DNA-metylaatiomallin arviointi terveillä, sarkopeenisilla, lihavilla ja sarkopeenisilla lihavilla iäkkäillä naisilla: poikkileikkaustutkimus
maanantai 30. syyskuuta 2024 päivittänyt: Ellen Cristini de Freitas, University of Sao Paulo
JOHDANTO: Sarkopeeninen liikalihavuus (SO), toiminnallinen ja kliininen tila, on ominaista lihavuuden rinnakkaiseloon, jolle on ominaista liika rasvamassa ja sarkopenia, jolle on ominaista heikentynyt voima ja lihasmassa.
SO liittyy suurempaan terveyteen liittyvien haitallisten kliinisten tulosten riskiin kuin iäkkäät aikuiset, joilla on liikalihavuus ja sarkopenia yksin.
Ikääntymiseen liittyy lukuisia epigeneettisiä muutoksia.
Näihin ikääntymiseen liittyviin epigeneettisiin muutoksiin kuuluvat DNA:n metylaatio, histonien modifikaatio, kromatiinin uudelleenmuotoilu, ei-koodaavan RNA:n (ncRNA) säätely ja RNA:n modifikaatio.
DNA-metylaatio tapahtuu genomin CpG-dinukleotidien sytosiinien kohdalla ja muuttuu iän myötä erilaisissa ihmiskudoksissa.
Lisäksi monet geenit voivat hypermetyloitua tai hypometyloitua CpG-saarilla ikääntymisprosessin myötä.
Pian ehdokasgeenien laaja tutkiminen voi tarjota oivalluksia sarkopeenisen liikalihavuuden patogeneesiin.
Siksi sen ymmärtäminen, kuinka ikääntymistä, erityisesti sarkopeniaa, lihavuutta ja sarkopeenista lihavuutta säätelevät epigeneettiset tekijät, suosii uusien hoitomuotojen kehittämistä.
Siten tavoitteena on arvioida epigeneettistä vaikutusta iäkkäiden naisten sarkopeeniseen liikalihavuuteen.
MENETELMÄT: Tähän poikkileikkaustutkimukseen osallistuu 32 vanhempaa naista, jotka luokitellaan terveiksi, sarkopeniaa, lihavuutta ja sarkopeenista lihavuutta sairastavia Ribeirão Preton kaupungissa - SP.
Vanhemmat aikuiset tekevät koko kehon ja alueellisen kehon skannauksen iDXA:lla, antropometrisen arvioinnin, toimintakykytestejä, perifeerisen veren keräämisen biokemiallisten markkerien ja epigenetiikan analysoimiseksi.
Tilastolliseen analyysiin käytetään t-testiä, ANOVAa, lineaarista regressiomalleja ja Pearson-korrelaatiota.
Täydellisen metylomin analyysit suoritetaan käyttämällä bioinformatiikan työkaluja, mukaan lukien erityisiä ohjelmistoja.
ODOTETUT TULOKSET: On odotettavissa, että analysoitujen sairauksien metylaatio- ja geeni-ilmentymismalleissa on eroja.
Lisäksi sen odotetaan selventävän, kuinka epigeneettiset muutokset tapahtuvat tämän prosessin aikana.
Tutkimuksen yleiskatsaus
Tila
Aktiivinen, ei rekrytointi
Interventio / Hoito
Yksityiskohtainen kuvaus
Näytteen koko laskettiin a priori tarkasteltaessa DNA-metylaatiota ensisijaisena tuloksena.
Analyysit suoritettiin R-ohjelmistolla (https://www.r-project.org).
Laskennassa käytettiin vaikutuskokoa 0,65, alfaa 0,05 ja tilastollista tehoa 0,80.
Siten tutkimukseen otetaan mukaan yhteensä 32 osallistujaa (n = 8 kussakin ryhmässä).
Metylaatioaste määritetään mittaamalla kuhunkin koettimeen sisällytetyn markkerin määrä.
Kuvan intensiteetit erotetaan Illumina Genome Studio 2011.1:n avulla,
Methylation module 1.9.0 ohjelmisto.
Metylaatiopisteet esitetään beeta-arvona (β) fluoresenssin intensiteettisuhteen mukaan.
Beeta-arvot voivat olettaa minkä tahansa arvon välillä 0 (metyloitumaton) ja 1 (täysin metyloitunut).
Myöhemmin kuvan intensiteetit erotetaan raakatiedoista (IDATS) käyttämällä Champ-pakettia R:lle (Statistical Computing, VIE, Itävalta).
Kaikki genomin laajuiset metylaatiotiedot analysoidaan t-testillä (ryhmien sisällä), minkä jälkeen suoritetaan Benjamini Hochberg -testi.
Reitin rikastusanalyysi suoritetaan käyttämällä WEBGestaltia ja Reactomea.
Tietojen jakautumisen normaalillisuus varmistetaan Shapiro Wilk -testillä ja kuvaava tilasto koostuu keskiarvoista ja keskihajonnan arvoista.
ANOVAa käytetään ryhmien vertailuun.
