Koko genomin sekvensointi (ChromoSeq) tavanomaisen genomisen profiloinnin lisänä AML:ssä ja MDS:ssä

• Verrattuna tavanomaiseen sytogenetiikkaan reaaliaikaisessa kliinisessä ympäristössä
• Toistuvien rakennemuunnelmien kokonaismäärä mitataan kussakin näytteessä ChromoSeq:llä ja metafaasisytogenetiikalla, jolloin saadaan mittauspari. Jokainen mittaus jaetaan myös kaksijakoiseksi vähintään yhden toistuvan rakenteellisen muunnelman läsnäoloon tai puuttumiseen. Hypoteesi, jonka mukaan kullakin menetelmällä havaittujen varianttien lukumäärässä ei ole eroa, analysoidaan parinäytteen t-testillä. Jos kuitenkin päätetään, että t-testin oletukset eivät ole kestäviä, käytetään sen sijaan pariotosmerkkitestiä. McNemarin testiä käytetään sen vertaamiseen, onko kullakin menetelmällä tunnistettu vähintään yksi toistuva rakennemuunnelma.

• Verrattuna tavanomaiseen sytogenetiikkaan reaaliaikaisessa kliinisessä ympäristössä
• Kopioiden lukumäärän muutosten kokonaismäärä mitataan kussakin näytteessä ChromoSeq- ja metafaasisytogenetiikan avulla, jolloin saadaan mittauspari. Jokainen mittaus jaetaan myös kaksijakoiseksi vähintään yhden kopioluvun muutoksen läsnäoloon tai puuttumiseen. Hypoteesi, jonka mukaan kullakin menetelmällä havaittujen kopioluvun muutosten lukumäärässä ei ole eroa, analysoidaan parinäytteen t-testillä. Jos kuitenkin päätetään, että t-testin oletukset eivät ole kestäviä, käytetään sen sijaan pariotosmerkkitestiä. McNemarin testiä käytetään vertaamaan, tunnistetaanko kullakin menetelmällä vähintään yksi kopiomäärän muutos.

• Verrattuna korkean peiton geenipaneeleihin reaaliaikaisessa kliinisessä ympäristössä
• Yksittäisten nukleotidivarianttien lukumäärä lasketaan jokaiselle näytteelle. Lisäksi data jaetaan kaksijakoiseksi vähintään yhden yksittäisen nukleotidivariantin läsnäoloon tai puuttumiseen. Tiedot analysoidaan parinäytteen t-testeillä ja McNemarin testillä.

• Verrattuna korkean peiton geenipaneeleihin reaaliaikaisessa kliinisessä ympäristössä
• Lisäys-deleetioiden määrä lasketaan jokaiselle näytteelle. Lisäksi data jaetaan kaksijakoiseksi ainakin yhden insertio-deleetion läsnäoloon tai puuttumiseen. Tiedot analysoidaan parinäytteen t-testeillä ja McNemarin testillä.

• Verrattuna metafaasisytogenetiikkaan
• Joko ChromoSeq:n tai tavanomaisen sytogenetiikan määrittelemän riskin jakamisen suhdetta kliiniseen lopputulokseen havainnollistetaan Kaplan-Meierin eloonjäämisanalyyseillä kokonaiseloonjäämisestä sekä ChromoSeq:n että metafaasisytogenetiikan osalta. Näiden kahden menetelmän ennustetarkkuus testataan vertaamalla ROC-käyrien alla olevaa pinta-alaa DeLongin et al.

• Verrattuna metafaasisytogenetiikkaan
• Joko ChromoSeq:n tai tavanomaisen sytogenetiikan määrittelemän riskin jakamisen suhdetta kliiniseen lopputulokseen havainnollistetaan Kaplan-Meierin eloonjäämisanalyyseillä tapahtumattomasta elossaolosta sekä ChromoSeq:n että metafaasisytogenetiikan osalta. Näiden kahden menetelmän ennustetarkkuus testataan vertaamalla ROC-käyrien alla olevaa pinta-alaa DeLongin et al.

• Verrattuna tavanomaiseen genomiseen profilointiin (sytogenetiikka, FISH ja seuraavan sukupolven sekvensointi), jota käytetään kliinisessä hallinnassa (kuten riskien kerrostaminen tai kohdennettu geeniterapia)
• ChromoSeq Implementation Physician Survey -tutkimuksen kohteita käytetään kuvaamaan ChromoSeqin lääkärin arviointia tavanomaisella genomiprofiloinnilla kliinisen hoidon kannalta. Vastaukset näihin kohtiin esitetään taajuustaulukoissa. Tilastollista analyysiä varten kunkin kohteen arvot koodataan uudelleen arvosta 1-5 arvoon -2 arvoon +2 ja yhden otoksen t-testejä käytetään testaamaan nollahypoteesi, jonka mukaan keskiarvo on 0 (ei samaa tai eri mieltä.) Lisäksi tapausraportit tarkistetaan, jotta voidaan arvioida lääkärin kokemuksia molemmilla menetelmillä.

• Verrattuna epäonnistuneisiin genomiprofilointimäärityksiin
• Jokainen määritys luokitellaan onnistuneeksi tai epäonnistuneeksi ja muodostetaan kaksisuuntainen taulukko, joka näyttää ChromoSeq-määrityksen tilan standardimäärityksen tilan mukaan. Pearsonin khin neliötesti lasketaan testaamaan nollahypoteesia, jonka mukaan määrityksen onnistuminen on riippumaton määrityksen tyypistä.

• Käyttäen hoitavien lääkäreiden kyselyvastauksia, jotka on saatu tapauskohtaisista standardoiduista kyselylomakkeista, jotka on suunniteltu käyttämällä Consolidated Framework for Implementation Research -rakenteita
• Kussakin tapauksessa vastaavaa hoitavaa lääkäriä pyydetään vastaamaan tapauskohtaiseen ChromoSeq-käyttöönottolääkärikyselyyn. Jotta voitaisiin prospektiivisesti tutkia, kuinka hoitava lääkäri käytti tai saattoi käyttää ChromoSeq-tietoja kussakin tapauksessa, ja arvioidakseen havaintoja reaaliajassa, lääkäriä pyydetään suorittamaan kysely 1 kuukauden kuluessa ChromoSeq-tutkimuksesta ja perinteisen genomitutkimuksen suorittamisesta. profilointitulokset palautetaan kaavioon sen mukaan, kumpi on myöhemmin.

• Suorittaa tutkimuksen, kun 100 genomia on sekvensoitu
• 4 väitettä, joiden vastaukset vaihtelevat 1 = täysin eri mieltä ja 5 = täysin samaa mieltä.

• Suorittaa tutkimuksen, kun 100 genomia on sekvensoitu.
• 4 väitettä, joiden vastaukset vaihtelevat 1 = täysin eri mieltä ja 5 = täysin samaa mieltä.

-Tekee tutkimuksen, kun 100 genomia on sekvensoitu.

--4 väitettä, joiden vastaukset vaihtelevat 1 = täysin eri mieltä ja 5 = täysin samaa mieltä.

• Suorittaa tutkimuksen, kun 100 genomia on sekvensoitu.
• 10 väitettä ChromoSeqin käytettävyydestä ja vastaukset vaihtelevat välillä 1 = täysin eri mieltä - 5 = täysin samaa mieltä