Pression de sélection et évolution induites par les inhibiteurs de point de contrôle immunitaire et d'autres thérapies immunologiques (SPECIAL)

Cette étude de faisabilité sera réalisée en deux parties.

La première partie est principalement conçue pour étudier la faisabilité d'effectuer un séquençage ultra-profond de l'ADN tumoral circulant dérivé du plasma (ctDNA) chez des patients individuels atteints de tumeurs solides avancées qui sont actuellement traités avec des inhibiteurs de point de contrôle immunitaire (ICI). Les tumeurs archivées des patients seront demandées et utilisées pour le séquençage de l'exome entier (WES) de l'ADN tumoral. Des échantillons de sang à un moment donné seront prélevés pour l'analyse de l'ADNct et l'analyse de l'ADN de la lignée germinale (pour étudier les variantes normales) à l'aide du séquençage de nouvelle génération.

La deuxième partie est conçue comme une étude de recherche prospective dans laquelle les patients auront des échantillons de tumeurs et de sang prélevés à des moments en série pour étudier l'évolution clonale des tumeurs sous la pression de sélection des ICI. Les patients subiront une biopsie à l'aiguille de la tumeur fraîche guidée par imagerie à un maximum de 3 points :

1. avant le début des ICI, et
2. lorsque la réponse de la maladie au traitement est confirmée par les critères radiologiques standard RECIST 1.1 et/ou les critères de réponse immunitaire, et
3. lorsque la progression radiologique de la maladie sous traitement est confirmée par les critères RECIST 1.1.

Les patients qui ont une réponse de la maladie à l'immunothérapie pourraient avoir jusqu'à 3 biopsies tumorales fraîches (tous les 3 points dans le temps) alors que ceux qui ne répondent pas au traitement n'auront qu'une seule biopsie (1er point dans le temps). Pour les patients qui subiront une biopsie de traitement obligatoire dans le cadre d'un essai clinique distinct (dans le cadre duquel ils reçoivent des ICI) à des moments différents de cette étude, les enquêteurs demanderont un matériel tumoral de base supplémentaire à des fins de recherche dans SPECIAL si cela est faisable et sûr jugé par un radiologue du personnel. Des échantillons de sang pour l'analyse de l'ADNc seront prélevés au début du traitement et toutes les 6 à 12 semaines par la suite, coïncidant idéalement avec les évaluations radiologiques de la tumeur, dans la mesure du possible, jusqu'à ce que la progression radiologique de la maladie soit confirmée à l'aide des critères RECIST 1.1. L'ADN génomique normal dérivé de cellules mononucléaires périphériques (PBMC) sera extrait d'un tube de sang total prélevé au départ pour étudier les variantes normales. Des échantillons de sang pour étudier les changements dans le répertoire des cellules immunitaires et les acides aminés, peptides, protéines et leurs métabolites liés au système immunitaire dans la circulation périphérique seront prélevés au départ, 6 à 12 semaines après le début du traitement coïncidant avec la 1ère évaluation radiologique de la tumeur et au moment de l'examen radiologique. progression de la maladie. Les paramètres d'imagerie pour l'analyse d'imagerie radiomique seront dérivés des tomodensitogrammes de routine des patients. Des biopsies tumorales fraîches seront utilisées pour le profilage génomique afin d'étudier le spectre de mutation des tumeurs par WES et le niveau d'expression des gènes. L'ADN des PBMC sera analysé par WES pour étudier les variantes normales. Le profilage des mutations de l'ADNct sera effectué à l'aide d'approches de séquençage d'ADN de nouvelle génération.

Les données génomiques issues d'analyses tumorales, ctDNA et ADN PBMC seront utilisées pour explorer l'architecture clonale tumorale et étudier la sélection clonale ou l'évolution tumorale sous la pression de sélection induite par les ICI ou d'autres thérapies immunologiques.

Les changements dans les signatures d'imagerie radiomique pendant le traitement avec des inhibiteurs de point de contrôle immunitaire et leur corrélation avec les signatures génomiques seront également examinés.

À l'aide d'échantillons sanguins prélevés au départ, au moment de la première évaluation radiologique de la tumeur et au moment de la progression de la maladie, les changements dynamiques du répertoire des cellules immunitaires et des acides aminés, peptides, protéines et leurs métabolites liés au système immunitaire dans la circulation périphérique des patients pendant le traitement par Les ICI seront également explorés.