznych w czasie rzeczywistym
• Całkowita liczba powtarzających się wariantów strukturalnych zostanie zmierzona w każdej próbce za pomocą ChromoSeq i cytogenetyki metafazowej, uzyskując parę pomiarów. Każdy pomiar zostanie również podzielony na obecność lub brak co najmniej jednego powtarzającego się wariantu strukturalnego. Hipoteza o braku różnic w liczbie wariantów wykrytych przez każdą metodę zostanie przeanalizowana za pomocą testu t dla sparowanych próbek. Jeśli jednak zostanie ustalone, że założenia testu t są nie do utrzymania, zamiast tego zostanie zastosowany test znaku dla sparowanych próbek. Test McNemara zostanie wykorzystany do porównania, czy co najmniej jeden zidentyfikowany powtarzający się wariant strukturalny został zidentyfikowany za pomocą każdej metody.

• W porównaniu z konwencjonalną cytogenetyką w warunkach klinicznych w czasie rzeczywistym
• Całkowita liczba zmian liczby kopii zostanie zmierzona w każdej próbce za pomocą ChromoSeq i cytogenetyki metafazowej, uzyskując parę pomiarów. Każdy pomiar będzie również podzielony na obecność lub brak co najmniej jednej zmiany liczby kopii. Hipoteza o braku różnicy w liczbie zmian liczby kopii wykrytych przez każdą metodę zostanie przeanalizowana za pomocą testu t dla sparowanych próbek. Jeśli jednak zostanie ustalone, że założenia testu t są nie do utrzymania, zamiast tego zostanie zastosowany test znaku dla sparowanych próbek. Test McNemara zostanie wykorzystany do porównania, czy każdą metodą zidentyfikowano co najmniej jedną zmianę liczby kopii.

• W porównaniu z panelami genów o dużym zasięgu w warunkach klinicznych w czasie rzeczywistym
• Liczba wariantów pojedynczych nukleotydów zostanie zliczona dla każdej próbki. Dodatkowo dane zostaną podzielone na obecność lub brak co najmniej jednego wariantu pojedynczego nukleotydu. Dane zostaną przeanalizowane za pomocą testów t dla par próbek i testu McNemara.

• W porównaniu z panelami genów o dużym zasięgu w warunkach klinicznych w czasie rzeczywistym
• Liczba usunięć insercyjnych zostanie zliczona dla każdej próbki. Dodatkowo dane zostaną podzielone na obecność lub brak co najmniej jednej insercji-delecji. Dane zostaną przeanalizowane za pomocą testów t dla par próbek i testu McNemara.

• W porównaniu z cytogenetyką metafazową
• Związek stratyfikacji ryzyka określony przez ChromoSeq lub konwencjonalną cytogenetykę z wynikiem klinicznym zostanie zilustrowany za pomocą analiz przeżycia Kaplana-Meiera dotyczących całkowitego przeżycia zarówno dla cytogenetyki ChromoSeq, jak i metafazy. Dokładność predykcyjna obu metod zostanie przetestowana przez porównanie obszaru pod krzywymi ROC przy użyciu metody DeLong i in.

• W porównaniu z cytogenetyką metafazową
• Zależność stratyfikacji ryzyka zdefiniowana przez ChromoSeq lub konwencjonalną cytogenetykę z wynikiem klinicznym zostanie zilustrowana analizami przeżycia Kaplana-Meiera dotyczącymi przeżycia wolnego od zdarzeń zarówno dla cytogenetyki ChromoSeq, jak i metafazy. Dokładność predykcyjna obu metod zostanie przetestowana przez porównanie obszaru pod krzywymi ROC przy użyciu metody DeLong i in.

• W porównaniu z konwencjonalnym profilowaniem genomowym (cytogenetyka, FISH i sekwencjonowanie nowej generacji), które jest stosowane w postępowaniu klinicznym (takim jak stratyfikacja ryzyka lub wprowadzenie ukierunkowanej terapii genowej)
• Pozycje w ankiecie ChromoSeq Implementation Physician Survey zostaną wykorzystane do opisania oceny lekarza ChromoSeq z konwencjonalnym profilowaniem genomowym w odniesieniu do postępowania klinicznego. Odpowiedzi na te pozycje zostaną przedstawione w tabelach częstości. Na potrzeby analizy statystycznej wartości każdej pozycji zostaną przekodowane od 1-5 do -2 do +2, a testy t dla jednej próby zostaną wykorzystane do sprawdzenia hipotezy zerowej, że średnia wartość wynosi 0 (ani się zgadzam, ani nie zgadzam się). Ponadto opisy przypadków zostaną poddane przeglądowi pod kątem jakościowej oceny doświadczenia lekarza z tymi dwiema metodami.

• W porównaniu z nieudanymi standardowymi testami profilowania genomowego
• Każdy test zostanie sklasyfikowany jako pomyślny lub nieudany i utworzona dwukierunkowa tabela przedstawiająca status testu ChromoSeq według standardowego statusu testu. Test chi-kwadrat Pearsona zostanie obliczony w celu sprawdzenia hipotezy zerowej, że sukces testu jest niezależny od rodzaju testu.

• Korzystanie z odpowiedzi z ankiet przeprowadzonych przez lekarzy prowadzących, uzyskanych ze standardowych kwestionariuszy dla poszczególnych przypadków, zaprojektowanych przy użyciu konstrukcji Consolidated Framework for Implementation Research
• W każdym przypadku odpowiedni lekarz prowadzący zostanie poproszony o udzielenie odpowiedzi na ankietę dla lekarzy wdrażających ChromoSeq. Aby prospektywnie zbadać, w jaki sposób dane ChromoSeq zostały wykorzystane lub mogłyby zostać wykorzystane przez lekarza prowadzącego w każdym przypadku, a także aby ocenić spostrzeżenia w czasie rzeczywistym, lekarz zostanie poproszony o wypełnienie ankiety w ciągu 1 miesiąca od przeprowadzenia badania ChromoSeq i zakończenia konwencjonalnego badania genomicznego. wyniki profilowania są zwracane do wykresu, w zależności od tego, co nastąpi później.

• Badanie zakończy się w momencie zsekwencjonowania 100 genomów
• 4 stwierdzenia z odpowiedziami od 1 = całkowicie się nie zgadzam do 5 = całkowicie się zgadzam.

• Badanie zakończy się w momencie zsekwencjonowania 100 genomów.
• 4 stwierdzenia z odpowiedziami od 1 = całkowicie się nie zgadzam do 5 = całkowicie się zgadzam.

- Zakończy badanie w momencie zsekwencjonowania 100 genomów.

– 4 stwierdzenia z odpowiedziami od 1 = całkowicie się nie zgadzam do 5 = całkowicie się zgadzam.

• Badanie zakończy się w momencie zsekwencjonowania 100 genomów.
• 10 stwierdzeń na temat użyteczności ChromoSeq z odpowiedziami od 1 = zdecydowanie się nie zgadzam do 5 = zdecydowanie się zgadzam