Projet sur l'encéphalite en Asie du Sud-Est (SEAe)

Arrière-plan:

L'encéphalite est définie comme une inflammation aiguë du système nerveux central associée à un dysfonctionnement neurologique. Les étiologies les plus courantes sont les infections par des virus ou des bactéries, bien que des parasites et des champignons puissent également être occasionnellement détectés, en particulier chez les patients immunodéprimés. En raison d'une mortalité élevée et de séquelles neurologiques à long terme, l'encéphalite est un problème de santé publique dans le monde entier. Les incidences rapportées varient entre 3,5 et 7,4 cas pour 100 000 patients-années avec des incidences plus élevées chez les enfants que chez les adultes. Diverses épidémies d'encéphalite sont récemment apparues en Asie, comme l'épidémie mortelle d'entérovirus 71 (EV71) qui s'est produite à la mi-2012 au Cambodge et qui a touché de très jeunes enfants (la plupart ont moins de 3 ans, tous moins de 12 ans). En Asie, où bon nombre des étiologies possibles sont des problèmes majeurs de santé publique (c.-à-d. dengue, encéphalite japonaise, virus du Nil occidental, EV71), l'encéphalite aiguë figure parmi les causes les plus fréquentes et les plus graves d'hospitalisation pédiatrique.

Malgré des investigations microbiologiques approfondies et l'utilisation des tests basés sur la biologie moléculaire les plus avancés, aucun agent pathogène n'est identifié pour une proportion significative de patients atteints d'encéphalite dans les pays industrialisés et en développement (28 à 85 % des cas restent non confirmés). Des études antérieures soutiennent l'hypothèse selon laquelle des agents infectieux émergents inconnus et parfois nouveaux pourraient être responsables de cas d'étiologie actuellement inconnue et plaident fortement en faveur d'un effort intensif pour les identifier et les caractériser. Cette hypothèse est également renforcée par la récente augmentation apparente des maladies infectieuses émergentes, dont beaucoup sont liées aux activités humaines qui ont un impact sur l'environnement et à la propagation d'agents pathogènes dans de nouvelles régions géographiques. De ce point de vue, la région de l'Asie du Sud-Est, un hotspot de biodiversité particulièrement important, est à haut risque d'émergence de nouveaux pathogènes. En effet, la croissance des populations humaines, l'urbanisation croissante et les contacts fréquents avec la faune sauvage et les animaux domestiques ont créé de nouvelles opportunités pour l'émergence d'agents pathogènes tels que le SRAS à la fin de 2002, et ont fortement facilité la propagation de maladies infectieuses telles que la grippe aviaire à haute pathogénicité H5N1. depuis 2004 et le virus de la grippe pandémique H1N1 en 2009. La population des pays en développement d'Asie du Sud-Est est particulièrement exposée au risque de circulation d'agents infectieux émergents ou réémergents et, pour cette raison, la surveillance et l'investigation du syndrome d'encéphalite aiguë dans cette région sont d'une importance capitale pour la santé publique, tant au niveau local que mondial.

Les capacités de surveillance et de diagnostic de l'encéphalite restent médiocres et souffrent encore de graves lacunes dans la plupart des pays d'Asie du Sud-Est et au-delà. Bien que le fardeau des encéphalites non infectieuses dans cette région reste à déterminer, les meilleurs laboratoires n'identifient les agents infectieux étiologiques que chez moins de la moitié des patients. De plus, en raison de l'absence de capacité de diagnostic microbiologique fiable dans la majorité des hôpitaux publics de référence, les cliniciens locaux doivent traiter les syndromes d'encéphalite aiguë principalement de manière empirique, avec peu d'évaluation de l'efficacité de leur approche clinique. Même si certaines des causes les plus courantes du syndrome d'encéphalite aiguë peuvent être évitables par la vaccination, des données systématiques concernant la contribution de ces maladies font défaut et aucune donnée fiable n'est disponible pour définir le fardeau de ces infections, pour décrire le spectre clinique complet et les caractéristiques des infections aiguës du système nerveux central et de développer des algorithmes diagnostiques et thérapeutiques pour améliorer la prise en charge des patients. En outre, quelles que soient la nature et l'ampleur du fardeau de l'encéphalite en Asie du Sud-Est et les critères utilisés pour l'évaluer (c'est-à-dire morbidité, mortalité, handicap, impact sur le budget ou les moyens de subsistance des familles), ce fardeau est supporté principalement par les populations défavorisées ayant un accès limité à la prévention et aux soins de santé.