Pearson-korrelaatioita käytetään arvioimaan DNA-metylaatiomallien korrelaatiota fenotyyppisten muuttujien kanssa.
Lineaarisia regressiomalleja sovelletaan metylaatiomallin ja valittujen muuttujien ennusteen analysoimiseen.
Multinomiaalista logistista regressiomallia käytetään ryhmissä assosiointiin BMI:n, iän, ALST:n mukaiseen telomeeripituuteen.
Tilastollinen merkitsevyys asetetaan 5 %:ksi ja kaikki analyysit tehdään Statistical Package for Social Sciences -ohjelmistolla (SPSS versio 17.0 Inc.).
Chicago, IL).
Opintotyyppi
Havainnollistava
Ilmoittautuminen (Arvioitu)
32
Yhteystiedot ja paikat
Tässä osiossa on tutkimuksen suorittajien yhteystiedot ja tiedot siitä, missä tämä tutkimus suoritetaan.
Opiskelupaikat
-
-
Sao Paulo
-
Ribeirao Preto, Sao Paulo, Brasilia
- University of São Paulo, School of Physical Education and Sports of Ribeirão Preto
-
-
Osallistumiskriteerit
Tutkijat etsivät ihmisiä, jotka sopivat tiettyyn kuvaukseen, jota kutsutaan kelpoisuuskriteereiksi. Joitakin esimerkkejä näistä kriteereistä ovat henkilön yleinen terveydentila tai aiemmat hoidot.
Kelpoisuusvaatimukset
Opintokelpoiset iät
- Aikuinen
- Vanhempi Aikuinen
Hyväksyy terveitä vapaaehtoisia
Joo
Näytteenottomenetelmä
Ei-todennäköisyysnäyte
Tutkimusväestö
Osallistujat rekrytoidaan sosiaalisen median kautta ja USP School of Physical Education and Sports (EEFERP/USP) verkkosivuilla.
Kiinnostuneiden osallistujien on rekisteröidyttävä verkossa, ja tutkija ottaa heihin yhteyttä puhelimitse haastattelun sovimiseksi.
Kuvaus
Sisällön kriteerit:
- kehon massa < 120 kg;
- istuva (ei harjoittele fyysistä harjoittelua vähintään 3 kuukauteen);
- ei käytä vitamiini- tai kivennäislisäaineita, anksiolyyttisiä lääkkeitä, hypoglykeemisiä aineita, jotka vaikuttavat sytokromi P450 (CYP450) -entsyymeihin;
- luokiteltu sarkopeenisen liikalihavuuden, sarkopenian ja lihavuuden kriteereihin.
Poissulkemiskriteerit:
- alkoholistit;
- tupakoitsijat;
- tartuntataudit;
- sepelvaltimotaudit;
- krooniset munuaissairaudet ja
- antamalla pistemäärä ≤ 13 kognitiivisesta tutkimuksesta Mini-Mental State Examinationissa (MMSE).
Opintosuunnitelma
Tässä osiossa on tietoja tutkimussuunnitelmasta, mukaan lukien kuinka tutkimus on suunniteltu ja mitä tutkimuksella mitataan.
Miten tutkimus on suunniteltu?
Suunnittelun yksityiskohdat
Kohortit ja interventiot
Ryhmä/Kohortti |
Interventio / Hoito |
|---|---|
|
Terveet vanhemmat naiset
Vanhemmat naiset, joilla ei ole sarkopeniaa, lihavuutta tai sarkopeenista lihavuutta.
|
Ei mitään (havaintotutkimus)
|
|
Vanhemmat naiset, joilla on sarkopenia
Vanhemmat naiset, joilla on sarkopenia, eli alhainen kädensijan voima ja alhainen lihasmassaindeksi.
|
Ei mitään (havaintotutkimus)
|
|
Vanhemmat naiset, joilla on lihavia
|
Ei mitään (havaintotutkimus)
|
|
Vanhemmat naiset, joilla on sarkopeeninen lihavuus
Vanhemmat naiset, joilla on sarkopeeninen liikalihavuus, eli alhainen kädensijan voima, alhainen lihasmassaindeksi ja korkea painoindeksi.
|
Ei mitään (havaintotutkimus)
|
Mitä tutkimuksessa mitataan?
Ensisijaiset tulostoimenpiteet
Tulosmittaus |
Toimenpiteen kuvaus |
Aikaikkuna |
|---|---|---|
|
Selvitä, edistääkö terveydentila (terve, sarkopeeninen, lihava tai sarkopeeninen lihavuus) muutoksia DNA:n metylaatiossa
Aikaikkuna: 1 päivä
|
Tätä tarkoitusta varten kokeneet sairaanhoitajat ottavat verinäytteitä aamulla 12 tunnin paaston jälkeen EDTA-putkissa.
Biokemiallisten markkerien ja geneettisten markkerien (DNA-metylaatio ja geeniekspressio) analysointia varten kerätään 5 ml verta.
