Test LAMP versus PCR pour la détection des gènes blaNDM-1 et blaKPC

La résistance aux carbapénèmes des bactéries gram-négatives est devenue un problème mondial et a provoqué une épidémie mondiale qui continue de croître.

L'enzyme métallo-bêta-lactamase 1 de New Delhi (NDM-1) qui confère une résistance multimédicamenteuse est codée par le gène de la métallo-bêta-lactamase 1 de New Delhi (blaNDM-1)]. NDM-1 inactive les principales classes d'antibiotiques bêta-lactamines, y compris les carbapénèmes, en clivant les anneaux b-lactamines. NDM-1 a été signalé chez 11 espèces bactériennes différentes, dont Escherichia coli, Klebsiella sp., Shigella boydii et Vibrio cholera, indiquant le potentiel de transfert horizontal de gènes.

Les enzymes carbapénèmases (KPC) de Klebsiella pneumoniae, appartenant à la classe A (carbapénémases à sérine) et inhibées par l'acide boronique, sont rapidement devenues un problème mondial chez les Enterobacteriaceae, Pseudomonas aeruginosa et Acinetobacter baumannii.

Dans le traitement des maladies infectieuses, l'administration d'agents antimicrobiens adéquats est essentielle pour prévenir l'émergence et la propagation de bactéries résistantes. Cependant, les tests de sensibilité aux antimicrobiens (AST) conventionnels, basés sur la croissance bactérienne, prennent du temps ; par conséquent, un test rapide et simple est nécessaire pour la sélection rapide des antibiotiques appropriés dans les laboratoires cliniques tels que l'amplification isotherme médiée par boucle (LAMP).

LAMP, développé par le chercheur japonais Notomi, est une nouvelle méthode d'amplification génique qui peut compléter l'amplification de l'ADN dans des conditions isothermes. LAMP est une technique d'amplification par déplacement de brin, qui utilise un ensemble de 4 à 6 amorces oligonucléotidiques spécialement conçues et une ADN polymérase spécifique (Bst). Via le processus d'amplification par déplacement de brin, une structure d'ADN en haltère est produite qui sert de matrice pour l'amplification du cycle. L'absence de besoin d'un thermocycleur, la vitesse de réaction et font de LAMP une plateforme prometteuse pour le développement d'un outil simple et sensible proche du patient pour la détection moléculaire de gènes dans des contextes à ressources limitées.

LAMP est la technologie d'amplification d'acide nucléique la plus populaire et la mieux établie parmi les alternatives à la réaction en chaîne par polymérase (PCR) . Les étapes des tests génétiques comprennent l'extraction de l'acide nucléique des échantillons, l'amplification du gène et la détection. Ces étapes nécessitent des compétences considérables et un équipement et des installations coûteux, ce qui rend difficile un test pratique à n'importe quel endroit donné. Pour surmonter ces limitations, une nouvelle méthode d'amplification génique, la réaction LAMP, a été développée qui combine rapidité, simplicité et haute spécificité.