Secuenciación del genoma completo (ChromoSeq) como complemento del perfilado genómico convencional en AML y MDS

• En comparación con la citogenética convencional en un entorno clínico en tiempo real
• ChromoSeq y la citogenética de la metafase medirán el número total de variantes estructurales recurrentes en cada muestra, lo que arrojará un par de mediciones. Cada medición también se dicotomizará en la presencia o ausencia de al menos una variante estructural recurrente. La hipótesis de no diferencia en el número de variantes detectadas por cada método se analizará mediante una prueba t de muestras pareadas. Sin embargo, si se determina que los supuestos de una prueba t no son sostenibles, se utilizará en su lugar una prueba de signos de muestras pareadas. Se utilizará la prueba de McNemar para comparar si al menos una variante estructural recurrente identificada es o no por cada método.

• En comparación con la citogenética convencional en un entorno clínico en tiempo real
• El número total de alteraciones del número de copias se medirá en cada muestra mediante ChromoSeq y la citogenética de la metafase, lo que producirá un par de mediciones. Cada medición también se dicotomizará en presencia o ausencia de al menos una alteración del número de copias. La hipótesis de que no hay diferencia en el número de alteraciones del número de copias detectadas por cada método se analizará mediante una prueba t de muestras pareadas. Sin embargo, si se determina que los supuestos de una prueba t no son sostenibles, se utilizará en su lugar una prueba de signos de muestras pareadas. Se utilizará la prueba de McNemar para comparar si cada método identifica o no al menos una alteración del número de copias.

• En comparación con paneles de genes de alta cobertura en un entorno clínico en tiempo real
• Se contará el número de variantes de un solo nucleótido para cada muestra. Además, los datos se dicotomizarán en presencia o ausencia de al menos una única variante de nucleótido. Los datos se analizarán mediante pruebas t de muestras pareadas y la prueba de McNemar.

• En comparación con paneles de genes de alta cobertura en un entorno clínico en tiempo real
• Se contará el número de inserciones-deleciones para cada muestra. Además, los datos serán dicotomizados en presencia o ausencia de al menos una inserción-deleción. Los datos se analizarán mediante pruebas t de muestras pareadas y la prueba de McNemar.

• En comparación con la citogenética en metafase
• La relación de la estratificación del riesgo definida por ChromoSeq o la citogenética convencional con el resultado clínico se ilustrará con los análisis de supervivencia de Kaplan-Meier sobre la supervivencia general tanto para ChromoSeq como para la citogenética en metafase. La precisión predictiva de los dos métodos se probará comparando el área bajo las curvas ROC usando el método de DeLong et al.

• En comparación con la citogenética en metafase
• La relación de la estratificación del riesgo definida por ChromoSeq o la citogenética convencional con el resultado clínico se ilustrará con los análisis de supervivencia de Kaplan-Meier sobre la supervivencia libre de eventos tanto para ChromoSeq como para la citogenética en metafase. La precisión predictiva de los dos métodos se probará comparando el área bajo las curvas ROC usando el método de DeLong et al.

• En comparación con el perfil genómico convencional (citogenética, FISH y secuenciación de próxima generación) que se utiliza para el manejo clínico (como la estratificación de riesgo o la institución de terapia génica dirigida)
• Los elementos de la Encuesta de médicos sobre la implementación de ChromoSeq se utilizarán para describir la evaluación médica de ChromoSeq con perfiles genómicos convencionales con respecto al manejo clínico. Las respuestas a estos ítems se presentarán en tablas de frecuencia. Para el análisis estadístico, los valores de cada elemento se recodificarán de 1-5 a -2 a +2 y se usarán pruebas t de una muestra para probar la hipótesis nula de que el valor medio es 0 (ni de acuerdo ni en desacuerdo). Además, se revisarán los informes de casos para realizar evaluaciones cualitativas de la experiencia del médico con los dos métodos.

• En comparación con los ensayos de perfil genómico estándar de atención fallidos
• Cada ensayo se clasificará como exitoso o fallido y se construirá una tabla de doble entrada que muestra el estado del ensayo ChromoSeq por estado del ensayo estándar. Se calculará una prueba de chi-cuadrado de Pearson para probar la hipótesis nula de que el éxito del ensayo es independiente del tipo de ensayo.

• Utilizar respuestas de encuestas de médicos tratantes obtenidas de cuestionarios estandarizados por caso diseñados utilizando constructos del Marco Consolidado para la Investigación de Implementación.
• Para cada caso, se le pedirá al médico tratante correspondiente que responda una Encuesta de médicos de implementación de ChromoSeq basada en el caso. Para investigar prospectivamente cómo los datos de ChromoSeq fueron utilizados o podrían ser utilizados por el médico tratante para cada caso, y para evaluar las percepciones en tiempo real, se le pedirá al médico que complete la encuesta dentro de 1 mes de haber completado ChromoSeq y completado el genómico convencional. los resultados de la creación de perfiles se devuelven al gráfico, lo que ocurra más tarde.

• Completará el estudio cuando se hayan secuenciado 100 genomas
• 4 afirmaciones con respuestas que van desde 1=completamente en desacuerdo hasta 5=completamente de acuerdo.

• Completará el estudio cuando se hayan secuenciado 100 genomas.
• 4 afirmaciones con respuestas que van desde 1=completamente en desacuerdo hasta 5=completamente de acuerdo.

-Completará el estudio en el momento en que se hayan secuenciado 100 genomas.

--4 afirmaciones con respuestas que van desde 1=completamente en desacuerdo hasta 5=completamente de acuerdo.

• Completará el estudio cuando se hayan secuenciado 100 genomas.
• 10 afirmaciones sobre la usabilidad de ChromoSeq con respuestas que van desde 1=muy en desacuerdo hasta 5=muy de acuerdo