Gesamtgenomsequenzierung (ChromoSeq) als Ergänzung zum konventionellen Genomprofiling bei AML und MDS

• Im Vergleich zur konventionellen Zytogenetik in einer klinischen Umgebung in Echtzeit
• Die Gesamtzahl wiederkehrender Strukturvarianten wird in jeder Probe durch ChromoSeq und Metaphase-Zytogenetik gemessen, was ein Paar von Messungen ergibt. Jede Messung wird auch in Anwesenheit oder Abwesenheit mindestens einer wiederkehrenden Strukturvariante dichotomisiert. Die Hypothese, dass es keinen Unterschied in der Anzahl der von jeder Methode erkannten Varianten gibt, wird durch einen t-Test bei gepaarten Stichproben analysiert. Wenn jedoch festgestellt wird, dass die Annahmen eines t-Tests nicht haltbar sind, wird stattdessen ein Vorzeichentest mit gepaarten Stichproben verwendet. Der McNemar-Test wird verwendet, um zu vergleichen, ob mindestens eine wiederkehrende strukturelle Variante von jeder Methode identifiziert wird oder nicht.

• Im Vergleich zur konventionellen Zytogenetik in einer klinischen Umgebung in Echtzeit
• Die Gesamtzahl der Veränderungen der Kopienzahl wird in jeder Probe durch ChromoSeq und Metaphase-Zytogenetik gemessen, was ein Paar von Messungen ergibt. Jede Messung wird auch in das Vorhandensein oder Nichtvorhandensein mindestens einer Änderung der Kopienzahl dichotomisiert. Die Hypothese, dass kein Unterschied in der Anzahl der durch jedes Verfahren festgestellten Änderungen der Kopienzahl festgestellt wird, wird durch einen t-Test bei gepaarten Stichproben analysiert. Wenn jedoch festgestellt wird, dass die Annahmen eines t-Tests nicht haltbar sind, wird stattdessen ein Vorzeichentest mit gepaarten Stichproben verwendet. Der McNemar-Test wird verwendet, um zu vergleichen, ob bei jedem Verfahren mindestens eine Änderung der Kopienzahl identifiziert wird oder nicht.

• Im Vergleich zu Genpanels mit hoher Abdeckung in einer klinischen Umgebung in Echtzeit
• Die Anzahl der einzelnen Nukleotidvarianten wird für jede Probe gezählt. Zusätzlich werden die Daten in Anwesenheit oder Abwesenheit von mindestens einer einzelnen Nukleotidvariante dichotomisiert. Die Daten werden durch t-Tests bei gepaarten Stichproben und den McNemar-Test analysiert.

• Im Vergleich zu Genpanels mit hoher Abdeckung in einer klinischen Umgebung in Echtzeit
• Die Anzahl der Einfügungslöschungen wird für jede Probe gezählt. Zusätzlich werden die Daten in Anwesenheit oder Abwesenheit mindestens einer Einfügungs-Deletion dichotomisiert. Die Daten werden durch t-Tests bei gepaarten Stichproben und den McNemar-Test analysiert.

• Im Vergleich zur Metaphase-Zytogenetik
• Das Verhältnis der entweder durch ChromoSeq oder konventionelle Zytogenetik definierten Risikostratifizierung zum klinischen Ergebnis wird mit Kaplan-Meier-Überlebensanalysen zum Gesamtüberleben sowohl für ChromoSeq als auch für Metaphase-Zytogenetik veranschaulicht. Die Vorhersagegenauigkeit der beiden Methoden wird getestet, indem die Fläche unter den ROC-Kurven mit der Methode von DeLong et al. verglichen wird.

• Im Vergleich zur Metaphase-Zytogenetik
• Das Verhältnis der entweder durch ChromoSeq oder konventionelle Zytogenetik definierten Risikostratifizierung zum klinischen Ergebnis wird mit Kaplan-Meier-Überlebensanalysen zum ereignisfreien Überleben sowohl für ChromoSeq als auch für die Metaphase-Zytogenetik veranschaulicht. Die Vorhersagegenauigkeit der beiden Methoden wird getestet, indem die Fläche unter den ROC-Kurven mit der Methode von DeLong et al. verglichen wird.

• Im Vergleich zu herkömmlichem Genom-Profiling (Zytogenetik, FISH und Next-Generation-Sequencing), das für das klinische Management verwendet wird (z. B. Risikostratifizierung oder Einrichtung einer gezielten Gentherapie)
• Elemente in der ChromoSeq Implementation Physician Survey werden verwendet, um die ärztliche Bewertung von ChromoSeq mit herkömmlicher Genomprofilerstellung im Hinblick auf das klinische Management zu beschreiben. Die Antworten auf diese Items werden in Häufigkeitstabellen dargestellt. Für die statistische Analyse werden die Werte jedes Items von 1-5 über -2 bis +2 umkodiert und t-Tests bei einer Stichprobe verwendet, um die Nullhypothese zu testen, dass der Mittelwert 0 ist (stimme weder zu noch stimme nicht zu). Darüber hinaus werden Fallberichte für qualitative Bewertungen der ärztlichen Erfahrung mit den beiden Methoden überprüft.

• Im Vergleich zu fehlgeschlagenen Standard-of-Care-Assays zur Erstellung von Genomprofilen
• Jeder Assay wird als erfolgreich oder fehlgeschlagen kategorisiert und es wird eine Zwei-Wege-Tabelle erstellt, die den ChromoSeq-Assay-Status nach Standard-Assay-Status anzeigt. Ein Pearson-Chi-Quadrat-Test wird berechnet, um die Nullhypothese zu testen, dass der Assay-Erfolg unabhängig von der Art des Assays ist.

• Verwendung von Umfrageantworten behandelnder Ärzte, die aus standardisierten Fragebögen pro Fall stammen, die unter Verwendung von Consolidated Framework for Implementation Research-Konstrukten erstellt wurden
• Für jeden Fall wird der entsprechende behandelnde Arzt gebeten, eine fallbasierte Umfrage unter Ärzten zur ChromoSeq-Implementierung zu beantworten. Um prospektiv zu untersuchen, wie die ChromoSeq-Daten vom behandelnden Arzt für jeden Fall verwendet wurden oder verwendet werden könnten, und um die Wahrnehmungen in Echtzeit auszuwerten, wird der Arzt gebeten, die Umfrage innerhalb eines Monats nach ChromoSeq und abgeschlossener konventioneller Genomanalyse abzuschließen Die Profilerstellungsergebnisse werden an das Diagramm zurückgegeben, je nachdem, welcher Zeitpunkt später liegt.

• Wird die Untersuchung abschließen, wenn 100 Genome sequenziert wurden
• 4 Aussagen mit Antworten von 1 = stimme überhaupt nicht zu bis 5 = stimme völlig zu.

• Wird die Untersuchung abschließen, wenn 100 Genome sequenziert wurden.
• 4 Aussagen mit Antworten von 1 = stimme überhaupt nicht zu bis 5 = stimme völlig zu.

-Wird die Umfrage abschließen, wenn 100 Genome sequenziert wurden.

--4 Aussagen mit Antworten von 1 = stimme überhaupt nicht zu bis 5 = stimme völlig zu.

• Wird die Untersuchung abschließen, wenn 100 Genome sequenziert wurden.
• 10 Aussagen zur Benutzerfreundlichkeit von ChromoSeq mit Antworten von 1=stimme überhaupt nicht zu bis 5=stimme völlig zu