Partenaires du projet Le projet proposé est un consortium de recherche ambitieux et multidisciplinaire associant : (i) les autorités sanitaires nationales du Cambodge, de la RDP lao, du Vietnam et du Myanmar ; (ii) les principaux sites universitaires et cliniques locaux (hôpitaux nationaux et centres de santé provinciaux) ; (iii) les principaux acteurs français des sciences de la vie et de la santé ayant des activités de recherche menées dans la région de l'Asie du Sud-Est tels que : l'Institut Pasteur et le Réseau international des Instituts Pasteur, l'Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (Inserm), le Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad), Institut de Recherche pour le Développement (IRD) - Aix-Marseille Université - Ecole des Hautes Etudes en Santé Publique (EHESP) ; et (iv) des équipes du programme majeur d'outre-mer de l'Université d'Oxford du Wellcome Trust d'Asie du Sud-Est.

Objectifs:

Le projet SEAe vise à réduire la morbidité et la mortalité associées aux encéphalites infectieuses en Asie du Sud-Est en améliorant le diagnostic et la prise en charge médicale des patients.

Les objectifs spécifiques du projet SEAe sont :

• Combler les lacunes des connaissances biomédicales concernant le syndrome d'encéphalite aiguë ;
• Renforcer les capacités des laboratoires hospitaliers pour améliorer la santé en améliorant le diagnostic et la prise en charge des patients ;
• Identifier les agents pathogènes inconnus responsables de l'encéphalite ;
• Documenter et analyser les facteurs liés aux grappes de cas d'encéphalite intégrant la santé humaine, la santé animale et l'environnement à travers une approche « One Health » ;
• Fournir des informations fiables et un réseau de surveillance régional et sous-régional durable aux cliniciens et aux acteurs de santé publique qui les aideront à mieux définir les politiques de prévention, la stratégie de vaccination et à se préparer aux risques infectieux émergents.

Étude de population : patient suspecté d'encéphalite hospitalisé dans 4 hôpitaux différents, Hôpital pour enfants Kantha Bopha IV, Phnom Penh, Cambodge, Hôpital national de pédiatrie, Hanoï, Vietnam et Hôpital Mahosot, Vientiane, RDP lao, Hôpital pour enfants de Yangon, Yangon, Myanmar. Les critères d'inclusion ont été adaptés de l'International Encephalitis Consortium 2013 : tous les patients doivent être âgés de plus de 28 jours et présenter un état mental altéré (c'est-à-dire confusion ou incapacité de parler, diminution ou altération du niveau de conscience ou changement de personnalité) durant plus de 24 heures sans cause alternative identifiée. Ces critères doivent être associés à au moins un des éléments suivants : (i) fièvre (>=38 °C axillaire) depuis moins de 72 heures avant ou après la présentation ; (ii) convulsion (convulsion fébrile exclue); (iii) découverte neurologique focale.

Collecte de données:

La saisie des données cliniques est requise pour cette étude.

Entrées de données :

Une seule personne chargée de la saisie des données (un médecin) saisit les informations cliniques et remplit un formulaire papier à l'admission, à 24 heures, à la sortie et un an après la sortie et saisit les données dans une OpenClinica (hébergée sur le serveur du CIRAD, Montpellier, France) base de données en ligne anonymisée.

Les données du laboratoire sont saisies dans un ACCESS personnalisé (base de données Microsoft). Les résultats sont saisis dans des onglets dédiés aux différentes techniques.

Un data manager dédié à l'étude est en charge de la base de données. Le Cirad et l'Institut Pasteur se partagent la copropriété de la base de données.

Les premières analyses statistiques seront réalisées à l'Institut Pasteur du Cambodge, Phnom Penh, sous la responsabilité de l'unité d'épidémiologie. Les données continues seront décrites avec des statistiques descriptives, y compris la moyenne ± SD et/ou la médiane (gamme) selon les données appropriées et catégorielles avec des fréquences (%). Les données catégorielles seront analysées par analyse univariée avec χ2 ou test exact de Fisher selon le cas et les données continues par test de Mann-Whitney non paramétrique. Les analyses statistiques impliqueront l'utilisation du logiciel R. Les relations entre les variables cliniques, biologiques, radiologiques, les étiologies et les résultats seront évaluées en utilisant des analyses de régression logistique univariées et multivariées pour identifier les déterminants des mauvais résultats.

Calendrier des études

• Date de début d'inscription provisoire : juillet 2014
• Durée d'inclusion provisoire : 3 ans et demi
• Durée de participation des patients : 1 an
• Durée prévisionnelle des études : 5 ans
• Durée d'archivage des données : 15 ans