Ei-interventiivinen, kansainvälinen, monikeskustutkimustutkimus, jonka tarkoituksena on luoda suurin multimodaalisen tiedon kokoelma (mukaan lukien kliiniset tiedot, kuvantamistiedot ja omiikkatiedot) onkologiassa (MOSAIC)
Multi Omics ja Spatial Atlas In Cancer
Syöpä on yksi johtavista sairauksiin liittyvien sairastuvuuden ja kuolleisuuden syistä. Suuri haaste syövän hoidossa on biologiaan perustuvien, yksilöllisten hoitostrategioiden kehittäminen. Äskettäiset edistysaskeleet tekoäly- ja seuraavan sukupolven sekvensointitekniikoissa (NGS) ovat tuoneet lisää näkemyksiä sairauksien biologiaan ja hoitoreitteihin, mikä on tunnistanut uusia, tarkkuuslääkepohjaisia hoitomahdollisuuksia.
Biologiset mekanismit, jotka johtavat syövän kehittymiseen ja etenemiseen, syntyvät monimutkaisista ja plastisista säätelemättömien soluohjelmien verkoista, joihin liittyy monia signalointireittejä ja efektorimolekyylejä. Syöpäsolut muuttavat ympäröivää ympäristöään solujen välisten vuorovaikutusten kautta ei-kasvainsolujen kanssa tai erittämällä sytokiinejä, kemokiineja ja muita tekijöitä. Tämä kasvaimen mikroympäristön (TME) uudelleenohjelmointi on kriittinen syövän etenemiselle, invaasiolle ja etäpesäkkeille. Lisäksi on yhä enemmän tutkimuksia, jotka osoittavat, että sekä synnynnäiset että adaptiiviset immuunisolutyypit edistävät kasvainten muodostumista ja hoitoresistenssiä, kun niitä esiintyy TME:ssä. Syöpäsolujen ja ympäröivän TME:n välisen ylikuulumisen ymmärtäminen antaa tietoa herkkyyden ja hoitoresistenssin mekanismeista, mukaan lukien immunoterapia (IO) ja kohdennettuja hoitoja.
Spatially resolution-Omics on nouseva kenttä, joka luonnehtii solutyyppejä geeni-/proteiini-ilmentymillä niiden avaruudellisessa kontekstissa kudosorganisaatiossa. Viimeaikaiset korkean profiilin spatiaaliset transkriptomiikkatutkimukset ovat paljastaneet erityisiä solu-identiteettejä, jotka määrittelevät ympäröivän TME:n.
MOSAIC-tutkimus, alan ja huippusairaaloiden välinen yhteistyöhanke, ehdottaa menemistä paljon nykyisten syövän molekyyliprofilointiprojektien pidemmälle yhdistämällä useiden datamenetelmien tuottaminen ja analysointi (kolme olennaista pakollista menetelmää: kliiniset tiedot, hematoksyliini ja eosiini (H&E) mikroskooppiset kuva, tilatranskriptomiikka jopa 3 korkean prioriteetin datamenetelmää teknisestä toteutettavuudesta ja näytteen koosta riippuen: bulk ribonukleiinihapposekvensointi (RNAseq), bulk Whole Exome -sekvensointi (WES), yksisoluinen transkriptomiikka ja mahdollisesti muut valinnaiset datamodaliteetit ja seuranta; kokeita, kuten yksisoluinen omiikka, immunohistokemia ja spatiaalinen proteomiikka tai muu proteiinien ja molekyylien molekyyliprofilointi) vähintään 2 000 kasvainnäytteellä eri syövän indikaatioissa. Tämä tuottaa laajaa molekyyli- ja soluprofilointitietoa kasvaimesta ja sen mikroympäristöstä syöpäpotilailta, yhdistettynä kliinisiin tietoihin, ennennäkemättömässä mittakaavassa ja resoluutiossa.
Tähän tutkimukseen otetaan mukaan potilaat, joilla on diagnosoitu jokin kelvollisista syöpäaiheista ja joille on saatavilla FFPE-kasvainnäyte jo suoritetusta biopsiasta ja/tai kirurgisesta resektiosta heidän paikallisessa patologia-arkistossa tai heidän tytäryhtiöiden keskusten arkistoissa.
MOSAIC-tutkimuksella odotetaan olevan voimakas vaikutus potilaisiin uusien kohdennettujen terapeuttisten lääkkeiden löytämisessä, joko spesifistä hoitoa tai laajempaa kliinistä hoitoa vaativien potilasryhmien tunnistamisessa sekä uusien hoitovaste- ja resistenssimekanismien tunnistamisessa.
