Sequenciamento completo do genoma (ChromoSeq) como adjuvante ao perfil genômico convencional em AML e MDS

• Em comparação com a citogenética convencional em um ambiente clínico em tempo real
• O número total de variantes estruturais recorrentes será medido em cada amostra por ChromoSeq e citogenética metafásica, resultando em um par de medições. Cada medição também será dicotomizada na presença ou ausência de pelo menos uma variante estrutural recorrente. A hipótese de não haver diferença no número de variantes detectadas por cada método será analisada por um teste t de amostras pareadas. No entanto, se for determinado que as suposições de um teste t não são defensáveis, um teste de sinal de amostra pareada será usado. O teste de McNemar será utilizado para comparar se pelo menos uma variante estrutural recorrente identificada é ou não identificada por cada método.

• Em comparação com a citogenética convencional em um ambiente clínico em tempo real
• O número total de alterações no número de cópias será medido em cada amostra por ChromoSeq e citogenética metafásica, resultando em um par de medições. Cada medição também será dicotomizada na presença ou ausência de pelo menos uma alteração no número de cópias. A hipótese de não haver diferença no número de alterações no número de cópias detectadas por cada método será analisada por um teste t de amostras pareadas. No entanto, se for determinado que as suposições de um teste t não são defensáveis, um teste de sinal de amostra pareada será usado. O teste de McNemar será utilizado para comparar se pelo menos uma alteração no número de cópias é identificada por cada método.

• Em comparação com painéis de genes de alta cobertura em um ambiente clínico em tempo real
• O número de variantes de nucleotídeo único será contado para cada amostra. Além disso, os dados serão dicotomizados na presença ou ausência de pelo menos uma única variante de nucleotídeo. Os dados serão analisados ​​por testes t de amostras pareadas e teste de McNemar.

• Em comparação com painéis de genes de alta cobertura em um ambiente clínico em tempo real
• O número de inserções-exclusões será contado para cada amostra. Além disso, os dados serão dicotomizados na presença ou ausência de pelo menos uma inserção-exclusão. Os dados serão analisados ​​por testes t de amostras pareadas e teste de McNemar.

• Em comparação com a citogenética da metáfase
• A relação da estratificação de risco definida por ChromoSeq ou citogenética convencional para o resultado clínico será ilustrada com análises de sobrevivência Kaplan-Meier sobre a sobrevida global para ChromoSeq e citogenética metafásica. A acurácia preditiva dos dois métodos será testada comparando a área sob as curvas ROC usando o método de DeLong et al.

• Em comparação com a citogenética da metáfase
• A relação da estratificação de risco definida por ChromoSeq ou citogenética convencional para o resultado clínico será ilustrada com análises de sobrevida Kaplan-Meier na sobrevida livre de eventos para ChromoSeq e citogenética metafásica. A acurácia preditiva dos dois métodos será testada comparando a área sob as curvas ROC usando o método de DeLong et al.

• Em comparação com o perfil genômico convencional (citogenética, FISH e sequenciamento de próxima geração) que é usado para gerenciamento clínico (como estratificação de risco ou instituição de terapia genética direcionada)
• Os itens da Pesquisa Médica de Implementação do ChromoSeq serão usados ​​para descrever a avaliação médica do ChromoSeq com perfis genômicos convencionais em relação ao gerenciamento clínico. As respostas a esses itens serão apresentadas em tabelas de frequência. Para análise estatística, os valores de cada item serão recodificados de 1-5 a -2 a +2 e testes t de uma amostra usados ​​para testar a hipótese nula de que o valor médio é 0 (nem concordo nem discordo). Além disso, os relatos de casos serão revisados ​​para avaliações qualitativas da experiência do médico com os dois métodos.

• Em comparação com ensaios de perfil genômico padrão de atendimento com falha
• Cada ensaio será categorizado como bem-sucedido ou malsucedido e uma tabela bidirecional será construída exibindo o status do ensaio ChromoSeq por status de ensaio padrão. Um teste qui-quadrado de Pearson será calculado para testar a hipótese nula de que o sucesso do ensaio é independente do tipo de ensaio.

• Usando respostas de pesquisas de médicos assistentes obtidas de questionários padronizados por caso elaborados usando construções da Estrutura Consolidada para Pesquisa de Implementação
• Para cada caso, o médico assistente correspondente deverá responder a uma pesquisa médica de implementação do ChromoSeq baseada no caso. Para investigar prospectivamente como os dados do ChromoSeq foram usados ​​ou poderiam ser usados ​​pelo médico assistente para cada caso, e para avaliar as percepções em tempo real, o médico será solicitado a completar a pesquisa dentro de 1 mês após o ChromoSeq e ter completado a genômica convencional. os resultados da criação de perfil serão retornados ao gráfico, o que ocorrer depois.

• Concluirá a pesquisa no momento em que 100 genomas forem sequenciados
• 4 afirmações com respostas que variam de 1=discordo totalmente a 5=concordo totalmente.

• Concluirá a pesquisa no momento em que 100 genomas tiverem sido sequenciados.
• 4 afirmações com respostas que variam de 1=discordo totalmente a 5=concordo totalmente.

-Concluirá a pesquisa no momento em que 100 genomas tiverem sido sequenciados.

--4 afirmações com respostas variando de 1=discordo totalmente a 5=concordo totalmente.

• Concluirá a pesquisa no momento em que 100 genomas tiverem sido sequenciados.
• 10 afirmações sobre a usabilidade do ChromoSeq com respostas variando de 1=discordo totalmente a 5=concordo totalmente