DNA:n uuttaminen ääreisverestä suoritetaan AllPrepDNA/RNA/miRNA Universal kit -sarjalla (Qiagen) ohjeiden mukaisesti käyttäen 200 µl uutettua materiaalia.
Uutetun DNA:n laatu arvioidaan Greends DNA Quantification Reagent -reagenssilla (Invitrogen, Carlsbad, CA, USA).
Uuton jälkeen näytteet säilytetään pakastimessa -80 °C:ssa analysointia varten.
DNA muunnetaan bisulfiitilla käyttämällä EZ DNA Methylation-Gold Conversion Kit -sarjaa (Zymo Research, CA, USA) ohjeiden mukaisesti muuntaen metyloimaton sytosiini urasiiliksi.
Array-pohjainen spesifinen DNA-metylaatioanalyysi suoritetaan käyttämällä Infinium Human Methylation 850K (EPIC) Beadchip -tekniikkaa.
|
1 päivä
|
Toissijaiset tulostoimenpiteet
Tulosmittaus |
Toimenpiteen kuvaus |
Aikaikkuna |
|---|---|---|
|
Korreloi löydetyt epigeneettiset muuttujat biokemiallisten merkkiaineiden, kehon koostumuksen ja fyysisen suorituskyvyn kanssa.
Aikaikkuna: 1 päivä
|
Tätä varten suoritetaan seuraavat arvioinnit: Kuuden minuutin kävelytesti: mitataan kuudessa minuutissa kuljettu kokonaismatka (metreinä). Kyynärvarren taivutustesti: pistemäärä saadaan oikein 30 sekunnin aikana suoritettujen taivutusten kokonaismäärästä. Kädensijan lujuuden mittaus: Kädensijan vahvuustesti kilogrammoina suoritetaan käsidynamometrillä: Pisteet saadaan kokonaisten suoritusten kokonaismäärästä 30 sekunnin aikana. Kehonkoostumus määritetään koko kehon ja alueellisen kehon skannauksella iDXA:ta käyttämällä. Kokeessa mitataan grammoina kokonais- ja aluekeho (oikea ja vasen alaraaja, vartalo, oikea ja vasen yläraaja ja pää): rasvamassa (g); prosenttiosuus kokonaisrasvasta ja alueellisesta rasvasta (% G); luun mineraalipitoisuus; appendikulaarinen laiha pehmytkudos määritetään laskemalla yhteen ala- ja yläraajojen laiha pehmytkudos oikealla ja vasemmalla puolella. |
1 päivä
|
Yhteistyökumppanit ja tutkijat
Täältä löydät tähän tutkimukseen osallistuvat ihmiset ja organisaatiot.
Opintojen ennätyspäivät
Nämä päivämäärät seuraavat ClinicalTrials.gov-sivustolle lähetettyjen tutkimustietueiden ja yhteenvetojen edistymistä. National Library of Medicine (NLM) tarkistaa tutkimustiedot ja raportoidut tulokset varmistaakseen, että ne täyttävät tietyt laadunvalvontastandardit, ennen kuin ne julkaistaan julkisella verkkosivustolla.
Opi tärkeimmät päivämäärät
Opiskelun aloitus (Todellinen)
Keskiviikko 21. helmikuuta 2024
Ensisijainen valmistuminen (Todellinen)
Torstai 5. syyskuuta 2024
Opintojen valmistuminen (Arvioitu)
Lauantai 5. lokakuuta 2024
Opintoihin ilmoittautumispäivät
Ensimmäinen lähetetty
Maanantai 23. syyskuuta 2024
Ensimmäinen toimitettu, joka täytti QC-kriteerit
Keskiviikko 25. syyskuuta 2024
Ensimmäinen Lähetetty (Todellinen)
Tiistai 1. lokakuuta 2024
Tutkimustietojen päivitykset
Viimeisin päivitys julkaistu (Todellinen)
Keskiviikko 2. lokakuuta 2024
Viimeisin lähetetty päivitys, joka täytti QC-kriteerit
Maanantai 30. syyskuuta 2024
Viimeksi vahvistettu
Sunnuntai 1. syyskuuta 2024
Lisää tietoa
Tähän tutkimukseen liittyvät termit
Muita asiaankuuluvia MeSH-ehtoja
Muut tutkimustunnusnumerot
- 73189623.6.0000.5659
Yksittäisten osallistujien tietojen suunnitelma (IPD)
Aiotko jakaa yksittäisten osallistujien tietoja (IPD)?
EI
Lääke- ja laitetiedot, tutkimusasiakirjat
Tutkii yhdysvaltalaista FDA sääntelemää lääkevalmistetta
Ei
Tutkii yhdysvaltalaista FDA sääntelemää laitetuotetta
Ei
Nämä tiedot haettiin suoraan verkkosivustolta clinicaltrials.gov ilman muutoksia. Jos sinulla on pyyntöjä muuttaa, poistaa tai päivittää tutkimustietojasi, ota yhteyttä register@clinicaltrials.gov. Heti kun muutos on otettu käyttöön osoitteessa clinicaltrials.gov, se päivitetään automaattisesti myös verkkosivustollemme .