Tutkimuksen yleiskatsaus
Tila
Opintotyyppi
Ilmoittautuminen (Arvioitu)
Yhteystiedot ja paikat
Opiskeluyhteys
- Nimi: Hubert Chaperon
- Puhelinnumero: +33 6 45 63 71 12
- Sähköposti: hubert.chaperon@owkin.com
Tutki yhteystietojen varmuuskopiointi
- Nimi: Ginevra Ferrarini
- Sähköposti: ginevra.ferrarini@owkin.com
Opiskelupaikat
-
-
-
Paris, Ranska
- Rekrytointi
- Gustave Roussy
-
Ottaa yhteyttä:
- Ingrid-Judith Garberis, MD PhD
- Puhelinnumero: +33 1 42 1 32 58
- Sähköposti: ingrid-judith.garberis@gustaveroussy.fr
-
Ottaa yhteyttä:
- Prof. Cécile Badoual
- Sähköposti: Cecile.BADOUAL@gustaveroussy.fr
-
Päätutkija:
- Prof. Fabrice André
-
Alatutkija:
- Dr. Alexandra Leary
-
-
-
-
-
Berlin, Saksa
- Rekrytointi
- Charité - Universitätsmedizin Berlin
-
Ottaa yhteyttä:
- Prof.Dr. Ulrich Keilholz
- Puhelinnumero: +49 30 450 564621
- Sähköposti: ulrich.keilholz@charite.de
-
Ottaa yhteyttä:
- Dr. rer. nat. Jenny Kollek
- Sähköposti: jenny.kollek@charite.de
-
Päätutkija:
- Prof.Dr. Ulrich Keilholz
-
Erlangen, Saksa
- Rekrytointi
- Universiy Hospital Erlangen & FAU Erlangen-Nürnberg
-
Ottaa yhteyttä:
- PD Dr. med. Markus Eckstein
- Puhelinnumero: +49 9131 85 43584
- Sähköposti: markus.eckstein@uk-erlangen.de
-
Ottaa yhteyttä:
- PD Dr. med. Ramona Erber
- Sähköposti: ramona.erber@uk-erlangen.de
-
Päätutkija:
- PD Dr. med. Ramona Erber
-
Päätutkija:
- PD Dr. med. Markus Eckstein
-
-
-
-
-
Lausanne, Sveitsi
- Rekrytointi
- Centre Hospitalier Universitaire Vaudois
-
Ottaa yhteyttä:
- Roberto Coletti, Ph.D.
- Puhelinnumero: +41 79 556 9271
- Sähköposti: roberto.colotti@chuv.ch
-
Ottaa yhteyttä:
- Katy Billot
- Sähköposti: katy.billot@chuv.ch
-
Päätutkija:
- Dr. Raphael Gottardo
-
Alatutkija:
- Dr. Krisztian Homicsko
-
-
-
-
Pennsylvania
-
Pittsburgh, Pennsylvania, Yhdysvallat, 15238
- Rekrytointi
- University of Pittsburgh
-
Ottaa yhteyttä:
- Devin Dressman, Ph.D.
- Puhelinnumero: 412-647-8258
- Sähköposti: rowlesbm@upmc.edu
-
Ottaa yhteyttä:
- Aaron Smith, Ph.D.
- Sähköposti: smithag7@upmc.edu
-
Päätutkija:
- Devin Dressman, Ph.D.
-
Päätutkija:
- Dr. Adrian Lee
-
-
Osallistumiskriteerit
Kelpoisuusvaatimukset
Opintokelpoiset iät
- Aikuinen
- Vanhempi Aikuinen
Hyväksyy terveitä vapaaehtoisia
Näytteenottomenetelmä
Tutkimusväestö
Kuvaus
Sisällön kriteerit:
- Potilas oli yli 18-vuotias näytteenottohetkellä/hyväksyntä.
- Potilaan tietoon perustuvan suostumuksen tai ei-vastauslomakkeen saatavuus vähintään yhtä MOSAIC-tavoitteita vastaavan tutkivan tutkimuksen suorittamiseksi (ellei paikallinen Institutional Review Board / Independent Ethics Committee (IRB/IEC) ole antanut lupaa näytteiden käyttämiseen tutkimuksessa paikallisten määräysten ja lakien mukaisesti).
- Sinulla on vahvistettu diagnoosi, joka perustuu asiaankuuluvan kasvaintyypin kansainvälisiin kriteereihin.
- Vahvistettu formaliinikiinnitetty ja parafiiniin upotettu (FFPE) kudosten saatavuus vähintään kolmen perusdatamodaliteetin ja ensisijaisesti kaikkien MOSAIC-datamodaliteetin luomiseksi.
