Genomová celogenomová asociační studie různých typů diabetu a konstrukce skóre genetického rizika

Diabetes typu 1 (T1D) je způsoben autoimunitní destrukcí pankreatických beta buněk, což vede k závažnému nedostatku inzulínu a vyžaduje celoživotní inzulínovou terapii. Ačkoli tradičně považované za nemoc ovlivňující primárně ovlivňující děti a adolescenty, nedávné epidemiologické studie prokázaly, že u dospělých dochází k více než polovině všech nových případů T1D na celém světě. V současné době se metody diferencování T1D na nástupem na dospělé od T2D spoléhají na klinické fenotypy, jako je věk a vzorec, index tělesné hmotnosti (BMI), hladiny C-peptidu a autoprotilátky ostrůvků. Zvyšující se míra obezity v T1D, přítomnost T2D a idiopatického T1D náchylné k ketóze, jakož i nedostupnou detekci autoprotilátek v některých okresech z něj dělá rostoucí výzvu k přesné klasifikaci mezi T1D a T2D pro dospělé. Diskriminace typů diabetu je v čínské populaci náročnější kvůli vyšší prevalenci časného nástupu T2D při nižší BMI než u evropských populací. Nesprávná identifikace T1D jako T2D může mít za následek nedostatečnou kontrolu hladin glukózy v krvi, zvýšené riziko ketoacidózy a potenciálně závažné a životní komplikace. Proto je zásadní hledat nové diskriminační metody pro různé typy diabetu.

Genetická patogeneze T1D a T2D se významně liší, což umožňuje diferenciaci typů diabetu na základě genetické informace. Skóre genetického rizika T1D (GRS), zahrnující 31 HLA a non-HLA T1D-asociované jednonukleotidové polymorfismy (SNP), může být užitečným nástrojem, který pomáhá rozlišovat mezi T1D a T2D. GRS2, který zlepšil SNP zachycení rizika HLA DR-DQ včetně haplotypových interakcí a přidal non-DR-DQ lokusy, ukázal lepší rozlišovací schopnost pro klasifikaci typu diabetu mezi multietnickou mládeží.

V této studii jsme použili GWAS ke zlepšení genetického profilu pacientů s T1D v Číně. Kromě toho bylo naším cílem identifikovat značky SNP pro riziko HLA DR-DQ v čínské populaci, které by mohly zachytit riziko HLA DR-DQ a interakce mezi těmito haplotypy. Pomocí těchto informací jsme zkonstruovali GRS specifický pro čínštinu a vyhodnotili jeho schopnost rozlišovat mezi T1D a kontrolami, stejně jako mezi T1D a T2D.