- Asiaan liittyvien kliinisten tietojen vahvistettu saatavuus.
Parafiinikudoslohkon pätevyys, joka täyttää kaikki seuraavat:
- Odotettu kasvaintyyppi
- Kiinteät kasvaimet (kaikki syövän indikaatiot paitsi diffuusi suurten B-solujen lymfooma (DLBCL)): Kasvainsolupitoisuus vaihtelee 40 %:sta 80 %:iin hematoksyliini- ja eosiiniosastolla (H&E) määritellyllä alueella, kuten laboratorioprotokolla määrää. käytetty tekniikka
- DLBCL:ssä vähintään 80 % korkealaatuista komponenttia H&E-osalla tietyllä alueella käytetylle tekniikalle ominaisen laboratorioprotokollan sanelemana
- Aina kun mahdollista, jäljellä olevan kudoksen paksuuden on oltava yli 125 mikrometriä (ohjeellinen alue)
- Kasvainnäytteen tulee olla alle 10 vuotta vanha
Lisäksi jokaisella alakohortilla kussakin syöpäindikaatiossa on erityiset sisällyttämiskriteerit (esim. taudin vaihe; näytteenottopaikka; saatu hoito…).
Poissulkemiskriteerit:
1. Näytteet, joissa ei ole säilynyt kudosarkkitehtuuri, kuten sytologiat ja sytoblokit.
Lisäksi jokaisella alakohortilla kunkin syöpäaiheen sisällä voi olla erityisiä poissulkemiskriteerejä (esim. histologinen alatyyppi; immunosuppression historia; jne…).
Opintosuunnitelma
Miten tutkimus on suunniteltu?
Suunnittelun yksityiskohdat
Kohortit ja interventiot
Ryhmä/Kohortti |
|---|
|
Potilaat, joilla on diagnosoitu yksi kelvollisista syövistä ja joilla on vähintään yksi arkistoitu FFPE-näyte
|
Mitä tutkimuksessa mitataan?
Ensisijaiset tulostoimenpiteet
Tulosmittaus |
Toimenpiteen kuvaus |
Aikaikkuna |
|---|---|---|
|
Ensisijainen päätepiste on geenit tai proteiinit, joilla on lääkkeen kohdistuksen ja/tai uusien biomarkkerien kanssa yhteensopivia ominaisuuksia ja jotka ovat spesifisiä tietylle potilaspopulaatiolle yhdessä tai useammassa syöpäindikaatiossa.
Aikaikkuna: Syöpädiagnoosin päivämäärästä kuolinpäivään, seurannan katkeamisen päivämäärään, suostumuksen peruuttamispäivämäärään tai tutkimuksen päättymispäivään (joulukuu 2028), sen mukaan kumpi tulee ensin, arvioituna 16 vuoteen asti
|
Tämän saavuttamiseksi käytetään valvomatonta data-analyysiä ja tulosmittauksia, kuten hoidon ennustetta, vastetta tiettyihin hoitoihin. Hoitovastetta arvioidaan sähköisen tapausraporttilomakkeen kautta kerättyjen hoitoon ja sen tehokkuuteen liittyvien tietojen perusteella. Seuraavat tiedot auttavat arvioimaan tätä kunkin potilaan kohdalla lähtötilanteessa ja koko MOSAIC-seurantajakson ajan: kaikki erilaiset syövän hoidot (leikkaus,…) ja niiden tulokset; samanaikainen hoito (lääkkeen nimi, …); syövän tila, ts. täydellinen tai osittainen vaste tai eteneminen, mitattuna eri ajankohtina, jotka ovat spesifisiä kullekin kasvaintyypille. Koska tutkimuksessa käytetään suurelta osin alle 10 vuotta sitten kerättyjä kasvainnäytteitä, eloonjäämistietoja ei välttämättä ole saatavilla kaikille potilaille tutkimuksen loppuun mennessä, etenkään hitaasti kehittyvissä kasvaintyypeissä. Tästä syystä käytämme kasvaintyyppispesifisiä prognostisia markkereita ja pisteitä ennusteen korvikkeina aina kun niitä on saatavilla ja tarpeen. |
Syöpädiagnoosin päivämäärästä kuolinpäivään, seurannan katkeamisen päivämäärään, suostumuksen peruuttamispäivämäärään tai tutkimuksen päättymispäivään (joulukuu 2028), sen mukaan kumpi tulee ensin, arvioituna 16 vuoteen asti
|
Toissijaiset tulostoimenpiteet
Tulosmittaus |
Aikaikkuna |
|---|---|
|
Biologiset mekanismit ja/tai reitit, jotka liittyvät potilaan hoitotuloksiin, riippumatta terapeuttisesta mahdollisuudesta
Aikaikkuna: Syöpädiagnoosin päivämäärästä kuolinpäivään, seurannan katkeamisen päivämäärään, suostumuksen peruuttamispäivämäärään tai tutkimuksen päättymispäivään (joulukuu 2028), sen mukaan kumpi tulee ensin, arvioituna 16 vuoteen asti
|
Syöpädiagnoosin päivämäärästä kuolinpäivään, seurannan katkeamisen päivämäärään, suostumuksen peruuttamispäivämäärään tai tutkimuksen päättymispäivään (joulukuu 2028), sen mukaan kumpi tulee ensin, arvioituna 16 vuoteen asti
|
|
Uusi potilasalaryhmien luokittelu kussakin syöpäindikaatiossa, joka perustuu yhteen tai useampaan datamuotoon, joka edustaa homogeenista biologiaa
Aikaikkuna: Syöpädiagnoosin päivämäärästä kuolinpäivään, seurannan katkeamisen päivämäärään, suostumuksen peruuttamispäivämäärään tai tutkimuksen päättymispäivään (joulukuu 2028), sen mukaan kumpi tulee ensin, arvioituna 16 vuoteen asti
|
Syöpädiagnoosin päivämäärästä kuolinpäivään, seurannan katkeamisen päivämäärään, suostumuksen peruuttamispäivämäärään tai tutkimuksen päättymispäivään (joulukuu 2028), sen mukaan kumpi tulee ensin, arvioituna 16 vuoteen asti
|
|
Uudet biomarkkerit, jotka voivat olla: yksittäinen geeni/proteiini tai allekirjoitus; histologinen tai spatiaalinen piirre; yhdistetty biomarkkeri, joka on ihanteellisesti siirrettävissä rutiininomaiseen kliiniseen käyttöön ja joka ennustaa ennusteen tai muuta kliinisesti toimivaa tietoa.
Aikaikkuna: Syöpädiagnoosin päivämäärästä kuolinpäivään, seurannan katkeamisen päivämäärään, suostumuksen peruuttamispäivämäärään tai tutkimuksen päättymispäivään (joulukuu 2028), sen mukaan kumpi tulee ensin, arvioituna 16 vuoteen asti
|
Syöpädiagnoosin päivämäärästä kuolinpäivään, seurannan katkeamisen päivämäärään, suostumuksen peruuttamispäivämäärään tai tutkimuksen päättymispäivään (joulukuu 2028), sen mukaan kumpi tulee ensin, arvioituna 16 vuoteen asti
|
Yhteistyökumppanit ja tutkijat
Sponsori
Tutkijat
- Opintojen puheenjohtaja: Dr. Vassili Soumelis, OWKIN
Julkaisuja ja hyödyllisiä linkkejä
Yleiset julkaisut
- Hanahan D, Coussens LM. Accessories to the crime: functions of cells recruited to the tumor microenvironment. Cancer Cell. 2012 Mar 20;21(3):309-22. doi: 10.1016/j.ccr.2012.02.022.
- Wu Y, Yang S, Ma J, Chen Z, Song G, Rao D, Cheng Y, Huang S, Liu Y, Jiang S, Liu J, Huang X, Wang X, Qiu S, Xu J, Xi R, Bai F, Zhou J, Fan J, Zhang X, Gao Q. Spatiotemporal Immune Landscape of Colorectal Cancer Liver Metastasis at Single-Cell Level. Cancer Discov. 2022 Jan;12(1):134-153. doi: 10.1158/2159-8290.CD-21-0316. Epub 2021 Aug 20.
- Rao A, Barkley D, Franca GS, Yanai I. Exploring tissue architecture using spatial transcriptomics. Nature. 2021 Aug;596(7871):211-220. doi: 10.1038/s41586-021-03634-9. Epub 2021 Aug 11.
- Meylan M, Petitprez F, Becht E, Bougouin A, Pupier G, Calvez A, Giglioli I, Verkarre V, Lacroix G, Verneau J, Sun CM, Laurent-Puig P, Vano YA, Elaidi R, Mejean A, Sanchez-Salas R, Barret E, Cathelineau X, Oudard S, Reynaud CA, de Reynies A, Sautes-Fridman C, Fridman WH. Tertiary lymphoid structures generate and propagate anti-tumor antibody-producing plasma cells in renal cell cancer. Immunity. 2022 Mar 8;55(3):527-541.e5. doi: 10.1016/j.immuni.2022.02.001. Epub 2022 Feb 28.
- Gonzalez H, Hagerling C, Werb Z. Roles of the immune system in cancer: from tumor initiation to metastatic progression. Genes Dev. 2018 Oct 1;32(19-20):1267-1284. doi: 10.1101/gad.314617.118.
- Hegde PS, Chen DS. Top 10 Challenges in Cancer Immunotherapy. Immunity. 2020 Jan 14;52(1):17-35. doi: 10.1016/j.immuni.2019.12.011.
- Cable DM, Murray E, Zou LS, Goeva A, Macosko EZ, Chen F, Irizarry RA. Robust decomposition of cell type mixtures in spatial transcriptomics. Nat Biotechnol. 2022 Apr;40(4):517-526. doi: 10.1038/s41587-021-00830-w. Epub 2021 Feb 18.
Hyödyllisiä linkkejä
Opintojen ennätyspäivät
Opi tärkeimmät päivämäärät
Opiskelun aloitus (Todellinen)
Ensisijainen valmistuminen (Arvioitu)
Opintojen valmistuminen (Arvioitu)
Opintoihin ilmoittautumispäivät
Ensimmäinen lähetetty
Ensimmäinen toimitettu, joka täytti QC-kriteerit
Ensimmäinen Lähetetty (Todellinen)
Tutkimustietojen päivitykset
Viimeisin päivitys julkaistu (Todellinen)
Viimeisin lähetetty päivitys, joka täytti QC-kriteerit
Viimeksi vahvistettu
Lisää tietoa
Tähän tutkimukseen liittyvät termit
Avainsanat
Muita asiaankuuluvia MeSH-ehtoja
Muut tutkimustunnusnumerot
- 23.00242.000244
Yksittäisten osallistujien tietojen suunnitelma (IPD)
Aiotko jakaa yksittäisten osallistujien tietoja (IPD)?
IPD-suunnitelman kuvaus
Pseudonymisoidut, esikäsitellyt ja minimoidut tiedot, jotka kuuluvat osaan kuolleita potilaita, tulevat Euroopan genomi-ilmiöarkiston (EGA) tutkijoiden saataville. Tämän projektin nimi on MOSAIC-Window.
Lisäksi MOSAIC-tutkimuksen kymmenen vuoden jälkeen MOSAICissa kerätyt ja tuotetut tiedot anonymisoidaan soveltuvien lakien ja määräysten mukaisesti ja MOSAIC-tiedoista julkaistaan julkinen versio tutkimustarkoituksiin. Tutkimusta käsittelevä komitea päättää anonymisoinnin ehdoista ja käytännöistä.
IPD-jaon aikakehys
IPD-jaon käyttöoikeuskriteerit
Ennen tietojen lataamista EGA:han Owkin varmistaa, että kaikki tietosarjoihin upotetut henkilökohtaiset tiedot on pseudonyymisoitu ja salattu sekä siirron aikana että lepotilassa. Owkin on vastuussa rekisteröityjen tietoon perustuvan suostumuksen tai muun sopivan laillisen perustan hankkimisesta ja osoittamisesta henkilötietojen käsittelyyn, asianmukaisten eettisten tai muiden lupien hankkimisesta tietojen keräämiseen ja sovellettavien tietosuojalakien noudattamisesta.
MOSAIC Consortiumin ulkopuolisten laitosten tutkijat voivat pyytää pääsyä näihin tietoihin ja täsmentää tutkimuskysymykset, joihin he haluavat vastata. Data Access Committee (DAC) arvioi tutkijan hakemuksen ja päättää, annetaanko MOSAIC-Window-tietojoukon käyttöoikeus vai ei. Jos hakemus hyväksytään, tutkija hyväksyy DAC:n määrittelemät ehdot (esim. luova yhteinen lisenssi, ei potilaiden uudelleentunnistusta jne.) ja voi sitten ladata tiedot analysointia varten.
Lääke- ja laitetiedot, tutkimusasiakirjat
Tutkii yhdysvaltalaista FDA sääntelemää lääkevalmistetta
Tutkii yhdysvaltalaista FDA sääntelemää laitetuotetta
Nämä tiedot haettiin suoraan verkkosivustolta clinicaltrials.gov ilman muutoksia. Jos sinulla on pyyntöjä muuttaa, poistaa tai päivittää tutkimustietojasi, ota yhteyttä register@clinicaltrials.gov. Heti kun muutos on otettu käyttöön osoitteessa clinicaltrials.gov, se päivitetään automaattisesti myös verkkosivustollemme .